# TARGET T0374 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.091 0.088 0.121 0.100 0.107 0.115 0.093 0.079 0.060 0.038 2 Q 0.126 0.190 0.099 0.231 0.157 0.083 0.059 0.027 0.015 0.008 0.005 3 L 0.021 0.013 0.013 0.027 0.039 0.062 0.130 0.159 0.213 0.195 0.128 4 S 0.105 0.157 0.095 0.253 0.192 0.088 0.061 0.024 0.015 0.007 0.004 5 H 0.044 0.034 0.029 0.076 0.076 0.071 0.129 0.130 0.160 0.129 0.122 6 R 0.087 0.091 0.071 0.169 0.150 0.152 0.134 0.062 0.043 0.027 0.015 7 P 0.206 0.184 0.101 0.180 0.121 0.077 0.078 0.028 0.016 0.007 0.003 8 A 0.013 0.008 0.005 0.010 0.015 0.023 0.071 0.111 0.206 0.263 0.275 9 E 0.092 0.443 0.142 0.187 0.081 0.029 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 10 T 0.279 0.132 0.080 0.205 0.127 0.082 0.057 0.020 0.012 0.005 0.002 11 G 0.760 0.114 0.041 0.044 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 12 D 0.006 0.065 0.038 0.128 0.131 0.167 0.221 0.114 0.077 0.036 0.017 13 L 0.009 0.009 0.008 0.031 0.074 0.130 0.214 0.182 0.164 0.107 0.072 14 E 0.446 0.147 0.306 0.071 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.005 0.027 0.069 0.239 0.225 0.193 0.163 0.048 0.021 0.008 0.003 16 V 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.033 0.075 0.178 0.288 0.406 17 A 0.008 0.015 0.053 0.133 0.188 0.245 0.212 0.077 0.044 0.019 0.008 18 G 0.033 0.098 0.506 0.174 0.086 0.049 0.031 0.011 0.006 0.003 0.002 19 F 0.001 0.004 0.004 0.012 0.021 0.050 0.171 0.173 0.196 0.212 0.156 20 P 0.121 0.098 0.048 0.097 0.087 0.092 0.158 0.107 0.096 0.061 0.035 21 Q 0.193 0.133 0.143 0.199 0.129 0.082 0.058 0.026 0.019 0.011 0.006 22 D 0.182 0.150 0.117 0.136 0.087 0.089 0.094 0.053 0.045 0.030 0.016 23 R 0.075 0.045 0.035 0.072 0.078 0.116 0.182 0.134 0.130 0.086 0.047 24 D 0.186 0.090 0.086 0.113 0.084 0.089 0.123 0.083 0.073 0.049 0.025 25 E 0.092 0.107 0.216 0.184 0.114 0.091 0.085 0.045 0.035 0.020 0.011 26 L 0.051 0.039 0.063 0.095 0.086 0.113 0.170 0.127 0.124 0.084 0.049 27 F 0.026 0.030 0.049 0.089 0.089 0.124 0.185 0.147 0.128 0.090 0.043 28 Y 0.032 0.061 0.155 0.156 0.147 0.131 0.131 0.079 0.062 0.033 0.013 29 C 0.026 0.033 0.043 0.069 0.080 0.095 0.157 0.152 0.161 0.116 0.068 30 Y 0.028 0.041 0.027 0.078 0.102 0.128 0.199 0.154 0.131 0.077 0.035 31 P 0.175 0.117 0.077 0.140 0.119 0.105 0.104 0.066 0.053 0.031 0.015 32 K 0.303 0.153 0.083 0.164 0.110 0.071 0.057 0.028 0.018 0.009 0.003 33 A 0.291 0.087 0.047 0.090 0.072 0.071 0.100 0.081 0.076 0.054 0.030 34 I 0.106 0.112 0.050 0.115 0.093 0.097 0.137 0.104 0.088 0.062 0.035 35 W 0.053 0.073 0.043 0.084 0.098 0.118 0.153 0.136 0.119 0.084 0.039 36 P 0.142 0.147 0.070 0.119 0.100 0.091 0.103 0.079 0.070 0.051 0.027 37 F 0.085 0.053 0.037 0.080 0.110 0.123 0.157 0.115 0.117 0.081 0.041 38 S 0.148 0.110 0.079 0.113 0.084 0.087 0.103 0.077 0.093 0.067 0.040 39 V 0.044 0.042 0.083 0.166 0.134 0.141 0.143 0.090 0.086 0.049 0.022 40 A 0.091 0.030 0.212 0.077 0.050 0.060 0.107 0.093 0.125 0.092 0.063 41 Q 0.015 0.015 0.199 0.131 0.098 0.133 0.170 0.096 0.076 0.043 0.023 42 L 0.006 0.009 0.241 0.067 0.055 0.090 0.161 0.117 0.121 0.087 0.046 43 A 0.006 0.009 0.228 0.075 0.073 0.126 0.190 0.101 0.092 0.064 0.037 44 A 0.013 0.022 0.321 0.092 0.080 0.102 0.138 0.078 0.078 0.050 0.027 45 A 0.023 0.025 0.105 0.061 0.066 0.121 0.181 0.115 0.127 0.104 0.072 46 I 0.038 0.039 0.101 0.072 0.072 0.114 0.177 0.114 0.124 0.093 0.055 47 A 0.083 0.068 0.140 0.092 0.085 0.098 0.135 0.087 0.092 0.071 0.050 48 E 0.178 0.132 0.167 0.172 0.113 0.082 0.069 0.033 0.027 0.017 0.010 49 R 0.101 0.082 0.098 0.132 0.121 0.116 0.127 0.076 0.068 0.047 0.033 50 R 0.040 0.059 0.054 0.129 0.139 0.147 0.169 0.108 0.083 0.049 0.024 51 G 0.038 0.045 0.036 0.105 0.130 0.156 0.191 0.119 0.094 0.056 0.030 52 S 0.004 0.006 0.006 0.023 0.033 0.055 0.142 0.157 0.206 0.199 0.167 53 T 0.003 0.008 0.009 0.033 0.047 0.080 0.166 0.165 0.197 0.162 0.130 54 V 0.001 0.003 0.004 0.013 0.019 0.032 0.103 0.156 0.238 0.234 0.198 55 A 0.003 0.004 0.005 0.017 0.025 0.043 0.111 0.144 0.204 0.213 0.232 56 V 0.005 0.013 0.014 0.066 0.104 0.127 0.201 0.163 0.155 0.091 0.063 57 H 0.036 0.073 0.054 0.164 0.173 0.175 0.168 0.075 0.048 0.022 0.012 58 D 0.242 0.249 0.091 0.209 0.104 0.051 0.034 0.011 0.005 0.003 0.001 59 G 0.313 0.153 0.061 0.165 0.124 0.077 0.057 0.026 0.013 0.007 0.004 60 Q 0.013 0.074 0.039 0.193 0.236 0.203 0.152 0.053 0.023 0.010 0.005 61 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.026 0.106 0.171 0.245 0.247 0.188 62 L 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.042 0.134 0.177 0.224 0.209 0.184 63 G 0.001 0.002 0.002 0.008 0.011 0.024 0.104 0.178 0.255 0.248 0.166 64 F 0.001 0.001 0.002 0.012 0.015 0.033 0.109 0.161 0.213 0.247 0.207 65 A 0.001 0.001 0.002 0.007 0.008 0.016 0.063 0.135 0.240 0.297 0.229 66 N 0.004 0.011 0.012 0.072 0.103 0.123 0.221 0.185 0.154 0.081 0.034 67 F 0.002 0.005 0.008 0.020 0.022 0.033 0.093 0.153 0.247 0.238 0.178 68 Y 0.006 0.017 0.019 0.096 0.135 0.162 0.215 0.149 0.119 0.059 0.024 69 Q 0.042 0.066 0.033 0.152 0.154 0.154 0.186 0.109 0.067 0.027 0.009 70 W 0.019 0.024 0.015 0.063 0.077 0.101 0.169 0.171 0.172 0.122 0.067 71 Q 0.208 0.215 0.075 0.188 0.117 0.077 0.059 0.029 0.018 0.009 0.004 72 H 0.199 0.167 0.042 0.147 0.117 0.097 0.105 0.058 0.037 0.021 0.010 73 G 0.343 0.153 0.042 0.125 0.098 0.070 0.060 0.042 0.033 0.022 0.013 74 D 0.140 0.210 0.052 0.188 0.140 0.105 0.083 0.038 0.024 0.013 0.006 75 F 0.019 0.036 0.022 0.122 0.159 0.179 0.191 0.118 0.084 0.046 0.025 76 C 0.015 0.009 0.006 0.020 0.027 0.040 0.111 0.154 0.222 0.213 0.183 77 A 0.006 0.021 0.033 0.154 0.193 0.177 0.191 0.101 0.069 0.035 0.020 78 L 0.004 0.006 0.011 0.023 0.027 0.039 0.095 0.146 0.213 0.222 0.214 79 G 0.032 0.028 0.036 0.109 0.134 0.158 0.204 0.134 0.091 0.049 0.025 80 N 0.038 0.060 0.058 0.122 0.110 0.124 0.189 0.126 0.093 0.056 0.025 81 M 0.005 0.007 0.009 0.019 0.018 0.024 0.073 0.118 0.210 0.261 0.256 82 M 0.014 0.028 0.039 0.075 0.086 0.106 0.192 0.135 0.139 0.103 0.082 83 V 0.007 0.016 0.021 0.033 0.031 0.037 0.096 0.126 0.195 0.212 0.227 84 A 0.020 0.041 0.025 0.081 0.104 0.139 0.190 0.140 0.127 0.079 0.054 85 P 0.242 0.133 0.064 0.148 0.130 0.102 0.093 0.043 0.027 0.013 0.006 86 A 0.272 0.110 0.078 0.157 0.130 0.090 0.083 0.034 0.022 0.013 0.010 87 A 0.048 0.039 0.042 0.084 0.077 0.092 0.135 0.114 0.139 0.116 0.113 88 R 0.012 0.035 0.037 0.105 0.128 0.144 0.183 0.129 0.107 0.075 0.045 89 G 0.076 0.131 0.133 0.115 0.088 0.098 0.127 0.088 0.067 0.044 0.032 90 L 0.035 0.045 0.048 0.137 0.203 0.200 0.187 0.072 0.043 0.022 0.009 91 G 0.096 0.082 0.059 0.133 0.132 0.134 0.163 0.078 0.060 0.036 0.026 92 V 0.001 0.005 0.012 0.024 0.027 0.041 0.108 0.125 0.202 0.205 0.252 93 A 0.001 0.001 0.008 0.008 0.012 0.024 0.130 0.178 0.238 0.222 0.177 94 R 0.021 0.026 0.130 0.250 0.230 0.175 0.097 0.036 0.021 0.010 0.004 95 Y 0.002 0.008 0.074 0.089 0.126 0.172 0.277 0.129 0.069 0.035 0.019 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.050 0.158 0.307 0.464 97 I 0.001 0.001 0.009 0.008 0.015 0.042 0.238 0.196 0.198 0.171 0.123 98 G 0.008 0.026 0.540 0.248 0.108 0.043 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 99 V 0.001 0.001 0.006 0.010 0.031 0.111 0.418 0.220 0.121 0.058 0.024 100 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.043 0.186 0.350 0.409 101 E 0.001 0.001 0.010 0.025 0.090 0.281 0.415 0.105 0.049 0.018 0.007 102 N 0.005 0.018 0.548 0.255 0.102 0.048 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.016 0.078 0.359 0.256 0.156 0.093 0.034 104 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.025 0.085 0.215 0.325 0.341 105 R 0.001 0.004 0.141 0.187 0.291 0.199 0.124 0.036 0.013 0.005 0.001 106 E 0.009 0.031 0.580 0.181 0.092 0.062 0.030 0.008 0.004 0.002 0.001 107 Q 0.004 0.007 0.014 0.027 0.041 0.113 0.339 0.189 0.152 0.082 0.033 108 Y 0.020 0.010 0.015 0.017 0.019 0.049 0.186 0.214 0.215 0.165 0.089 109 K 0.017 0.055 0.246 0.240 0.166 0.115 0.088 0.036 0.020 0.011 0.005 110 A 0.035 0.057 0.282 0.166 0.138 0.114 0.094 0.045 0.038 0.021 0.010 111 R 0.027 0.026 0.042 0.111 0.118 0.153 0.239 0.134 0.090 0.044 0.017 112 L 0.010 0.023 0.053 0.104 0.125 0.164 0.206 0.138 0.100 0.052 0.025 113 M 0.004 0.007 0.037 0.028 0.030 0.046 0.131 0.183 0.233 0.187 0.114 114 K 0.011 0.034 0.068 0.239 0.268 0.196 0.115 0.040 0.019 0.007 0.003 115 I 0.003 0.005 0.015 0.010 0.010 0.015 0.059 0.110 0.249 0.275 0.249 116 S 0.019 0.048 0.051 0.187 0.201 0.171 0.167 0.078 0.047 0.020 0.010 117 C 0.005 0.013 0.011 0.017 0.017 0.027 0.100 0.153 0.245 0.237 0.175 118 F 0.026 0.029 0.040 0.115 0.163 0.193 0.186 0.102 0.080 0.042 0.025 119 N 0.133 0.110 0.145 0.189 0.137 0.094 0.086 0.043 0.034 0.018 0.011 120 A 0.014 0.050 0.039 0.084 0.083 0.105 0.172 0.142 0.134 0.105 0.074 121 N 0.013 0.013 0.014 0.034 0.049 0.093 0.196 0.174 0.200 0.129 0.086 122 A 0.245 0.088 0.146 0.135 0.105 0.110 0.097 0.034 0.021 0.012 0.008 123 A 0.005 0.020 0.086 0.151 0.160 0.170 0.210 0.094 0.058 0.030 0.016 124 G 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.006 0.037 0.078 0.200 0.304 0.362 125 L 0.002 0.003 0.029 0.076 0.106 0.177 0.230 0.131 0.110 0.086 0.049 126 L 0.003 0.018 0.388 0.152 0.135 0.121 0.097 0.041 0.026 0.013 0.006 127 L 0.001 0.001 0.010 0.015 0.025 0.057 0.198 0.183 0.194 0.175 0.141 128 Y 0.001 0.001 0.009 0.008 0.008 0.011 0.065 0.135 0.249 0.302 0.211 129 T 0.006 0.019 0.149 0.217 0.219 0.171 0.128 0.051 0.025 0.011 0.006 130 Q 0.021 0.055 0.306 0.182 0.156 0.131 0.098 0.029 0.015 0.006 0.002 131 L 0.007 0.011 0.010 0.027 0.038 0.071 0.207 0.195 0.202 0.157 0.075 132 G 0.268 0.217 0.070 0.130 0.085 0.065 0.077 0.036 0.028 0.016 0.009 133 Y 0.027 0.023 0.017 0.033 0.041 0.056 0.126 0.154 0.195 0.179 0.150 134 Q 0.126 0.280 0.097 0.215 0.134 0.067 0.045 0.018 0.010 0.005 0.003 135 P 0.199 0.146 0.048 0.127 0.111 0.104 0.109 0.063 0.046 0.030 0.015 136 R 0.170 0.133 0.064 0.189 0.150 0.105 0.088 0.042 0.032 0.018 0.009 137 A 0.251 0.112 0.078 0.117 0.097 0.090 0.100 0.058 0.049 0.030 0.018 138 I 0.049 0.085 0.061 0.155 0.128 0.121 0.171 0.096 0.065 0.043 0.027 139 A 0.031 0.038 0.049 0.077 0.095 0.127 0.200 0.139 0.115 0.081 0.049 140 E 0.137 0.136 0.171 0.249 0.147 0.077 0.047 0.018 0.010 0.005 0.003 141 R 0.140 0.173 0.127 0.200 0.147 0.086 0.069 0.027 0.017 0.009 0.005 142 H 0.037 0.037 0.027 0.069 0.081 0.112 0.181 0.137 0.128 0.110 0.080 143 D 0.119 0.126 0.047 0.143 0.136 0.121 0.149 0.071 0.047 0.027 0.015 144 P 0.318 0.139 0.089 0.132 0.092 0.075 0.065 0.034 0.027 0.018 0.010 145 D 0.307 0.300 0.085 0.143 0.073 0.038 0.028 0.011 0.007 0.004 0.002 146 G 0.208 0.139 0.055 0.152 0.117 0.108 0.094 0.051 0.039 0.024 0.013 147 R 0.118 0.171 0.061 0.159 0.171 0.143 0.093 0.040 0.027 0.012 0.006 148 R 0.016 0.061 0.052 0.173 0.167 0.188 0.184 0.082 0.049 0.020 0.008 149 V 0.029 0.018 0.022 0.083 0.107 0.132 0.203 0.146 0.128 0.081 0.050 150 A 0.043 0.026 0.070 0.101 0.083 0.088 0.161 0.138 0.137 0.094 0.059 151 L 0.006 0.014 0.084 0.147 0.117 0.128 0.176 0.130 0.106 0.063 0.029 152 I 0.004 0.010 0.114 0.060 0.053 0.072 0.146 0.137 0.165 0.144 0.095 153 Q 0.007 0.017 0.112 0.108 0.134 0.143 0.209 0.121 0.086 0.045 0.019 154 M 0.022 0.033 0.119 0.086 0.085 0.091 0.181 0.130 0.133 0.085 0.036 155 D 0.038 0.041 0.071 0.090 0.097 0.127 0.207 0.134 0.103 0.064 0.028 156 K 0.106 0.159 0.148 0.165 0.123 0.093 0.102 0.053 0.031 0.015 0.005 157 P 0.263 0.146 0.112 0.114 0.090 0.077 0.083 0.050 0.034 0.022 0.009 158 L 0.269 0.104 0.061 0.102 0.087 0.083 0.116 0.072 0.057 0.035 0.014 159 E 0.188 0.099 0.054 0.076 0.075 0.081 0.133 0.108 0.092 0.063 0.032 160 P 0.228 0.172 0.085 0.159 0.105 0.066 0.060 0.047 0.038 0.027 0.014