# TARGET T0374 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8826 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.003 0.930 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.001 0.005 0.022 2 Q 0.009 0.019 0.646 0.004 0.002 0.001 0.009 0.001 0.064 0.018 0.002 0.146 0.080 3 L 0.062 0.009 0.169 0.026 0.003 0.001 0.066 0.012 0.188 0.030 0.003 0.036 0.395 4 S 0.071 0.004 0.097 0.005 0.002 0.001 0.087 0.010 0.192 0.010 0.002 0.468 0.051 5 H 0.028 0.007 0.120 0.003 0.001 0.001 0.046 0.005 0.223 0.013 0.001 0.010 0.542 6 R 0.007 0.002 0.193 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.240 0.044 0.001 0.481 0.015 7 P 0.002 0.010 0.508 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.143 0.031 0.002 0.002 0.293 8 A 0.002 0.040 0.705 0.008 0.004 0.002 0.003 0.001 0.075 0.055 0.013 0.076 0.016 9 E 0.001 0.022 0.743 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.049 0.082 0.005 0.008 0.079 10 T 0.001 0.001 0.032 0.001 0.470 0.202 0.001 0.001 0.001 0.034 0.256 0.001 0.002 11 G 0.001 0.005 0.050 0.001 0.345 0.169 0.001 0.001 0.001 0.089 0.337 0.002 0.002 12 D 0.001 0.010 0.136 0.001 0.259 0.376 0.001 0.001 0.002 0.095 0.110 0.001 0.008 13 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.059 0.910 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.057 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.052 0.933 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.009 0.001 0.043 0.923 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.003 17 A 0.001 0.002 0.009 0.001 0.035 0.807 0.001 0.001 0.001 0.008 0.133 0.002 0.001 18 G 0.001 0.001 0.021 0.001 0.039 0.511 0.001 0.001 0.001 0.035 0.388 0.001 0.002 19 F 0.001 0.004 0.369 0.001 0.028 0.226 0.001 0.001 0.002 0.260 0.105 0.002 0.004 20 P 0.001 0.013 0.350 0.001 0.072 0.201 0.001 0.001 0.002 0.101 0.255 0.001 0.003 21 Q 0.001 0.009 0.233 0.001 0.062 0.242 0.001 0.001 0.003 0.245 0.193 0.004 0.006 22 D 0.001 0.009 0.382 0.002 0.073 0.296 0.001 0.001 0.006 0.134 0.082 0.005 0.010 23 R 0.001 0.006 0.096 0.003 0.101 0.645 0.001 0.001 0.004 0.042 0.092 0.003 0.008 24 D 0.001 0.004 0.087 0.004 0.102 0.636 0.001 0.001 0.004 0.055 0.091 0.008 0.007 25 E 0.003 0.007 0.096 0.002 0.116 0.616 0.001 0.003 0.022 0.041 0.063 0.008 0.021 26 L 0.007 0.015 0.136 0.004 0.054 0.566 0.003 0.006 0.021 0.060 0.082 0.019 0.027 27 F 0.014 0.016 0.163 0.004 0.044 0.464 0.005 0.006 0.021 0.071 0.130 0.023 0.038 28 Y 0.013 0.023 0.252 0.007 0.034 0.279 0.005 0.003 0.017 0.127 0.160 0.044 0.037 29 C 0.006 0.032 0.382 0.003 0.025 0.181 0.002 0.001 0.009 0.166 0.134 0.014 0.045 30 Y 0.001 0.018 0.598 0.002 0.018 0.076 0.001 0.001 0.004 0.183 0.067 0.014 0.016 31 P 0.001 0.008 0.367 0.002 0.098 0.159 0.001 0.001 0.003 0.134 0.213 0.004 0.012 32 K 0.001 0.006 0.192 0.002 0.216 0.159 0.001 0.001 0.003 0.116 0.291 0.006 0.008 33 A 0.001 0.015 0.254 0.001 0.195 0.167 0.001 0.001 0.004 0.137 0.209 0.007 0.011 34 I 0.001 0.022 0.382 0.001 0.078 0.206 0.001 0.001 0.006 0.132 0.149 0.004 0.017 35 W 0.001 0.007 0.440 0.001 0.021 0.231 0.001 0.001 0.003 0.221 0.060 0.008 0.006 36 P 0.001 0.004 0.196 0.001 0.025 0.601 0.001 0.001 0.001 0.049 0.118 0.001 0.004 37 F 0.001 0.009 0.118 0.001 0.023 0.719 0.001 0.001 0.001 0.051 0.072 0.003 0.002 38 S 0.001 0.003 0.098 0.001 0.010 0.840 0.001 0.001 0.001 0.024 0.018 0.001 0.005 39 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 41 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.007 0.899 0.001 0.001 0.001 0.006 0.077 0.001 0.001 46 I 0.001 0.004 0.062 0.001 0.019 0.771 0.001 0.001 0.001 0.039 0.101 0.001 0.002 47 A 0.001 0.004 0.173 0.002 0.084 0.425 0.001 0.001 0.001 0.060 0.241 0.004 0.006 48 E 0.001 0.002 0.126 0.002 0.131 0.172 0.001 0.001 0.001 0.102 0.455 0.002 0.007 49 R 0.001 0.004 0.200 0.003 0.133 0.052 0.001 0.001 0.001 0.188 0.401 0.008 0.010 50 R 0.002 0.008 0.296 0.022 0.046 0.009 0.001 0.001 0.004 0.280 0.280 0.016 0.037 51 G 0.027 0.006 0.371 0.061 0.012 0.002 0.004 0.001 0.018 0.145 0.102 0.112 0.140 52 S 0.299 0.003 0.140 0.026 0.001 0.001 0.019 0.004 0.016 0.021 0.003 0.122 0.347 53 T 0.708 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.023 0.002 0.003 0.001 0.001 0.181 0.072 54 V 0.807 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.036 0.007 0.004 0.001 0.001 0.045 0.095 55 A 0.824 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.040 0.002 0.003 0.001 0.001 0.087 0.039 56 V 0.722 0.001 0.019 0.008 0.001 0.001 0.035 0.002 0.004 0.005 0.008 0.020 0.177 57 H 0.316 0.003 0.041 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.025 0.059 0.492 0.051 58 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.912 0.002 0.004 59 G 0.002 0.001 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.819 0.002 0.004 60 Q 0.081 0.013 0.100 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.037 0.004 0.675 0.082 61 V 0.065 0.008 0.020 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 0.002 0.001 0.013 0.872 62 L 0.078 0.001 0.023 0.818 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.020 63 G 0.672 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.081 0.001 0.001 0.002 0.001 0.101 0.135 64 F 0.710 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.148 65 A 0.818 0.001 0.007 0.024 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.063 66 N 0.806 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.054 67 F 0.781 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.160 68 Y 0.554 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.004 0.001 0.340 0.066 69 Q 0.199 0.007 0.037 0.003 0.002 0.001 0.010 0.001 0.005 0.024 0.008 0.074 0.631 70 W 0.096 0.011 0.234 0.036 0.007 0.002 0.007 0.001 0.004 0.076 0.053 0.199 0.275 71 Q 0.025 0.022 0.225 0.015 0.018 0.003 0.003 0.001 0.002 0.171 0.221 0.084 0.211 72 H 0.004 0.004 0.157 0.010 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.288 0.451 0.028 0.032 73 G 0.003 0.002 0.202 0.012 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.398 0.317 0.017 0.028 74 D 0.041 0.007 0.304 0.016 0.013 0.004 0.003 0.001 0.002 0.240 0.159 0.089 0.121 75 F 0.328 0.008 0.075 0.006 0.003 0.002 0.025 0.001 0.004 0.023 0.008 0.110 0.407 76 C 0.540 0.002 0.017 0.003 0.001 0.001 0.048 0.002 0.002 0.002 0.001 0.230 0.152 77 A 0.618 0.002 0.009 0.004 0.001 0.001 0.078 0.001 0.002 0.002 0.001 0.137 0.144 78 L 0.385 0.003 0.036 0.021 0.004 0.007 0.049 0.001 0.006 0.006 0.005 0.113 0.365 79 G 0.150 0.001 0.103 0.431 0.014 0.010 0.010 0.001 0.005 0.051 0.044 0.115 0.067 80 N 0.319 0.001 0.070 0.034 0.039 0.016 0.018 0.001 0.007 0.101 0.050 0.153 0.190 81 M 0.387 0.002 0.053 0.012 0.033 0.009 0.032 0.001 0.007 0.013 0.017 0.045 0.391 82 M 0.418 0.010 0.025 0.001 0.008 0.005 0.038 0.003 0.010 0.005 0.008 0.404 0.065 83 V 0.364 0.023 0.060 0.005 0.007 0.009 0.032 0.006 0.013 0.022 0.012 0.050 0.395 84 A 0.016 0.007 0.634 0.011 0.007 0.013 0.001 0.001 0.006 0.081 0.005 0.113 0.105 85 P 0.001 0.001 0.016 0.002 0.472 0.258 0.001 0.001 0.001 0.022 0.218 0.001 0.009 86 A 0.001 0.001 0.013 0.002 0.477 0.198 0.001 0.001 0.001 0.028 0.276 0.001 0.002 87 A 0.001 0.004 0.020 0.001 0.438 0.363 0.001 0.001 0.001 0.019 0.151 0.001 0.002 88 R 0.001 0.011 0.030 0.001 0.074 0.332 0.001 0.001 0.002 0.027 0.522 0.001 0.001 89 G 0.001 0.003 0.068 0.001 0.019 0.053 0.001 0.001 0.001 0.073 0.782 0.001 0.001 90 L 0.001 0.010 0.367 0.001 0.010 0.089 0.001 0.001 0.003 0.356 0.156 0.002 0.006 91 G 0.001 0.067 0.403 0.001 0.009 0.236 0.001 0.001 0.003 0.184 0.080 0.006 0.010 92 V 0.001 0.008 0.072 0.001 0.006 0.864 0.001 0.001 0.001 0.016 0.030 0.001 0.001 93 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 94 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 102 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 105 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.052 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.855 0.001 0.001 0.001 0.005 0.129 0.001 0.001 107 Q 0.001 0.001 0.019 0.001 0.020 0.720 0.001 0.001 0.001 0.013 0.227 0.001 0.001 108 Y 0.001 0.005 0.126 0.001 0.025 0.277 0.001 0.001 0.001 0.120 0.443 0.001 0.001 109 K 0.001 0.007 0.363 0.009 0.034 0.016 0.001 0.001 0.002 0.108 0.456 0.003 0.002 110 A 0.001 0.002 0.835 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 0.095 0.006 0.005 0.028 111 R 0.005 0.003 0.318 0.116 0.006 0.001 0.006 0.003 0.081 0.399 0.006 0.040 0.016 112 L 0.033 0.001 0.045 0.006 0.001 0.001 0.088 0.111 0.569 0.013 0.001 0.029 0.102 113 M 0.095 0.001 0.023 0.008 0.001 0.001 0.240 0.362 0.208 0.002 0.001 0.030 0.031 114 K 0.183 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.256 0.385 0.138 0.001 0.001 0.018 0.013 115 I 0.213 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.182 0.361 0.184 0.001 0.001 0.012 0.032 116 S 0.175 0.002 0.090 0.001 0.001 0.001 0.133 0.128 0.344 0.009 0.003 0.077 0.037 117 C 0.100 0.013 0.213 0.006 0.002 0.001 0.046 0.017 0.243 0.044 0.007 0.041 0.265 118 F 0.016 0.011 0.465 0.020 0.016 0.006 0.004 0.003 0.080 0.182 0.062 0.065 0.071 119 N 0.003 0.011 0.219 0.002 0.110 0.025 0.001 0.001 0.010 0.257 0.309 0.018 0.035 120 A 0.001 0.014 0.230 0.001 0.099 0.058 0.001 0.001 0.003 0.258 0.314 0.006 0.014 121 N 0.001 0.009 0.468 0.001 0.038 0.182 0.001 0.001 0.001 0.230 0.061 0.002 0.007 122 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.016 0.907 0.001 0.001 0.001 0.016 0.047 0.001 0.001 123 A 0.001 0.002 0.009 0.001 0.015 0.917 0.001 0.001 0.001 0.007 0.050 0.001 0.001 124 G 0.001 0.001 0.013 0.001 0.009 0.959 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 125 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 126 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 128 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 129 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 130 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.921 0.001 0.001 0.001 0.002 0.062 0.001 0.001 131 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.166 0.001 0.001 0.001 0.012 0.803 0.001 0.001 132 G 0.001 0.001 0.047 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.040 0.902 0.001 0.001 133 Y 0.001 0.011 0.766 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.129 0.034 0.003 0.043 134 Q 0.002 0.025 0.351 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.044 0.096 0.004 0.460 0.013 135 P 0.002 0.017 0.261 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.045 0.009 0.004 0.002 0.648 136 R 0.003 0.002 0.103 0.794 0.013 0.003 0.003 0.001 0.027 0.008 0.006 0.025 0.012 137 A 0.035 0.003 0.119 0.011 0.038 0.013 0.012 0.001 0.092 0.042 0.014 0.430 0.189 138 I 0.037 0.005 0.045 0.007 0.013 0.009 0.012 0.001 0.026 0.006 0.003 0.026 0.810 139 A 0.052 0.005 0.101 0.069 0.004 0.007 0.007 0.001 0.017 0.008 0.003 0.651 0.075 140 E 0.079 0.005 0.114 0.014 0.008 0.017 0.008 0.001 0.023 0.043 0.025 0.058 0.605 141 R 0.110 0.008 0.211 0.021 0.013 0.038 0.009 0.001 0.007 0.080 0.057 0.280 0.165 142 H 0.092 0.124 0.205 0.008 0.006 0.014 0.007 0.001 0.002 0.131 0.041 0.056 0.314 143 D 0.002 0.009 0.812 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.077 0.026 0.016 0.050 144 P 0.001 0.001 0.061 0.001 0.024 0.010 0.001 0.001 0.001 0.067 0.826 0.003 0.006 145 D 0.001 0.001 0.033 0.001 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.062 0.875 0.003 0.001 146 G 0.001 0.002 0.242 0.004 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.556 0.167 0.006 0.012 147 R 0.008 0.018 0.647 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.086 0.014 0.153 0.067 148 R 0.030 0.048 0.082 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.012 0.002 0.006 0.810 149 V 0.057 0.005 0.118 0.054 0.001 0.003 0.008 0.001 0.002 0.005 0.002 0.716 0.029 150 A 0.113 0.002 0.080 0.016 0.002 0.004 0.017 0.001 0.004 0.010 0.001 0.038 0.713 151 L 0.317 0.002 0.091 0.119 0.003 0.008 0.035 0.001 0.005 0.008 0.003 0.237 0.171 152 I 0.567 0.001 0.014 0.011 0.001 0.005 0.061 0.001 0.004 0.004 0.002 0.201 0.129 153 Q 0.597 0.002 0.013 0.005 0.002 0.006 0.073 0.001 0.006 0.003 0.003 0.096 0.193 154 M 0.456 0.002 0.057 0.022 0.002 0.007 0.047 0.001 0.008 0.011 0.012 0.235 0.139 155 D 0.307 0.005 0.130 0.010 0.003 0.005 0.030 0.001 0.012 0.055 0.024 0.119 0.300 156 K 0.080 0.007 0.218 0.005 0.004 0.005 0.009 0.001 0.012 0.191 0.013 0.316 0.139 157 P 0.009 0.015 0.673 0.005 0.004 0.005 0.002 0.001 0.007 0.054 0.014 0.015 0.197 158 L 0.003 0.035 0.725 0.002 0.008 0.010 0.001 0.001 0.004 0.095 0.039 0.034 0.043 159 E 0.001 0.006 0.928 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.034 0.012 0.004 0.009 160 P 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001