# TARGET T0374 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2157 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.012 0.058 0.068 0.077 0.094 0.017 0.593 2 Q 0.113 0.005 0.051 0.046 0.066 0.114 0.015 0.589 3 L 0.065 0.005 0.123 0.141 0.133 0.051 0.006 0.476 4 S 0.021 0.003 0.128 0.137 0.218 0.069 0.006 0.419 5 H 0.011 0.001 0.070 0.033 0.086 0.029 0.002 0.766 6 R 0.008 0.002 0.406 0.300 0.191 0.028 0.001 0.063 7 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 8 A 0.006 0.001 0.506 0.056 0.178 0.055 0.003 0.195 9 E 0.081 0.003 0.038 0.013 0.018 0.389 0.004 0.454 10 T 0.094 0.013 0.074 0.015 0.058 0.047 0.005 0.694 11 G 0.025 0.009 0.025 0.004 0.009 0.241 0.002 0.684 12 D 0.140 0.007 0.007 0.002 0.003 0.372 0.014 0.455 13 L 0.161 0.122 0.027 0.005 0.020 0.065 0.007 0.591 14 E 0.016 0.108 0.008 0.003 0.013 0.303 0.005 0.544 15 T 0.042 0.096 0.001 0.001 0.002 0.668 0.004 0.186 16 V 0.054 0.891 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.045 17 A 0.007 0.965 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 18 G 0.105 0.761 0.007 0.004 0.003 0.003 0.047 0.070 19 F 0.357 0.426 0.042 0.010 0.019 0.009 0.037 0.100 20 P 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 21 Q 0.020 0.082 0.024 0.014 0.029 0.123 0.012 0.695 22 D 0.232 0.132 0.024 0.007 0.005 0.086 0.026 0.487 23 R 0.169 0.173 0.034 0.007 0.012 0.043 0.011 0.551 24 D 0.080 0.164 0.045 0.020 0.027 0.147 0.011 0.505 25 E 0.113 0.237 0.046 0.020 0.033 0.144 0.017 0.389 26 L 0.157 0.404 0.025 0.023 0.040 0.091 0.018 0.241 27 F 0.166 0.362 0.046 0.040 0.047 0.053 0.031 0.254 28 Y 0.148 0.224 0.070 0.052 0.055 0.053 0.033 0.364 29 C 0.127 0.144 0.093 0.069 0.102 0.057 0.035 0.373 30 Y 0.070 0.054 0.047 0.062 0.109 0.074 0.013 0.571 31 P 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.985 32 K 0.023 0.019 0.019 0.024 0.039 0.150 0.008 0.719 33 A 0.317 0.028 0.027 0.013 0.018 0.102 0.026 0.469 34 I 0.256 0.096 0.052 0.025 0.036 0.078 0.017 0.440 35 W 0.146 0.044 0.064 0.041 0.063 0.108 0.008 0.526 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 37 F 0.036 0.017 0.021 0.018 0.038 0.193 0.005 0.671 38 S 0.153 0.047 0.014 0.008 0.011 0.267 0.009 0.490 39 V 0.034 0.126 0.012 0.004 0.022 0.024 0.002 0.776 40 A 0.014 0.071 0.004 0.001 0.005 0.195 0.001 0.708 41 Q 0.021 0.154 0.001 0.001 0.001 0.630 0.002 0.191 42 L 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 43 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 44 A 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 45 A 0.070 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 46 I 0.060 0.903 0.003 0.002 0.003 0.001 0.011 0.016 47 A 0.064 0.764 0.016 0.007 0.009 0.013 0.030 0.098 48 E 0.094 0.461 0.027 0.011 0.011 0.029 0.060 0.307 49 R 0.160 0.216 0.030 0.012 0.009 0.036 0.096 0.441 50 R 0.180 0.049 0.078 0.034 0.020 0.081 0.079 0.479 51 G 0.036 0.013 0.123 0.073 0.044 0.091 0.033 0.587 52 S 0.069 0.003 0.203 0.136 0.231 0.135 0.007 0.215 53 T 0.015 0.001 0.114 0.373 0.382 0.034 0.001 0.080 54 V 0.002 0.001 0.085 0.375 0.487 0.009 0.001 0.041 55 A 0.002 0.001 0.167 0.389 0.408 0.007 0.001 0.026 56 V 0.001 0.001 0.082 0.476 0.394 0.008 0.001 0.037 57 H 0.002 0.001 0.056 0.224 0.569 0.030 0.001 0.118 58 D 0.004 0.001 0.038 0.054 0.177 0.101 0.006 0.621 59 G 0.064 0.003 0.028 0.064 0.047 0.139 0.066 0.590 60 Q 0.543 0.001 0.021 0.016 0.024 0.275 0.019 0.102 61 V 0.011 0.001 0.077 0.104 0.072 0.090 0.003 0.641 62 L 0.005 0.001 0.092 0.298 0.500 0.039 0.001 0.064 63 G 0.006 0.001 0.159 0.243 0.380 0.038 0.002 0.171 64 F 0.006 0.002 0.182 0.212 0.452 0.030 0.001 0.115 65 A 0.004 0.003 0.177 0.375 0.383 0.017 0.001 0.041 66 N 0.010 0.003 0.127 0.190 0.447 0.045 0.003 0.175 67 F 0.010 0.005 0.190 0.212 0.403 0.032 0.003 0.146 68 Y 0.016 0.008 0.103 0.202 0.354 0.075 0.005 0.237 69 Q 0.018 0.008 0.034 0.069 0.157 0.063 0.007 0.645 70 W 0.062 0.022 0.054 0.069 0.154 0.105 0.011 0.524 71 Q 0.116 0.025 0.024 0.047 0.069 0.246 0.022 0.452 72 H 0.117 0.033 0.023 0.027 0.038 0.078 0.022 0.661 73 G 0.079 0.035 0.031 0.022 0.034 0.102 0.020 0.677 74 D 0.080 0.022 0.027 0.023 0.024 0.149 0.020 0.654 75 F 0.099 0.029 0.043 0.034 0.052 0.121 0.014 0.608 76 C 0.096 0.055 0.085 0.103 0.161 0.182 0.012 0.306 77 A 0.065 0.049 0.131 0.186 0.249 0.152 0.013 0.155 78 L 0.060 0.081 0.092 0.194 0.326 0.060 0.007 0.181 79 G 0.028 0.044 0.138 0.271 0.332 0.044 0.012 0.131 80 N 0.056 0.027 0.119 0.260 0.241 0.059 0.015 0.223 81 M 0.049 0.024 0.168 0.241 0.345 0.034 0.010 0.129 82 M 0.033 0.010 0.094 0.219 0.431 0.048 0.007 0.159 83 V 0.021 0.022 0.126 0.190 0.304 0.039 0.011 0.288 84 A 0.015 0.018 0.085 0.224 0.296 0.053 0.003 0.306 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 A 0.005 0.009 0.009 0.026 0.118 0.233 0.003 0.598 87 A 0.568 0.060 0.008 0.006 0.008 0.084 0.017 0.250 88 R 0.265 0.556 0.014 0.012 0.010 0.029 0.012 0.102 89 G 0.288 0.429 0.034 0.013 0.010 0.016 0.026 0.184 90 L 0.170 0.299 0.103 0.012 0.013 0.045 0.017 0.342 91 G 0.079 0.221 0.019 0.012 0.017 0.103 0.015 0.534 92 V 0.056 0.593 0.043 0.013 0.018 0.057 0.007 0.213 93 A 0.025 0.582 0.024 0.007 0.018 0.121 0.008 0.215 94 R 0.015 0.834 0.006 0.002 0.004 0.021 0.002 0.116 95 Y 0.005 0.934 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.045 96 L 0.013 0.936 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.038 97 I 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 98 G 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 99 V 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 100 M 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 101 E 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 102 N 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 103 L 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 104 A 0.007 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 105 R 0.007 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 106 E 0.021 0.926 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.036 107 Q 0.039 0.928 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.015 108 Y 0.049 0.844 0.011 0.005 0.002 0.003 0.041 0.045 109 K 0.276 0.231 0.037 0.015 0.010 0.036 0.134 0.262 110 A 0.192 0.123 0.265 0.033 0.038 0.073 0.035 0.241 111 R 0.086 0.101 0.192 0.219 0.128 0.094 0.027 0.154 112 L 0.013 0.011 0.133 0.040 0.049 0.051 0.006 0.697 113 M 0.009 0.008 0.458 0.285 0.191 0.022 0.003 0.024 114 K 0.010 0.007 0.309 0.289 0.290 0.022 0.002 0.071 115 I 0.002 0.004 0.313 0.268 0.363 0.007 0.001 0.042 116 S 0.002 0.003 0.370 0.255 0.292 0.015 0.001 0.062 117 C 0.005 0.008 0.154 0.211 0.350 0.029 0.002 0.240 118 F 0.011 0.011 0.250 0.104 0.382 0.061 0.004 0.177 119 N 0.017 0.021 0.041 0.069 0.105 0.120 0.008 0.619 120 A 0.063 0.039 0.036 0.014 0.031 0.118 0.012 0.687 121 N 0.122 0.073 0.012 0.007 0.012 0.200 0.019 0.553 122 A 0.076 0.223 0.017 0.007 0.013 0.128 0.011 0.525 123 A 0.020 0.256 0.003 0.002 0.005 0.184 0.004 0.526 124 G 0.034 0.589 0.003 0.002 0.004 0.197 0.005 0.165 125 L 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 126 L 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 127 L 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 128 Y 0.005 0.987 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 129 T 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 130 Q 0.006 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 131 L 0.031 0.908 0.004 0.006 0.002 0.001 0.026 0.022 132 G 0.629 0.063 0.016 0.010 0.006 0.007 0.185 0.084 133 Y 0.107 0.055 0.533 0.031 0.025 0.018 0.034 0.197 134 Q 0.035 0.015 0.178 0.188 0.152 0.048 0.007 0.376 135 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 136 R 0.004 0.003 0.326 0.107 0.209 0.080 0.002 0.270 137 A 0.077 0.010 0.074 0.045 0.031 0.071 0.005 0.686 138 I 0.091 0.016 0.083 0.065 0.193 0.055 0.006 0.491 139 A 0.039 0.013 0.030 0.037 0.073 0.131 0.002 0.675 140 E 0.067 0.033 0.029 0.047 0.057 0.168 0.016 0.584 141 R 0.162 0.053 0.026 0.063 0.072 0.105 0.021 0.498 142 H 0.229 0.043 0.021 0.056 0.102 0.064 0.024 0.462 143 D 0.054 0.041 0.046 0.198 0.214 0.070 0.011 0.366 144 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 145 D 0.017 0.008 0.008 0.024 0.052 0.416 0.014 0.461 146 G 0.591 0.010 0.006 0.009 0.005 0.027 0.055 0.298 147 R 0.267 0.008 0.022 0.009 0.016 0.523 0.005 0.150 148 R 0.018 0.006 0.007 0.027 0.034 0.107 0.002 0.799 149 V 0.045 0.041 0.029 0.167 0.397 0.143 0.003 0.176 150 A 0.014 0.048 0.019 0.186 0.261 0.091 0.004 0.377 151 L 0.027 0.138 0.022 0.183 0.448 0.047 0.003 0.132 152 I 0.020 0.396 0.014 0.222 0.297 0.016 0.003 0.032 153 Q 0.060 0.356 0.015 0.162 0.337 0.025 0.009 0.037 154 M 0.086 0.380 0.023 0.215 0.215 0.009 0.026 0.046 155 D 0.204 0.200 0.048 0.113 0.169 0.019 0.092 0.155 156 K 0.135 0.064 0.060 0.142 0.134 0.038 0.030 0.395 157 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 158 L 0.034 0.009 0.026 0.041 0.132 0.102 0.013 0.644 159 E 0.137 0.007 0.016 0.016 0.016 0.122 0.009 0.677 160 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999