# TARGET T0374 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8826 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.001 0.001 0.002 0.007 0.006 0.953 2 Q 0.566 0.008 0.005 0.002 0.005 0.025 0.389 3 L 0.868 0.003 0.002 0.001 0.006 0.002 0.119 4 S 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 5 H 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 6 R 0.925 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.066 7 P 0.573 0.011 0.001 0.001 0.039 0.002 0.375 8 A 0.086 0.016 0.001 0.001 0.163 0.006 0.729 9 E 0.042 0.009 0.001 0.001 0.102 0.007 0.838 10 T 0.005 0.004 0.320 0.230 0.097 0.286 0.059 11 G 0.002 0.003 0.231 0.304 0.083 0.320 0.056 12 D 0.005 0.018 0.164 0.273 0.105 0.099 0.335 13 L 0.001 0.004 0.065 0.871 0.006 0.036 0.017 14 E 0.001 0.001 0.132 0.804 0.006 0.050 0.007 15 T 0.001 0.001 0.125 0.830 0.004 0.034 0.005 16 V 0.003 0.005 0.101 0.807 0.007 0.067 0.010 17 A 0.004 0.004 0.047 0.561 0.017 0.346 0.020 18 G 0.004 0.003 0.051 0.318 0.037 0.516 0.070 19 F 0.011 0.005 0.016 0.076 0.235 0.035 0.622 20 P 0.020 0.009 0.043 0.132 0.084 0.075 0.637 21 Q 0.025 0.015 0.067 0.257 0.191 0.125 0.320 22 D 0.036 0.016 0.055 0.257 0.138 0.078 0.419 23 R 0.026 0.005 0.089 0.537 0.065 0.109 0.169 24 D 0.031 0.003 0.112 0.556 0.052 0.119 0.127 25 E 0.036 0.005 0.156 0.562 0.049 0.096 0.096 26 L 0.047 0.009 0.112 0.580 0.044 0.116 0.094 27 F 0.086 0.018 0.082 0.411 0.067 0.193 0.143 28 Y 0.096 0.020 0.048 0.245 0.110 0.206 0.274 29 C 0.073 0.020 0.027 0.113 0.146 0.159 0.462 30 Y 0.033 0.014 0.018 0.049 0.189 0.056 0.642 31 P 0.025 0.012 0.061 0.083 0.103 0.143 0.573 32 K 0.023 0.010 0.151 0.086 0.149 0.219 0.362 33 A 0.027 0.016 0.123 0.115 0.166 0.181 0.372 34 I 0.026 0.019 0.069 0.140 0.198 0.112 0.437 35 W 0.018 0.008 0.022 0.170 0.190 0.041 0.550 36 P 0.010 0.004 0.035 0.588 0.064 0.109 0.189 37 F 0.013 0.008 0.028 0.704 0.045 0.073 0.130 38 S 0.009 0.005 0.013 0.817 0.015 0.024 0.117 39 V 0.001 0.001 0.004 0.975 0.002 0.007 0.011 40 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.005 0.003 41 Q 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.005 0.002 42 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.006 0.002 43 A 0.001 0.001 0.005 0.977 0.001 0.015 0.001 44 A 0.001 0.001 0.007 0.916 0.002 0.071 0.003 45 A 0.002 0.001 0.011 0.823 0.006 0.138 0.020 46 I 0.008 0.012 0.025 0.668 0.059 0.112 0.117 47 A 0.015 0.004 0.095 0.412 0.073 0.224 0.177 48 E 0.007 0.001 0.112 0.168 0.081 0.586 0.045 49 R 0.019 0.003 0.077 0.020 0.122 0.661 0.098 50 R 0.093 0.010 0.028 0.002 0.238 0.250 0.380 51 G 0.433 0.013 0.006 0.001 0.157 0.062 0.328 52 S 0.843 0.005 0.001 0.001 0.030 0.004 0.117 53 T 0.966 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.028 54 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 55 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 56 V 0.967 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.025 57 H 0.841 0.003 0.001 0.001 0.006 0.021 0.126 58 D 0.009 0.001 0.001 0.001 0.066 0.917 0.007 59 G 0.038 0.001 0.001 0.001 0.064 0.891 0.006 60 Q 0.806 0.007 0.001 0.001 0.011 0.003 0.173 61 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 62 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 63 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 64 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 65 A 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 66 N 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 67 F 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.031 68 Y 0.927 0.004 0.001 0.001 0.016 0.006 0.046 69 Q 0.820 0.008 0.002 0.003 0.031 0.013 0.123 70 W 0.337 0.006 0.016 0.004 0.207 0.066 0.364 71 Q 0.251 0.014 0.022 0.007 0.282 0.169 0.254 72 H 0.111 0.009 0.029 0.003 0.216 0.246 0.385 73 G 0.061 0.004 0.004 0.001 0.079 0.028 0.824 74 D 0.220 0.005 0.009 0.001 0.092 0.025 0.648 75 F 0.859 0.012 0.007 0.001 0.025 0.004 0.092 76 C 0.936 0.002 0.003 0.001 0.009 0.002 0.047 77 A 0.981 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.009 78 L 0.969 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.024 79 G 0.757 0.001 0.004 0.002 0.090 0.049 0.097 80 N 0.734 0.001 0.012 0.002 0.086 0.103 0.062 81 M 0.931 0.004 0.003 0.001 0.009 0.009 0.042 82 M 0.946 0.006 0.002 0.001 0.007 0.004 0.035 83 V 0.813 0.026 0.003 0.002 0.036 0.006 0.114 84 A 0.189 0.005 0.001 0.001 0.094 0.002 0.707 85 P 0.005 0.001 0.500 0.284 0.019 0.151 0.039 86 A 0.002 0.001 0.540 0.226 0.017 0.199 0.015 87 A 0.002 0.002 0.660 0.167 0.010 0.142 0.018 88 R 0.002 0.007 0.220 0.231 0.027 0.497 0.015 89 G 0.001 0.002 0.054 0.141 0.046 0.735 0.020 90 L 0.002 0.006 0.020 0.221 0.433 0.165 0.154 91 G 0.004 0.025 0.009 0.483 0.225 0.114 0.139 92 V 0.002 0.004 0.006 0.924 0.009 0.012 0.042 93 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.006 94 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 95 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 97 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 98 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 102 N 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.012 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.014 0.002 104 A 0.001 0.001 0.005 0.962 0.003 0.022 0.008 105 R 0.001 0.001 0.013 0.936 0.008 0.036 0.006 106 E 0.001 0.001 0.010 0.869 0.004 0.109 0.007 107 Q 0.001 0.001 0.013 0.631 0.054 0.229 0.072 108 Y 0.004 0.002 0.013 0.212 0.132 0.491 0.145 109 K 0.018 0.006 0.011 0.005 0.206 0.330 0.423 110 A 0.074 0.003 0.005 0.001 0.073 0.010 0.835 111 R 0.207 0.001 0.003 0.001 0.463 0.017 0.308 112 L 0.934 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.050 113 M 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 114 K 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 115 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 116 S 0.954 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.037 117 C 0.846 0.003 0.001 0.004 0.021 0.008 0.118 118 F 0.399 0.009 0.003 0.007 0.202 0.039 0.340 119 N 0.193 0.011 0.036 0.077 0.211 0.234 0.239 120 A 0.044 0.009 0.044 0.103 0.253 0.290 0.257 121 N 0.021 0.006 0.032 0.196 0.211 0.077 0.457 122 A 0.002 0.001 0.022 0.890 0.018 0.054 0.013 123 A 0.003 0.001 0.014 0.942 0.003 0.032 0.005 124 G 0.003 0.001 0.008 0.972 0.001 0.008 0.007 125 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.004 0.003 126 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 128 Y 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 129 T 0.002 0.001 0.002 0.983 0.001 0.009 0.001 130 Q 0.002 0.001 0.004 0.946 0.004 0.043 0.001 131 L 0.001 0.001 0.004 0.563 0.007 0.420 0.004 132 G 0.004 0.001 0.003 0.038 0.055 0.813 0.086 133 Y 0.038 0.005 0.001 0.005 0.044 0.006 0.902 134 Q 0.419 0.036 0.003 0.009 0.014 0.006 0.512 135 P 0.595 0.018 0.010 0.043 0.028 0.006 0.299 136 R 0.666 0.007 0.020 0.066 0.050 0.018 0.173 137 A 0.694 0.007 0.026 0.051 0.061 0.023 0.138 138 I 0.654 0.015 0.016 0.042 0.036 0.018 0.219 139 A 0.521 0.009 0.033 0.062 0.063 0.021 0.292 140 E 0.463 0.011 0.065 0.079 0.098 0.075 0.210 141 R 0.500 0.019 0.040 0.073 0.105 0.091 0.171 142 H 0.333 0.072 0.022 0.043 0.172 0.062 0.295 143 D 0.071 0.016 0.009 0.006 0.122 0.033 0.742 144 P 0.015 0.004 0.039 0.008 0.122 0.693 0.119 145 D 0.005 0.002 0.021 0.003 0.108 0.829 0.033 146 G 0.033 0.005 0.021 0.007 0.402 0.329 0.202 147 R 0.200 0.025 0.005 0.008 0.092 0.022 0.648 148 R 0.690 0.072 0.002 0.005 0.039 0.008 0.184 149 V 0.791 0.006 0.003 0.005 0.023 0.004 0.169 150 A 0.880 0.002 0.002 0.004 0.033 0.003 0.076 151 L 0.949 0.002 0.003 0.005 0.007 0.003 0.031 152 I 0.951 0.002 0.003 0.009 0.004 0.006 0.026 153 Q 0.966 0.003 0.001 0.005 0.003 0.005 0.017 154 M 0.913 0.003 0.001 0.004 0.009 0.010 0.060 155 D 0.658 0.007 0.006 0.009 0.081 0.041 0.198 156 K 0.290 0.005 0.004 0.007 0.303 0.009 0.383 157 P 0.183 0.020 0.007 0.005 0.108 0.039 0.637 158 L 0.076 0.034 0.010 0.006 0.114 0.046 0.714 159 E 0.027 0.008 0.007 0.004 0.047 0.039 0.869 160 P 0.003 0.001 0.003 0.001 0.019 0.008 0.965