# TARGET T0373 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1092 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.707 0.203 0.067 0.019 0.003 0.001 0.001 2 P 0.573 0.196 0.105 0.077 0.036 0.011 0.001 3 T 0.282 0.145 0.133 0.170 0.167 0.089 0.014 4 N 0.527 0.224 0.127 0.066 0.038 0.015 0.003 5 Q 0.306 0.189 0.153 0.163 0.102 0.061 0.026 6 D 0.209 0.128 0.109 0.158 0.169 0.165 0.063 7 L 0.167 0.210 0.231 0.201 0.135 0.046 0.009 8 Q 0.199 0.211 0.191 0.204 0.136 0.051 0.007 9 L 0.109 0.078 0.064 0.111 0.201 0.349 0.088 10 A 0.043 0.051 0.073 0.165 0.257 0.332 0.079 11 A 0.070 0.169 0.222 0.290 0.171 0.069 0.008 12 H 0.041 0.047 0.090 0.219 0.345 0.226 0.033 13 L 0.038 0.023 0.019 0.047 0.160 0.504 0.211 14 R 0.062 0.102 0.175 0.315 0.231 0.104 0.011 15 S 0.053 0.176 0.261 0.271 0.169 0.061 0.008 16 Q 0.047 0.055 0.074 0.180 0.298 0.295 0.050 17 V 0.020 0.043 0.076 0.183 0.300 0.323 0.056 18 T 0.105 0.262 0.268 0.205 0.108 0.044 0.007 19 T 0.090 0.175 0.215 0.242 0.177 0.083 0.018 20 L 0.023 0.042 0.068 0.168 0.303 0.335 0.060 21 T 0.046 0.132 0.212 0.277 0.218 0.101 0.014 22 R 0.194 0.365 0.238 0.123 0.053 0.023 0.003 23 R 0.050 0.142 0.225 0.283 0.205 0.083 0.012 24 L 0.025 0.033 0.055 0.158 0.349 0.344 0.036 25 R 0.074 0.203 0.273 0.292 0.129 0.027 0.002 26 R 0.307 0.442 0.162 0.062 0.021 0.006 0.001 27 E 0.060 0.162 0.284 0.322 0.140 0.032 0.001 28 A 0.037 0.062 0.128 0.309 0.354 0.106 0.004 29 Q 0.363 0.395 0.167 0.059 0.013 0.002 0.001 30 A 0.593 0.297 0.078 0.025 0.006 0.001 0.001 31 D 0.132 0.265 0.290 0.223 0.075 0.014 0.001 32 P 0.279 0.383 0.208 0.090 0.032 0.008 0.001 33 V 0.031 0.035 0.081 0.243 0.376 0.208 0.026 34 Q 0.083 0.226 0.264 0.253 0.134 0.037 0.002 35 F 0.024 0.078 0.148 0.251 0.296 0.173 0.030 36 S 0.007 0.046 0.092 0.206 0.281 0.276 0.093 37 Q 0.001 0.006 0.020 0.069 0.221 0.436 0.247 38 L 0.001 0.004 0.011 0.038 0.152 0.452 0.344 39 V 0.002 0.018 0.056 0.190 0.268 0.314 0.153 40 V 0.001 0.002 0.005 0.020 0.069 0.367 0.536 41 L 0.001 0.001 0.001 0.008 0.044 0.343 0.603 42 G 0.001 0.009 0.033 0.129 0.272 0.425 0.132 43 A 0.001 0.004 0.024 0.129 0.383 0.403 0.057 44 I 0.001 0.003 0.006 0.028 0.175 0.630 0.157 45 D 0.003 0.033 0.116 0.299 0.351 0.182 0.015 46 R 0.044 0.301 0.362 0.219 0.063 0.010 0.001 47 L 0.050 0.149 0.294 0.368 0.125 0.013 0.001 48 G 0.469 0.391 0.107 0.027 0.005 0.001 0.001 49 G 0.466 0.375 0.121 0.032 0.005 0.001 0.001 50 D 0.413 0.355 0.148 0.063 0.018 0.003 0.001 51 V 0.077 0.160 0.252 0.264 0.192 0.051 0.003 52 T 0.088 0.250 0.284 0.239 0.112 0.025 0.002 53 P 0.050 0.126 0.192 0.274 0.234 0.110 0.013 54 S 0.146 0.361 0.261 0.162 0.055 0.013 0.002 55 E 0.069 0.206 0.261 0.249 0.153 0.055 0.008 56 L 0.012 0.028 0.063 0.184 0.369 0.311 0.033 57 A 0.024 0.093 0.209 0.339 0.240 0.086 0.009 58 A 0.145 0.404 0.253 0.130 0.048 0.018 0.002 59 A 0.032 0.100 0.210 0.342 0.234 0.075 0.007 60 E 0.032 0.078 0.130 0.242 0.304 0.191 0.025 61 R 0.198 0.344 0.244 0.134 0.060 0.019 0.002 62 M 0.160 0.185 0.211 0.234 0.159 0.047 0.004 63 R 0.320 0.355 0.192 0.097 0.029 0.007 0.001 64 S 0.317 0.317 0.199 0.111 0.044 0.012 0.002 65 S 0.315 0.289 0.177 0.130 0.066 0.020 0.003 66 N 0.146 0.239 0.230 0.219 0.122 0.038 0.008 67 L 0.085 0.073 0.099 0.178 0.264 0.245 0.056 68 A 0.101 0.196 0.228 0.228 0.148 0.081 0.019 69 A 0.146 0.270 0.224 0.194 0.109 0.049 0.008 70 L 0.035 0.069 0.129 0.259 0.294 0.187 0.027 71 L 0.029 0.043 0.066 0.179 0.315 0.315 0.053 72 R 0.149 0.341 0.258 0.166 0.065 0.018 0.003 73 E 0.193 0.310 0.266 0.162 0.055 0.014 0.001 74 L 0.191 0.225 0.202 0.213 0.131 0.036 0.002 75 E 0.174 0.245 0.238 0.212 0.105 0.025 0.002 76 R 0.402 0.274 0.161 0.105 0.046 0.012 0.001 77 G 0.270 0.336 0.235 0.114 0.036 0.008 0.001 78 G 0.353 0.299 0.172 0.108 0.050 0.016 0.002 79 L 0.067 0.106 0.202 0.282 0.245 0.092 0.007 80 I 0.096 0.119 0.156 0.245 0.245 0.127 0.011 81 V 0.217 0.260 0.234 0.166 0.088 0.032 0.003 82 R 0.233 0.212 0.195 0.200 0.122 0.035 0.003 83 H 0.391 0.307 0.177 0.094 0.026 0.004 0.001 84 A 0.549 0.247 0.120 0.064 0.017 0.003 0.001 85 D 0.642 0.234 0.078 0.034 0.010 0.002 0.001 86 P 0.756 0.177 0.048 0.015 0.003 0.001 0.001 87 Q 0.735 0.190 0.050 0.019 0.005 0.001 0.001 88 D 0.401 0.235 0.168 0.123 0.060 0.012 0.001 89 G 0.362 0.326 0.169 0.094 0.037 0.011 0.001 90 R 0.188 0.232 0.236 0.215 0.103 0.026 0.002 91 R 0.142 0.230 0.249 0.226 0.116 0.034 0.003 92 T 0.082 0.193 0.198 0.229 0.208 0.082 0.006 93 R 0.053 0.171 0.284 0.289 0.157 0.043 0.002 94 V 0.020 0.041 0.072 0.232 0.351 0.263 0.021 95 S 0.036 0.214 0.344 0.259 0.118 0.028 0.001 96 L 0.004 0.013 0.050 0.259 0.477 0.192 0.005 97 S 0.105 0.386 0.315 0.151 0.039 0.004 0.001 98 S 0.649 0.276 0.062 0.011 0.001 0.001 0.001 99 E 0.515 0.372 0.089 0.020 0.004 0.001 0.001 100 G 0.086 0.180 0.243 0.287 0.173 0.029 0.001 101 R 0.106 0.295 0.368 0.190 0.038 0.003 0.001 102 R 0.386 0.514 0.087 0.012 0.001 0.001 0.001 103 N 0.077 0.183 0.310 0.303 0.115 0.012 0.001 104 L 0.052 0.104 0.170 0.330 0.281 0.061 0.001 105 Y 0.336 0.398 0.176 0.072 0.016 0.002 0.001 106 G 0.375 0.397 0.165 0.052 0.010 0.002 0.001 107 N 0.063 0.113 0.177 0.279 0.260 0.101 0.008 108 R 0.150 0.233 0.257 0.214 0.110 0.032 0.003 109 A 0.452 0.330 0.137 0.057 0.019 0.005 0.001 110 K 0.178 0.245 0.241 0.206 0.104 0.023 0.002 111 R 0.093 0.120 0.169 0.258 0.243 0.107 0.009 112 E 0.269 0.345 0.209 0.122 0.045 0.010 0.001 113 E 0.386 0.377 0.163 0.058 0.014 0.002 0.001 114 W 0.123 0.146 0.190 0.266 0.212 0.060 0.003 115 L 0.084 0.116 0.165 0.260 0.243 0.122 0.008 116 V 0.207 0.300 0.221 0.165 0.079 0.025 0.002 117 R 0.221 0.284 0.254 0.156 0.065 0.018 0.001 118 A 0.117 0.114 0.150 0.213 0.250 0.137 0.019 119 M 0.070 0.081 0.141 0.228 0.301 0.161 0.018 120 H 0.121 0.187 0.273 0.259 0.130 0.029 0.002 121 A 0.294 0.349 0.190 0.117 0.040 0.009 0.001 122 C 0.285 0.276 0.230 0.139 0.056 0.014 0.001 123 L 0.059 0.088 0.179 0.374 0.255 0.045 0.002 124 D 0.510 0.359 0.103 0.025 0.003 0.001 0.001 125 E 0.880 0.106 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 126 S 0.810 0.162 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 127 E 0.117 0.194 0.241 0.287 0.143 0.018 0.001 128 R 0.028 0.154 0.378 0.333 0.101 0.007 0.001 129 A 0.199 0.595 0.176 0.027 0.003 0.001 0.001 130 L 0.031 0.173 0.360 0.336 0.091 0.009 0.001 131 L 0.006 0.012 0.021 0.101 0.406 0.431 0.023 132 A 0.009 0.098 0.337 0.423 0.122 0.011 0.001 133 A 0.060 0.389 0.369 0.155 0.025 0.002 0.001 134 A 0.012 0.025 0.048 0.161 0.418 0.320 0.016 135 G 0.004 0.012 0.030 0.150 0.419 0.367 0.018 136 P 0.032 0.340 0.414 0.180 0.032 0.003 0.001 137 L 0.043 0.160 0.338 0.338 0.107 0.013 0.001 138 L 0.007 0.021 0.035 0.127 0.394 0.392 0.024 139 T 0.040 0.159 0.313 0.331 0.132 0.023 0.001 140 R 0.338 0.429 0.161 0.056 0.013 0.003 0.001 141 L 0.081 0.178 0.269 0.290 0.150 0.030 0.002 142 A 0.111 0.128 0.196 0.278 0.217 0.067 0.005 143 Q 0.378 0.315 0.176 0.089 0.033 0.008 0.001 144 F 0.296 0.257 0.184 0.160 0.081 0.020 0.002 145 E 0.400 0.269 0.167 0.105 0.042 0.015 0.002 146 E 0.531 0.254 0.116 0.062 0.027 0.008 0.001 147 P 0.494 0.229 0.125 0.086 0.045 0.017 0.003 148 M 0.395 0.191 0.151 0.142 0.084 0.032 0.005 149 P 0.566 0.233 0.106 0.057 0.025 0.011 0.003 150 T 0.314 0.180 0.168 0.161 0.115 0.053 0.008 151 N 0.387 0.177 0.125 0.131 0.103 0.063 0.014 152 Q 0.329 0.212 0.160 0.138 0.092 0.055 0.015 153 D 0.220 0.141 0.135 0.164 0.171 0.137 0.032 154 L 0.165 0.105 0.114 0.165 0.191 0.187 0.072 155 Q 0.218 0.150 0.132 0.152 0.151 0.137 0.061 156 L 0.274 0.141 0.118 0.134 0.146 0.142 0.045 157 A 0.227 0.112 0.106 0.142 0.165 0.172 0.075 158 A 0.338 0.175 0.130 0.130 0.106 0.082 0.038 159 H 0.368 0.166 0.123 0.115 0.107 0.089 0.032 160 L 0.323 0.159 0.113 0.129 0.119 0.107 0.049 161 R 0.273 0.178 0.143 0.145 0.117 0.096 0.048 162 S 0.236 0.118 0.101 0.128 0.154 0.170 0.092 163 Q 0.299 0.178 0.125 0.137 0.115 0.096 0.050 164 V 0.226 0.151 0.135 0.143 0.132 0.134 0.079 165 T 0.139 0.077 0.075 0.118 0.181 0.264 0.148 166 T 0.139 0.106 0.105 0.146 0.176 0.210 0.118 167 L 0.187 0.154 0.143 0.157 0.146 0.141 0.072 168 T 0.171 0.154 0.140 0.154 0.161 0.156 0.064 169 R 0.203 0.153 0.135 0.167 0.163 0.134 0.045 170 R 0.268 0.211 0.163 0.147 0.110 0.077 0.024 171 L 0.338 0.205 0.144 0.136 0.104 0.061 0.013 172 R 0.315 0.200 0.154 0.139 0.107 0.067 0.017 173 R 0.264 0.157 0.147 0.170 0.147 0.093 0.023 174 E 0.314 0.184 0.141 0.142 0.115 0.082 0.022 175 A 0.385 0.199 0.138 0.126 0.088 0.050 0.013 176 Q 0.394 0.229 0.148 0.106 0.067 0.041 0.015 177 A 0.368 0.171 0.136 0.126 0.108 0.073 0.018 178 D 0.307 0.148 0.121 0.136 0.135 0.119 0.034 179 P 0.338 0.186 0.146 0.141 0.103 0.067 0.019 180 V 0.425 0.206 0.128 0.108 0.078 0.043 0.012 181 Q 0.443 0.195 0.122 0.107 0.075 0.045 0.013 182 F 0.397 0.185 0.130 0.122 0.090 0.060 0.017 183 S 0.433 0.166 0.113 0.123 0.096 0.056 0.013 184 Q 0.634 0.189 0.083 0.049 0.026 0.015 0.004 185 L 0.490 0.179 0.121 0.100 0.065 0.036 0.008 186 V 0.329 0.146 0.119 0.133 0.138 0.109 0.025 187 V 0.336 0.173 0.137 0.154 0.114 0.071 0.014 188 L 0.509 0.228 0.118 0.073 0.042 0.025 0.005 189 G 0.452 0.197 0.135 0.107 0.065 0.035 0.009 190 A 0.346 0.151 0.125 0.144 0.139 0.082 0.012 191 I 0.428 0.171 0.135 0.122 0.091 0.046 0.007 192 D 0.653 0.178 0.080 0.052 0.024 0.011 0.002 193 R 0.531 0.208 0.118 0.075 0.044 0.020 0.003 194 L 0.408 0.156 0.117 0.129 0.114 0.067 0.009 195 G 0.431 0.186 0.132 0.118 0.083 0.043 0.007 196 G 0.467 0.191 0.120 0.107 0.074 0.037 0.005 197 D 0.479 0.234 0.135 0.089 0.043 0.017 0.003 198 V 0.476 0.174 0.126 0.114 0.074 0.031 0.004 199 T 0.620 0.186 0.086 0.059 0.032 0.014 0.002 200 P 0.604 0.182 0.101 0.069 0.031 0.011 0.002 201 S 0.574 0.200 0.096 0.067 0.038 0.020 0.005 202 E 0.284 0.204 0.159 0.147 0.116 0.073 0.018 203 L 0.239 0.170 0.154 0.165 0.141 0.101 0.029 204 A 0.164 0.133 0.138 0.181 0.181 0.156 0.047 205 A 0.140 0.125 0.140 0.174 0.182 0.179 0.060 206 A 0.091 0.079 0.098 0.176 0.224 0.252 0.079 207 E 0.111 0.112 0.138 0.189 0.209 0.194 0.047 208 R 0.125 0.141 0.147 0.198 0.221 0.139 0.029 209 M 0.229 0.209 0.194 0.184 0.115 0.058 0.011 210 R 0.255 0.201 0.181 0.183 0.125 0.049 0.007 211 S 0.544 0.269 0.110 0.051 0.019 0.006 0.001 212 S 0.441 0.274 0.146 0.088 0.037 0.011 0.002 213 N 0.265 0.235 0.220 0.161 0.082 0.032 0.006 214 L 0.064 0.069 0.095 0.177 0.320 0.236 0.038 215 A 0.063 0.122 0.166 0.227 0.219 0.154 0.049 216 A 0.070 0.071 0.078 0.136 0.196 0.303 0.146 217 L 0.017 0.019 0.027 0.068 0.145 0.380 0.343 218 L 0.017 0.022 0.033 0.079 0.154 0.320 0.374 219 R 0.029 0.067 0.084 0.160 0.189 0.229 0.242 220 E 0.027 0.034 0.059 0.112 0.234 0.323 0.210 221 L 0.025 0.035 0.051 0.091 0.162 0.346 0.290 222 E 0.047 0.085 0.114 0.181 0.222 0.235 0.115 223 R 0.069 0.082 0.124 0.188 0.239 0.209 0.089 224 G 0.071 0.075 0.078 0.114 0.177 0.313 0.171 225 G 0.092 0.080 0.081 0.155 0.190 0.227 0.175 226 L 0.196 0.132 0.124 0.134 0.149 0.162 0.103 227 I 0.275 0.158 0.119 0.141 0.127 0.125 0.055 228 V 0.259 0.157 0.154 0.158 0.126 0.096 0.050 229 R 0.226 0.172 0.151 0.165 0.146 0.102 0.038 230 H 0.299 0.251 0.155 0.140 0.096 0.047 0.013 231 A 0.409 0.265 0.168 0.097 0.041 0.016 0.004 232 D 0.452 0.272 0.141 0.086 0.037 0.011 0.002 233 P 0.582 0.219 0.103 0.063 0.025 0.007 0.001 234 Q 0.453 0.209 0.136 0.113 0.061 0.024 0.004 235 D 0.469 0.251 0.138 0.079 0.043 0.017 0.003 236 G 0.353 0.249 0.176 0.129 0.069 0.021 0.003 237 R 0.224 0.151 0.134 0.155 0.188 0.127 0.021 238 R 0.235 0.214 0.193 0.179 0.101 0.060 0.017 239 T 0.341 0.288 0.152 0.113 0.073 0.028 0.004 240 R 0.210 0.169 0.170 0.196 0.168 0.078 0.010 241 V 0.490 0.194 0.086 0.088 0.078 0.053 0.012 242 S 0.448 0.226 0.132 0.105 0.058 0.026 0.005 243 L 0.364 0.215 0.171 0.135 0.073 0.037 0.005 244 S 0.300 0.144 0.106 0.152 0.158 0.113 0.028 245 S 0.238 0.208 0.184 0.183 0.108 0.058 0.021 246 E 0.289 0.267 0.194 0.134 0.077 0.031 0.009 247 G 0.136 0.164 0.153 0.208 0.191 0.114 0.035 248 R 0.129 0.112 0.126 0.192 0.189 0.181 0.072 249 R 0.165 0.169 0.165 0.174 0.151 0.124 0.051 250 N 0.192 0.179 0.184 0.180 0.144 0.095 0.027 251 L 0.088 0.065 0.083 0.175 0.258 0.249 0.081 252 Y 0.182 0.122 0.115 0.157 0.189 0.186 0.050 253 G 0.326 0.225 0.157 0.138 0.092 0.050 0.011 254 N 0.258 0.245 0.213 0.155 0.088 0.034 0.006 255 R 0.311 0.171 0.148 0.178 0.137 0.050 0.006 256 A 0.651 0.201 0.086 0.042 0.014 0.005 0.001 257 K 0.698 0.202 0.066 0.025 0.007 0.002 0.001 258 R 0.633 0.195 0.090 0.052 0.023 0.006 0.001 259 E 0.673 0.179 0.077 0.046 0.020 0.006 0.001 260 E 0.741 0.175 0.057 0.021 0.005 0.001 0.001 261 W 0.579 0.219 0.112 0.063 0.022 0.004 0.001 262 L 0.555 0.225 0.105 0.075 0.031 0.008 0.001 263 V 0.372 0.181 0.150 0.150 0.102 0.041 0.005 264 R 0.492 0.232 0.138 0.087 0.039 0.011 0.001 265 A 0.472 0.209 0.136 0.102 0.058 0.020 0.003 266 M 0.348 0.210 0.131 0.125 0.109 0.066 0.010 267 H 0.395 0.246 0.196 0.111 0.041 0.010 0.001 268 A 0.501 0.285 0.129 0.059 0.020 0.005 0.001 269 C 0.398 0.263 0.175 0.115 0.041 0.008 0.001 270 L 0.335 0.192 0.176 0.194 0.090 0.013 0.001 271 D 0.607 0.290 0.080 0.020 0.002 0.001 0.001 272 E 0.788 0.179 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 273 S 0.386 0.252 0.177 0.116 0.054 0.013 0.001 274 E 0.349 0.266 0.225 0.135 0.023 0.002 0.001 275 R 0.646 0.293 0.052 0.008 0.001 0.001 0.001 276 A 0.637 0.244 0.084 0.029 0.005 0.001 0.001 277 L 0.653 0.222 0.086 0.035 0.005 0.001 0.001 278 L 0.575 0.268 0.105 0.043 0.008 0.001 0.001 279 A 0.836 0.138 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 280 A 0.660 0.235 0.075 0.024 0.005 0.001 0.001 281 A 0.607 0.197 0.099 0.064 0.027 0.006 0.001 282 G 0.531 0.238 0.129 0.075 0.023 0.004 0.001 283 P 0.668 0.237 0.069 0.020 0.005 0.001 0.001 284 L 0.478 0.202 0.136 0.115 0.053 0.014 0.001 285 L 0.539 0.174 0.103 0.091 0.057 0.031 0.004 286 T 0.565 0.182 0.127 0.083 0.033 0.008 0.001 287 R 0.609 0.207 0.100 0.055 0.021 0.006 0.001 288 L 0.451 0.125 0.132 0.137 0.106 0.045 0.005 289 A 0.558 0.173 0.116 0.098 0.042 0.012 0.002 290 Q 0.705 0.156 0.069 0.042 0.021 0.006 0.001 291 F 0.739 0.139 0.074 0.035 0.011 0.002 0.001 292 E 0.796 0.114 0.046 0.028 0.011 0.004 0.001 293 E 0.841 0.097 0.035 0.018 0.008 0.002 0.001 294 P 0.904 0.057 0.019 0.012 0.006 0.002 0.001