# TARGET T0374 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.082 0.010 0.016 0.027 0.033 0.031 0.037 0.004 0.001 0.005 0.755 2 Q 0.036 0.002 0.009 0.059 0.056 0.061 0.142 0.001 0.001 0.005 0.628 3 L 0.051 0.001 0.024 0.116 0.085 0.120 0.059 0.001 0.001 0.007 0.538 4 S 0.005 0.001 0.001 0.333 0.169 0.268 0.078 0.001 0.001 0.001 0.143 5 H 0.008 0.001 0.002 0.270 0.103 0.211 0.044 0.001 0.001 0.003 0.357 6 R 0.005 0.001 0.001 0.451 0.153 0.224 0.042 0.001 0.001 0.001 0.123 7 P 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.958 8 A 0.006 0.001 0.001 0.232 0.109 0.262 0.096 0.001 0.001 0.005 0.290 9 E 0.055 0.002 0.001 0.051 0.027 0.059 0.153 0.001 0.001 0.009 0.643 10 T 0.034 0.007 0.001 0.024 0.008 0.014 0.060 0.001 0.001 0.003 0.849 11 G 0.039 0.009 0.003 0.018 0.009 0.020 0.170 0.001 0.001 0.007 0.725 12 D 0.108 0.014 0.001 0.004 0.004 0.007 0.461 0.001 0.001 0.012 0.387 13 L 0.160 0.125 0.006 0.010 0.005 0.007 0.091 0.002 0.001 0.006 0.588 14 E 0.015 0.176 0.001 0.002 0.002 0.003 0.087 0.001 0.001 0.001 0.712 15 T 0.044 0.332 0.001 0.004 0.010 0.014 0.265 0.004 0.001 0.007 0.320 16 V 0.101 0.747 0.001 0.002 0.004 0.009 0.015 0.006 0.001 0.001 0.113 17 A 0.050 0.876 0.001 0.002 0.003 0.007 0.011 0.018 0.001 0.001 0.033 18 G 0.191 0.621 0.004 0.002 0.003 0.003 0.002 0.073 0.001 0.001 0.100 19 F 0.443 0.362 0.058 0.002 0.001 0.002 0.004 0.019 0.001 0.001 0.108 20 P 0.004 0.014 0.017 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.951 21 Q 0.017 0.012 0.003 0.025 0.004 0.014 0.083 0.003 0.001 0.002 0.837 22 D 0.425 0.029 0.004 0.010 0.003 0.004 0.106 0.004 0.001 0.006 0.409 23 R 0.296 0.231 0.003 0.036 0.006 0.010 0.079 0.004 0.001 0.005 0.330 24 D 0.130 0.132 0.006 0.032 0.011 0.017 0.164 0.002 0.001 0.006 0.501 25 E 0.098 0.178 0.004 0.027 0.017 0.021 0.099 0.003 0.001 0.006 0.546 26 L 0.135 0.306 0.006 0.020 0.025 0.042 0.096 0.005 0.001 0.008 0.358 27 F 0.148 0.260 0.009 0.023 0.048 0.060 0.099 0.013 0.001 0.008 0.330 28 Y 0.162 0.278 0.009 0.034 0.052 0.075 0.050 0.016 0.001 0.005 0.318 29 C 0.164 0.179 0.029 0.033 0.046 0.090 0.038 0.016 0.001 0.005 0.400 30 Y 0.090 0.074 0.017 0.050 0.083 0.126 0.061 0.010 0.001 0.003 0.486 31 P 0.005 0.002 0.002 0.008 0.004 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.966 32 K 0.030 0.006 0.003 0.037 0.020 0.050 0.111 0.001 0.001 0.003 0.738 33 A 0.177 0.013 0.002 0.023 0.008 0.017 0.058 0.002 0.001 0.004 0.696 34 I 0.174 0.058 0.003 0.045 0.014 0.031 0.080 0.002 0.001 0.004 0.588 35 W 0.136 0.035 0.005 0.036 0.012 0.033 0.128 0.001 0.001 0.003 0.610 36 P 0.009 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.971 37 F 0.042 0.031 0.002 0.013 0.006 0.020 0.141 0.001 0.001 0.003 0.742 38 S 0.095 0.102 0.001 0.006 0.004 0.008 0.112 0.002 0.001 0.002 0.667 39 V 0.060 0.493 0.001 0.005 0.003 0.003 0.047 0.003 0.001 0.001 0.385 40 A 0.051 0.622 0.002 0.001 0.001 0.002 0.064 0.001 0.001 0.002 0.253 41 Q 0.035 0.784 0.001 0.001 0.002 0.003 0.061 0.005 0.001 0.003 0.103 42 L 0.027 0.912 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.043 43 A 0.010 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.029 44 A 0.031 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.029 45 A 0.088 0.830 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 0.037 46 I 0.102 0.778 0.026 0.001 0.001 0.002 0.006 0.023 0.001 0.001 0.061 47 A 0.077 0.558 0.018 0.003 0.003 0.003 0.011 0.039 0.001 0.001 0.287 48 E 0.107 0.392 0.012 0.006 0.005 0.005 0.022 0.037 0.001 0.003 0.411 49 R 0.217 0.285 0.020 0.008 0.009 0.012 0.076 0.041 0.001 0.010 0.323 50 R 0.265 0.224 0.031 0.027 0.018 0.025 0.054 0.030 0.001 0.008 0.318 51 G 0.146 0.160 0.045 0.104 0.061 0.085 0.036 0.015 0.001 0.007 0.340 52 S 0.050 0.061 0.024 0.225 0.218 0.228 0.032 0.003 0.001 0.003 0.154 53 T 0.010 0.027 0.004 0.270 0.235 0.318 0.022 0.002 0.001 0.001 0.111 54 V 0.005 0.013 0.001 0.278 0.306 0.352 0.009 0.001 0.001 0.001 0.035 55 A 0.005 0.014 0.001 0.266 0.234 0.381 0.019 0.001 0.001 0.001 0.079 56 V 0.004 0.007 0.001 0.207 0.316 0.376 0.028 0.002 0.001 0.001 0.059 57 H 0.007 0.004 0.002 0.092 0.131 0.187 0.103 0.002 0.001 0.004 0.468 58 D 0.007 0.002 0.001 0.022 0.025 0.056 0.271 0.001 0.001 0.011 0.603 59 G 0.233 0.003 0.005 0.020 0.015 0.019 0.227 0.002 0.001 0.137 0.339 60 Q 0.335 0.013 0.028 0.016 0.019 0.011 0.343 0.001 0.001 0.042 0.192 61 V 0.040 0.026 0.013 0.051 0.058 0.084 0.223 0.001 0.001 0.010 0.494 62 L 0.011 0.018 0.002 0.114 0.216 0.460 0.051 0.001 0.001 0.003 0.124 63 G 0.005 0.021 0.001 0.074 0.252 0.451 0.046 0.001 0.001 0.002 0.148 64 F 0.010 0.030 0.001 0.042 0.238 0.505 0.019 0.001 0.001 0.001 0.155 65 A 0.004 0.020 0.001 0.085 0.288 0.535 0.013 0.001 0.001 0.001 0.052 66 N 0.009 0.022 0.001 0.098 0.247 0.434 0.029 0.002 0.001 0.003 0.154 67 F 0.024 0.027 0.008 0.122 0.235 0.376 0.031 0.004 0.001 0.004 0.167 68 Y 0.018 0.020 0.005 0.105 0.273 0.390 0.045 0.004 0.001 0.003 0.136 69 Q 0.019 0.009 0.007 0.042 0.082 0.127 0.040 0.003 0.001 0.003 0.667 70 W 0.025 0.010 0.008 0.065 0.165 0.260 0.083 0.003 0.001 0.005 0.375 71 Q 0.026 0.007 0.003 0.029 0.049 0.089 0.097 0.002 0.001 0.005 0.692 72 H 0.033 0.006 0.002 0.016 0.024 0.041 0.109 0.001 0.001 0.007 0.759 73 G 0.112 0.007 0.003 0.018 0.019 0.030 0.128 0.001 0.001 0.018 0.663 74 D 0.166 0.010 0.004 0.011 0.019 0.016 0.185 0.001 0.001 0.012 0.576 75 F 0.113 0.018 0.006 0.018 0.030 0.043 0.148 0.001 0.001 0.011 0.612 76 C 0.071 0.032 0.006 0.048 0.143 0.197 0.146 0.001 0.001 0.008 0.349 77 A 0.022 0.039 0.002 0.059 0.153 0.251 0.171 0.001 0.001 0.005 0.298 78 L 0.028 0.045 0.002 0.045 0.148 0.339 0.057 0.002 0.001 0.004 0.329 79 G 0.032 0.058 0.002 0.078 0.238 0.328 0.074 0.003 0.001 0.006 0.181 80 N 0.059 0.045 0.005 0.074 0.121 0.152 0.091 0.004 0.001 0.008 0.442 81 M 0.061 0.048 0.017 0.169 0.159 0.218 0.073 0.005 0.001 0.008 0.241 82 M 0.035 0.035 0.005 0.252 0.168 0.245 0.116 0.005 0.001 0.006 0.134 83 V 0.033 0.061 0.016 0.187 0.085 0.207 0.097 0.004 0.001 0.006 0.303 84 A 0.022 0.029 0.007 0.203 0.212 0.270 0.076 0.002 0.001 0.002 0.177 85 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.984 86 A 0.008 0.005 0.001 0.060 0.036 0.094 0.282 0.001 0.001 0.005 0.509 87 A 0.396 0.035 0.001 0.020 0.008 0.014 0.108 0.002 0.001 0.014 0.403 88 R 0.184 0.446 0.001 0.027 0.012 0.016 0.090 0.004 0.001 0.005 0.214 89 G 0.255 0.154 0.007 0.010 0.005 0.009 0.088 0.006 0.001 0.010 0.456 90 L 0.175 0.202 0.040 0.011 0.002 0.006 0.080 0.002 0.001 0.004 0.476 91 G 0.023 0.083 0.004 0.006 0.003 0.003 0.182 0.004 0.001 0.002 0.691 92 V 0.108 0.280 0.033 0.004 0.002 0.004 0.089 0.001 0.001 0.004 0.474 93 A 0.011 0.711 0.001 0.009 0.004 0.010 0.059 0.002 0.001 0.001 0.195 94 R 0.027 0.647 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.003 0.001 0.001 0.290 95 Y 0.020 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.066 96 L 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 97 I 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 98 G 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 99 V 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 100 M 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 101 E 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 102 N 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 103 L 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 104 A 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 105 R 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 106 E 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 107 Q 0.026 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.011 108 Y 0.116 0.831 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.029 109 K 0.032 0.731 0.133 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.078 110 A 0.063 0.615 0.018 0.007 0.004 0.006 0.006 0.054 0.001 0.001 0.227 111 R 0.158 0.436 0.018 0.044 0.022 0.019 0.015 0.066 0.001 0.003 0.220 112 L 0.158 0.281 0.046 0.085 0.032 0.050 0.028 0.047 0.001 0.004 0.269 113 M 0.046 0.094 0.045 0.381 0.157 0.145 0.021 0.015 0.001 0.002 0.094 114 K 0.015 0.029 0.014 0.393 0.130 0.184 0.027 0.003 0.001 0.002 0.202 115 I 0.003 0.009 0.008 0.374 0.213 0.277 0.016 0.001 0.001 0.001 0.098 116 S 0.002 0.006 0.001 0.430 0.171 0.273 0.035 0.001 0.001 0.001 0.081 117 C 0.014 0.011 0.003 0.225 0.165 0.233 0.048 0.001 0.001 0.004 0.295 118 F 0.010 0.015 0.002 0.283 0.146 0.289 0.091 0.001 0.001 0.005 0.157 119 N 0.013 0.017 0.002 0.117 0.080 0.176 0.173 0.002 0.001 0.008 0.412 120 A 0.046 0.034 0.004 0.061 0.050 0.070 0.179 0.003 0.001 0.017 0.535 121 N 0.083 0.038 0.003 0.010 0.012 0.018 0.429 0.005 0.001 0.025 0.377 122 A 0.095 0.075 0.012 0.006 0.003 0.005 0.193 0.003 0.001 0.017 0.591 123 A 0.024 0.140 0.005 0.003 0.005 0.005 0.352 0.002 0.001 0.009 0.456 124 G 0.030 0.471 0.004 0.004 0.011 0.031 0.270 0.004 0.001 0.016 0.160 125 L 0.012 0.931 0.001 0.002 0.004 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.035 126 L 0.005 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.040 127 L 0.011 0.948 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.032 128 Y 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 129 T 0.003 0.974 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.007 130 Q 0.066 0.889 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 0.024 131 L 0.155 0.556 0.015 0.002 0.005 0.004 0.006 0.215 0.001 0.001 0.042 132 G 0.523 0.103 0.045 0.006 0.003 0.002 0.008 0.195 0.001 0.006 0.108 133 Y 0.006 0.004 0.959 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 134 Q 0.007 0.006 0.011 0.242 0.092 0.074 0.095 0.005 0.001 0.001 0.468 135 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 136 R 0.006 0.002 0.001 0.313 0.049 0.122 0.146 0.001 0.001 0.002 0.361 137 A 0.107 0.005 0.001 0.104 0.016 0.048 0.091 0.001 0.001 0.011 0.617 138 I 0.097 0.052 0.001 0.172 0.048 0.083 0.060 0.001 0.001 0.004 0.482 139 A 0.052 0.037 0.002 0.128 0.076 0.145 0.062 0.001 0.001 0.005 0.492 140 E 0.076 0.048 0.001 0.065 0.053 0.117 0.070 0.004 0.001 0.006 0.560 141 R 0.174 0.045 0.004 0.018 0.088 0.125 0.060 0.016 0.001 0.007 0.464 142 H 0.285 0.064 0.022 0.029 0.072 0.099 0.056 0.017 0.001 0.006 0.351 143 D 0.090 0.028 0.009 0.035 0.158 0.128 0.160 0.009 0.001 0.004 0.378 144 P 0.003 0.001 0.003 0.003 0.003 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.969 145 D 0.007 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.575 0.001 0.001 0.005 0.395 146 G 0.696 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.100 0.001 0.001 0.070 0.125 147 R 0.410 0.043 0.014 0.009 0.003 0.003 0.301 0.001 0.001 0.032 0.184 148 R 0.050 0.024 0.009 0.033 0.017 0.019 0.451 0.001 0.001 0.012 0.383 149 V 0.039 0.076 0.006 0.066 0.048 0.147 0.142 0.001 0.001 0.006 0.469 150 A 0.007 0.118 0.001 0.086 0.209 0.426 0.048 0.001 0.001 0.002 0.104 151 L 0.010 0.178 0.001 0.016 0.106 0.259 0.042 0.001 0.001 0.002 0.385 152 I 0.023 0.311 0.001 0.086 0.242 0.236 0.011 0.003 0.001 0.001 0.087 153 Q 0.039 0.389 0.002 0.076 0.108 0.200 0.020 0.011 0.001 0.002 0.153 154 M 0.048 0.317 0.007 0.105 0.125 0.231 0.020 0.021 0.001 0.003 0.123 155 D 0.091 0.189 0.018 0.119 0.101 0.191 0.035 0.043 0.001 0.003 0.210 156 K 0.093 0.036 0.032 0.054 0.034 0.058 0.044 0.021 0.001 0.003 0.625 157 P 0.005 0.001 0.007 0.009 0.003 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.961 158 L 0.042 0.002 0.011 0.053 0.013 0.038 0.091 0.002 0.001 0.006 0.741 159 E 0.114 0.002 0.004 0.037 0.011 0.019 0.077 0.001 0.001 0.003 0.732 160 P 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.988