# TARGET T0374 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.002 0.001 0.087 0.159 0.210 0.116 0.003 0.001 0.058 0.357 2 Q 0.004 0.003 0.001 0.135 0.121 0.259 0.077 0.002 0.001 0.054 0.344 3 L 0.003 0.001 0.001 0.164 0.208 0.198 0.047 0.001 0.001 0.043 0.335 4 S 0.002 0.001 0.001 0.237 0.241 0.228 0.043 0.001 0.001 0.040 0.208 5 H 0.003 0.001 0.001 0.161 0.075 0.102 0.076 0.001 0.001 0.028 0.552 6 R 0.072 0.002 0.001 0.150 0.144 0.120 0.091 0.006 0.001 0.095 0.319 7 P 0.025 0.007 0.003 0.091 0.012 0.017 0.145 0.001 0.002 0.049 0.648 8 A 0.020 0.007 0.001 0.035 0.026 0.043 0.136 0.008 0.001 0.028 0.694 9 E 0.372 0.123 0.001 0.014 0.009 0.010 0.071 0.011 0.001 0.037 0.352 10 T 0.175 0.111 0.002 0.010 0.003 0.008 0.109 0.006 0.001 0.046 0.529 11 G 0.006 0.065 0.002 0.016 0.003 0.005 0.070 0.001 0.001 0.117 0.715 12 D 0.037 0.755 0.002 0.001 0.004 0.004 0.027 0.011 0.001 0.049 0.109 13 L 0.080 0.755 0.004 0.002 0.001 0.001 0.010 0.010 0.001 0.060 0.077 14 E 0.057 0.475 0.030 0.004 0.002 0.004 0.043 0.014 0.012 0.151 0.207 15 T 0.287 0.416 0.001 0.002 0.002 0.005 0.038 0.013 0.001 0.069 0.166 16 V 0.145 0.235 0.018 0.014 0.004 0.010 0.067 0.027 0.010 0.164 0.306 17 A 0.115 0.139 0.007 0.019 0.010 0.017 0.166 0.005 0.003 0.057 0.462 18 G 0.021 0.101 0.004 0.020 0.005 0.013 0.116 0.004 0.002 0.034 0.680 19 F 0.211 0.166 0.007 0.013 0.008 0.008 0.139 0.023 0.003 0.075 0.348 20 P 0.201 0.150 0.009 0.030 0.004 0.011 0.104 0.015 0.005 0.080 0.392 21 Q 0.084 0.168 0.004 0.014 0.005 0.012 0.084 0.006 0.002 0.043 0.580 22 D 0.124 0.283 0.009 0.019 0.010 0.017 0.076 0.011 0.003 0.045 0.404 23 R 0.113 0.331 0.009 0.018 0.011 0.017 0.066 0.014 0.003 0.041 0.377 24 D 0.138 0.240 0.008 0.019 0.020 0.030 0.074 0.012 0.004 0.066 0.388 25 E 0.154 0.140 0.011 0.028 0.020 0.037 0.095 0.014 0.004 0.067 0.430 26 L 0.149 0.087 0.006 0.031 0.019 0.048 0.099 0.015 0.003 0.062 0.481 27 F 0.131 0.018 0.002 0.029 0.031 0.051 0.097 0.003 0.001 0.049 0.588 28 Y 0.012 0.010 0.001 0.028 0.034 0.069 0.109 0.001 0.001 0.026 0.709 29 C 0.016 0.024 0.003 0.015 0.035 0.046 0.110 0.002 0.002 0.022 0.726 30 Y 0.181 0.034 0.005 0.014 0.038 0.034 0.119 0.035 0.003 0.062 0.475 31 P 0.273 0.065 0.001 0.010 0.008 0.014 0.081 0.021 0.001 0.058 0.468 32 K 0.194 0.019 0.001 0.015 0.008 0.020 0.083 0.003 0.001 0.035 0.622 33 A 0.014 0.014 0.001 0.034 0.018 0.036 0.123 0.001 0.001 0.022 0.738 34 I 0.011 0.018 0.001 0.019 0.016 0.016 0.108 0.001 0.001 0.036 0.775 35 W 0.081 0.170 0.001 0.015 0.031 0.015 0.108 0.025 0.001 0.121 0.431 36 P 0.085 0.516 0.002 0.005 0.001 0.002 0.046 0.006 0.001 0.041 0.294 37 F 0.022 0.751 0.004 0.004 0.002 0.002 0.023 0.005 0.001 0.036 0.150 38 S 0.012 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.009 0.056 39 V 0.020 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.007 0.022 40 A 0.012 0.902 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.002 0.027 0.041 41 Q 0.029 0.829 0.012 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.006 0.032 0.068 42 L 0.088 0.708 0.010 0.001 0.001 0.001 0.016 0.024 0.004 0.058 0.087 43 A 0.078 0.512 0.012 0.003 0.001 0.002 0.039 0.011 0.008 0.081 0.253 44 A 0.061 0.440 0.012 0.004 0.001 0.003 0.052 0.004 0.006 0.045 0.373 45 A 0.072 0.279 0.028 0.004 0.002 0.006 0.058 0.010 0.012 0.063 0.466 46 I 0.227 0.062 0.010 0.003 0.003 0.006 0.068 0.012 0.007 0.069 0.534 47 A 0.169 0.011 0.007 0.006 0.003 0.011 0.069 0.004 0.004 0.082 0.634 48 E 0.048 0.003 0.003 0.010 0.004 0.018 0.117 0.001 0.001 0.069 0.724 49 R 0.006 0.001 0.001 0.025 0.027 0.107 0.143 0.001 0.001 0.113 0.574 50 R 0.001 0.001 0.001 0.057 0.088 0.251 0.110 0.001 0.001 0.129 0.361 51 G 0.001 0.001 0.001 0.052 0.175 0.443 0.045 0.001 0.001 0.112 0.173 52 S 0.001 0.001 0.001 0.048 0.231 0.577 0.011 0.001 0.001 0.061 0.072 53 T 0.001 0.001 0.001 0.032 0.301 0.582 0.004 0.001 0.001 0.049 0.032 54 V 0.001 0.001 0.001 0.049 0.427 0.436 0.006 0.001 0.001 0.043 0.038 55 A 0.001 0.001 0.001 0.051 0.370 0.475 0.008 0.001 0.001 0.046 0.046 56 V 0.142 0.001 0.001 0.033 0.200 0.323 0.033 0.002 0.002 0.091 0.171 57 H 0.240 0.001 0.001 0.022 0.034 0.053 0.068 0.002 0.002 0.047 0.530 58 D 0.005 0.001 0.001 0.007 0.012 0.031 0.106 0.001 0.001 0.012 0.826 59 G 0.002 0.001 0.001 0.016 0.124 0.193 0.133 0.001 0.001 0.026 0.505 60 Q 0.001 0.001 0.001 0.046 0.297 0.408 0.039 0.001 0.001 0.064 0.144 61 V 0.001 0.002 0.001 0.052 0.290 0.404 0.022 0.001 0.001 0.053 0.176 62 L 0.001 0.002 0.001 0.050 0.384 0.442 0.014 0.001 0.001 0.028 0.080 63 G 0.001 0.002 0.001 0.061 0.332 0.508 0.008 0.001 0.001 0.048 0.038 64 F 0.004 0.004 0.001 0.057 0.362 0.444 0.014 0.001 0.001 0.051 0.062 65 A 0.005 0.002 0.001 0.073 0.382 0.417 0.020 0.001 0.001 0.024 0.076 66 N 0.006 0.002 0.001 0.048 0.295 0.478 0.029 0.001 0.001 0.037 0.104 67 F 0.010 0.003 0.001 0.081 0.256 0.305 0.057 0.001 0.001 0.040 0.244 68 Y 0.038 0.010 0.002 0.059 0.206 0.288 0.078 0.003 0.002 0.061 0.253 69 Q 0.063 0.015 0.008 0.028 0.061 0.095 0.113 0.003 0.007 0.067 0.541 70 W 0.077 0.007 0.006 0.013 0.024 0.040 0.081 0.006 0.005 0.041 0.700 71 Q 0.239 0.007 0.002 0.005 0.010 0.017 0.074 0.007 0.002 0.066 0.571 72 H 0.102 0.017 0.001 0.006 0.006 0.012 0.098 0.005 0.001 0.039 0.711 73 G 0.033 0.013 0.001 0.009 0.012 0.024 0.114 0.003 0.001 0.031 0.758 74 D 0.009 0.021 0.001 0.030 0.142 0.195 0.106 0.004 0.001 0.049 0.443 75 F 0.016 0.014 0.001 0.055 0.139 0.216 0.088 0.002 0.001 0.088 0.380 76 C 0.007 0.007 0.003 0.122 0.266 0.225 0.061 0.001 0.001 0.059 0.250 77 A 0.022 0.013 0.002 0.117 0.188 0.359 0.057 0.003 0.001 0.085 0.155 78 L 0.044 0.016 0.002 0.144 0.161 0.216 0.072 0.004 0.001 0.070 0.270 79 G 0.008 0.007 0.001 0.176 0.169 0.319 0.073 0.004 0.001 0.045 0.197 80 N 0.009 0.009 0.001 0.122 0.166 0.399 0.067 0.003 0.001 0.055 0.171 81 M 0.010 0.003 0.001 0.165 0.219 0.218 0.070 0.001 0.001 0.038 0.275 82 M 0.002 0.005 0.001 0.124 0.241 0.263 0.066 0.001 0.001 0.022 0.274 83 V 0.011 0.059 0.002 0.069 0.081 0.129 0.080 0.004 0.002 0.026 0.537 84 A 0.200 0.279 0.008 0.030 0.035 0.028 0.054 0.027 0.007 0.127 0.203 85 P 0.221 0.154 0.035 0.009 0.005 0.007 0.059 0.014 0.018 0.208 0.271 86 A 0.315 0.095 0.005 0.006 0.006 0.014 0.061 0.009 0.003 0.074 0.411 87 A 0.216 0.066 0.008 0.010 0.007 0.013 0.074 0.007 0.004 0.088 0.506 88 R 0.067 0.200 0.002 0.007 0.006 0.008 0.089 0.006 0.001 0.047 0.567 89 G 0.046 0.489 0.001 0.002 0.004 0.006 0.042 0.006 0.001 0.022 0.382 90 L 0.014 0.537 0.001 0.006 0.008 0.011 0.056 0.004 0.001 0.045 0.317 91 G 0.005 0.894 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.048 0.038 92 V 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.008 93 A 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 94 R 0.002 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.004 95 Y 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 96 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 97 I 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.005 98 G 0.005 0.443 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.531 0.013 99 V 0.003 0.858 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.108 0.017 100 M 0.003 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 101 E 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.019 102 N 0.004 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.011 0.026 103 L 0.021 0.824 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.004 0.098 0.023 104 A 0.056 0.491 0.146 0.001 0.001 0.001 0.011 0.023 0.106 0.113 0.051 105 R 0.187 0.414 0.004 0.001 0.001 0.001 0.041 0.006 0.003 0.067 0.276 106 E 0.043 0.249 0.013 0.002 0.001 0.001 0.063 0.007 0.008 0.071 0.542 107 Q 0.116 0.243 0.012 0.006 0.001 0.002 0.085 0.008 0.003 0.092 0.433 108 Y 0.112 0.089 0.018 0.013 0.002 0.011 0.076 0.008 0.012 0.175 0.483 109 K 0.134 0.103 0.003 0.008 0.005 0.013 0.100 0.006 0.001 0.054 0.574 110 A 0.057 0.021 0.007 0.027 0.008 0.029 0.113 0.002 0.003 0.070 0.663 111 R 0.016 0.035 0.002 0.073 0.065 0.125 0.145 0.003 0.001 0.068 0.468 112 L 0.009 0.007 0.001 0.109 0.045 0.161 0.103 0.001 0.001 0.177 0.386 113 M 0.002 0.013 0.002 0.190 0.227 0.248 0.045 0.001 0.001 0.072 0.199 114 K 0.005 0.005 0.001 0.203 0.172 0.357 0.033 0.001 0.001 0.083 0.139 115 I 0.003 0.004 0.001 0.163 0.310 0.258 0.023 0.001 0.001 0.048 0.189 116 S 0.005 0.005 0.001 0.239 0.209 0.322 0.034 0.001 0.001 0.080 0.103 117 C 0.043 0.008 0.003 0.137 0.183 0.212 0.069 0.003 0.002 0.100 0.242 118 F 0.038 0.016 0.002 0.169 0.112 0.144 0.092 0.004 0.002 0.052 0.370 119 N 0.091 0.073 0.003 0.039 0.027 0.050 0.112 0.004 0.002 0.059 0.541 120 A 0.018 0.190 0.004 0.025 0.010 0.016 0.076 0.006 0.002 0.089 0.565 121 N 0.018 0.901 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.021 0.044 122 A 0.014 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 0.024 123 A 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.013 124 G 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 125 L 0.004 0.243 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.734 0.011 126 L 0.005 0.717 0.011 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.002 0.223 0.027 127 L 0.042 0.769 0.031 0.002 0.001 0.002 0.010 0.014 0.007 0.071 0.051 128 Y 0.040 0.072 0.381 0.002 0.001 0.002 0.013 0.014 0.295 0.088 0.091 129 T 0.587 0.032 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.006 0.002 0.018 0.315 130 Q 0.048 0.013 0.002 0.004 0.001 0.004 0.043 0.006 0.003 0.030 0.847 131 L 0.041 0.005 0.002 0.007 0.001 0.003 0.135 0.001 0.001 0.019 0.785 132 G 0.006 0.003 0.001 0.015 0.010 0.021 0.105 0.001 0.001 0.024 0.814 133 Y 0.008 0.006 0.001 0.007 0.009 0.006 0.109 0.001 0.001 0.014 0.839 134 Q 0.105 0.030 0.002 0.050 0.034 0.026 0.134 0.031 0.002 0.056 0.530 135 P 0.265 0.146 0.001 0.017 0.007 0.010 0.066 0.022 0.001 0.031 0.436 136 R 0.083 0.069 0.002 0.033 0.020 0.049 0.076 0.009 0.001 0.028 0.631 137 A 0.022 0.101 0.015 0.055 0.040 0.083 0.079 0.002 0.005 0.026 0.572 138 I 0.077 0.092 0.016 0.039 0.086 0.094 0.086 0.016 0.007 0.044 0.443 139 A 0.454 0.076 0.002 0.011 0.026 0.027 0.037 0.026 0.002 0.040 0.297 140 E 0.109 0.013 0.001 0.013 0.017 0.037 0.071 0.002 0.001 0.025 0.712 141 R 0.003 0.008 0.001 0.017 0.028 0.098 0.076 0.001 0.001 0.015 0.753 142 H 0.002 0.008 0.004 0.016 0.046 0.047 0.083 0.001 0.001 0.017 0.776 143 D 0.330 0.034 0.003 0.004 0.081 0.030 0.065 0.029 0.003 0.078 0.341 144 P 0.374 0.038 0.001 0.003 0.002 0.002 0.045 0.004 0.001 0.039 0.491 145 D 0.074 0.054 0.001 0.004 0.002 0.005 0.070 0.004 0.001 0.019 0.768 146 G 0.057 0.233 0.002 0.009 0.007 0.014 0.087 0.005 0.001 0.020 0.567 147 R 0.052 0.284 0.002 0.015 0.064 0.062 0.090 0.009 0.001 0.028 0.394 148 R 0.031 0.441 0.001 0.021 0.121 0.105 0.041 0.006 0.001 0.023 0.210 149 V 0.049 0.350 0.003 0.023 0.111 0.137 0.061 0.007 0.001 0.032 0.227 150 A 0.028 0.310 0.004 0.051 0.141 0.202 0.052 0.005 0.001 0.045 0.162 151 L 0.033 0.105 0.018 0.071 0.131 0.287 0.062 0.007 0.006 0.097 0.185 152 I 0.057 0.029 0.013 0.063 0.192 0.285 0.046 0.010 0.005 0.091 0.210 153 Q 0.109 0.008 0.004 0.060 0.118 0.175 0.068 0.004 0.003 0.083 0.369 154 M 0.018 0.002 0.001 0.046 0.079 0.132 0.094 0.002 0.001 0.031 0.595 155 D 0.012 0.003 0.001 0.032 0.031 0.054 0.095 0.002 0.001 0.025 0.745 156 K 0.052 0.001 0.001 0.018 0.065 0.057 0.147 0.011 0.001 0.072 0.577 157 P 0.021 0.002 0.001 0.036 0.016 0.031 0.144 0.003 0.001 0.045 0.702 158 L 0.087 0.007 0.001 0.040 0.015 0.026 0.116 0.002 0.001 0.044 0.661 159 E 0.057 0.006 0.001 0.027 0.020 0.026 0.150 0.006 0.001 0.056 0.650 160 P 0.052 0.009 0.001 0.014 0.009 0.015 0.148 0.006 0.001 0.030 0.717