# TARGET T0374 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2157 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.003 0.001 0.001 0.058 0.913 2 Q 0.243 0.010 0.001 0.001 0.057 0.688 3 L 0.639 0.015 0.002 0.001 0.040 0.303 4 S 0.840 0.025 0.002 0.001 0.025 0.108 5 H 0.785 0.008 0.004 0.001 0.053 0.149 6 R 0.476 0.005 0.005 0.002 0.130 0.382 7 P 0.185 0.007 0.006 0.004 0.206 0.592 8 A 0.089 0.042 0.009 0.007 0.189 0.664 9 E 0.065 0.032 0.014 0.012 0.309 0.570 10 T 0.011 0.006 0.421 0.122 0.314 0.126 11 G 0.010 0.006 0.301 0.239 0.320 0.124 12 D 0.013 0.010 0.306 0.380 0.212 0.079 13 L 0.003 0.001 0.055 0.872 0.046 0.023 14 E 0.004 0.002 0.055 0.880 0.045 0.014 15 T 0.005 0.002 0.064 0.870 0.048 0.010 16 V 0.017 0.003 0.048 0.850 0.057 0.024 17 A 0.013 0.003 0.043 0.811 0.071 0.059 18 G 0.018 0.006 0.043 0.705 0.094 0.133 19 F 0.021 0.007 0.043 0.450 0.222 0.256 20 P 0.023 0.007 0.061 0.376 0.245 0.288 21 Q 0.023 0.008 0.056 0.375 0.276 0.262 22 D 0.020 0.007 0.044 0.405 0.278 0.245 23 R 0.009 0.003 0.089 0.659 0.140 0.100 24 D 0.030 0.006 0.165 0.541 0.178 0.080 25 E 0.045 0.005 0.162 0.598 0.138 0.054 26 L 0.070 0.008 0.113 0.602 0.120 0.088 27 F 0.111 0.011 0.072 0.564 0.119 0.123 28 Y 0.120 0.016 0.034 0.357 0.181 0.293 29 C 0.084 0.041 0.021 0.199 0.181 0.474 30 Y 0.048 0.031 0.019 0.072 0.318 0.511 31 P 0.013 0.007 0.240 0.116 0.443 0.181 32 K 0.011 0.005 0.362 0.093 0.432 0.097 33 A 0.010 0.008 0.374 0.135 0.397 0.076 34 I 0.023 0.033 0.110 0.145 0.389 0.300 35 W 0.018 0.018 0.029 0.092 0.364 0.479 36 P 0.020 0.011 0.056 0.157 0.351 0.406 37 F 0.027 0.025 0.024 0.097 0.303 0.525 38 S 0.020 0.015 0.006 0.155 0.144 0.660 39 V 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.005 40 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 41 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 42 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 43 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 44 A 0.001 0.001 0.007 0.977 0.008 0.007 45 A 0.002 0.001 0.010 0.934 0.023 0.031 46 I 0.005 0.005 0.017 0.854 0.053 0.067 47 A 0.011 0.008 0.048 0.289 0.440 0.204 48 E 0.003 0.001 0.136 0.081 0.621 0.157 49 R 0.010 0.003 0.079 0.014 0.696 0.198 50 R 0.051 0.007 0.030 0.005 0.683 0.225 51 G 0.250 0.004 0.004 0.001 0.219 0.522 52 S 0.909 0.004 0.001 0.001 0.016 0.071 53 T 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 54 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 55 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 56 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 57 H 0.678 0.002 0.001 0.001 0.316 0.003 58 D 0.040 0.001 0.001 0.001 0.951 0.007 59 G 0.040 0.001 0.001 0.001 0.948 0.010 60 Q 0.817 0.020 0.001 0.001 0.133 0.030 61 V 0.973 0.004 0.001 0.001 0.004 0.019 62 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 63 G 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 64 F 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 65 A 0.972 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 66 N 0.955 0.001 0.001 0.001 0.008 0.035 67 F 0.914 0.002 0.003 0.001 0.018 0.062 68 Y 0.830 0.003 0.007 0.002 0.052 0.105 69 Q 0.756 0.006 0.012 0.006 0.105 0.115 70 W 0.545 0.022 0.026 0.014 0.230 0.162 71 Q 0.335 0.019 0.038 0.020 0.362 0.227 72 H 0.175 0.022 0.041 0.018 0.477 0.265 73 G 0.096 0.009 0.024 0.008 0.586 0.277 74 D 0.152 0.004 0.030 0.009 0.458 0.348 75 F 0.636 0.024 0.019 0.009 0.162 0.149 76 C 0.875 0.007 0.005 0.003 0.050 0.060 77 A 0.939 0.005 0.003 0.002 0.017 0.033 78 L 0.933 0.004 0.004 0.003 0.020 0.036 79 G 0.850 0.002 0.006 0.004 0.049 0.088 80 N 0.853 0.002 0.009 0.004 0.052 0.080 81 M 0.926 0.006 0.005 0.003 0.024 0.036 82 M 0.920 0.009 0.002 0.004 0.022 0.044 83 V 0.750 0.034 0.004 0.007 0.056 0.149 84 A 0.247 0.017 0.017 0.020 0.407 0.293 85 P 0.011 0.001 0.555 0.089 0.304 0.039 86 A 0.004 0.002 0.657 0.096 0.226 0.016 87 A 0.005 0.011 0.592 0.133 0.248 0.012 88 R 0.010 0.021 0.136 0.230 0.441 0.162 89 G 0.012 0.011 0.034 0.283 0.361 0.299 90 L 0.009 0.003 0.015 0.717 0.137 0.119 91 G 0.012 0.004 0.007 0.909 0.030 0.037 92 V 0.004 0.001 0.004 0.979 0.005 0.007 93 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 94 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 95 Y 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 97 I 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 98 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 102 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 105 R 0.001 0.001 0.009 0.974 0.012 0.003 106 E 0.001 0.001 0.008 0.967 0.017 0.008 107 Q 0.001 0.001 0.010 0.837 0.053 0.098 108 Y 0.002 0.004 0.037 0.210 0.223 0.524 109 K 0.006 0.002 0.019 0.005 0.141 0.827 110 A 0.087 0.007 0.090 0.010 0.263 0.542 111 R 0.209 0.004 0.049 0.011 0.221 0.506 112 L 0.577 0.004 0.012 0.008 0.067 0.332 113 M 0.922 0.004 0.001 0.004 0.010 0.059 114 K 0.972 0.001 0.001 0.002 0.005 0.021 115 I 0.979 0.001 0.001 0.005 0.003 0.013 116 S 0.957 0.002 0.001 0.010 0.008 0.023 117 C 0.868 0.004 0.002 0.018 0.037 0.071 118 F 0.475 0.006 0.028 0.037 0.230 0.224 119 N 0.106 0.005 0.116 0.060 0.477 0.235 120 A 0.027 0.010 0.160 0.192 0.403 0.208 121 N 0.013 0.011 0.104 0.379 0.307 0.185 122 A 0.006 0.003 0.092 0.774 0.079 0.046 123 A 0.001 0.001 0.028 0.960 0.007 0.003 124 G 0.001 0.001 0.022 0.965 0.006 0.005 125 L 0.001 0.001 0.005 0.991 0.002 0.002 126 L 0.001 0.001 0.005 0.987 0.004 0.002 127 L 0.001 0.001 0.005 0.987 0.006 0.001 128 Y 0.001 0.001 0.006 0.983 0.008 0.002 129 T 0.001 0.001 0.006 0.988 0.003 0.001 130 Q 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 131 L 0.001 0.001 0.005 0.948 0.010 0.036 132 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.959 133 Y 0.033 0.014 0.009 0.008 0.106 0.829 134 Q 0.271 0.014 0.022 0.012 0.133 0.548 135 P 0.405 0.015 0.055 0.021 0.188 0.315 136 R 0.437 0.020 0.050 0.028 0.186 0.279 137 A 0.523 0.012 0.043 0.021 0.174 0.227 138 I 0.645 0.017 0.035 0.033 0.110 0.161 139 A 0.596 0.014 0.064 0.049 0.116 0.161 140 E 0.563 0.013 0.085 0.050 0.144 0.146 141 R 0.516 0.012 0.060 0.027 0.172 0.212 142 H 0.467 0.080 0.016 0.016 0.137 0.284 143 D 0.103 0.021 0.005 0.004 0.845 0.023 144 P 0.007 0.001 0.015 0.004 0.964 0.008 145 D 0.002 0.001 0.014 0.004 0.973 0.007 146 G 0.041 0.012 0.011 0.003 0.920 0.014 147 R 0.562 0.028 0.003 0.012 0.104 0.291 148 R 0.921 0.026 0.001 0.005 0.010 0.037 149 V 0.945 0.003 0.002 0.004 0.014 0.032 150 A 0.899 0.002 0.004 0.005 0.024 0.066 151 L 0.872 0.002 0.015 0.009 0.040 0.061 152 I 0.849 0.004 0.019 0.023 0.037 0.067 153 Q 0.839 0.007 0.024 0.027 0.038 0.065 154 M 0.697 0.013 0.017 0.041 0.063 0.169 155 D 0.486 0.011 0.017 0.045 0.117 0.323 156 K 0.330 0.013 0.022 0.029 0.182 0.424 157 P 0.168 0.023 0.017 0.027 0.199 0.567 158 L 0.049 0.027 0.009 0.017 0.139 0.759 159 E 0.015 0.007 0.002 0.004 0.111 0.861 160 P 0.012 0.004 0.011 0.019 0.156 0.797