# TARGET T0374 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8826 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.357 0.229 0.031 0.255 0.011 0.036 0.017 0.025 0.018 0.001 2 Q 0.027 0.265 0.540 0.017 0.028 0.083 0.011 0.001 0.022 0.002 0.003 3 L 0.010 0.674 0.215 0.009 0.053 0.019 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 4 S 0.009 0.736 0.121 0.011 0.069 0.027 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 5 H 0.014 0.575 0.266 0.018 0.063 0.035 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 6 R 0.005 0.572 0.190 0.001 0.031 0.021 0.007 0.001 0.173 0.001 0.001 7 P 0.015 0.006 0.901 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 8 A 0.083 0.164 0.580 0.062 0.039 0.048 0.005 0.004 0.010 0.002 0.001 9 E 0.006 0.362 0.400 0.004 0.146 0.034 0.002 0.001 0.040 0.006 0.001 10 T 0.806 0.014 0.059 0.094 0.005 0.005 0.007 0.004 0.002 0.004 0.001 11 G 0.627 0.007 0.037 0.113 0.021 0.004 0.024 0.133 0.001 0.032 0.001 12 D 0.309 0.026 0.205 0.167 0.022 0.179 0.008 0.003 0.077 0.003 0.002 13 L 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.977 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.966 0.002 0.003 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.964 0.002 0.010 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 G 0.658 0.001 0.006 0.245 0.002 0.002 0.011 0.071 0.001 0.001 0.001 19 F 0.414 0.049 0.422 0.032 0.003 0.027 0.012 0.001 0.040 0.001 0.001 20 P 0.696 0.004 0.232 0.043 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 21 Q 0.563 0.075 0.132 0.163 0.019 0.016 0.014 0.008 0.006 0.003 0.001 22 D 0.328 0.087 0.269 0.098 0.027 0.091 0.035 0.006 0.054 0.005 0.001 23 R 0.659 0.058 0.081 0.144 0.013 0.021 0.010 0.003 0.009 0.002 0.001 24 D 0.562 0.063 0.100 0.148 0.029 0.040 0.029 0.008 0.017 0.003 0.001 25 E 0.639 0.093 0.092 0.115 0.016 0.021 0.008 0.002 0.011 0.002 0.001 26 L 0.536 0.123 0.118 0.159 0.016 0.020 0.010 0.003 0.013 0.001 0.001 27 F 0.375 0.184 0.135 0.164 0.047 0.032 0.026 0.007 0.026 0.004 0.001 28 Y 0.301 0.187 0.194 0.160 0.042 0.036 0.043 0.010 0.023 0.004 0.001 29 C 0.211 0.194 0.230 0.157 0.058 0.063 0.034 0.010 0.034 0.007 0.001 30 Y 0.065 0.255 0.382 0.010 0.045 0.038 0.028 0.001 0.169 0.006 0.001 31 P 0.403 0.008 0.469 0.030 0.001 0.030 0.002 0.001 0.002 0.001 0.053 32 K 0.553 0.068 0.181 0.113 0.021 0.021 0.016 0.011 0.009 0.005 0.002 33 A 0.454 0.078 0.218 0.143 0.031 0.026 0.018 0.010 0.013 0.008 0.002 34 I 0.322 0.142 0.235 0.180 0.018 0.048 0.022 0.004 0.025 0.003 0.002 35 W 0.250 0.149 0.447 0.005 0.027 0.025 0.012 0.002 0.072 0.011 0.001 36 P 0.721 0.002 0.186 0.019 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 37 F 0.821 0.026 0.059 0.044 0.011 0.009 0.011 0.014 0.003 0.002 0.001 38 S 0.875 0.016 0.054 0.024 0.006 0.014 0.002 0.001 0.005 0.003 0.001 39 V 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.973 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.845 0.002 0.006 0.140 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 46 I 0.716 0.030 0.063 0.133 0.005 0.018 0.014 0.003 0.016 0.002 0.001 47 A 0.592 0.042 0.141 0.115 0.020 0.025 0.032 0.010 0.012 0.010 0.001 48 E 0.600 0.040 0.152 0.119 0.024 0.015 0.025 0.008 0.007 0.009 0.001 49 R 0.424 0.065 0.107 0.269 0.028 0.027 0.044 0.018 0.012 0.004 0.001 50 R 0.197 0.211 0.202 0.247 0.059 0.020 0.031 0.007 0.023 0.004 0.001 51 G 0.055 0.124 0.195 0.059 0.295 0.010 0.059 0.098 0.013 0.091 0.001 52 S 0.014 0.563 0.238 0.020 0.136 0.015 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 53 T 0.003 0.818 0.082 0.003 0.075 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 54 V 0.001 0.909 0.046 0.001 0.028 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 55 A 0.001 0.901 0.052 0.001 0.026 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 56 V 0.008 0.836 0.106 0.005 0.015 0.017 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 57 H 0.045 0.721 0.044 0.015 0.036 0.018 0.004 0.001 0.114 0.002 0.001 58 D 0.005 0.002 0.014 0.030 0.001 0.007 0.923 0.001 0.014 0.003 0.001 59 G 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.034 0.945 0.001 0.006 0.001 60 Q 0.007 0.638 0.303 0.009 0.011 0.012 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 61 V 0.001 0.034 0.897 0.001 0.001 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.313 0.013 0.001 0.671 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 G 0.001 0.227 0.005 0.001 0.767 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 F 0.001 0.856 0.022 0.001 0.099 0.004 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 65 A 0.003 0.811 0.039 0.003 0.124 0.007 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 66 N 0.003 0.678 0.119 0.003 0.123 0.041 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 67 F 0.021 0.592 0.213 0.025 0.059 0.046 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 68 Y 0.019 0.649 0.108 0.010 0.172 0.011 0.008 0.001 0.019 0.004 0.001 69 Q 0.084 0.342 0.416 0.036 0.013 0.066 0.009 0.001 0.031 0.001 0.002 70 W 0.194 0.285 0.295 0.065 0.051 0.056 0.010 0.003 0.037 0.005 0.001 71 Q 0.232 0.231 0.213 0.101 0.056 0.062 0.043 0.009 0.037 0.012 0.002 72 H 0.180 0.097 0.170 0.318 0.022 0.038 0.107 0.012 0.048 0.005 0.003 73 G 0.068 0.019 0.093 0.022 0.106 0.004 0.052 0.229 0.003 0.403 0.001 74 D 0.243 0.066 0.121 0.422 0.021 0.052 0.053 0.004 0.012 0.001 0.005 75 F 0.036 0.656 0.120 0.052 0.106 0.011 0.006 0.002 0.010 0.001 0.001 76 C 0.011 0.748 0.112 0.006 0.093 0.009 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 77 A 0.007 0.778 0.101 0.003 0.063 0.022 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 78 L 0.032 0.538 0.236 0.024 0.028 0.082 0.003 0.001 0.055 0.001 0.001 79 G 0.207 0.212 0.131 0.085 0.230 0.014 0.020 0.016 0.017 0.067 0.001 80 N 0.067 0.292 0.099 0.084 0.187 0.038 0.197 0.004 0.028 0.001 0.003 81 M 0.032 0.743 0.136 0.024 0.041 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 82 M 0.010 0.805 0.104 0.002 0.047 0.014 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 83 V 0.009 0.753 0.159 0.006 0.018 0.030 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 84 A 0.007 0.141 0.629 0.001 0.017 0.059 0.002 0.001 0.142 0.001 0.001 85 P 0.931 0.001 0.051 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 86 A 0.920 0.004 0.020 0.043 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 87 A 0.563 0.022 0.027 0.345 0.007 0.010 0.010 0.003 0.011 0.001 0.001 88 R 0.203 0.037 0.232 0.304 0.007 0.009 0.186 0.005 0.008 0.008 0.001 89 G 0.035 0.002 0.008 0.031 0.009 0.006 0.423 0.452 0.003 0.031 0.001 90 L 0.211 0.124 0.275 0.309 0.028 0.019 0.019 0.002 0.007 0.005 0.001 91 G 0.190 0.033 0.200 0.020 0.139 0.022 0.032 0.209 0.005 0.149 0.001 92 V 0.911 0.009 0.015 0.046 0.002 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 93 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 V 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 M 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 N 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 R 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 E 0.976 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 Q 0.844 0.003 0.003 0.142 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 108 Y 0.251 0.025 0.036 0.615 0.009 0.009 0.020 0.012 0.021 0.001 0.001 109 K 0.033 0.004 0.009 0.071 0.004 0.014 0.805 0.051 0.004 0.005 0.001 110 A 0.023 0.260 0.558 0.008 0.076 0.055 0.003 0.002 0.013 0.002 0.001 111 R 0.570 0.009 0.009 0.408 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 L 0.003 0.740 0.023 0.004 0.221 0.002 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 113 M 0.001 0.884 0.057 0.001 0.019 0.008 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 114 K 0.002 0.834 0.092 0.001 0.024 0.022 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 115 I 0.006 0.773 0.120 0.003 0.036 0.037 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 116 S 0.007 0.719 0.111 0.006 0.072 0.032 0.002 0.001 0.049 0.001 0.001 117 C 0.038 0.600 0.163 0.032 0.103 0.031 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 118 F 0.110 0.306 0.326 0.033 0.080 0.072 0.016 0.002 0.044 0.009 0.001 119 N 0.519 0.076 0.148 0.149 0.019 0.031 0.022 0.007 0.015 0.012 0.002 120 A 0.275 0.117 0.199 0.223 0.079 0.035 0.032 0.011 0.014 0.013 0.002 121 N 0.117 0.064 0.375 0.073 0.045 0.172 0.031 0.007 0.107 0.009 0.002 122 A 0.937 0.002 0.011 0.037 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 123 A 0.956 0.001 0.011 0.026 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 124 G 0.914 0.002 0.008 0.063 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 125 L 0.991 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 Y 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 T 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 Q 0.975 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 L 0.251 0.002 0.003 0.741 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 132 G 0.011 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.356 0.570 0.001 0.051 0.001 133 Y 0.047 0.164 0.593 0.052 0.078 0.030 0.011 0.007 0.006 0.011 0.001 134 Q 0.014 0.563 0.274 0.001 0.018 0.034 0.005 0.001 0.091 0.001 0.001 135 P 0.019 0.005 0.900 0.001 0.001 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 136 R 0.752 0.088 0.025 0.113 0.009 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 137 A 0.099 0.236 0.110 0.015 0.479 0.007 0.015 0.007 0.008 0.023 0.001 138 I 0.170 0.550 0.164 0.034 0.032 0.016 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 139 A 0.267 0.311 0.193 0.030 0.091 0.043 0.013 0.003 0.039 0.007 0.002 140 E 0.277 0.231 0.342 0.053 0.025 0.047 0.006 0.002 0.013 0.002 0.002 141 R 0.167 0.264 0.183 0.202 0.072 0.032 0.036 0.012 0.027 0.003 0.002 142 H 0.062 0.354 0.328 0.075 0.047 0.072 0.022 0.002 0.032 0.003 0.001 143 D 0.007 0.186 0.531 0.002 0.026 0.043 0.008 0.001 0.195 0.001 0.001 144 P 0.883 0.001 0.057 0.040 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 145 D 0.076 0.003 0.034 0.712 0.001 0.009 0.148 0.005 0.009 0.001 0.001 146 G 0.005 0.001 0.016 0.009 0.008 0.001 0.101 0.844 0.001 0.015 0.001 147 R 0.050 0.386 0.494 0.016 0.025 0.012 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 148 R 0.023 0.204 0.683 0.007 0.003 0.058 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 149 V 0.040 0.705 0.162 0.006 0.027 0.025 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 150 A 0.085 0.123 0.682 0.012 0.007 0.078 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 151 L 0.047 0.711 0.104 0.010 0.084 0.018 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 152 I 0.035 0.779 0.095 0.008 0.049 0.014 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 153 Q 0.042 0.659 0.192 0.014 0.018 0.038 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 154 M 0.060 0.483 0.151 0.043 0.155 0.029 0.034 0.003 0.035 0.005 0.001 155 D 0.058 0.284 0.283 0.079 0.061 0.078 0.090 0.006 0.055 0.004 0.002 156 K 0.018 0.507 0.318 0.001 0.028 0.017 0.010 0.001 0.100 0.001 0.001 157 P 0.045 0.010 0.869 0.004 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 158 L 0.101 0.229 0.509 0.043 0.019 0.066 0.005 0.002 0.023 0.001 0.002 159 E 0.028 0.177 0.575 0.003 0.044 0.027 0.014 0.001 0.122 0.009 0.001 160 P 0.551 0.003 0.355 0.038 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034