# TARGET T0374 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2157 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.006 0.014 0.019 0.021 0.021 0.023 0.003 0.001 0.003 0.837 2 Q 0.029 0.001 0.007 0.051 0.045 0.048 0.140 0.001 0.001 0.004 0.674 3 L 0.043 0.001 0.023 0.069 0.038 0.056 0.042 0.001 0.001 0.005 0.723 4 S 0.006 0.001 0.001 0.361 0.139 0.208 0.100 0.001 0.001 0.001 0.184 5 H 0.010 0.001 0.002 0.241 0.056 0.122 0.047 0.001 0.001 0.003 0.518 6 R 0.005 0.001 0.001 0.558 0.117 0.171 0.046 0.001 0.001 0.001 0.100 7 P 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.961 8 A 0.007 0.001 0.001 0.316 0.095 0.219 0.092 0.001 0.001 0.005 0.265 9 E 0.052 0.002 0.001 0.060 0.026 0.058 0.166 0.001 0.001 0.008 0.626 10 T 0.028 0.006 0.001 0.027 0.007 0.014 0.055 0.001 0.001 0.003 0.858 11 G 0.032 0.009 0.002 0.018 0.008 0.018 0.187 0.001 0.001 0.006 0.720 12 D 0.115 0.014 0.001 0.004 0.004 0.006 0.468 0.001 0.001 0.012 0.376 13 L 0.172 0.144 0.007 0.011 0.005 0.007 0.085 0.002 0.001 0.006 0.561 14 E 0.016 0.197 0.001 0.002 0.002 0.003 0.088 0.001 0.001 0.001 0.689 15 T 0.045 0.379 0.001 0.003 0.008 0.012 0.195 0.004 0.001 0.005 0.348 16 V 0.087 0.761 0.001 0.002 0.003 0.007 0.010 0.005 0.001 0.001 0.122 17 A 0.053 0.860 0.001 0.002 0.003 0.008 0.015 0.025 0.001 0.001 0.032 18 G 0.192 0.631 0.004 0.002 0.003 0.004 0.002 0.078 0.001 0.001 0.084 19 F 0.414 0.400 0.048 0.002 0.001 0.002 0.003 0.021 0.001 0.001 0.107 20 P 0.005 0.013 0.016 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.955 21 Q 0.021 0.009 0.004 0.024 0.004 0.015 0.086 0.004 0.001 0.002 0.832 22 D 0.485 0.021 0.006 0.010 0.003 0.004 0.102 0.003 0.001 0.006 0.359 23 R 0.270 0.159 0.004 0.042 0.006 0.011 0.081 0.003 0.001 0.006 0.418 24 D 0.089 0.069 0.004 0.036 0.014 0.021 0.192 0.002 0.001 0.006 0.567 25 E 0.126 0.124 0.003 0.037 0.025 0.029 0.127 0.003 0.001 0.009 0.516 26 L 0.162 0.247 0.007 0.030 0.038 0.063 0.115 0.006 0.001 0.011 0.322 27 F 0.142 0.198 0.011 0.036 0.074 0.094 0.118 0.012 0.001 0.009 0.305 28 Y 0.147 0.169 0.009 0.043 0.062 0.089 0.054 0.016 0.001 0.006 0.406 29 C 0.128 0.095 0.030 0.046 0.064 0.113 0.049 0.012 0.001 0.006 0.457 30 Y 0.056 0.028 0.012 0.043 0.070 0.097 0.088 0.006 0.001 0.003 0.597 31 P 0.004 0.001 0.002 0.009 0.004 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.963 32 K 0.018 0.004 0.001 0.030 0.015 0.043 0.133 0.001 0.001 0.003 0.752 33 A 0.263 0.014 0.001 0.021 0.008 0.017 0.073 0.001 0.001 0.007 0.593 34 I 0.237 0.082 0.003 0.039 0.015 0.028 0.059 0.003 0.001 0.004 0.530 35 W 0.151 0.062 0.005 0.041 0.016 0.042 0.103 0.002 0.001 0.003 0.575 36 P 0.010 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.971 37 F 0.093 0.043 0.005 0.017 0.008 0.025 0.170 0.001 0.001 0.004 0.632 38 S 0.138 0.077 0.002 0.006 0.004 0.006 0.168 0.002 0.001 0.002 0.595 39 V 0.034 0.343 0.001 0.009 0.003 0.003 0.044 0.002 0.001 0.001 0.560 40 A 0.018 0.330 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.001 0.001 0.003 0.493 41 Q 0.027 0.440 0.001 0.001 0.001 0.002 0.373 0.004 0.001 0.004 0.147 42 L 0.022 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.033 43 A 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 44 A 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 45 A 0.045 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.016 46 I 0.083 0.889 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.011 47 A 0.067 0.730 0.027 0.001 0.002 0.003 0.004 0.044 0.001 0.001 0.122 48 E 0.132 0.364 0.017 0.004 0.002 0.004 0.007 0.058 0.001 0.001 0.410 49 R 0.283 0.155 0.013 0.006 0.004 0.003 0.015 0.037 0.001 0.001 0.482 50 R 0.255 0.067 0.035 0.024 0.012 0.013 0.051 0.021 0.001 0.007 0.516 51 G 0.089 0.023 0.088 0.112 0.044 0.062 0.070 0.006 0.001 0.006 0.501 52 S 0.041 0.009 0.016 0.350 0.146 0.191 0.052 0.001 0.001 0.004 0.191 53 T 0.008 0.005 0.002 0.393 0.196 0.255 0.030 0.001 0.001 0.001 0.109 54 V 0.003 0.003 0.001 0.386 0.273 0.284 0.011 0.001 0.001 0.001 0.040 55 A 0.002 0.003 0.001 0.382 0.221 0.316 0.015 0.001 0.001 0.001 0.062 56 V 0.002 0.002 0.001 0.255 0.300 0.353 0.023 0.001 0.001 0.001 0.064 57 H 0.004 0.002 0.001 0.117 0.180 0.263 0.091 0.001 0.001 0.004 0.337 58 D 0.004 0.001 0.001 0.026 0.033 0.074 0.217 0.001 0.001 0.009 0.634 59 G 0.111 0.001 0.002 0.022 0.020 0.027 0.253 0.001 0.001 0.110 0.452 60 Q 0.384 0.006 0.015 0.018 0.021 0.013 0.297 0.001 0.001 0.059 0.187 61 V 0.061 0.017 0.011 0.049 0.062 0.080 0.235 0.001 0.001 0.014 0.470 62 L 0.011 0.009 0.003 0.106 0.231 0.456 0.055 0.001 0.001 0.003 0.127 63 G 0.004 0.008 0.001 0.081 0.271 0.471 0.041 0.001 0.001 0.001 0.123 64 F 0.007 0.010 0.001 0.049 0.271 0.491 0.017 0.001 0.001 0.001 0.153 65 A 0.002 0.006 0.001 0.080 0.293 0.555 0.015 0.001 0.001 0.001 0.047 66 N 0.007 0.007 0.001 0.097 0.238 0.434 0.040 0.001 0.001 0.003 0.171 67 F 0.018 0.010 0.007 0.146 0.196 0.332 0.040 0.002 0.001 0.005 0.243 68 Y 0.014 0.007 0.003 0.110 0.211 0.332 0.087 0.002 0.001 0.005 0.229 69 Q 0.019 0.003 0.004 0.032 0.054 0.082 0.052 0.001 0.001 0.004 0.748 70 W 0.027 0.007 0.005 0.058 0.104 0.170 0.111 0.001 0.001 0.006 0.511 71 Q 0.047 0.008 0.002 0.033 0.049 0.089 0.147 0.001 0.001 0.009 0.614 72 H 0.057 0.011 0.002 0.016 0.024 0.037 0.123 0.001 0.001 0.008 0.719 73 G 0.103 0.015 0.003 0.018 0.023 0.036 0.123 0.001 0.001 0.014 0.663 74 D 0.124 0.017 0.004 0.010 0.017 0.021 0.196 0.001 0.001 0.014 0.597 75 F 0.114 0.029 0.005 0.014 0.029 0.038 0.147 0.002 0.001 0.011 0.610 76 C 0.109 0.060 0.008 0.029 0.087 0.123 0.149 0.002 0.001 0.011 0.422 77 A 0.034 0.086 0.003 0.051 0.147 0.219 0.155 0.001 0.001 0.006 0.297 78 L 0.034 0.095 0.002 0.039 0.128 0.299 0.064 0.003 0.001 0.005 0.332 79 G 0.045 0.122 0.003 0.070 0.220 0.306 0.054 0.005 0.001 0.005 0.169 80 N 0.076 0.105 0.007 0.078 0.131 0.154 0.075 0.006 0.001 0.007 0.362 81 M 0.064 0.089 0.021 0.147 0.147 0.212 0.068 0.009 0.001 0.007 0.236 82 M 0.044 0.060 0.007 0.235 0.152 0.236 0.103 0.009 0.001 0.006 0.147 83 V 0.047 0.082 0.022 0.193 0.075 0.176 0.104 0.008 0.001 0.007 0.287 84 A 0.034 0.036 0.011 0.163 0.172 0.207 0.107 0.003 0.001 0.002 0.264 85 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.986 86 A 0.007 0.003 0.001 0.033 0.023 0.063 0.357 0.001 0.001 0.005 0.509 87 A 0.464 0.028 0.001 0.013 0.006 0.010 0.112 0.002 0.001 0.018 0.345 88 R 0.232 0.455 0.001 0.018 0.008 0.010 0.076 0.004 0.001 0.005 0.191 89 G 0.271 0.178 0.007 0.010 0.005 0.008 0.083 0.006 0.001 0.010 0.421 90 L 0.175 0.185 0.038 0.011 0.002 0.006 0.069 0.003 0.001 0.004 0.506 91 G 0.025 0.080 0.005 0.007 0.004 0.004 0.171 0.004 0.001 0.002 0.697 92 V 0.130 0.233 0.036 0.006 0.003 0.006 0.105 0.001 0.001 0.005 0.474 93 A 0.015 0.606 0.002 0.014 0.005 0.014 0.080 0.002 0.001 0.001 0.261 94 R 0.030 0.553 0.001 0.003 0.002 0.002 0.035 0.003 0.001 0.002 0.370 95 Y 0.025 0.850 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.110 96 L 0.004 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.035 97 I 0.017 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.013 98 G 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 99 V 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 100 M 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 101 E 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 102 N 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 103 L 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 104 A 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 105 R 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 106 E 0.019 0.967 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 107 Q 0.047 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.021 108 Y 0.136 0.761 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.046 109 K 0.117 0.330 0.063 0.003 0.005 0.002 0.009 0.164 0.001 0.001 0.306 110 A 0.165 0.153 0.251 0.027 0.006 0.014 0.013 0.029 0.001 0.003 0.340 111 R 0.075 0.038 0.033 0.275 0.104 0.070 0.080 0.021 0.001 0.003 0.302 112 L 0.042 0.009 0.040 0.160 0.026 0.041 0.032 0.002 0.001 0.003 0.645 113 M 0.003 0.003 0.003 0.582 0.167 0.201 0.016 0.001 0.001 0.001 0.024 114 K 0.003 0.002 0.001 0.569 0.115 0.178 0.025 0.001 0.001 0.001 0.104 115 I 0.001 0.002 0.001 0.484 0.197 0.265 0.009 0.001 0.001 0.001 0.042 116 S 0.001 0.002 0.001 0.389 0.208 0.323 0.020 0.001 0.001 0.001 0.056 117 C 0.006 0.003 0.001 0.179 0.245 0.330 0.029 0.001 0.001 0.003 0.202 118 F 0.005 0.003 0.001 0.177 0.230 0.382 0.056 0.001 0.001 0.004 0.140 119 N 0.008 0.006 0.001 0.079 0.129 0.267 0.139 0.002 0.001 0.006 0.363 120 A 0.024 0.014 0.002 0.043 0.057 0.088 0.156 0.002 0.001 0.014 0.600 121 N 0.094 0.015 0.002 0.008 0.012 0.018 0.413 0.003 0.001 0.038 0.398 122 A 0.297 0.037 0.014 0.007 0.004 0.005 0.236 0.002 0.001 0.032 0.365 123 A 0.032 0.073 0.008 0.004 0.005 0.005 0.319 0.001 0.001 0.008 0.545 124 G 0.022 0.228 0.005 0.006 0.019 0.058 0.371 0.001 0.001 0.013 0.276 125 L 0.019 0.766 0.002 0.008 0.025 0.048 0.029 0.002 0.001 0.002 0.100 126 L 0.008 0.847 0.001 0.001 0.008 0.011 0.020 0.001 0.001 0.001 0.103 127 L 0.015 0.888 0.001 0.001 0.007 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.068 128 Y 0.013 0.947 0.001 0.002 0.005 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 129 T 0.004 0.953 0.001 0.004 0.007 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 0.013 130 Q 0.080 0.847 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.023 0.001 0.001 0.038 131 L 0.198 0.488 0.013 0.003 0.009 0.007 0.008 0.219 0.001 0.001 0.054 132 G 0.506 0.102 0.050 0.009 0.005 0.004 0.011 0.165 0.001 0.005 0.143 133 Y 0.008 0.005 0.931 0.004 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.042 134 Q 0.008 0.005 0.008 0.204 0.090 0.072 0.109 0.003 0.001 0.001 0.501 135 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 136 R 0.006 0.002 0.001 0.253 0.039 0.103 0.177 0.001 0.001 0.002 0.416 137 A 0.120 0.004 0.001 0.074 0.013 0.035 0.109 0.001 0.001 0.013 0.631 138 I 0.130 0.049 0.001 0.130 0.039 0.070 0.081 0.001 0.001 0.006 0.492 139 A 0.049 0.032 0.002 0.098 0.054 0.096 0.066 0.001 0.001 0.005 0.597 140 E 0.111 0.048 0.001 0.049 0.047 0.083 0.092 0.004 0.001 0.008 0.557 141 R 0.259 0.051 0.005 0.018 0.087 0.105 0.074 0.016 0.001 0.009 0.375 142 H 0.241 0.091 0.029 0.041 0.067 0.109 0.066 0.013 0.001 0.007 0.336 143 D 0.057 0.033 0.008 0.054 0.184 0.172 0.149 0.007 0.001 0.004 0.332 144 P 0.003 0.001 0.002 0.004 0.005 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.963 145 D 0.016 0.001 0.001 0.006 0.004 0.011 0.490 0.001 0.001 0.006 0.464 146 G 0.766 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.066 0.001 0.001 0.067 0.088 147 R 0.321 0.030 0.021 0.014 0.005 0.004 0.409 0.001 0.001 0.022 0.172 148 R 0.025 0.016 0.011 0.045 0.027 0.045 0.257 0.001 0.001 0.007 0.567 149 V 0.018 0.037 0.002 0.171 0.072 0.251 0.081 0.001 0.001 0.004 0.363 150 A 0.015 0.045 0.001 0.037 0.097 0.174 0.111 0.001 0.001 0.004 0.515 151 L 0.064 0.122 0.002 0.047 0.165 0.266 0.040 0.002 0.001 0.004 0.288 152 I 0.033 0.205 0.002 0.135 0.190 0.222 0.031 0.003 0.001 0.002 0.177 153 Q 0.045 0.176 0.002 0.107 0.147 0.262 0.053 0.007 0.001 0.004 0.198 154 M 0.065 0.200 0.006 0.128 0.119 0.259 0.041 0.018 0.001 0.004 0.160 155 D 0.135 0.158 0.018 0.118 0.074 0.130 0.069 0.033 0.001 0.006 0.259 156 K 0.088 0.025 0.043 0.048 0.034 0.048 0.083 0.008 0.001 0.003 0.619 157 P 0.002 0.001 0.003 0.007 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.973 158 L 0.045 0.002 0.005 0.036 0.010 0.033 0.167 0.001 0.001 0.007 0.694 159 E 0.234 0.004 0.002 0.018 0.007 0.012 0.071 0.001 0.001 0.005 0.646 160 P 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.979