# TARGET T0373 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1092 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 P 0.001 0.006 0.005 0.027 0.005 0.034 0.921 3 T 0.001 0.005 0.018 0.089 0.313 0.107 0.467 4 N 0.001 0.005 0.036 0.262 0.271 0.153 0.272 5 Q 0.001 0.002 0.061 0.525 0.046 0.174 0.190 6 D 0.001 0.001 0.032 0.689 0.038 0.068 0.172 7 L 0.001 0.002 0.010 0.865 0.023 0.021 0.077 8 Q 0.001 0.001 0.002 0.936 0.011 0.010 0.038 9 L 0.001 0.001 0.001 0.972 0.005 0.009 0.012 10 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.004 0.003 11 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 12 H 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 14 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 15 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 18 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 21 T 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.010 0.002 22 R 0.001 0.001 0.001 0.972 0.003 0.020 0.003 23 R 0.001 0.001 0.001 0.970 0.004 0.018 0.007 24 L 0.001 0.001 0.001 0.971 0.004 0.015 0.007 25 R 0.001 0.001 0.003 0.970 0.006 0.015 0.006 26 R 0.001 0.001 0.003 0.970 0.005 0.016 0.006 27 E 0.001 0.001 0.003 0.970 0.005 0.016 0.006 28 A 0.001 0.001 0.006 0.945 0.011 0.028 0.009 29 Q 0.001 0.001 0.025 0.883 0.008 0.072 0.010 30 A 0.001 0.001 0.036 0.718 0.026 0.206 0.012 31 D 0.001 0.002 0.020 0.248 0.106 0.585 0.039 32 P 0.001 0.002 0.004 0.014 0.093 0.720 0.166 33 V 0.001 0.009 0.001 0.003 0.164 0.013 0.809 34 Q 0.004 0.011 0.001 0.005 0.073 0.002 0.904 35 F 0.001 0.001 0.094 0.836 0.018 0.034 0.017 36 S 0.001 0.001 0.056 0.907 0.006 0.022 0.009 37 Q 0.001 0.001 0.022 0.957 0.004 0.007 0.008 38 L 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.002 0.004 39 V 0.006 0.001 0.001 0.982 0.001 0.004 0.005 40 V 0.005 0.001 0.001 0.984 0.001 0.007 0.001 41 L 0.011 0.001 0.002 0.978 0.002 0.004 0.002 42 G 0.005 0.001 0.005 0.982 0.002 0.004 0.002 43 A 0.003 0.001 0.007 0.973 0.002 0.012 0.003 44 I 0.002 0.002 0.024 0.925 0.005 0.035 0.008 45 D 0.004 0.002 0.030 0.812 0.025 0.116 0.012 46 R 0.002 0.001 0.032 0.615 0.031 0.280 0.038 47 L 0.002 0.006 0.031 0.291 0.150 0.226 0.294 48 G 0.003 0.004 0.045 0.037 0.185 0.335 0.391 49 G 0.013 0.004 0.065 0.032 0.362 0.324 0.200 50 D 0.028 0.014 0.037 0.019 0.271 0.162 0.469 51 V 0.020 0.024 0.002 0.005 0.204 0.008 0.737 52 T 0.012 0.024 0.001 0.008 0.038 0.002 0.916 53 P 0.001 0.001 0.008 0.971 0.004 0.011 0.005 54 S 0.001 0.001 0.010 0.970 0.002 0.014 0.003 55 E 0.001 0.001 0.007 0.983 0.002 0.005 0.003 56 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.002 0.003 57 A 0.001 0.001 0.002 0.981 0.004 0.007 0.005 58 A 0.001 0.001 0.005 0.962 0.002 0.027 0.003 59 A 0.001 0.001 0.014 0.879 0.006 0.091 0.008 60 E 0.001 0.001 0.024 0.345 0.015 0.602 0.012 61 R 0.001 0.003 0.022 0.091 0.040 0.776 0.067 62 M 0.003 0.017 0.007 0.019 0.395 0.031 0.528 63 R 0.006 0.008 0.006 0.008 0.135 0.016 0.822 64 S 0.001 0.002 0.248 0.348 0.111 0.237 0.051 65 S 0.002 0.002 0.214 0.463 0.074 0.197 0.048 66 N 0.003 0.008 0.141 0.670 0.031 0.086 0.061 67 L 0.001 0.001 0.014 0.943 0.007 0.014 0.020 68 A 0.001 0.001 0.005 0.978 0.004 0.007 0.005 69 A 0.001 0.001 0.003 0.986 0.002 0.007 0.002 70 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 75 E 0.001 0.001 0.004 0.970 0.002 0.018 0.004 76 R 0.001 0.001 0.010 0.851 0.007 0.125 0.006 77 G 0.001 0.001 0.005 0.135 0.012 0.844 0.004 78 G 0.004 0.001 0.003 0.015 0.066 0.810 0.102 79 L 0.099 0.005 0.003 0.005 0.129 0.018 0.740 80 I 0.735 0.058 0.005 0.006 0.015 0.004 0.178 81 V 0.827 0.006 0.006 0.008 0.013 0.004 0.137 82 R 0.782 0.007 0.005 0.006 0.026 0.006 0.167 83 H 0.604 0.003 0.003 0.004 0.055 0.009 0.322 84 A 0.280 0.021 0.003 0.003 0.183 0.012 0.498 85 D 0.090 0.016 0.002 0.003 0.069 0.006 0.814 86 P 0.012 0.002 0.293 0.030 0.077 0.494 0.093 87 Q 0.002 0.001 0.186 0.008 0.080 0.707 0.016 88 D 0.007 0.005 0.288 0.009 0.186 0.402 0.103 89 G 0.047 0.005 0.035 0.013 0.466 0.119 0.315 90 R 0.360 0.021 0.015 0.004 0.179 0.054 0.368 91 R 0.756 0.032 0.008 0.002 0.019 0.008 0.176 92 T 0.876 0.004 0.008 0.004 0.015 0.008 0.084 93 R 0.915 0.003 0.005 0.002 0.020 0.006 0.049 94 V 0.922 0.002 0.002 0.002 0.011 0.004 0.057 95 S 0.828 0.009 0.001 0.002 0.013 0.002 0.145 96 L 0.486 0.042 0.001 0.004 0.040 0.003 0.425 97 S 0.093 0.004 0.001 0.005 0.055 0.004 0.839 98 S 0.001 0.001 0.017 0.864 0.026 0.079 0.012 99 E 0.001 0.001 0.012 0.921 0.015 0.043 0.008 100 G 0.001 0.001 0.009 0.956 0.006 0.025 0.004 101 R 0.001 0.001 0.002 0.976 0.008 0.006 0.006 102 R 0.001 0.001 0.003 0.974 0.004 0.011 0.007 103 N 0.001 0.001 0.005 0.963 0.003 0.024 0.005 104 L 0.001 0.001 0.004 0.954 0.009 0.026 0.006 105 Y 0.001 0.001 0.006 0.915 0.011 0.057 0.009 106 G 0.001 0.001 0.008 0.810 0.010 0.157 0.014 107 N 0.001 0.001 0.012 0.751 0.039 0.105 0.091 108 R 0.001 0.001 0.022 0.803 0.044 0.068 0.061 109 A 0.002 0.001 0.023 0.797 0.041 0.082 0.054 110 K 0.001 0.002 0.013 0.837 0.028 0.062 0.058 111 R 0.001 0.001 0.005 0.899 0.017 0.039 0.039 112 E 0.001 0.001 0.002 0.940 0.012 0.025 0.020 113 E 0.001 0.001 0.001 0.969 0.006 0.011 0.011 114 W 0.001 0.001 0.001 0.980 0.005 0.005 0.009 115 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.003 0.006 0.004 116 V 0.001 0.001 0.002 0.972 0.003 0.017 0.004 117 R 0.001 0.001 0.003 0.965 0.004 0.023 0.004 118 A 0.001 0.001 0.006 0.920 0.011 0.050 0.012 119 M 0.001 0.001 0.023 0.727 0.024 0.199 0.026 120 H 0.001 0.002 0.129 0.278 0.069 0.412 0.108 121 A 0.001 0.001 0.160 0.089 0.135 0.509 0.104 122 C 0.001 0.003 0.097 0.030 0.034 0.705 0.132 123 L 0.001 0.003 0.002 0.003 0.074 0.006 0.913 124 D 0.001 0.002 0.001 0.003 0.011 0.001 0.983 125 E 0.001 0.001 0.007 0.966 0.006 0.015 0.006 126 S 0.001 0.001 0.006 0.976 0.002 0.012 0.003 127 E 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.005 0.005 128 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.009 0.003 130 L 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.016 0.002 131 L 0.001 0.001 0.001 0.981 0.004 0.009 0.006 132 A 0.001 0.001 0.001 0.983 0.004 0.010 0.002 133 A 0.001 0.001 0.001 0.972 0.003 0.021 0.003 134 A 0.001 0.001 0.001 0.970 0.002 0.022 0.006 135 G 0.001 0.001 0.001 0.977 0.005 0.011 0.006 136 P 0.001 0.001 0.001 0.971 0.006 0.016 0.005 137 L 0.001 0.001 0.001 0.975 0.003 0.015 0.006 138 L 0.001 0.001 0.001 0.968 0.006 0.012 0.011 139 T 0.001 0.001 0.004 0.957 0.006 0.025 0.007 140 R 0.001 0.001 0.006 0.883 0.008 0.089 0.012 141 L 0.001 0.002 0.012 0.775 0.016 0.158 0.037 142 A 0.001 0.004 0.021 0.582 0.061 0.229 0.101 143 Q 0.001 0.003 0.068 0.385 0.073 0.325 0.145 144 F 0.002 0.007 0.099 0.261 0.161 0.251 0.219 145 E 0.002 0.006 0.097 0.234 0.143 0.318 0.199 146 E 0.004 0.006 0.059 0.161 0.241 0.206 0.322 147 P 0.006 0.010 0.050 0.105 0.211 0.126 0.492 148 M 0.009 0.010 0.073 0.225 0.184 0.139 0.361 149 P 0.012 0.008 0.069 0.281 0.114 0.198 0.318 150 T 0.021 0.008 0.074 0.428 0.103 0.134 0.232 151 N 0.039 0.008 0.061 0.571 0.065 0.073 0.183 152 Q 0.053 0.005 0.054 0.686 0.048 0.050 0.103 153 D 0.079 0.008 0.043 0.749 0.027 0.039 0.056 154 L 0.093 0.009 0.043 0.727 0.020 0.045 0.063 155 Q 0.108 0.012 0.051 0.654 0.029 0.084 0.062 156 L 0.097 0.010 0.040 0.543 0.075 0.133 0.102 157 A 0.048 0.008 0.042 0.319 0.141 0.205 0.236 158 A 0.021 0.010 0.034 0.135 0.246 0.222 0.332 159 H 0.013 0.007 0.036 0.084 0.269 0.175 0.415 160 L 0.011 0.005 0.067 0.167 0.202 0.279 0.269 161 R 0.016 0.011 0.069 0.270 0.150 0.205 0.278 162 S 0.022 0.009 0.052 0.439 0.130 0.109 0.238 163 Q 0.034 0.007 0.049 0.603 0.086 0.079 0.143 164 V 0.047 0.008 0.054 0.681 0.060 0.044 0.106 165 T 0.050 0.011 0.043 0.756 0.030 0.038 0.074 166 T 0.041 0.006 0.030 0.783 0.024 0.043 0.073 167 L 0.027 0.004 0.018 0.779 0.035 0.067 0.071 168 T 0.011 0.003 0.008 0.824 0.033 0.048 0.073 169 R 0.003 0.002 0.005 0.910 0.016 0.034 0.031 170 R 0.002 0.001 0.004 0.924 0.015 0.027 0.026 171 L 0.003 0.001 0.003 0.944 0.013 0.013 0.022 172 R 0.004 0.001 0.003 0.958 0.010 0.008 0.016 173 R 0.003 0.001 0.003 0.967 0.006 0.011 0.011 174 E 0.001 0.001 0.005 0.952 0.006 0.026 0.009 175 A 0.001 0.001 0.010 0.900 0.008 0.072 0.008 176 Q 0.001 0.001 0.010 0.756 0.017 0.201 0.015 177 A 0.001 0.002 0.010 0.485 0.094 0.320 0.088 178 D 0.002 0.004 0.011 0.150 0.198 0.146 0.488 179 P 0.003 0.006 0.040 0.235 0.169 0.089 0.458 180 V 0.002 0.003 0.090 0.591 0.089 0.097 0.127 181 Q 0.002 0.002 0.061 0.709 0.056 0.087 0.083 182 F 0.002 0.002 0.028 0.840 0.028 0.050 0.051 183 S 0.004 0.001 0.013 0.881 0.018 0.038 0.044 184 Q 0.004 0.001 0.006 0.919 0.018 0.022 0.030 185 L 0.005 0.001 0.004 0.938 0.016 0.012 0.024 186 V 0.004 0.002 0.005 0.939 0.010 0.018 0.023 187 V 0.003 0.001 0.004 0.939 0.006 0.033 0.013 188 L 0.002 0.001 0.005 0.885 0.007 0.088 0.013 189 G 0.001 0.001 0.009 0.841 0.019 0.102 0.027 190 A 0.002 0.003 0.015 0.803 0.038 0.049 0.088 191 I 0.001 0.002 0.027 0.852 0.037 0.035 0.046 192 D 0.002 0.001 0.047 0.821 0.024 0.070 0.034 193 R 0.001 0.001 0.061 0.734 0.028 0.130 0.045 194 L 0.001 0.004 0.050 0.679 0.039 0.167 0.060 195 G 0.002 0.002 0.068 0.422 0.054 0.377 0.074 196 G 0.003 0.002 0.080 0.296 0.063 0.498 0.058 197 D 0.004 0.011 0.075 0.202 0.190 0.207 0.310 198 V 0.008 0.027 0.021 0.174 0.377 0.072 0.321 199 T 0.006 0.007 0.005 0.073 0.176 0.047 0.686 200 P 0.001 0.002 0.061 0.643 0.067 0.150 0.075 201 S 0.003 0.003 0.055 0.714 0.035 0.142 0.048 202 E 0.004 0.002 0.053 0.868 0.019 0.032 0.022 203 L 0.011 0.004 0.039 0.881 0.010 0.025 0.031 204 A 0.026 0.003 0.058 0.807 0.022 0.049 0.036 205 A 0.037 0.003 0.128 0.730 0.012 0.055 0.035 206 A 0.033 0.003 0.157 0.645 0.024 0.083 0.055 207 E 0.043 0.010 0.165 0.569 0.027 0.128 0.058 208 R 0.052 0.008 0.081 0.437 0.141 0.141 0.141 209 M 0.042 0.007 0.056 0.353 0.124 0.244 0.174 210 R 0.041 0.007 0.027 0.200 0.211 0.211 0.303 211 S 0.037 0.008 0.022 0.083 0.287 0.192 0.371 212 S 0.036 0.004 0.029 0.061 0.321 0.295 0.253 213 N 0.120 0.008 0.051 0.097 0.228 0.244 0.253 214 L 0.471 0.022 0.031 0.151 0.063 0.049 0.214 215 A 0.704 0.014 0.012 0.133 0.019 0.018 0.100 216 A 0.768 0.013 0.012 0.124 0.012 0.015 0.056 217 L 0.707 0.008 0.020 0.173 0.017 0.027 0.049 218 L 0.520 0.003 0.028 0.357 0.021 0.030 0.041 219 R 0.568 0.002 0.025 0.322 0.020 0.020 0.043 220 E 0.673 0.007 0.016 0.222 0.018 0.021 0.043 221 L 0.531 0.013 0.022 0.287 0.031 0.032 0.084 222 E 0.316 0.016 0.048 0.313 0.086 0.082 0.140 223 R 0.048 0.005 0.044 0.265 0.163 0.403 0.073 224 G 0.013 0.002 0.020 0.073 0.082 0.758 0.052 225 G 0.048 0.016 0.030 0.061 0.188 0.311 0.345 226 L 0.145 0.029 0.044 0.054 0.160 0.101 0.466 227 I 0.208 0.023 0.089 0.064 0.133 0.109 0.375 228 V 0.185 0.031 0.110 0.053 0.136 0.112 0.373 229 R 0.148 0.013 0.072 0.050 0.156 0.193 0.368 230 H 0.132 0.009 0.056 0.038 0.222 0.205 0.337 231 A 0.128 0.029 0.029 0.036 0.207 0.063 0.508 232 D 0.096 0.062 0.024 0.048 0.185 0.031 0.555 233 P 0.065 0.022 0.031 0.082 0.083 0.047 0.670 234 Q 0.024 0.008 0.180 0.245 0.078 0.267 0.198 235 D 0.017 0.006 0.199 0.258 0.089 0.331 0.099 236 G 0.022 0.005 0.159 0.220 0.127 0.327 0.140 237 R 0.041 0.017 0.059 0.217 0.199 0.262 0.206 238 R 0.102 0.014 0.024 0.141 0.165 0.171 0.384 239 T 0.172 0.019 0.037 0.167 0.161 0.101 0.343 240 R 0.305 0.044 0.041 0.160 0.066 0.034 0.349 241 V 0.288 0.020 0.105 0.226 0.062 0.048 0.251 242 S 0.332 0.018 0.098 0.195 0.079 0.055 0.222 243 L 0.232 0.029 0.071 0.159 0.112 0.075 0.322 244 S 0.110 0.016 0.028 0.142 0.160 0.070 0.475 245 S 0.068 0.012 0.018 0.170 0.143 0.070 0.519 246 E 0.017 0.004 0.056 0.583 0.107 0.149 0.083 247 G 0.019 0.005 0.066 0.634 0.097 0.105 0.075 248 R 0.033 0.009 0.087 0.603 0.062 0.075 0.131 249 R 0.089 0.025 0.076 0.470 0.080 0.106 0.153 250 N 0.068 0.010 0.070 0.407 0.079 0.208 0.158 251 L 0.039 0.018 0.052 0.356 0.085 0.324 0.127 252 Y 0.035 0.013 0.025 0.176 0.239 0.274 0.238 253 G 0.032 0.022 0.018 0.051 0.337 0.145 0.395 254 N 0.015 0.026 0.028 0.030 0.132 0.116 0.653 255 R 0.009 0.009 0.104 0.046 0.112 0.592 0.129 256 A 0.006 0.006 0.081 0.037 0.061 0.771 0.038 257 K 0.015 0.007 0.086 0.025 0.240 0.435 0.193 258 R 0.060 0.036 0.017 0.017 0.255 0.057 0.558 259 E 0.125 0.148 0.016 0.022 0.111 0.043 0.535 260 E 0.167 0.029 0.023 0.018 0.193 0.051 0.520 261 W 0.162 0.018 0.043 0.013 0.156 0.063 0.544 262 L 0.171 0.039 0.075 0.027 0.133 0.052 0.504 263 V 0.224 0.116 0.040 0.028 0.156 0.016 0.420 264 R 0.147 0.019 0.029 0.026 0.060 0.026 0.692 265 A 0.112 0.023 0.062 0.052 0.152 0.148 0.451 266 M 0.067 0.051 0.077 0.087 0.180 0.117 0.422 267 H 0.028 0.013 0.166 0.098 0.164 0.193 0.339 268 A 0.026 0.018 0.138 0.073 0.192 0.222 0.331 269 C 0.020 0.040 0.120 0.066 0.216 0.242 0.295 270 L 0.011 0.030 0.022 0.028 0.392 0.069 0.448 271 D 0.008 0.017 0.025 0.037 0.291 0.119 0.502 272 E 0.005 0.010 0.099 0.165 0.174 0.370 0.176 273 S 0.005 0.026 0.164 0.181 0.104 0.288 0.232 274 E 0.003 0.010 0.263 0.147 0.105 0.134 0.337 275 R 0.005 0.007 0.227 0.273 0.092 0.140 0.256 276 A 0.003 0.014 0.213 0.298 0.135 0.171 0.166 277 L 0.002 0.014 0.078 0.306 0.273 0.078 0.249 278 L 0.002 0.005 0.260 0.340 0.051 0.145 0.197 279 A 0.001 0.001 0.462 0.241 0.021 0.259 0.017 280 A 0.001 0.001 0.474 0.204 0.015 0.289 0.016 281 A 0.002 0.008 0.208 0.348 0.110 0.174 0.151 282 G 0.003 0.012 0.069 0.217 0.104 0.216 0.378 283 P 0.013 0.008 0.061 0.309 0.142 0.221 0.246 284 L 0.030 0.008 0.055 0.496 0.077 0.156 0.179 285 L 0.055 0.010 0.043 0.618 0.060 0.044 0.170 286 T 0.080 0.008 0.063 0.642 0.042 0.034 0.132 287 R 0.076 0.006 0.067 0.687 0.053 0.039 0.072 288 L 0.043 0.002 0.078 0.736 0.029 0.042 0.069 289 A 0.036 0.007 0.048 0.749 0.025 0.067 0.068 290 Q 0.037 0.005 0.065 0.560 0.033 0.139 0.161 291 F 0.035 0.009 0.065 0.430 0.138 0.174 0.148 292 E 0.033 0.010 0.036 0.296 0.180 0.212 0.233 293 E 0.009 0.008 0.006 0.040 0.011 0.075 0.850 294 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997