# TARGET T0374 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8826 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.007 0.036 0.047 0.055 0.076 0.009 0.730 2 Q 0.058 0.005 0.047 0.057 0.077 0.100 0.010 0.645 3 L 0.082 0.005 0.077 0.115 0.141 0.063 0.006 0.510 4 S 0.041 0.004 0.142 0.188 0.274 0.068 0.007 0.276 5 H 0.014 0.002 0.056 0.041 0.090 0.022 0.003 0.774 6 R 0.008 0.001 0.315 0.340 0.227 0.023 0.001 0.085 7 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 8 A 0.007 0.001 0.323 0.067 0.259 0.061 0.002 0.281 9 E 0.104 0.002 0.026 0.011 0.017 0.344 0.004 0.493 10 T 0.124 0.010 0.048 0.013 0.044 0.051 0.005 0.706 11 G 0.035 0.009 0.022 0.005 0.009 0.216 0.002 0.702 12 D 0.134 0.007 0.007 0.002 0.003 0.368 0.013 0.465 13 L 0.163 0.095 0.026 0.005 0.022 0.066 0.007 0.616 14 E 0.018 0.093 0.009 0.003 0.014 0.298 0.004 0.561 15 T 0.044 0.093 0.002 0.001 0.003 0.628 0.004 0.225 16 V 0.060 0.863 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.063 17 A 0.010 0.946 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.031 18 G 0.135 0.696 0.008 0.005 0.003 0.004 0.058 0.091 19 F 0.394 0.374 0.044 0.011 0.019 0.010 0.038 0.110 20 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 21 Q 0.017 0.054 0.024 0.016 0.033 0.113 0.010 0.733 22 D 0.218 0.093 0.024 0.008 0.006 0.087 0.024 0.541 23 R 0.173 0.111 0.032 0.007 0.012 0.048 0.010 0.606 24 D 0.089 0.111 0.042 0.019 0.026 0.169 0.011 0.534 25 E 0.111 0.154 0.042 0.019 0.031 0.151 0.015 0.477 26 L 0.138 0.315 0.027 0.025 0.043 0.117 0.016 0.318 27 F 0.151 0.314 0.041 0.037 0.050 0.072 0.026 0.309 28 Y 0.135 0.244 0.067 0.054 0.059 0.056 0.029 0.356 29 C 0.109 0.136 0.069 0.050 0.078 0.056 0.035 0.468 30 Y 0.084 0.066 0.057 0.056 0.093 0.064 0.013 0.567 31 P 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.988 32 K 0.022 0.015 0.013 0.014 0.029 0.098 0.006 0.804 33 A 0.283 0.032 0.025 0.013 0.015 0.089 0.021 0.521 34 I 0.283 0.073 0.032 0.015 0.021 0.103 0.018 0.454 35 W 0.161 0.057 0.042 0.019 0.037 0.093 0.007 0.583 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 37 F 0.020 0.036 0.006 0.007 0.014 0.216 0.003 0.698 38 S 0.196 0.214 0.008 0.004 0.007 0.141 0.010 0.419 39 V 0.035 0.584 0.009 0.003 0.011 0.021 0.003 0.333 40 A 0.014 0.603 0.004 0.002 0.004 0.080 0.002 0.291 41 Q 0.015 0.886 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.062 42 L 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 43 A 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 44 A 0.013 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 45 A 0.066 0.904 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 46 I 0.063 0.870 0.006 0.003 0.004 0.003 0.016 0.033 47 A 0.071 0.659 0.023 0.009 0.011 0.022 0.036 0.170 48 E 0.120 0.376 0.028 0.012 0.013 0.040 0.062 0.349 49 R 0.201 0.199 0.035 0.015 0.011 0.060 0.092 0.386 50 R 0.222 0.054 0.093 0.040 0.028 0.118 0.075 0.370 51 G 0.091 0.024 0.134 0.108 0.075 0.111 0.041 0.415 52 S 0.082 0.004 0.204 0.158 0.286 0.116 0.007 0.143 53 T 0.009 0.001 0.090 0.407 0.389 0.027 0.001 0.076 54 V 0.002 0.001 0.072 0.375 0.513 0.007 0.001 0.029 55 A 0.002 0.001 0.128 0.393 0.444 0.007 0.001 0.025 56 V 0.001 0.001 0.080 0.482 0.396 0.007 0.001 0.032 57 H 0.002 0.001 0.054 0.212 0.568 0.032 0.001 0.130 58 D 0.004 0.001 0.032 0.044 0.144 0.104 0.007 0.663 59 G 0.077 0.002 0.022 0.051 0.034 0.136 0.073 0.604 60 Q 0.526 0.001 0.023 0.016 0.023 0.288 0.019 0.104 61 V 0.009 0.001 0.067 0.095 0.066 0.084 0.003 0.674 62 L 0.006 0.001 0.094 0.275 0.517 0.043 0.001 0.063 63 G 0.006 0.001 0.144 0.252 0.374 0.041 0.002 0.180 64 F 0.005 0.002 0.174 0.216 0.480 0.029 0.001 0.094 65 A 0.003 0.003 0.148 0.387 0.403 0.016 0.001 0.037 66 N 0.008 0.003 0.107 0.217 0.501 0.037 0.003 0.124 67 F 0.010 0.005 0.122 0.240 0.463 0.032 0.003 0.125 68 Y 0.019 0.008 0.088 0.246 0.422 0.058 0.004 0.154 69 Q 0.023 0.010 0.036 0.123 0.214 0.068 0.009 0.517 70 W 0.055 0.018 0.051 0.086 0.177 0.081 0.012 0.519 71 Q 0.072 0.016 0.020 0.046 0.070 0.174 0.020 0.582 72 H 0.093 0.016 0.022 0.024 0.036 0.117 0.028 0.664 73 G 0.066 0.019 0.031 0.024 0.027 0.103 0.019 0.711 74 D 0.046 0.010 0.032 0.026 0.026 0.116 0.013 0.729 75 F 0.073 0.009 0.076 0.050 0.090 0.117 0.009 0.575 76 C 0.054 0.019 0.170 0.225 0.253 0.085 0.007 0.186 77 A 0.031 0.011 0.182 0.216 0.310 0.082 0.007 0.160 78 L 0.025 0.017 0.154 0.218 0.389 0.039 0.004 0.155 79 G 0.012 0.011 0.173 0.248 0.346 0.048 0.006 0.158 80 N 0.030 0.008 0.100 0.152 0.193 0.083 0.011 0.423 81 M 0.068 0.012 0.237 0.182 0.273 0.054 0.012 0.162 82 M 0.055 0.007 0.115 0.185 0.329 0.076 0.008 0.225 83 V 0.017 0.016 0.151 0.157 0.253 0.038 0.010 0.357 84 A 0.014 0.014 0.101 0.200 0.276 0.058 0.003 0.335 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 A 0.004 0.008 0.010 0.026 0.124 0.233 0.002 0.594 87 A 0.546 0.058 0.009 0.007 0.009 0.087 0.016 0.268 88 R 0.278 0.526 0.016 0.014 0.011 0.031 0.013 0.111 89 G 0.315 0.385 0.034 0.013 0.011 0.018 0.028 0.197 90 L 0.194 0.277 0.104 0.013 0.013 0.046 0.019 0.334 91 G 0.088 0.197 0.020 0.013 0.018 0.097 0.016 0.552 92 V 0.064 0.515 0.050 0.015 0.022 0.068 0.008 0.258 93 A 0.027 0.521 0.027 0.008 0.022 0.137 0.009 0.250 94 R 0.017 0.787 0.007 0.002 0.005 0.028 0.002 0.151 95 Y 0.006 0.920 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.054 96 L 0.011 0.935 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.040 97 I 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 98 G 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 99 V 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 100 M 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 101 E 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 102 N 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 103 L 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 104 A 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 105 R 0.008 0.955 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 106 E 0.025 0.919 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.038 107 Q 0.048 0.912 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.018 108 Y 0.058 0.823 0.013 0.005 0.002 0.004 0.044 0.051 109 K 0.279 0.199 0.043 0.015 0.010 0.037 0.135 0.283 110 A 0.183 0.094 0.289 0.032 0.036 0.069 0.034 0.263 111 R 0.070 0.073 0.229 0.182 0.112 0.099 0.024 0.211 112 L 0.009 0.007 0.147 0.030 0.036 0.043 0.005 0.723 113 M 0.008 0.006 0.586 0.202 0.148 0.021 0.003 0.027 114 K 0.008 0.005 0.471 0.211 0.211 0.018 0.002 0.074 115 I 0.002 0.002 0.488 0.192 0.258 0.007 0.001 0.050 116 S 0.002 0.002 0.515 0.182 0.215 0.016 0.001 0.067 117 C 0.006 0.006 0.252 0.153 0.277 0.034 0.003 0.270 118 F 0.012 0.007 0.288 0.079 0.286 0.091 0.004 0.232 119 N 0.021 0.012 0.048 0.044 0.074 0.132 0.008 0.661 120 A 0.061 0.023 0.038 0.011 0.026 0.123 0.010 0.707 121 N 0.103 0.042 0.012 0.006 0.011 0.260 0.016 0.549 122 A 0.096 0.156 0.018 0.007 0.014 0.145 0.012 0.551 123 A 0.026 0.207 0.005 0.003 0.006 0.203 0.005 0.545 124 G 0.059 0.427 0.005 0.002 0.006 0.278 0.009 0.213 125 L 0.011 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 126 L 0.004 0.955 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.030 127 L 0.009 0.961 0.002 0.002 0.003 0.003 0.002 0.020 128 Y 0.007 0.976 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.009 129 T 0.006 0.978 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.007 130 Q 0.008 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 131 L 0.040 0.886 0.005 0.008 0.003 0.001 0.028 0.028 132 G 0.646 0.051 0.014 0.011 0.007 0.006 0.182 0.083 133 Y 0.100 0.051 0.548 0.033 0.028 0.017 0.035 0.189 134 Q 0.035 0.012 0.155 0.179 0.144 0.053 0.007 0.415 135 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 136 R 0.004 0.002 0.289 0.111 0.247 0.088 0.002 0.257 137 A 0.078 0.011 0.113 0.071 0.045 0.064 0.005 0.614 138 I 0.071 0.015 0.084 0.084 0.204 0.056 0.006 0.480 139 A 0.081 0.023 0.069 0.093 0.159 0.140 0.003 0.433 140 E 0.050 0.038 0.046 0.096 0.108 0.116 0.012 0.535 141 R 0.072 0.036 0.028 0.079 0.117 0.102 0.016 0.549 142 H 0.162 0.032 0.018 0.049 0.095 0.062 0.021 0.561 143 D 0.062 0.035 0.026 0.133 0.160 0.087 0.012 0.485 144 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 145 D 0.018 0.006 0.008 0.025 0.049 0.485 0.013 0.396 146 G 0.654 0.008 0.006 0.009 0.005 0.022 0.045 0.252 147 R 0.308 0.008 0.034 0.014 0.023 0.441 0.005 0.166 148 R 0.010 0.003 0.006 0.021 0.025 0.071 0.002 0.861 149 V 0.044 0.022 0.038 0.158 0.409 0.128 0.003 0.199 150 A 0.009 0.014 0.017 0.116 0.152 0.076 0.003 0.613 151 L 0.033 0.049 0.028 0.170 0.383 0.073 0.005 0.259 152 I 0.055 0.146 0.031 0.277 0.386 0.037 0.005 0.064 153 Q 0.065 0.124 0.027 0.239 0.433 0.043 0.007 0.062 154 M 0.056 0.151 0.037 0.312 0.348 0.014 0.014 0.066 155 D 0.114 0.104 0.060 0.162 0.286 0.029 0.044 0.201 156 K 0.097 0.038 0.050 0.185 0.178 0.044 0.020 0.387 157 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 158 L 0.034 0.007 0.024 0.045 0.155 0.102 0.012 0.621 159 E 0.123 0.006 0.013 0.016 0.017 0.120 0.009 0.696 160 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999