# TARGET T0374 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.004 0.057 0.130 0.252 0.102 0.055 0.385 2 Q 0.018 0.003 0.077 0.140 0.297 0.069 0.048 0.348 3 L 0.006 0.002 0.089 0.208 0.246 0.064 0.025 0.360 4 S 0.004 0.003 0.140 0.181 0.367 0.048 0.027 0.231 5 H 0.012 0.005 0.082 0.122 0.168 0.055 0.029 0.527 6 R 0.046 0.013 0.134 0.249 0.159 0.058 0.147 0.192 7 P 0.054 0.025 0.060 0.051 0.066 0.102 0.083 0.560 8 A 0.063 0.026 0.054 0.041 0.039 0.103 0.037 0.636 9 E 0.227 0.093 0.020 0.013 0.015 0.073 0.090 0.468 10 T 0.258 0.129 0.007 0.004 0.007 0.096 0.039 0.461 11 G 0.012 0.018 0.005 0.004 0.004 0.091 0.120 0.746 12 D 0.058 0.714 0.002 0.001 0.001 0.020 0.087 0.117 13 L 0.167 0.726 0.002 0.001 0.001 0.018 0.023 0.061 14 E 0.066 0.422 0.043 0.018 0.012 0.046 0.088 0.305 15 T 0.300 0.285 0.022 0.006 0.017 0.051 0.075 0.245 16 V 0.518 0.052 0.030 0.004 0.007 0.092 0.068 0.228 17 A 0.037 0.043 0.040 0.014 0.022 0.148 0.058 0.637 18 G 0.006 0.021 0.010 0.002 0.004 0.065 0.013 0.879 19 F 0.100 0.200 0.031 0.010 0.010 0.139 0.088 0.423 20 P 0.218 0.349 0.036 0.009 0.008 0.071 0.093 0.215 21 Q 0.162 0.260 0.016 0.004 0.005 0.067 0.049 0.437 22 D 0.086 0.359 0.031 0.007 0.009 0.073 0.068 0.368 23 R 0.111 0.310 0.035 0.007 0.010 0.081 0.084 0.363 24 D 0.159 0.266 0.031 0.012 0.017 0.072 0.097 0.345 25 E 0.139 0.114 0.028 0.015 0.024 0.076 0.080 0.525 26 L 0.104 0.050 0.031 0.027 0.051 0.111 0.060 0.565 27 F 0.060 0.022 0.026 0.031 0.052 0.113 0.048 0.648 28 Y 0.015 0.013 0.031 0.041 0.067 0.140 0.031 0.661 29 C 0.019 0.010 0.028 0.027 0.044 0.117 0.031 0.725 30 Y 0.224 0.034 0.030 0.052 0.042 0.100 0.112 0.406 31 P 0.236 0.036 0.015 0.015 0.020 0.081 0.042 0.555 32 K 0.077 0.020 0.016 0.012 0.023 0.097 0.039 0.716 33 A 0.030 0.022 0.017 0.013 0.022 0.126 0.034 0.735 34 I 0.042 0.036 0.016 0.014 0.019 0.130 0.066 0.676 35 W 0.062 0.150 0.017 0.015 0.014 0.109 0.087 0.547 36 P 0.087 0.482 0.009 0.005 0.007 0.056 0.061 0.294 37 F 0.048 0.681 0.008 0.005 0.005 0.031 0.060 0.162 38 S 0.022 0.904 0.003 0.001 0.002 0.009 0.018 0.041 39 V 0.023 0.936 0.002 0.001 0.001 0.005 0.014 0.018 40 A 0.014 0.924 0.004 0.001 0.002 0.005 0.027 0.024 41 Q 0.033 0.875 0.007 0.002 0.002 0.007 0.043 0.032 42 L 0.068 0.801 0.009 0.002 0.002 0.012 0.054 0.051 43 A 0.077 0.674 0.017 0.005 0.005 0.019 0.070 0.133 44 A 0.074 0.392 0.021 0.007 0.007 0.039 0.082 0.378 45 A 0.081 0.171 0.033 0.013 0.009 0.066 0.119 0.507 46 I 0.269 0.081 0.022 0.008 0.006 0.061 0.096 0.457 47 A 0.298 0.026 0.009 0.003 0.004 0.048 0.049 0.562 48 E 0.060 0.006 0.007 0.002 0.004 0.072 0.049 0.799 49 R 0.016 0.006 0.020 0.004 0.008 0.133 0.114 0.699 50 R 0.013 0.017 0.058 0.023 0.050 0.146 0.057 0.636 51 G 0.007 0.015 0.093 0.066 0.197 0.091 0.050 0.480 52 S 0.003 0.008 0.197 0.175 0.352 0.039 0.046 0.181 53 T 0.002 0.003 0.176 0.403 0.326 0.012 0.026 0.052 54 V 0.001 0.002 0.131 0.447 0.300 0.012 0.030 0.077 55 A 0.002 0.001 0.296 0.238 0.328 0.016 0.047 0.072 56 V 0.188 0.003 0.111 0.191 0.222 0.043 0.076 0.165 57 H 0.473 0.004 0.017 0.043 0.037 0.038 0.038 0.352 58 D 0.012 0.005 0.007 0.011 0.064 0.084 0.005 0.812 59 G 0.004 0.005 0.024 0.021 0.151 0.104 0.016 0.675 60 Q 0.005 0.013 0.036 0.545 0.228 0.040 0.026 0.106 61 V 0.014 0.050 0.073 0.242 0.237 0.041 0.038 0.304 62 L 0.011 0.027 0.162 0.262 0.305 0.025 0.070 0.137 63 G 0.009 0.031 0.154 0.299 0.387 0.014 0.058 0.048 64 F 0.025 0.046 0.152 0.161 0.328 0.032 0.076 0.181 65 A 0.014 0.034 0.097 0.316 0.397 0.023 0.034 0.084 66 N 0.023 0.041 0.088 0.191 0.403 0.040 0.057 0.158 67 F 0.030 0.031 0.074 0.156 0.251 0.076 0.064 0.318 68 Y 0.040 0.017 0.061 0.261 0.249 0.063 0.070 0.238 69 Q 0.073 0.012 0.031 0.057 0.085 0.110 0.075 0.558 70 W 0.094 0.009 0.024 0.025 0.032 0.127 0.051 0.639 71 Q 0.146 0.013 0.008 0.009 0.011 0.085 0.026 0.702 72 H 0.065 0.031 0.005 0.005 0.010 0.092 0.025 0.768 73 G 0.026 0.049 0.020 0.016 0.041 0.150 0.049 0.649 74 D 0.025 0.105 0.046 0.101 0.193 0.075 0.115 0.340 75 F 0.013 0.059 0.070 0.137 0.225 0.067 0.123 0.306 76 C 0.007 0.017 0.192 0.242 0.273 0.048 0.103 0.119 77 A 0.030 0.029 0.157 0.189 0.310 0.046 0.107 0.132 78 L 0.043 0.025 0.116 0.126 0.232 0.064 0.125 0.270 79 G 0.028 0.012 0.060 0.148 0.319 0.076 0.049 0.308 80 N 0.015 0.006 0.057 0.160 0.437 0.058 0.036 0.231 81 M 0.007 0.008 0.057 0.152 0.259 0.088 0.022 0.407 82 M 0.003 0.010 0.085 0.269 0.390 0.051 0.018 0.175 83 V 0.011 0.027 0.067 0.101 0.119 0.082 0.040 0.552 84 A 0.277 0.285 0.043 0.080 0.042 0.033 0.156 0.084 85 P 0.167 0.212 0.058 0.039 0.036 0.057 0.108 0.324 86 A 0.344 0.128 0.027 0.012 0.023 0.067 0.046 0.352 87 A 0.193 0.067 0.034 0.019 0.023 0.083 0.099 0.482 88 R 0.060 0.106 0.006 0.008 0.017 0.115 0.025 0.663 89 G 0.043 0.296 0.007 0.005 0.012 0.054 0.066 0.517 90 L 0.010 0.624 0.011 0.016 0.016 0.063 0.031 0.229 91 G 0.016 0.831 0.011 0.007 0.011 0.014 0.055 0.055 92 V 0.006 0.960 0.001 0.002 0.001 0.002 0.023 0.006 93 A 0.003 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.003 94 R 0.003 0.871 0.002 0.001 0.001 0.002 0.114 0.006 95 Y 0.002 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.004 96 L 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 97 I 0.005 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.004 98 G 0.001 0.166 0.001 0.001 0.001 0.001 0.826 0.005 99 V 0.005 0.925 0.001 0.001 0.001 0.002 0.063 0.004 100 M 0.017 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 101 E 0.008 0.948 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.023 102 N 0.006 0.954 0.003 0.001 0.001 0.003 0.010 0.024 103 L 0.033 0.880 0.011 0.001 0.001 0.005 0.056 0.015 104 A 0.133 0.458 0.090 0.001 0.001 0.013 0.271 0.034 105 R 0.189 0.548 0.010 0.001 0.001 0.017 0.057 0.178 106 E 0.069 0.326 0.038 0.001 0.001 0.025 0.072 0.468 107 Q 0.025 0.253 0.039 0.002 0.003 0.081 0.120 0.477 108 Y 0.077 0.175 0.024 0.003 0.003 0.066 0.155 0.497 109 K 0.162 0.269 0.021 0.007 0.007 0.074 0.091 0.370 110 A 0.075 0.134 0.058 0.006 0.013 0.089 0.082 0.544 111 R 0.037 0.123 0.069 0.032 0.065 0.113 0.090 0.472 112 L 0.008 0.040 0.181 0.037 0.081 0.098 0.123 0.431 113 M 0.008 0.062 0.200 0.156 0.171 0.073 0.104 0.226 114 K 0.017 0.090 0.200 0.135 0.217 0.057 0.090 0.194 115 I 0.013 0.067 0.183 0.153 0.165 0.051 0.160 0.208 116 S 0.024 0.129 0.235 0.151 0.173 0.043 0.103 0.142 117 C 0.047 0.111 0.144 0.086 0.103 0.050 0.238 0.221 118 F 0.117 0.284 0.094 0.043 0.041 0.065 0.129 0.228 119 N 0.112 0.316 0.025 0.015 0.021 0.064 0.103 0.344 120 A 0.017 0.368 0.009 0.004 0.005 0.057 0.081 0.459 121 N 0.010 0.928 0.002 0.001 0.001 0.006 0.025 0.027 122 A 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 123 A 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 124 G 0.011 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.006 125 L 0.002 0.035 0.002 0.001 0.001 0.002 0.955 0.003 126 L 0.002 0.577 0.007 0.003 0.004 0.007 0.379 0.021 127 L 0.053 0.698 0.034 0.005 0.015 0.025 0.090 0.079 128 Y 0.111 0.125 0.157 0.075 0.044 0.064 0.267 0.156 129 T 0.533 0.019 0.012 0.006 0.010 0.034 0.027 0.358 130 Q 0.190 0.003 0.006 0.003 0.005 0.074 0.013 0.705 131 L 0.006 0.001 0.016 0.006 0.011 0.195 0.009 0.755 132 G 0.005 0.001 0.023 0.014 0.046 0.168 0.014 0.730 133 Y 0.006 0.001 0.022 0.018 0.017 0.073 0.013 0.849 134 Q 0.198 0.043 0.106 0.128 0.060 0.085 0.101 0.279 135 P 0.071 0.043 0.029 0.022 0.034 0.076 0.026 0.699 136 R 0.062 0.061 0.069 0.039 0.064 0.088 0.029 0.588 137 A 0.043 0.048 0.100 0.093 0.120 0.085 0.086 0.425 138 I 0.095 0.042 0.033 0.065 0.088 0.096 0.092 0.489 139 A 0.281 0.038 0.028 0.079 0.086 0.062 0.105 0.319 140 E 0.062 0.013 0.010 0.035 0.054 0.097 0.030 0.699 141 R 0.012 0.005 0.012 0.035 0.076 0.104 0.026 0.730 142 H 0.017 0.004 0.012 0.035 0.047 0.120 0.032 0.734 143 D 0.415 0.017 0.011 0.033 0.034 0.092 0.054 0.344 144 P 0.213 0.015 0.005 0.010 0.013 0.095 0.028 0.622 145 D 0.047 0.031 0.005 0.006 0.016 0.089 0.014 0.792 146 G 0.052 0.120 0.009 0.014 0.043 0.098 0.037 0.628 147 R 0.024 0.263 0.024 0.086 0.119 0.086 0.045 0.354 148 R 0.021 0.330 0.031 0.141 0.215 0.040 0.040 0.183 149 V 0.018 0.178 0.073 0.175 0.251 0.037 0.107 0.161 150 A 0.017 0.099 0.054 0.274 0.355 0.022 0.093 0.086 151 L 0.022 0.032 0.044 0.255 0.406 0.021 0.135 0.084 152 I 0.039 0.023 0.035 0.232 0.377 0.045 0.041 0.209 153 Q 0.051 0.005 0.023 0.280 0.383 0.043 0.029 0.186 154 M 0.010 0.002 0.014 0.073 0.150 0.082 0.033 0.636 155 D 0.069 0.003 0.012 0.071 0.145 0.094 0.028 0.578 156 K 0.153 0.001 0.006 0.053 0.052 0.113 0.025 0.596 157 P 0.015 0.001 0.005 0.015 0.027 0.109 0.012 0.816 158 L 0.024 0.001 0.008 0.015 0.034 0.092 0.017 0.809 159 E 0.053 0.003 0.012 0.050 0.042 0.141 0.038 0.662 160 P 0.030 0.004 0.011 0.016 0.020 0.066 0.022 0.830