# TARGET T0374 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2157 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.589 0.251 0.100 0.041 0.014 0.004 0.001 2 Q 0.463 0.295 0.144 0.066 0.023 0.008 0.001 3 L 0.149 0.114 0.164 0.253 0.222 0.091 0.006 4 S 0.204 0.232 0.219 0.188 0.104 0.046 0.007 5 H 0.123 0.129 0.150 0.193 0.198 0.173 0.034 6 R 0.077 0.117 0.175 0.259 0.254 0.108 0.010 7 P 0.124 0.252 0.262 0.195 0.111 0.048 0.007 8 A 0.017 0.034 0.087 0.249 0.389 0.209 0.015 9 E 0.160 0.352 0.264 0.135 0.066 0.021 0.002 10 T 0.224 0.322 0.257 0.148 0.041 0.008 0.001 11 G 0.344 0.350 0.174 0.087 0.034 0.010 0.001 12 D 0.037 0.098 0.180 0.271 0.269 0.135 0.010 13 L 0.015 0.044 0.125 0.322 0.342 0.146 0.007 14 E 0.198 0.441 0.245 0.086 0.023 0.005 0.001 15 T 0.027 0.087 0.234 0.343 0.227 0.077 0.005 16 V 0.008 0.010 0.020 0.085 0.306 0.506 0.065 17 A 0.022 0.098 0.232 0.324 0.227 0.088 0.008 18 G 0.072 0.274 0.291 0.219 0.100 0.040 0.005 19 F 0.008 0.025 0.061 0.178 0.359 0.326 0.042 20 P 0.029 0.074 0.145 0.265 0.288 0.178 0.020 21 Q 0.158 0.357 0.251 0.142 0.063 0.025 0.005 22 D 0.203 0.312 0.240 0.153 0.068 0.021 0.003 23 R 0.149 0.190 0.195 0.210 0.153 0.089 0.015 24 D 0.235 0.230 0.189 0.169 0.110 0.057 0.010 25 E 0.339 0.250 0.185 0.127 0.065 0.028 0.006 26 L 0.263 0.190 0.169 0.173 0.118 0.072 0.015 27 F 0.224 0.158 0.154 0.184 0.155 0.104 0.021 28 Y 0.201 0.163 0.160 0.169 0.149 0.118 0.039 29 C 0.127 0.104 0.127 0.194 0.230 0.175 0.044 30 Y 0.140 0.158 0.180 0.191 0.179 0.121 0.031 31 P 0.220 0.208 0.199 0.179 0.121 0.061 0.013 32 K 0.392 0.273 0.155 0.097 0.054 0.023 0.007 33 A 0.191 0.183 0.182 0.190 0.147 0.085 0.023 34 I 0.121 0.150 0.159 0.200 0.188 0.148 0.034 35 W 0.069 0.108 0.163 0.239 0.223 0.158 0.039 36 P 0.218 0.247 0.198 0.149 0.101 0.067 0.020 37 F 0.077 0.118 0.161 0.223 0.223 0.161 0.037 38 S 0.058 0.089 0.130 0.203 0.251 0.219 0.052 39 V 0.048 0.133 0.221 0.260 0.196 0.119 0.023 40 A 0.280 0.376 0.196 0.090 0.039 0.016 0.004 41 Q 0.036 0.175 0.282 0.277 0.162 0.061 0.008 42 L 0.007 0.011 0.028 0.133 0.377 0.398 0.046 43 A 0.024 0.134 0.301 0.345 0.156 0.038 0.003 44 A 0.133 0.516 0.256 0.077 0.016 0.003 0.001 45 A 0.008 0.058 0.193 0.388 0.272 0.077 0.004 46 I 0.007 0.019 0.075 0.259 0.419 0.209 0.012 47 A 0.280 0.405 0.212 0.082 0.019 0.002 0.001 48 E 0.619 0.284 0.070 0.021 0.005 0.001 0.001 49 R 0.233 0.312 0.242 0.144 0.053 0.015 0.001 50 R 0.093 0.241 0.285 0.230 0.111 0.035 0.004 51 G 0.024 0.094 0.189 0.287 0.272 0.118 0.015 52 S 0.003 0.015 0.063 0.196 0.356 0.313 0.054 53 T 0.002 0.006 0.016 0.044 0.170 0.567 0.195 54 V 0.001 0.005 0.016 0.060 0.212 0.492 0.213 55 A 0.001 0.002 0.007 0.039 0.191 0.546 0.214 56 V 0.003 0.028 0.100 0.268 0.371 0.206 0.024 57 H 0.034 0.193 0.309 0.287 0.141 0.032 0.003 58 D 0.307 0.405 0.189 0.076 0.019 0.004 0.001 59 G 0.261 0.338 0.229 0.122 0.040 0.009 0.001 60 Q 0.041 0.163 0.276 0.274 0.176 0.064 0.006 61 V 0.002 0.012 0.037 0.129 0.334 0.400 0.085 62 L 0.001 0.007 0.023 0.088 0.234 0.425 0.223 63 G 0.001 0.006 0.013 0.034 0.093 0.402 0.452 64 F 0.001 0.006 0.018 0.052 0.120 0.322 0.480 65 A 0.001 0.001 0.004 0.016 0.072 0.311 0.596 66 N 0.001 0.008 0.031 0.117 0.273 0.379 0.191 67 F 0.003 0.007 0.015 0.048 0.172 0.483 0.271 68 Y 0.015 0.064 0.131 0.256 0.275 0.217 0.042 69 Q 0.067 0.202 0.241 0.225 0.154 0.087 0.024 70 W 0.061 0.128 0.181 0.241 0.217 0.139 0.033 71 Q 0.230 0.252 0.197 0.151 0.103 0.054 0.013 72 H 0.310 0.230 0.181 0.136 0.082 0.045 0.015 73 G 0.300 0.226 0.176 0.142 0.091 0.050 0.014 74 D 0.244 0.190 0.158 0.143 0.119 0.099 0.046 75 F 0.108 0.123 0.137 0.174 0.188 0.186 0.085 76 C 0.053 0.062 0.075 0.118 0.196 0.285 0.211 77 A 0.051 0.062 0.078 0.136 0.195 0.254 0.223 78 L 0.045 0.057 0.071 0.102 0.131 0.256 0.338 79 G 0.055 0.068 0.115 0.174 0.183 0.208 0.197 80 N 0.044 0.054 0.090 0.142 0.200 0.266 0.205 81 M 0.029 0.026 0.028 0.059 0.131 0.335 0.393 82 M 0.031 0.046 0.054 0.111 0.189 0.331 0.238 83 V 0.026 0.041 0.060 0.124 0.209 0.327 0.214 84 A 0.040 0.093 0.150 0.209 0.214 0.197 0.097 85 P 0.132 0.255 0.241 0.182 0.110 0.061 0.019 86 A 0.226 0.310 0.201 0.137 0.075 0.040 0.011 87 A 0.080 0.106 0.151 0.215 0.232 0.177 0.038 88 R 0.079 0.123 0.172 0.211 0.205 0.166 0.044 89 G 0.113 0.161 0.175 0.216 0.182 0.119 0.034 90 L 0.098 0.215 0.254 0.221 0.129 0.066 0.017 91 G 0.054 0.136 0.215 0.235 0.217 0.124 0.019 92 V 0.008 0.019 0.056 0.136 0.304 0.403 0.074 93 A 0.007 0.016 0.026 0.092 0.270 0.490 0.099 94 R 0.011 0.091 0.248 0.352 0.224 0.069 0.004 95 Y 0.003 0.023 0.130 0.406 0.353 0.081 0.003 96 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.530 0.421 97 I 0.001 0.002 0.014 0.134 0.418 0.407 0.024 98 G 0.001 0.034 0.275 0.420 0.225 0.041 0.004 99 V 0.001 0.002 0.020 0.143 0.476 0.336 0.023 100 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.507 0.475 101 E 0.001 0.003 0.060 0.383 0.419 0.130 0.004 102 N 0.002 0.193 0.444 0.282 0.070 0.008 0.001 103 L 0.001 0.004 0.045 0.311 0.428 0.201 0.011 104 A 0.001 0.001 0.003 0.062 0.466 0.437 0.030 105 R 0.027 0.293 0.465 0.183 0.030 0.001 0.001 106 E 0.311 0.569 0.106 0.013 0.001 0.001 0.001 107 Q 0.038 0.219 0.375 0.287 0.070 0.010 0.001 108 Y 0.031 0.127 0.284 0.334 0.194 0.030 0.001 109 K 0.317 0.411 0.175 0.075 0.020 0.003 0.001 110 A 0.020 0.058 0.134 0.282 0.337 0.157 0.012 111 R 0.017 0.160 0.245 0.272 0.192 0.104 0.011 112 L 0.008 0.062 0.187 0.331 0.281 0.111 0.020 113 M 0.001 0.008 0.022 0.069 0.229 0.518 0.153 114 K 0.001 0.018 0.071 0.225 0.343 0.267 0.075 115 I 0.001 0.004 0.015 0.060 0.201 0.521 0.197 116 S 0.001 0.024 0.100 0.281 0.340 0.220 0.033 117 C 0.003 0.006 0.013 0.064 0.237 0.556 0.122 118 F 0.013 0.073 0.175 0.304 0.275 0.148 0.013 119 N 0.142 0.377 0.281 0.136 0.049 0.013 0.002 120 A 0.054 0.141 0.254 0.297 0.176 0.068 0.010 121 N 0.037 0.075 0.130 0.225 0.319 0.198 0.016 122 A 0.155 0.307 0.287 0.161 0.071 0.018 0.001 123 A 0.076 0.167 0.263 0.301 0.154 0.037 0.001 124 G 0.041 0.024 0.033 0.103 0.328 0.420 0.050 125 L 0.032 0.115 0.226 0.380 0.193 0.052 0.002 126 L 0.121 0.289 0.301 0.197 0.073 0.017 0.002 127 L 0.065 0.080 0.116 0.201 0.298 0.221 0.020 128 Y 0.066 0.066 0.105 0.233 0.311 0.202 0.016 129 T 0.232 0.388 0.241 0.102 0.030 0.006 0.001 130 Q 0.197 0.297 0.272 0.164 0.057 0.012 0.001 131 L 0.077 0.085 0.121 0.238 0.294 0.168 0.017 132 G 0.149 0.299 0.248 0.163 0.086 0.046 0.010 133 Y 0.075 0.066 0.099 0.231 0.344 0.167 0.018 134 Q 0.169 0.312 0.270 0.162 0.063 0.020 0.003 135 P 0.225 0.261 0.206 0.180 0.092 0.033 0.003 136 R 0.324 0.277 0.216 0.119 0.049 0.013 0.001 137 A 0.502 0.274 0.129 0.068 0.023 0.005 0.001 138 I 0.247 0.222 0.206 0.198 0.096 0.029 0.002 139 A 0.386 0.276 0.173 0.107 0.046 0.011 0.001 140 E 0.490 0.286 0.135 0.064 0.020 0.005 0.001 141 R 0.231 0.242 0.212 0.182 0.099 0.031 0.002 142 H 0.183 0.202 0.216 0.208 0.131 0.056 0.005 143 D 0.335 0.258 0.186 0.133 0.065 0.021 0.002 144 P 0.522 0.256 0.126 0.065 0.024 0.006 0.001 145 D 0.769 0.151 0.045 0.023 0.009 0.003 0.001 146 G 0.483 0.242 0.144 0.081 0.036 0.012 0.002 147 R 0.315 0.295 0.192 0.116 0.054 0.023 0.004 148 R 0.087 0.122 0.161 0.237 0.243 0.130 0.021 149 V 0.060 0.065 0.112 0.205 0.265 0.230 0.064 150 A 0.064 0.089 0.124 0.196 0.203 0.244 0.079 151 L 0.056 0.065 0.105 0.153 0.204 0.262 0.156 152 I 0.028 0.037 0.063 0.125 0.215 0.340 0.192 153 Q 0.025 0.043 0.074 0.154 0.252 0.321 0.131 154 M 0.054 0.047 0.064 0.134 0.273 0.339 0.089 155 D 0.079 0.142 0.192 0.251 0.218 0.107 0.011 156 K 0.109 0.235 0.296 0.234 0.101 0.023 0.002 157 P 0.344 0.351 0.176 0.088 0.033 0.008 0.001 158 L 0.287 0.225 0.207 0.178 0.085 0.018 0.001 159 E 0.814 0.138 0.034 0.011 0.003 0.001 0.001 160 P 0.848 0.110 0.029 0.010 0.003 0.001 0.001