# TARGET T0374 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8826 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.004 0.001 0.060 0.123 0.149 0.146 0.005 0.001 0.052 0.446 2 Q 0.007 0.004 0.001 0.081 0.089 0.218 0.098 0.002 0.001 0.045 0.454 3 L 0.005 0.001 0.001 0.117 0.183 0.185 0.062 0.001 0.001 0.043 0.401 4 S 0.002 0.001 0.001 0.196 0.242 0.237 0.050 0.001 0.001 0.039 0.232 5 H 0.002 0.001 0.001 0.141 0.070 0.101 0.071 0.001 0.001 0.024 0.589 6 R 0.050 0.002 0.001 0.133 0.177 0.140 0.083 0.005 0.001 0.086 0.324 7 P 0.021 0.006 0.002 0.087 0.014 0.019 0.129 0.001 0.002 0.044 0.675 8 A 0.019 0.006 0.002 0.035 0.026 0.041 0.124 0.009 0.001 0.027 0.711 9 E 0.408 0.107 0.001 0.012 0.008 0.008 0.063 0.010 0.001 0.035 0.347 10 T 0.173 0.094 0.002 0.008 0.003 0.007 0.101 0.006 0.001 0.040 0.566 11 G 0.006 0.055 0.002 0.015 0.004 0.006 0.068 0.001 0.001 0.085 0.758 12 D 0.040 0.746 0.002 0.001 0.005 0.005 0.028 0.012 0.001 0.041 0.118 13 L 0.084 0.755 0.004 0.002 0.001 0.001 0.011 0.011 0.001 0.051 0.081 14 E 0.062 0.453 0.032 0.004 0.003 0.005 0.046 0.013 0.013 0.144 0.224 15 T 0.287 0.397 0.001 0.002 0.003 0.006 0.041 0.015 0.001 0.073 0.175 16 V 0.153 0.250 0.016 0.013 0.004 0.010 0.064 0.028 0.009 0.138 0.314 17 A 0.103 0.146 0.009 0.020 0.010 0.018 0.160 0.005 0.003 0.049 0.477 18 G 0.022 0.100 0.004 0.018 0.006 0.016 0.110 0.004 0.002 0.033 0.684 19 F 0.255 0.142 0.007 0.011 0.009 0.009 0.125 0.021 0.003 0.084 0.335 20 P 0.192 0.114 0.009 0.029 0.004 0.012 0.112 0.011 0.005 0.080 0.430 21 Q 0.077 0.152 0.003 0.013 0.004 0.011 0.083 0.005 0.002 0.030 0.618 22 D 0.136 0.285 0.006 0.014 0.010 0.015 0.071 0.012 0.003 0.035 0.411 23 R 0.109 0.350 0.006 0.014 0.011 0.017 0.064 0.015 0.002 0.039 0.372 24 D 0.124 0.299 0.009 0.016 0.021 0.035 0.070 0.011 0.004 0.059 0.351 25 E 0.161 0.175 0.014 0.022 0.026 0.045 0.085 0.014 0.005 0.054 0.399 26 L 0.196 0.074 0.006 0.024 0.022 0.045 0.087 0.016 0.003 0.053 0.476 27 F 0.127 0.015 0.001 0.021 0.027 0.043 0.088 0.003 0.001 0.039 0.635 28 Y 0.010 0.009 0.001 0.020 0.023 0.051 0.098 0.001 0.001 0.019 0.769 29 C 0.015 0.023 0.004 0.012 0.031 0.038 0.105 0.003 0.002 0.020 0.748 30 Y 0.222 0.057 0.004 0.009 0.028 0.023 0.096 0.039 0.002 0.054 0.464 31 P 0.293 0.082 0.001 0.007 0.007 0.012 0.075 0.019 0.001 0.053 0.452 32 K 0.135 0.020 0.001 0.014 0.008 0.019 0.088 0.001 0.001 0.031 0.683 33 A 0.008 0.019 0.001 0.032 0.014 0.029 0.141 0.001 0.001 0.023 0.730 34 I 0.012 0.058 0.001 0.012 0.015 0.010 0.102 0.002 0.001 0.101 0.684 35 W 0.063 0.729 0.001 0.002 0.004 0.002 0.023 0.012 0.001 0.056 0.108 36 P 0.034 0.801 0.002 0.002 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.030 0.113 37 F 0.005 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.020 0.032 38 S 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 39 V 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.006 40 A 0.005 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.013 41 Q 0.014 0.857 0.018 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.007 0.047 0.041 42 L 0.067 0.741 0.022 0.001 0.001 0.001 0.012 0.036 0.008 0.069 0.043 43 A 0.090 0.522 0.013 0.002 0.001 0.001 0.030 0.013 0.011 0.090 0.228 44 A 0.068 0.349 0.011 0.002 0.001 0.002 0.052 0.003 0.007 0.045 0.460 45 A 0.056 0.174 0.037 0.003 0.002 0.005 0.070 0.008 0.020 0.059 0.566 46 I 0.269 0.038 0.011 0.002 0.002 0.005 0.056 0.011 0.008 0.053 0.546 47 A 0.193 0.006 0.003 0.003 0.002 0.007 0.060 0.004 0.002 0.062 0.658 48 E 0.030 0.001 0.002 0.006 0.002 0.011 0.100 0.001 0.001 0.044 0.803 49 R 0.005 0.001 0.002 0.023 0.020 0.078 0.139 0.001 0.001 0.094 0.639 50 R 0.001 0.001 0.001 0.048 0.104 0.251 0.106 0.001 0.001 0.122 0.366 51 G 0.001 0.001 0.001 0.053 0.173 0.434 0.043 0.001 0.001 0.124 0.173 52 S 0.001 0.001 0.001 0.053 0.240 0.563 0.011 0.001 0.001 0.063 0.070 53 T 0.001 0.001 0.001 0.035 0.290 0.596 0.004 0.001 0.001 0.045 0.030 54 V 0.001 0.001 0.001 0.055 0.424 0.442 0.005 0.001 0.001 0.039 0.035 55 A 0.001 0.001 0.001 0.050 0.381 0.487 0.006 0.001 0.001 0.040 0.034 56 V 0.083 0.001 0.001 0.043 0.211 0.369 0.032 0.002 0.003 0.087 0.169 57 H 0.370 0.001 0.001 0.021 0.040 0.054 0.056 0.002 0.002 0.056 0.395 58 D 0.006 0.001 0.001 0.005 0.007 0.017 0.099 0.001 0.001 0.011 0.854 59 G 0.001 0.001 0.001 0.011 0.082 0.148 0.142 0.001 0.001 0.020 0.594 60 Q 0.001 0.001 0.001 0.052 0.299 0.402 0.041 0.001 0.001 0.063 0.141 61 V 0.001 0.001 0.001 0.057 0.273 0.424 0.019 0.001 0.001 0.051 0.174 62 L 0.001 0.001 0.001 0.052 0.408 0.435 0.010 0.001 0.001 0.025 0.068 63 G 0.001 0.001 0.001 0.062 0.371 0.484 0.007 0.001 0.001 0.039 0.036 64 F 0.003 0.002 0.001 0.064 0.369 0.447 0.011 0.001 0.001 0.045 0.058 65 A 0.005 0.001 0.001 0.081 0.378 0.412 0.019 0.001 0.001 0.023 0.079 66 N 0.006 0.001 0.001 0.047 0.306 0.482 0.029 0.001 0.001 0.034 0.094 67 F 0.011 0.003 0.001 0.078 0.245 0.309 0.059 0.001 0.001 0.034 0.258 68 Y 0.035 0.006 0.001 0.047 0.229 0.335 0.063 0.002 0.001 0.049 0.230 69 Q 0.019 0.008 0.006 0.029 0.068 0.121 0.122 0.002 0.005 0.055 0.565 70 W 0.061 0.004 0.011 0.013 0.033 0.052 0.077 0.005 0.008 0.045 0.691 71 Q 0.384 0.003 0.002 0.004 0.010 0.014 0.060 0.008 0.002 0.091 0.423 72 H 0.118 0.004 0.001 0.004 0.004 0.007 0.090 0.003 0.001 0.042 0.727 73 G 0.013 0.002 0.001 0.008 0.004 0.010 0.100 0.001 0.001 0.021 0.842 74 D 0.003 0.003 0.001 0.022 0.142 0.152 0.116 0.003 0.001 0.052 0.507 75 F 0.006 0.003 0.001 0.084 0.134 0.193 0.090 0.001 0.001 0.088 0.401 76 C 0.002 0.002 0.001 0.216 0.244 0.203 0.041 0.001 0.001 0.051 0.239 77 A 0.008 0.004 0.001 0.241 0.202 0.315 0.037 0.001 0.001 0.083 0.109 78 L 0.023 0.005 0.001 0.267 0.141 0.148 0.060 0.002 0.001 0.059 0.292 79 G 0.007 0.003 0.001 0.341 0.152 0.239 0.054 0.003 0.001 0.033 0.167 80 N 0.011 0.005 0.001 0.196 0.104 0.317 0.083 0.003 0.001 0.045 0.237 81 M 0.013 0.002 0.001 0.211 0.201 0.187 0.072 0.001 0.001 0.033 0.279 82 M 0.002 0.004 0.001 0.123 0.211 0.227 0.085 0.001 0.001 0.020 0.326 83 V 0.012 0.069 0.002 0.052 0.072 0.100 0.084 0.004 0.002 0.020 0.583 84 A 0.207 0.375 0.010 0.018 0.022 0.018 0.046 0.028 0.008 0.097 0.172 85 P 0.230 0.171 0.054 0.004 0.003 0.005 0.046 0.013 0.023 0.175 0.276 86 A 0.371 0.092 0.005 0.003 0.005 0.012 0.047 0.009 0.002 0.056 0.396 87 A 0.239 0.050 0.006 0.007 0.006 0.012 0.062 0.006 0.004 0.072 0.536 88 R 0.063 0.159 0.002 0.006 0.005 0.007 0.082 0.004 0.001 0.028 0.643 89 G 0.048 0.320 0.001 0.003 0.006 0.008 0.055 0.006 0.001 0.018 0.535 90 L 0.014 0.359 0.001 0.008 0.015 0.017 0.079 0.004 0.001 0.054 0.448 91 G 0.006 0.840 0.001 0.005 0.002 0.004 0.013 0.001 0.001 0.069 0.061 92 V 0.004 0.950 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.024 0.013 93 A 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 94 R 0.002 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.005 95 Y 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 96 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 97 I 0.003 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.005 98 G 0.003 0.441 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.535 0.012 99 V 0.003 0.914 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.059 0.013 100 M 0.002 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 101 E 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 102 N 0.003 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.025 103 L 0.027 0.834 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.003 0.072 0.024 104 A 0.033 0.629 0.053 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.052 0.162 0.047 105 R 0.108 0.066 0.185 0.001 0.001 0.001 0.042 0.005 0.199 0.128 0.266 106 E 0.391 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.051 0.012 0.005 0.066 0.442 107 Q 0.134 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.063 0.003 0.002 0.053 0.734 108 Y 0.026 0.003 0.003 0.011 0.001 0.003 0.092 0.001 0.001 0.024 0.839 109 K 0.006 0.002 0.001 0.007 0.004 0.010 0.109 0.001 0.001 0.020 0.841 110 A 0.015 0.001 0.001 0.020 0.020 0.023 0.147 0.001 0.001 0.056 0.717 111 R 0.003 0.004 0.001 0.355 0.058 0.151 0.076 0.001 0.001 0.077 0.274 112 L 0.001 0.001 0.001 0.261 0.052 0.196 0.057 0.001 0.001 0.142 0.288 113 M 0.001 0.001 0.001 0.540 0.182 0.178 0.011 0.001 0.001 0.031 0.057 114 K 0.001 0.001 0.001 0.402 0.184 0.266 0.013 0.001 0.001 0.046 0.087 115 I 0.001 0.001 0.001 0.307 0.308 0.241 0.012 0.001 0.001 0.022 0.108 116 S 0.003 0.001 0.001 0.253 0.198 0.343 0.035 0.001 0.001 0.053 0.115 117 C 0.014 0.001 0.001 0.111 0.229 0.291 0.067 0.002 0.001 0.051 0.233 118 F 0.080 0.007 0.001 0.096 0.111 0.141 0.100 0.004 0.002 0.051 0.407 119 N 0.076 0.030 0.003 0.029 0.019 0.029 0.109 0.002 0.002 0.048 0.652 120 A 0.011 0.070 0.002 0.013 0.006 0.011 0.081 0.003 0.001 0.044 0.757 121 N 0.034 0.879 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.002 0.001 0.019 0.050 122 A 0.024 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.013 0.034 123 A 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.019 124 G 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.008 125 L 0.005 0.220 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.754 0.011 126 L 0.005 0.762 0.011 0.001 0.002 0.004 0.007 0.003 0.002 0.177 0.028 127 L 0.040 0.768 0.035 0.002 0.002 0.003 0.009 0.014 0.009 0.067 0.051 128 Y 0.039 0.068 0.392 0.002 0.001 0.002 0.012 0.014 0.302 0.081 0.086 129 T 0.605 0.031 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.006 0.001 0.017 0.303 130 Q 0.042 0.011 0.002 0.004 0.001 0.004 0.040 0.005 0.002 0.028 0.861 131 L 0.036 0.005 0.002 0.007 0.001 0.003 0.124 0.001 0.001 0.017 0.804 132 G 0.005 0.003 0.001 0.013 0.012 0.022 0.101 0.001 0.001 0.022 0.820 133 Y 0.007 0.007 0.001 0.006 0.009 0.006 0.101 0.001 0.001 0.012 0.851 134 Q 0.129 0.042 0.003 0.042 0.036 0.026 0.125 0.035 0.002 0.053 0.507 135 P 0.276 0.174 0.001 0.013 0.005 0.008 0.058 0.021 0.001 0.029 0.413 136 R 0.103 0.113 0.002 0.026 0.015 0.038 0.066 0.009 0.001 0.025 0.602 137 A 0.026 0.175 0.018 0.043 0.033 0.067 0.068 0.003 0.005 0.021 0.541 138 I 0.098 0.110 0.017 0.024 0.083 0.083 0.075 0.018 0.008 0.041 0.445 139 A 0.386 0.103 0.002 0.009 0.025 0.027 0.039 0.030 0.001 0.036 0.342 140 E 0.099 0.016 0.001 0.013 0.022 0.048 0.066 0.002 0.001 0.026 0.708 141 R 0.003 0.012 0.002 0.020 0.035 0.112 0.079 0.001 0.001 0.017 0.720 142 H 0.002 0.006 0.008 0.016 0.057 0.061 0.077 0.001 0.002 0.018 0.752 143 D 0.707 0.025 0.001 0.002 0.030 0.012 0.022 0.025 0.002 0.057 0.117 144 P 0.480 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.038 0.003 0.001 0.047 0.406 145 D 0.015 0.010 0.001 0.004 0.002 0.006 0.077 0.002 0.001 0.012 0.872 146 G 0.053 0.022 0.001 0.011 0.015 0.022 0.120 0.003 0.001 0.020 0.732 147 R 0.032 0.025 0.001 0.025 0.150 0.090 0.121 0.006 0.001 0.029 0.520 148 R 0.040 0.077 0.001 0.030 0.062 0.074 0.085 0.005 0.001 0.026 0.601 149 V 0.092 0.123 0.002 0.034 0.104 0.094 0.114 0.011 0.001 0.033 0.393 150 A 0.033 0.169 0.004 0.102 0.090 0.162 0.098 0.007 0.002 0.040 0.295 151 L 0.030 0.051 0.010 0.104 0.113 0.276 0.069 0.005 0.003 0.058 0.283 152 I 0.029 0.015 0.005 0.104 0.238 0.302 0.041 0.004 0.002 0.062 0.197 153 Q 0.060 0.005 0.003 0.075 0.135 0.180 0.072 0.003 0.001 0.070 0.396 154 M 0.018 0.003 0.001 0.081 0.120 0.207 0.083 0.004 0.001 0.037 0.447 155 D 0.018 0.002 0.001 0.037 0.039 0.072 0.094 0.002 0.001 0.023 0.712 156 K 0.018 0.001 0.001 0.015 0.160 0.129 0.108 0.004 0.001 0.040 0.525 157 P 0.004 0.001 0.001 0.024 0.025 0.051 0.134 0.001 0.001 0.020 0.739 158 L 0.088 0.010 0.003 0.028 0.026 0.030 0.107 0.006 0.002 0.038 0.662 159 E 0.339 0.022 0.003 0.013 0.009 0.008 0.087 0.010 0.002 0.073 0.435 160 P 0.036 0.007 0.001 0.007 0.004 0.009 0.119 0.006 0.001 0.028 0.783