# TARGET T0374 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2157 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.001 0.001 0.054 0.120 0.107 0.158 0.006 0.001 0.052 0.492 2 Q 0.005 0.003 0.001 0.151 0.079 0.150 0.109 0.002 0.001 0.046 0.454 3 L 0.004 0.001 0.001 0.201 0.135 0.152 0.057 0.001 0.001 0.043 0.408 4 S 0.002 0.001 0.001 0.356 0.196 0.168 0.042 0.001 0.001 0.038 0.197 5 H 0.002 0.001 0.001 0.245 0.056 0.076 0.069 0.001 0.001 0.022 0.528 6 R 0.053 0.002 0.001 0.231 0.134 0.109 0.082 0.005 0.001 0.085 0.299 7 P 0.023 0.006 0.003 0.134 0.010 0.016 0.137 0.001 0.002 0.047 0.622 8 A 0.025 0.007 0.002 0.044 0.026 0.044 0.135 0.009 0.001 0.031 0.676 9 E 0.378 0.090 0.001 0.015 0.010 0.010 0.074 0.010 0.001 0.039 0.373 10 T 0.150 0.078 0.002 0.010 0.004 0.009 0.118 0.005 0.001 0.040 0.583 11 G 0.005 0.046 0.001 0.016 0.004 0.007 0.071 0.001 0.001 0.081 0.768 12 D 0.044 0.737 0.002 0.001 0.005 0.005 0.029 0.012 0.001 0.049 0.115 13 L 0.088 0.743 0.005 0.002 0.001 0.001 0.011 0.010 0.001 0.058 0.081 14 E 0.062 0.473 0.026 0.005 0.003 0.005 0.044 0.013 0.010 0.138 0.221 15 T 0.268 0.410 0.001 0.002 0.003 0.006 0.042 0.014 0.001 0.078 0.174 16 V 0.141 0.265 0.016 0.015 0.005 0.011 0.066 0.026 0.008 0.147 0.299 17 A 0.105 0.147 0.008 0.022 0.012 0.021 0.163 0.006 0.003 0.057 0.457 18 G 0.023 0.109 0.004 0.022 0.007 0.017 0.115 0.005 0.002 0.036 0.660 19 F 0.253 0.162 0.007 0.012 0.009 0.008 0.124 0.021 0.003 0.079 0.321 20 P 0.178 0.139 0.010 0.032 0.005 0.012 0.112 0.012 0.005 0.079 0.417 21 Q 0.067 0.176 0.004 0.014 0.005 0.012 0.085 0.006 0.002 0.035 0.596 22 D 0.137 0.340 0.008 0.015 0.009 0.015 0.066 0.014 0.003 0.040 0.352 23 R 0.124 0.374 0.008 0.016 0.010 0.016 0.061 0.016 0.003 0.046 0.325 24 D 0.136 0.254 0.011 0.018 0.019 0.033 0.074 0.012 0.005 0.067 0.369 25 E 0.177 0.151 0.010 0.026 0.025 0.044 0.091 0.016 0.004 0.062 0.394 26 L 0.146 0.079 0.005 0.030 0.020 0.048 0.100 0.015 0.003 0.054 0.499 27 F 0.109 0.015 0.001 0.029 0.034 0.058 0.099 0.003 0.001 0.043 0.607 28 Y 0.010 0.010 0.001 0.024 0.034 0.074 0.105 0.001 0.001 0.023 0.718 29 C 0.011 0.024 0.004 0.014 0.035 0.048 0.113 0.003 0.002 0.019 0.727 30 Y 0.348 0.057 0.006 0.009 0.025 0.021 0.078 0.038 0.004 0.057 0.356 31 P 0.350 0.071 0.001 0.007 0.006 0.010 0.061 0.022 0.001 0.063 0.410 32 K 0.145 0.015 0.001 0.012 0.006 0.019 0.078 0.002 0.001 0.028 0.694 33 A 0.012 0.015 0.002 0.038 0.026 0.049 0.119 0.001 0.001 0.020 0.717 34 I 0.013 0.018 0.001 0.014 0.023 0.018 0.105 0.002 0.001 0.030 0.777 35 W 0.130 0.122 0.001 0.010 0.032 0.015 0.112 0.029 0.001 0.100 0.447 36 P 0.077 0.252 0.002 0.008 0.002 0.004 0.081 0.003 0.001 0.066 0.505 37 F 0.016 0.574 0.003 0.010 0.003 0.006 0.049 0.004 0.001 0.072 0.262 38 S 0.009 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.010 0.036 39 V 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.012 40 A 0.008 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.018 0.023 41 Q 0.008 0.937 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.018 0.024 42 L 0.038 0.827 0.011 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 0.004 0.046 0.039 43 A 0.055 0.663 0.012 0.002 0.001 0.001 0.018 0.015 0.007 0.115 0.111 44 A 0.055 0.488 0.010 0.002 0.001 0.002 0.042 0.003 0.007 0.082 0.309 45 A 0.058 0.187 0.103 0.003 0.001 0.003 0.067 0.009 0.051 0.121 0.397 46 I 0.234 0.034 0.018 0.002 0.002 0.004 0.066 0.014 0.015 0.068 0.544 47 A 0.269 0.004 0.003 0.002 0.001 0.004 0.047 0.004 0.003 0.054 0.610 48 E 0.032 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.095 0.001 0.001 0.036 0.822 49 R 0.004 0.001 0.001 0.012 0.005 0.027 0.123 0.001 0.001 0.051 0.775 50 R 0.001 0.001 0.001 0.048 0.080 0.164 0.132 0.001 0.001 0.116 0.457 51 G 0.001 0.001 0.001 0.064 0.128 0.362 0.055 0.001 0.001 0.151 0.240 52 S 0.001 0.001 0.001 0.089 0.221 0.497 0.013 0.001 0.001 0.089 0.091 53 T 0.001 0.001 0.001 0.066 0.297 0.547 0.005 0.001 0.001 0.048 0.038 54 V 0.001 0.001 0.001 0.097 0.390 0.413 0.007 0.001 0.001 0.047 0.045 55 A 0.001 0.001 0.001 0.078 0.356 0.474 0.007 0.001 0.001 0.047 0.037 56 V 0.068 0.001 0.001 0.058 0.182 0.375 0.038 0.001 0.002 0.088 0.187 57 H 0.346 0.001 0.001 0.025 0.047 0.066 0.062 0.002 0.002 0.054 0.394 58 D 0.007 0.001 0.001 0.005 0.008 0.018 0.105 0.001 0.001 0.012 0.844 59 G 0.001 0.001 0.001 0.011 0.087 0.153 0.152 0.002 0.001 0.019 0.576 60 Q 0.001 0.001 0.001 0.057 0.279 0.408 0.042 0.001 0.001 0.065 0.146 61 V 0.001 0.001 0.001 0.062 0.285 0.416 0.019 0.001 0.001 0.051 0.166 62 L 0.001 0.001 0.001 0.061 0.405 0.420 0.011 0.001 0.001 0.026 0.075 63 G 0.001 0.001 0.001 0.076 0.370 0.463 0.007 0.001 0.001 0.045 0.037 64 F 0.004 0.002 0.001 0.085 0.343 0.429 0.014 0.001 0.001 0.056 0.066 65 A 0.007 0.002 0.001 0.101 0.358 0.379 0.025 0.001 0.001 0.026 0.100 66 N 0.008 0.002 0.001 0.056 0.285 0.442 0.039 0.001 0.001 0.034 0.132 67 F 0.017 0.006 0.002 0.085 0.185 0.237 0.080 0.002 0.001 0.038 0.347 68 Y 0.090 0.023 0.004 0.055 0.170 0.211 0.096 0.009 0.003 0.072 0.269 69 Q 0.086 0.020 0.006 0.028 0.046 0.076 0.120 0.005 0.004 0.066 0.543 70 W 0.079 0.014 0.004 0.018 0.032 0.055 0.094 0.005 0.003 0.041 0.656 71 Q 0.138 0.013 0.003 0.011 0.020 0.031 0.096 0.005 0.002 0.060 0.621 72 H 0.108 0.046 0.002 0.009 0.009 0.016 0.104 0.007 0.001 0.035 0.662 73 G 0.075 0.039 0.002 0.009 0.018 0.027 0.113 0.008 0.001 0.037 0.672 74 D 0.025 0.079 0.002 0.025 0.059 0.095 0.115 0.006 0.001 0.042 0.552 75 F 0.041 0.070 0.003 0.045 0.097 0.159 0.097 0.004 0.001 0.085 0.397 76 C 0.024 0.024 0.005 0.089 0.204 0.178 0.081 0.002 0.001 0.082 0.309 77 A 0.032 0.039 0.002 0.101 0.155 0.284 0.080 0.005 0.001 0.075 0.226 78 L 0.052 0.034 0.003 0.128 0.151 0.202 0.079 0.005 0.001 0.063 0.280 79 G 0.011 0.015 0.001 0.159 0.163 0.318 0.079 0.004 0.001 0.045 0.203 80 N 0.011 0.014 0.001 0.106 0.154 0.405 0.067 0.003 0.001 0.058 0.181 81 M 0.012 0.004 0.001 0.138 0.199 0.206 0.079 0.001 0.001 0.039 0.321 82 M 0.002 0.005 0.001 0.105 0.218 0.272 0.075 0.001 0.001 0.023 0.297 83 V 0.013 0.074 0.002 0.051 0.070 0.110 0.078 0.005 0.002 0.025 0.571 84 A 0.223 0.347 0.010 0.020 0.023 0.019 0.044 0.027 0.009 0.113 0.166 85 P 0.243 0.144 0.051 0.005 0.003 0.005 0.049 0.012 0.024 0.186 0.277 86 A 0.357 0.073 0.004 0.004 0.005 0.012 0.051 0.008 0.002 0.055 0.428 87 A 0.229 0.051 0.006 0.008 0.007 0.012 0.066 0.006 0.003 0.072 0.539 88 R 0.060 0.173 0.002 0.006 0.005 0.007 0.084 0.004 0.001 0.029 0.628 89 G 0.046 0.358 0.001 0.003 0.006 0.008 0.054 0.006 0.001 0.018 0.500 90 L 0.014 0.415 0.001 0.008 0.013 0.015 0.071 0.004 0.001 0.055 0.404 91 G 0.005 0.849 0.001 0.004 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.073 0.051 92 V 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.011 93 A 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 94 R 0.002 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.005 95 Y 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.005 96 L 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 97 I 0.003 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.005 98 G 0.003 0.507 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.469 0.013 99 V 0.002 0.927 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.050 0.011 100 M 0.002 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 101 E 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 102 N 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.017 103 L 0.025 0.841 0.011 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.003 0.075 0.020 104 A 0.029 0.621 0.052 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.050 0.183 0.040 105 R 0.122 0.064 0.173 0.001 0.001 0.001 0.042 0.006 0.177 0.161 0.254 106 E 0.358 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.057 0.012 0.005 0.081 0.448 107 Q 0.116 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.070 0.003 0.002 0.052 0.744 108 Y 0.027 0.003 0.004 0.013 0.001 0.003 0.098 0.001 0.001 0.029 0.820 109 K 0.008 0.002 0.001 0.008 0.004 0.013 0.116 0.001 0.001 0.025 0.821 110 A 0.016 0.001 0.001 0.020 0.017 0.025 0.142 0.001 0.001 0.058 0.717 111 R 0.003 0.003 0.001 0.306 0.061 0.169 0.083 0.001 0.001 0.082 0.292 112 L 0.001 0.001 0.001 0.226 0.053 0.220 0.057 0.001 0.001 0.147 0.293 113 M 0.001 0.001 0.001 0.455 0.211 0.224 0.012 0.001 0.001 0.035 0.062 114 K 0.001 0.001 0.001 0.333 0.210 0.308 0.012 0.001 0.001 0.050 0.085 115 I 0.001 0.001 0.001 0.279 0.345 0.253 0.009 0.001 0.001 0.024 0.089 116 S 0.002 0.001 0.001 0.255 0.226 0.362 0.023 0.001 0.001 0.055 0.075 117 C 0.012 0.001 0.001 0.122 0.291 0.316 0.046 0.001 0.001 0.054 0.155 118 F 0.040 0.004 0.001 0.150 0.144 0.200 0.089 0.002 0.001 0.048 0.321 119 N 0.072 0.027 0.002 0.041 0.025 0.045 0.116 0.003 0.002 0.052 0.614 120 A 0.016 0.105 0.002 0.019 0.008 0.014 0.085 0.005 0.001 0.062 0.685 121 N 0.022 0.884 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 0.023 0.052 122 A 0.017 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.018 0.029 123 A 0.002 0.962 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.008 0.018 124 G 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 125 L 0.005 0.263 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.711 0.011 126 L 0.004 0.724 0.012 0.001 0.002 0.003 0.007 0.002 0.002 0.215 0.028 127 L 0.045 0.772 0.032 0.002 0.002 0.003 0.009 0.014 0.007 0.066 0.048 128 Y 0.040 0.068 0.387 0.003 0.001 0.002 0.012 0.015 0.305 0.079 0.087 129 T 0.597 0.031 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.006 0.001 0.016 0.309 130 Q 0.042 0.013 0.002 0.004 0.001 0.004 0.042 0.005 0.002 0.028 0.857 131 L 0.036 0.005 0.001 0.007 0.001 0.003 0.130 0.001 0.001 0.017 0.798 132 G 0.005 0.003 0.001 0.013 0.013 0.025 0.098 0.001 0.001 0.022 0.820 133 Y 0.006 0.006 0.001 0.005 0.011 0.007 0.111 0.001 0.001 0.013 0.839 134 Q 0.151 0.038 0.003 0.028 0.029 0.024 0.124 0.051 0.003 0.058 0.491 135 P 0.502 0.094 0.001 0.006 0.003 0.004 0.039 0.012 0.001 0.025 0.313 136 R 0.061 0.047 0.001 0.012 0.010 0.030 0.065 0.005 0.001 0.019 0.750 137 A 0.017 0.156 0.012 0.021 0.017 0.043 0.067 0.002 0.004 0.016 0.645 138 I 0.156 0.124 0.021 0.014 0.073 0.062 0.062 0.021 0.008 0.046 0.412 139 A 0.327 0.119 0.001 0.005 0.025 0.026 0.039 0.029 0.001 0.038 0.391 140 E 0.081 0.018 0.001 0.012 0.023 0.054 0.062 0.001 0.001 0.027 0.721 141 R 0.003 0.013 0.003 0.028 0.039 0.100 0.091 0.001 0.001 0.023 0.699 142 H 0.002 0.004 0.005 0.021 0.076 0.072 0.088 0.001 0.002 0.020 0.710 143 D 0.728 0.020 0.001 0.003 0.027 0.012 0.023 0.019 0.001 0.061 0.106 144 P 0.407 0.024 0.001 0.005 0.001 0.001 0.051 0.003 0.001 0.051 0.455 145 D 0.013 0.012 0.001 0.004 0.002 0.006 0.086 0.003 0.001 0.012 0.861 146 G 0.045 0.038 0.001 0.017 0.020 0.029 0.140 0.004 0.001 0.026 0.679 147 R 0.035 0.079 0.001 0.035 0.133 0.092 0.116 0.006 0.001 0.039 0.463 148 R 0.043 0.198 0.002 0.038 0.078 0.085 0.069 0.006 0.001 0.032 0.449 149 V 0.066 0.296 0.003 0.038 0.084 0.087 0.082 0.010 0.001 0.036 0.297 150 A 0.037 0.360 0.005 0.076 0.063 0.100 0.071 0.008 0.002 0.060 0.217 151 L 0.060 0.140 0.017 0.093 0.093 0.177 0.073 0.010 0.005 0.087 0.244 152 I 0.060 0.050 0.010 0.088 0.159 0.244 0.054 0.009 0.004 0.091 0.231 153 Q 0.095 0.012 0.006 0.062 0.101 0.148 0.082 0.004 0.003 0.096 0.390 154 M 0.033 0.008 0.002 0.082 0.083 0.169 0.105 0.005 0.001 0.049 0.464 155 D 0.026 0.005 0.001 0.034 0.029 0.062 0.104 0.002 0.001 0.028 0.708 156 K 0.030 0.001 0.001 0.018 0.108 0.103 0.119 0.004 0.001 0.048 0.569 157 P 0.004 0.001 0.001 0.022 0.017 0.041 0.133 0.001 0.001 0.021 0.759 158 L 0.094 0.010 0.003 0.025 0.020 0.025 0.106 0.006 0.002 0.039 0.671 159 E 0.330 0.019 0.003 0.012 0.008 0.007 0.086 0.010 0.001 0.070 0.453 160 P 0.033 0.005 0.001 0.006 0.004 0.009 0.117 0.006 0.001 0.026 0.792