# TARGET T0374 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8826 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.494 0.110 0.008 0.264 0.006 0.011 0.021 0.013 0.016 0.012 2 Q 0.253 0.116 0.020 0.002 0.500 0.002 0.006 0.011 0.014 0.033 0.044 3 L 0.238 0.153 0.020 0.002 0.548 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.026 4 S 0.143 0.135 0.021 0.001 0.663 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.025 5 H 0.336 0.137 0.059 0.005 0.377 0.002 0.002 0.003 0.002 0.013 0.064 6 R 0.004 0.582 0.322 0.006 0.078 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 7 P 0.143 0.413 0.130 0.004 0.228 0.003 0.009 0.006 0.005 0.011 0.050 8 A 0.075 0.296 0.131 0.050 0.204 0.033 0.040 0.025 0.045 0.053 0.047 9 E 0.004 0.439 0.496 0.018 0.032 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 10 T 0.003 0.005 0.002 0.004 0.004 0.027 0.077 0.474 0.392 0.010 0.002 11 G 0.003 0.010 0.014 0.012 0.007 0.006 0.017 0.384 0.290 0.240 0.018 12 D 0.011 0.022 0.003 0.001 0.016 0.001 0.004 0.279 0.191 0.465 0.006 13 L 0.004 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.664 0.301 0.014 0.003 14 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.765 0.205 0.004 0.001 15 T 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.741 0.152 0.086 0.002 16 V 0.008 0.007 0.002 0.001 0.009 0.002 0.011 0.643 0.234 0.076 0.006 17 A 0.002 0.018 0.007 0.010 0.006 0.019 0.083 0.580 0.245 0.027 0.002 18 G 0.013 0.011 0.009 0.006 0.012 0.005 0.037 0.219 0.154 0.504 0.031 19 F 0.034 0.123 0.069 0.011 0.075 0.011 0.059 0.308 0.169 0.113 0.028 20 P 0.069 0.134 0.033 0.008 0.120 0.013 0.058 0.386 0.117 0.035 0.026 21 Q 0.025 0.101 0.037 0.020 0.063 0.040 0.071 0.296 0.187 0.134 0.026 22 D 0.198 0.077 0.037 0.004 0.227 0.004 0.018 0.155 0.063 0.118 0.099 23 R 0.012 0.036 0.013 0.004 0.024 0.004 0.011 0.545 0.285 0.056 0.009 24 D 0.017 0.034 0.013 0.008 0.033 0.013 0.053 0.539 0.214 0.065 0.012 25 E 0.026 0.035 0.014 0.006 0.038 0.011 0.055 0.496 0.219 0.084 0.016 26 L 0.051 0.068 0.026 0.011 0.096 0.016 0.070 0.385 0.154 0.092 0.031 27 F 0.084 0.124 0.044 0.022 0.143 0.029 0.068 0.209 0.129 0.106 0.042 28 Y 0.087 0.104 0.045 0.021 0.127 0.024 0.074 0.186 0.114 0.163 0.056 29 C 0.095 0.135 0.077 0.030 0.145 0.029 0.076 0.099 0.076 0.165 0.072 30 Y 0.080 0.307 0.189 0.030 0.214 0.009 0.023 0.049 0.032 0.037 0.030 31 P 0.034 0.245 0.127 0.032 0.099 0.021 0.038 0.187 0.152 0.049 0.016 32 K 0.031 0.072 0.034 0.012 0.064 0.023 0.075 0.280 0.275 0.110 0.024 33 A 0.053 0.098 0.042 0.012 0.106 0.015 0.068 0.249 0.167 0.148 0.042 34 I 0.071 0.187 0.086 0.016 0.128 0.011 0.033 0.162 0.100 0.160 0.047 35 W 0.045 0.222 0.119 0.015 0.132 0.008 0.015 0.326 0.078 0.023 0.017 36 P 0.016 0.043 0.016 0.005 0.032 0.020 0.042 0.644 0.141 0.031 0.011 37 F 0.019 0.054 0.025 0.004 0.033 0.004 0.015 0.653 0.093 0.082 0.018 38 S 0.009 0.037 0.016 0.002 0.014 0.001 0.002 0.800 0.066 0.048 0.004 39 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.046 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.020 0.001 0.001 41 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.016 0.002 0.001 42 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.056 0.010 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.908 0.085 0.002 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.898 0.063 0.010 0.001 45 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.005 0.059 0.786 0.101 0.039 0.001 46 I 0.039 0.029 0.007 0.003 0.032 0.004 0.019 0.558 0.162 0.121 0.027 47 A 0.017 0.071 0.036 0.028 0.034 0.035 0.062 0.427 0.200 0.078 0.011 48 E 0.022 0.082 0.065 0.026 0.046 0.034 0.130 0.362 0.141 0.074 0.017 49 R 0.063 0.056 0.044 0.028 0.061 0.037 0.114 0.170 0.119 0.241 0.067 50 R 0.078 0.217 0.078 0.066 0.131 0.036 0.068 0.056 0.050 0.164 0.058 51 G 0.107 0.128 0.110 0.134 0.124 0.040 0.012 0.009 0.020 0.212 0.104 52 S 0.341 0.121 0.025 0.007 0.434 0.006 0.006 0.002 0.004 0.013 0.042 53 T 0.336 0.065 0.014 0.002 0.549 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.024 54 V 0.363 0.052 0.005 0.001 0.544 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 55 A 0.154 0.197 0.009 0.001 0.627 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 56 V 0.633 0.048 0.016 0.002 0.205 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.079 57 H 0.002 0.001 0.006 0.618 0.001 0.348 0.011 0.005 0.004 0.002 0.001 58 D 0.001 0.015 0.021 0.906 0.001 0.028 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 59 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.920 0.043 60 Q 0.001 0.763 0.155 0.001 0.071 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 61 V 0.811 0.003 0.001 0.001 0.119 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 62 L 0.015 0.006 0.008 0.393 0.023 0.389 0.147 0.003 0.003 0.005 0.008 63 G 0.177 0.174 0.058 0.069 0.461 0.023 0.006 0.002 0.001 0.008 0.020 64 F 0.476 0.026 0.002 0.001 0.439 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 65 A 0.316 0.079 0.013 0.006 0.475 0.006 0.003 0.002 0.001 0.012 0.087 66 N 0.324 0.076 0.008 0.001 0.506 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.068 67 F 0.357 0.108 0.023 0.014 0.310 0.015 0.007 0.008 0.016 0.039 0.102 68 Y 0.094 0.349 0.133 0.020 0.312 0.010 0.012 0.016 0.019 0.015 0.020 69 Q 0.247 0.159 0.047 0.010 0.345 0.015 0.025 0.028 0.028 0.040 0.056 70 W 0.137 0.199 0.105 0.062 0.199 0.047 0.053 0.063 0.052 0.043 0.039 71 Q 0.091 0.075 0.100 0.158 0.086 0.124 0.103 0.096 0.055 0.060 0.051 72 H 0.026 0.103 0.114 0.262 0.042 0.114 0.117 0.061 0.051 0.083 0.026 73 G 0.018 0.068 0.111 0.282 0.026 0.075 0.032 0.068 0.094 0.190 0.037 74 D 0.053 0.070 0.036 0.037 0.086 0.055 0.074 0.155 0.160 0.225 0.048 75 F 0.237 0.144 0.029 0.008 0.281 0.008 0.018 0.049 0.068 0.078 0.079 76 C 0.216 0.150 0.025 0.004 0.510 0.004 0.002 0.005 0.009 0.023 0.051 77 A 0.288 0.137 0.026 0.001 0.501 0.001 0.002 0.004 0.003 0.012 0.025 78 L 0.580 0.021 0.007 0.008 0.142 0.006 0.005 0.005 0.005 0.021 0.202 79 G 0.004 0.022 0.021 0.272 0.017 0.339 0.219 0.060 0.028 0.014 0.002 80 N 0.266 0.121 0.047 0.008 0.362 0.003 0.007 0.019 0.020 0.070 0.077 81 M 0.217 0.081 0.008 0.006 0.585 0.006 0.004 0.009 0.008 0.015 0.062 82 M 0.326 0.071 0.018 0.001 0.443 0.001 0.002 0.007 0.009 0.027 0.094 83 V 0.031 0.529 0.226 0.008 0.175 0.003 0.008 0.005 0.002 0.005 0.008 84 A 0.021 0.632 0.168 0.003 0.168 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 85 P 0.004 0.015 0.008 0.003 0.009 0.012 0.025 0.407 0.509 0.007 0.002 86 A 0.003 0.006 0.007 0.003 0.004 0.008 0.074 0.634 0.191 0.062 0.008 87 A 0.010 0.020 0.005 0.007 0.017 0.018 0.066 0.361 0.157 0.324 0.014 88 R 0.024 0.059 0.055 0.030 0.027 0.033 0.074 0.482 0.107 0.074 0.035 89 G 0.013 0.043 0.075 0.077 0.022 0.050 0.026 0.284 0.078 0.292 0.041 90 L 0.013 0.285 0.131 0.057 0.070 0.040 0.044 0.283 0.034 0.031 0.011 91 G 0.016 0.020 0.021 0.022 0.014 0.008 0.009 0.624 0.073 0.142 0.050 92 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.937 0.051 0.004 0.001 93 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.037 0.001 0.001 94 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.027 0.001 0.001 95 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.019 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 97 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.021 0.001 0.001 98 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.041 0.003 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.033 0.001 0.001 102 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.980 0.015 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.960 0.031 0.005 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.907 0.083 0.008 0.001 105 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.899 0.077 0.002 0.001 106 E 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.116 0.772 0.084 0.013 0.001 107 Q 0.004 0.030 0.020 0.006 0.012 0.021 0.199 0.555 0.108 0.042 0.003 108 Y 0.078 0.436 0.074 0.009 0.214 0.006 0.009 0.041 0.028 0.060 0.047 109 K 0.119 0.013 0.006 0.006 0.033 0.009 0.013 0.029 0.047 0.449 0.276 110 A 0.137 0.319 0.082 0.005 0.400 0.002 0.002 0.007 0.005 0.010 0.031 111 R 0.053 0.054 0.011 0.043 0.162 0.152 0.291 0.138 0.050 0.033 0.014 112 L 0.328 0.082 0.009 0.002 0.543 0.001 0.003 0.005 0.003 0.005 0.020 113 M 0.185 0.059 0.002 0.001 0.731 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 114 K 0.292 0.028 0.003 0.001 0.624 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.045 115 I 0.307 0.090 0.006 0.001 0.526 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.059 116 S 0.310 0.085 0.014 0.002 0.482 0.001 0.003 0.003 0.002 0.023 0.074 117 C 0.162 0.250 0.108 0.023 0.263 0.011 0.014 0.036 0.022 0.049 0.062 118 F 0.066 0.286 0.165 0.041 0.196 0.023 0.039 0.083 0.042 0.035 0.024 119 N 0.052 0.158 0.088 0.027 0.085 0.049 0.070 0.219 0.132 0.085 0.035 120 A 0.027 0.084 0.071 0.047 0.054 0.070 0.117 0.235 0.101 0.162 0.031 121 N 0.106 0.237 0.113 0.015 0.204 0.004 0.005 0.110 0.026 0.115 0.064 122 A 0.002 0.006 0.003 0.001 0.005 0.003 0.006 0.762 0.195 0.014 0.003 123 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.929 0.056 0.005 0.001 124 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.908 0.068 0.019 0.001 125 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.026 0.001 0.001 126 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.972 0.023 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.018 0.001 0.001 128 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.038 0.003 0.001 129 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.873 0.105 0.003 0.001 130 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.071 0.836 0.077 0.011 0.001 131 L 0.001 0.503 0.456 0.007 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 132 G 0.044 0.010 0.013 0.030 0.006 0.010 0.008 0.025 0.024 0.414 0.416 133 Y 0.114 0.406 0.128 0.001 0.269 0.001 0.001 0.008 0.011 0.029 0.034 134 Q 0.002 0.692 0.230 0.002 0.069 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 135 P 0.692 0.034 0.004 0.001 0.151 0.001 0.007 0.008 0.004 0.004 0.094 136 R 0.033 0.119 0.100 0.167 0.128 0.215 0.116 0.034 0.032 0.033 0.024 137 A 0.231 0.209 0.045 0.005 0.412 0.003 0.007 0.018 0.008 0.024 0.038 138 I 0.309 0.149 0.040 0.020 0.295 0.018 0.013 0.044 0.014 0.025 0.072 139 A 0.134 0.246 0.114 0.029 0.305 0.010 0.009 0.065 0.038 0.028 0.023 140 E 0.136 0.124 0.042 0.038 0.195 0.060 0.053 0.172 0.081 0.050 0.048 141 R 0.084 0.254 0.069 0.021 0.240 0.014 0.043 0.164 0.035 0.048 0.029 142 H 0.079 0.206 0.065 0.019 0.325 0.024 0.039 0.065 0.032 0.112 0.033 143 D 0.098 0.123 0.561 0.013 0.108 0.002 0.008 0.045 0.011 0.004 0.026 144 P 0.003 0.010 0.016 0.008 0.004 0.022 0.077 0.681 0.160 0.016 0.002 145 D 0.001 0.783 0.136 0.027 0.028 0.004 0.011 0.004 0.001 0.003 0.001 146 G 0.014 0.002 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.010 0.658 0.305 147 R 0.010 0.552 0.188 0.006 0.158 0.004 0.012 0.042 0.019 0.007 0.002 148 R 0.498 0.066 0.014 0.001 0.307 0.001 0.002 0.006 0.007 0.019 0.079 149 V 0.062 0.443 0.132 0.022 0.293 0.013 0.010 0.010 0.004 0.003 0.008 150 A 0.411 0.049 0.007 0.005 0.368 0.008 0.031 0.041 0.006 0.012 0.064 151 L 0.222 0.127 0.018 0.012 0.561 0.011 0.008 0.015 0.004 0.007 0.016 152 I 0.227 0.066 0.003 0.001 0.675 0.002 0.002 0.007 0.001 0.002 0.014 153 Q 0.368 0.041 0.005 0.002 0.459 0.002 0.002 0.008 0.002 0.017 0.094 154 M 0.128 0.267 0.054 0.005 0.470 0.002 0.004 0.011 0.004 0.023 0.032 155 D 0.256 0.132 0.043 0.010 0.288 0.011 0.022 0.023 0.019 0.092 0.105 156 K 0.011 0.498 0.366 0.010 0.100 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 157 P 0.129 0.380 0.090 0.003 0.324 0.003 0.012 0.017 0.008 0.010 0.023 158 L 0.076 0.266 0.187 0.048 0.163 0.030 0.061 0.042 0.042 0.047 0.038 159 E 0.014 0.258 0.434 0.116 0.058 0.027 0.025 0.036 0.018 0.009 0.006 160 P 0.036 0.163 0.092 0.023 0.082 0.030 0.069 0.238 0.175 0.069 0.021