# TARGET T0374 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2157 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.960 2 Q 0.658 0.014 0.004 0.002 0.004 0.015 0.303 3 L 0.880 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.106 4 S 0.957 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 5 H 0.938 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.053 6 R 0.837 0.002 0.001 0.001 0.023 0.001 0.134 7 P 0.434 0.016 0.002 0.001 0.060 0.006 0.482 8 A 0.082 0.022 0.001 0.001 0.147 0.006 0.742 9 E 0.054 0.010 0.002 0.002 0.088 0.007 0.837 10 T 0.006 0.003 0.300 0.295 0.073 0.283 0.040 11 G 0.003 0.003 0.215 0.307 0.078 0.346 0.049 12 D 0.005 0.019 0.122 0.283 0.119 0.088 0.365 13 L 0.001 0.003 0.044 0.900 0.005 0.031 0.016 14 E 0.001 0.001 0.095 0.852 0.006 0.041 0.006 15 T 0.001 0.001 0.091 0.872 0.003 0.027 0.004 16 V 0.003 0.005 0.070 0.851 0.006 0.058 0.007 17 A 0.005 0.004 0.034 0.609 0.014 0.318 0.016 18 G 0.005 0.003 0.038 0.370 0.034 0.479 0.070 19 F 0.014 0.005 0.019 0.117 0.192 0.041 0.612 20 P 0.022 0.010 0.052 0.189 0.096 0.097 0.533 21 Q 0.026 0.015 0.068 0.263 0.186 0.141 0.300 22 D 0.037 0.016 0.050 0.215 0.155 0.076 0.451 23 R 0.028 0.006 0.096 0.461 0.078 0.113 0.217 24 D 0.031 0.003 0.134 0.493 0.061 0.141 0.136 25 E 0.036 0.005 0.175 0.516 0.054 0.116 0.099 26 L 0.055 0.011 0.129 0.511 0.053 0.134 0.107 27 F 0.094 0.017 0.080 0.353 0.075 0.221 0.161 28 Y 0.104 0.026 0.051 0.198 0.124 0.209 0.289 29 C 0.078 0.026 0.019 0.072 0.157 0.092 0.556 30 Y 0.034 0.015 0.013 0.026 0.153 0.042 0.717 31 P 0.020 0.010 0.122 0.122 0.111 0.178 0.437 32 K 0.016 0.006 0.219 0.092 0.151 0.288 0.227 33 A 0.022 0.012 0.167 0.089 0.168 0.200 0.341 34 I 0.035 0.031 0.075 0.082 0.219 0.121 0.436 35 W 0.039 0.011 0.017 0.036 0.248 0.044 0.604 36 P 0.042 0.017 0.021 0.073 0.110 0.102 0.635 37 F 0.048 0.038 0.008 0.065 0.150 0.039 0.651 38 S 0.023 0.023 0.003 0.068 0.051 0.009 0.822 39 V 0.001 0.001 0.006 0.982 0.001 0.007 0.003 40 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.004 0.001 41 Q 0.001 0.001 0.007 0.988 0.001 0.003 0.001 42 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.004 0.001 43 A 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.013 0.001 44 A 0.001 0.001 0.007 0.906 0.001 0.083 0.002 45 A 0.001 0.001 0.011 0.811 0.004 0.154 0.019 46 I 0.007 0.016 0.025 0.623 0.073 0.120 0.136 47 A 0.010 0.005 0.076 0.366 0.094 0.212 0.236 48 E 0.004 0.001 0.090 0.169 0.103 0.586 0.048 49 R 0.013 0.002 0.069 0.017 0.123 0.673 0.104 50 R 0.070 0.007 0.027 0.001 0.234 0.188 0.473 51 G 0.348 0.011 0.006 0.001 0.254 0.067 0.315 52 S 0.855 0.004 0.001 0.001 0.024 0.004 0.111 53 T 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 54 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 55 A 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 56 V 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 57 H 0.877 0.004 0.001 0.001 0.004 0.016 0.098 58 D 0.011 0.001 0.001 0.001 0.072 0.907 0.008 59 G 0.039 0.001 0.001 0.001 0.054 0.902 0.005 60 Q 0.870 0.007 0.001 0.001 0.008 0.002 0.113 61 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 62 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 63 G 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 64 F 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 65 A 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 66 N 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 67 F 0.937 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.051 68 Y 0.867 0.004 0.002 0.002 0.033 0.013 0.080 69 Q 0.777 0.010 0.005 0.006 0.043 0.028 0.130 70 W 0.372 0.013 0.031 0.010 0.139 0.088 0.347 71 Q 0.273 0.015 0.035 0.016 0.194 0.183 0.283 72 H 0.112 0.008 0.051 0.014 0.302 0.319 0.195 73 G 0.084 0.006 0.029 0.004 0.333 0.310 0.233 74 D 0.146 0.005 0.021 0.004 0.319 0.147 0.359 75 F 0.718 0.025 0.014 0.005 0.069 0.026 0.143 76 C 0.877 0.009 0.006 0.004 0.021 0.007 0.076 77 A 0.941 0.003 0.004 0.003 0.011 0.006 0.032 78 L 0.962 0.003 0.003 0.004 0.004 0.004 0.021 79 G 0.900 0.001 0.003 0.004 0.020 0.022 0.050 80 N 0.827 0.001 0.006 0.004 0.048 0.064 0.050 81 M 0.947 0.002 0.002 0.002 0.007 0.011 0.028 82 M 0.952 0.006 0.001 0.002 0.006 0.004 0.030 83 V 0.859 0.025 0.001 0.002 0.021 0.004 0.088 84 A 0.215 0.005 0.001 0.002 0.072 0.003 0.702 85 P 0.005 0.001 0.450 0.328 0.019 0.163 0.034 86 A 0.001 0.001 0.510 0.249 0.019 0.204 0.016 87 A 0.001 0.002 0.648 0.165 0.012 0.152 0.019 88 R 0.002 0.007 0.210 0.218 0.030 0.519 0.016 89 G 0.001 0.002 0.055 0.132 0.048 0.742 0.021 90 L 0.002 0.007 0.020 0.225 0.432 0.154 0.160 91 G 0.004 0.023 0.009 0.535 0.205 0.102 0.122 92 V 0.002 0.004 0.006 0.923 0.010 0.013 0.042 93 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.006 94 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 95 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 97 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 98 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 102 N 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.012 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.013 0.002 104 A 0.001 0.001 0.004 0.968 0.002 0.018 0.007 105 R 0.001 0.001 0.010 0.948 0.007 0.030 0.004 106 E 0.001 0.001 0.009 0.879 0.004 0.101 0.006 107 Q 0.001 0.001 0.014 0.589 0.049 0.288 0.059 108 Y 0.005 0.002 0.012 0.163 0.145 0.508 0.165 109 K 0.018 0.006 0.011 0.004 0.220 0.273 0.468 110 A 0.083 0.003 0.007 0.001 0.079 0.011 0.817 111 R 0.227 0.002 0.004 0.001 0.470 0.020 0.278 112 L 0.945 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.041 113 M 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 114 K 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 115 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 116 S 0.968 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.025 117 C 0.903 0.002 0.001 0.005 0.014 0.006 0.070 118 F 0.489 0.008 0.002 0.012 0.151 0.036 0.302 119 N 0.208 0.007 0.030 0.104 0.197 0.242 0.212 120 A 0.049 0.011 0.035 0.127 0.267 0.257 0.252 121 N 0.013 0.005 0.024 0.354 0.151 0.073 0.380 122 A 0.001 0.001 0.007 0.956 0.007 0.024 0.005 123 A 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.011 0.002 124 G 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.003 0.002 125 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 126 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 128 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 129 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.001 130 Q 0.001 0.001 0.002 0.961 0.003 0.031 0.001 131 L 0.001 0.001 0.003 0.628 0.006 0.359 0.003 132 G 0.002 0.001 0.003 0.040 0.041 0.852 0.062 133 Y 0.026 0.005 0.001 0.005 0.035 0.005 0.923 134 Q 0.339 0.040 0.005 0.010 0.016 0.006 0.583 135 P 0.512 0.023 0.018 0.048 0.043 0.009 0.346 136 R 0.526 0.008 0.037 0.082 0.097 0.045 0.205 137 A 0.538 0.011 0.032 0.045 0.095 0.051 0.227 138 I 0.496 0.018 0.020 0.043 0.038 0.027 0.357 139 A 0.398 0.007 0.051 0.073 0.064 0.027 0.380 140 E 0.472 0.010 0.098 0.104 0.092 0.052 0.172 141 R 0.551 0.015 0.048 0.099 0.072 0.071 0.144 142 H 0.441 0.130 0.019 0.064 0.114 0.061 0.171 143 D 0.107 0.020 0.005 0.005 0.099 0.026 0.739 144 P 0.009 0.002 0.017 0.005 0.092 0.800 0.075 145 D 0.002 0.001 0.008 0.002 0.080 0.891 0.017 146 G 0.021 0.004 0.012 0.008 0.479 0.327 0.149 147 R 0.149 0.019 0.003 0.011 0.103 0.019 0.697 148 R 0.703 0.083 0.001 0.007 0.036 0.006 0.164 149 V 0.887 0.005 0.001 0.004 0.010 0.001 0.092 150 A 0.933 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.038 151 L 0.976 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.013 152 I 0.972 0.001 0.001 0.009 0.002 0.003 0.012 153 Q 0.978 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.011 154 M 0.932 0.002 0.001 0.004 0.008 0.006 0.047 155 D 0.668 0.006 0.007 0.011 0.070 0.037 0.202 156 K 0.241 0.004 0.006 0.010 0.361 0.010 0.368 157 P 0.160 0.018 0.014 0.009 0.133 0.045 0.620 158 L 0.094 0.040 0.018 0.009 0.132 0.065 0.641 159 E 0.029 0.009 0.007 0.005 0.045 0.038 0.868 160 P 0.003 0.001 0.002 0.001 0.011 0.004 0.979