# TARGET T0373 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 191.992 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.966 2 P 0.007 0.005 0.002 0.004 0.070 0.912 3 T 0.006 0.007 0.011 0.025 0.168 0.782 4 N 0.006 0.006 0.086 0.141 0.305 0.455 5 Q 0.007 0.002 0.113 0.450 0.210 0.218 6 D 0.006 0.002 0.087 0.670 0.108 0.127 7 L 0.004 0.002 0.029 0.859 0.049 0.056 8 Q 0.009 0.002 0.022 0.871 0.042 0.054 9 L 0.007 0.001 0.014 0.927 0.025 0.026 10 A 0.009 0.001 0.009 0.926 0.023 0.032 11 A 0.003 0.001 0.007 0.965 0.014 0.010 12 H 0.004 0.001 0.007 0.965 0.013 0.010 13 L 0.002 0.001 0.005 0.970 0.011 0.012 14 R 0.002 0.001 0.005 0.974 0.009 0.009 15 S 0.001 0.001 0.005 0.976 0.009 0.009 16 Q 0.001 0.001 0.004 0.976 0.008 0.010 17 V 0.001 0.001 0.003 0.982 0.006 0.008 18 T 0.001 0.001 0.004 0.979 0.008 0.008 19 T 0.002 0.001 0.004 0.974 0.009 0.010 20 L 0.002 0.001 0.003 0.975 0.008 0.011 21 T 0.002 0.001 0.003 0.977 0.008 0.009 22 R 0.002 0.001 0.004 0.982 0.007 0.005 23 R 0.002 0.001 0.003 0.982 0.006 0.006 24 L 0.001 0.001 0.003 0.976 0.008 0.011 25 R 0.001 0.001 0.004 0.980 0.006 0.008 26 R 0.001 0.001 0.008 0.974 0.009 0.008 27 E 0.001 0.001 0.009 0.959 0.016 0.015 28 A 0.001 0.001 0.017 0.918 0.040 0.023 29 Q 0.001 0.002 0.023 0.756 0.140 0.078 30 A 0.002 0.003 0.033 0.470 0.293 0.199 31 D 0.003 0.002 0.015 0.080 0.499 0.400 32 P 0.004 0.003 0.023 0.047 0.410 0.513 33 V 0.015 0.019 0.009 0.033 0.307 0.616 34 Q 0.011 0.015 0.002 0.033 0.113 0.825 35 F 0.001 0.001 0.014 0.966 0.010 0.009 36 S 0.001 0.001 0.008 0.979 0.006 0.006 37 Q 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 39 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 40 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 42 G 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 43 A 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 44 I 0.001 0.001 0.004 0.989 0.005 0.002 45 D 0.001 0.001 0.010 0.978 0.009 0.003 46 R 0.001 0.001 0.005 0.972 0.017 0.007 47 L 0.001 0.001 0.005 0.925 0.021 0.048 48 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.088 0.905 49 G 0.003 0.001 0.002 0.001 0.143 0.850 50 D 0.088 0.039 0.004 0.003 0.149 0.716 51 V 0.141 0.095 0.001 0.004 0.082 0.678 52 T 0.046 0.012 0.001 0.005 0.037 0.899 53 P 0.001 0.001 0.013 0.977 0.004 0.005 54 S 0.001 0.001 0.009 0.985 0.004 0.002 55 E 0.001 0.001 0.012 0.979 0.007 0.001 56 L 0.001 0.001 0.008 0.982 0.006 0.003 57 A 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.001 58 A 0.001 0.001 0.009 0.979 0.007 0.004 59 A 0.001 0.001 0.012 0.933 0.030 0.024 60 E 0.002 0.002 0.021 0.859 0.056 0.060 61 R 0.003 0.001 0.011 0.046 0.194 0.745 62 M 0.011 0.020 0.009 0.023 0.179 0.759 63 R 0.009 0.006 0.002 0.013 0.093 0.877 64 S 0.001 0.001 0.014 0.895 0.038 0.051 65 S 0.002 0.001 0.013 0.920 0.036 0.029 66 N 0.001 0.001 0.009 0.952 0.023 0.013 67 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 68 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 69 A 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 70 L 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.003 71 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.002 72 R 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 73 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 74 L 0.001 0.001 0.004 0.982 0.008 0.005 75 E 0.001 0.001 0.008 0.975 0.012 0.004 76 R 0.001 0.001 0.010 0.964 0.019 0.006 77 G 0.001 0.001 0.017 0.745 0.093 0.142 78 G 0.008 0.001 0.008 0.014 0.200 0.768 79 L 0.329 0.013 0.011 0.006 0.168 0.473 80 I 0.824 0.015 0.005 0.003 0.045 0.107 81 V 0.887 0.006 0.004 0.002 0.029 0.073 82 R 0.816 0.004 0.002 0.001 0.040 0.137 83 H 0.615 0.018 0.003 0.001 0.089 0.273 84 A 0.312 0.051 0.003 0.001 0.138 0.494 85 D 0.081 0.035 0.002 0.001 0.577 0.304 86 P 0.009 0.005 0.054 0.004 0.871 0.057 87 Q 0.006 0.001 0.054 0.004 0.906 0.028 88 D 0.006 0.003 0.054 0.003 0.913 0.020 89 G 0.022 0.006 0.036 0.006 0.752 0.179 90 R 0.186 0.065 0.026 0.008 0.371 0.344 91 R 0.428 0.020 0.012 0.005 0.251 0.285 92 T 0.736 0.004 0.003 0.003 0.072 0.182 93 R 0.953 0.002 0.001 0.001 0.011 0.032 94 V 0.977 0.001 0.001 0.002 0.006 0.013 95 S 0.962 0.005 0.001 0.002 0.007 0.024 96 L 0.722 0.013 0.001 0.006 0.036 0.222 97 S 0.085 0.003 0.001 0.006 0.094 0.812 98 S 0.003 0.001 0.037 0.850 0.080 0.030 99 E 0.001 0.001 0.031 0.913 0.050 0.005 100 G 0.001 0.001 0.018 0.953 0.024 0.003 101 R 0.004 0.001 0.013 0.964 0.012 0.007 102 R 0.002 0.001 0.014 0.962 0.011 0.009 103 N 0.004 0.001 0.018 0.940 0.018 0.019 104 L 0.009 0.001 0.020 0.888 0.038 0.043 105 Y 0.007 0.002 0.022 0.883 0.054 0.032 106 G 0.005 0.001 0.035 0.811 0.086 0.062 107 N 0.003 0.001 0.026 0.780 0.077 0.113 108 R 0.001 0.001 0.017 0.880 0.039 0.062 109 A 0.001 0.001 0.013 0.936 0.025 0.025 110 K 0.001 0.001 0.014 0.937 0.026 0.022 111 R 0.001 0.001 0.009 0.958 0.017 0.015 112 E 0.001 0.001 0.006 0.971 0.012 0.010 113 E 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 114 W 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 115 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 116 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 117 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 118 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.002 119 M 0.001 0.001 0.006 0.977 0.012 0.005 120 H 0.001 0.001 0.032 0.918 0.038 0.009 121 A 0.002 0.001 0.042 0.801 0.090 0.064 122 C 0.003 0.005 0.041 0.247 0.206 0.499 123 L 0.003 0.018 0.007 0.105 0.187 0.682 124 D 0.002 0.002 0.001 0.034 0.089 0.873 125 E 0.001 0.001 0.007 0.986 0.005 0.002 126 S 0.001 0.001 0.012 0.980 0.007 0.001 127 E 0.001 0.001 0.005 0.993 0.002 0.001 128 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 129 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 130 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 131 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 132 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 133 A 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 134 A 0.001 0.001 0.005 0.975 0.006 0.014 135 G 0.001 0.001 0.022 0.901 0.031 0.044 136 P 0.001 0.001 0.021 0.961 0.013 0.005 137 L 0.001 0.001 0.019 0.964 0.013 0.003 138 L 0.001 0.001 0.008 0.983 0.006 0.003 139 T 0.001 0.001 0.010 0.981 0.006 0.002 140 R 0.001 0.001 0.009 0.977 0.009 0.004 141 L 0.001 0.001 0.014 0.949 0.019 0.018 142 A 0.001 0.001 0.037 0.880 0.047 0.034 143 Q 0.002 0.002 0.078 0.692 0.127 0.099 144 F 0.006 0.006 0.090 0.293 0.284 0.321 145 E 0.009 0.012 0.065 0.118 0.374 0.422 146 E 0.011 0.009 0.028 0.040 0.380 0.532 147 P 0.011 0.018 0.028 0.034 0.304 0.605 148 M 0.009 0.014 0.007 0.010 0.213 0.746 149 P 0.013 0.014 0.012 0.019 0.295 0.646 150 T 0.010 0.008 0.048 0.124 0.321 0.488 151 N 0.013 0.007 0.064 0.271 0.299 0.346 152 Q 0.017 0.004 0.048 0.489 0.191 0.251 153 D 0.026 0.006 0.035 0.595 0.091 0.247 154 L 0.043 0.005 0.038 0.751 0.061 0.103 155 Q 0.094 0.010 0.041 0.652 0.073 0.130 156 L 0.116 0.008 0.027 0.621 0.071 0.157 157 A 0.082 0.005 0.025 0.610 0.072 0.205 158 A 0.012 0.001 0.032 0.869 0.042 0.044 159 H 0.011 0.001 0.031 0.870 0.051 0.037 160 L 0.008 0.002 0.024 0.896 0.038 0.033 161 R 0.010 0.001 0.019 0.888 0.042 0.039 162 S 0.007 0.001 0.018 0.853 0.051 0.070 163 Q 0.018 0.001 0.015 0.780 0.068 0.117 164 V 0.029 0.002 0.010 0.833 0.041 0.085 165 T 0.045 0.003 0.012 0.859 0.030 0.051 166 T 0.050 0.003 0.014 0.850 0.034 0.050 167 L 0.031 0.002 0.016 0.879 0.031 0.042 168 T 0.022 0.002 0.022 0.879 0.037 0.037 169 R 0.015 0.001 0.046 0.868 0.045 0.026 170 R 0.020 0.002 0.042 0.834 0.059 0.043 171 L 0.028 0.006 0.031 0.761 0.087 0.087 172 R 0.030 0.009 0.037 0.696 0.098 0.130 173 R 0.015 0.002 0.109 0.685 0.103 0.086 174 E 0.014 0.004 0.126 0.696 0.101 0.059 175 A 0.016 0.004 0.123 0.690 0.113 0.055 176 Q 0.026 0.009 0.052 0.440 0.221 0.252 177 A 0.035 0.015 0.020 0.175 0.287 0.469 178 D 0.033 0.009 0.005 0.027 0.326 0.600 179 P 0.027 0.005 0.032 0.183 0.409 0.344 180 V 0.079 0.019 0.053 0.169 0.381 0.300 181 Q 0.121 0.032 0.080 0.306 0.258 0.203 182 F 0.058 0.007 0.191 0.516 0.147 0.081 183 S 0.071 0.006 0.182 0.482 0.163 0.097 184 Q 0.081 0.005 0.152 0.600 0.110 0.053 185 L 0.176 0.013 0.052 0.559 0.099 0.101 186 V 0.233 0.031 0.048 0.514 0.080 0.094 187 V 0.151 0.017 0.043 0.628 0.097 0.065 188 L 0.059 0.002 0.034 0.711 0.114 0.080 189 G 0.064 0.007 0.065 0.674 0.115 0.076 190 A 0.077 0.010 0.060 0.714 0.089 0.051 191 I 0.070 0.010 0.059 0.758 0.069 0.035 192 D 0.062 0.005 0.043 0.795 0.074 0.021 193 R 0.052 0.005 0.021 0.730 0.136 0.057 194 L 0.024 0.010 0.017 0.638 0.144 0.167 195 G 0.024 0.005 0.009 0.020 0.684 0.258 196 G 0.015 0.003 0.016 0.011 0.697 0.258 197 D 0.037 0.019 0.027 0.019 0.562 0.337 198 V 0.146 0.139 0.009 0.024 0.296 0.385 199 T 0.048 0.022 0.001 0.022 0.068 0.838 200 P 0.003 0.001 0.025 0.933 0.016 0.022 201 S 0.002 0.001 0.023 0.958 0.010 0.007 202 E 0.002 0.001 0.039 0.936 0.017 0.005 203 L 0.004 0.001 0.031 0.936 0.018 0.011 204 A 0.004 0.001 0.021 0.945 0.019 0.010 205 A 0.008 0.001 0.030 0.896 0.040 0.025 206 A 0.010 0.002 0.039 0.778 0.105 0.065 207 E 0.012 0.003 0.052 0.744 0.135 0.054 208 R 0.009 0.003 0.052 0.582 0.192 0.162 209 M 0.017 0.010 0.040 0.451 0.189 0.292 210 R 0.025 0.008 0.031 0.367 0.183 0.387 211 S 0.031 0.006 0.027 0.528 0.156 0.251 212 S 0.037 0.006 0.023 0.573 0.137 0.224 213 N 0.037 0.003 0.016 0.806 0.056 0.082 214 L 0.034 0.001 0.007 0.912 0.018 0.028 215 A 0.040 0.001 0.008 0.926 0.012 0.014 216 A 0.084 0.001 0.019 0.870 0.015 0.010 217 L 0.104 0.002 0.022 0.840 0.020 0.012 218 L 0.102 0.002 0.024 0.809 0.043 0.020 219 R 0.085 0.003 0.030 0.799 0.057 0.025 220 E 0.054 0.003 0.038 0.744 0.104 0.056 221 L 0.024 0.004 0.049 0.701 0.139 0.083 222 E 0.031 0.008 0.064 0.603 0.191 0.103 223 R 0.038 0.007 0.038 0.344 0.351 0.222 224 G 0.051 0.002 0.018 0.094 0.419 0.416 225 G 0.386 0.003 0.005 0.011 0.207 0.387 226 L 0.866 0.007 0.002 0.007 0.031 0.088 227 I 0.963 0.002 0.001 0.005 0.008 0.021 228 V 0.965 0.001 0.002 0.006 0.008 0.017 229 R 0.940 0.001 0.002 0.004 0.015 0.036 230 H 0.814 0.007 0.005 0.009 0.051 0.114 231 A 0.491 0.029 0.005 0.006 0.109 0.360 232 D 0.153 0.019 0.004 0.003 0.509 0.311 233 P 0.009 0.003 0.185 0.020 0.755 0.028 234 Q 0.004 0.001 0.164 0.016 0.794 0.021 235 D 0.005 0.003 0.204 0.013 0.765 0.011 236 G 0.024 0.011 0.055 0.014 0.777 0.120 237 R 0.146 0.046 0.051 0.029 0.406 0.323 238 R 0.301 0.023 0.043 0.023 0.380 0.230 239 T 0.529 0.006 0.015 0.014 0.182 0.254 240 R 0.872 0.008 0.007 0.008 0.034 0.072 241 V 0.919 0.006 0.006 0.010 0.021 0.038 242 S 0.878 0.014 0.007 0.013 0.025 0.063 243 L 0.602 0.023 0.008 0.018 0.064 0.285 244 S 0.086 0.012 0.004 0.021 0.158 0.718 245 S 0.008 0.002 0.038 0.684 0.178 0.091 246 E 0.001 0.001 0.023 0.905 0.060 0.010 247 G 0.001 0.001 0.021 0.919 0.051 0.007 248 R 0.004 0.003 0.035 0.892 0.054 0.013 249 R 0.007 0.006 0.050 0.860 0.058 0.019 250 N 0.009 0.004 0.070 0.778 0.106 0.033 251 L 0.022 0.009 0.094 0.512 0.295 0.067 252 Y 0.015 0.005 0.062 0.437 0.384 0.097 253 G 0.005 0.005 0.062 0.318 0.363 0.247 254 N 0.004 0.012 0.027 0.257 0.297 0.404 255 R 0.004 0.008 0.012 0.255 0.147 0.573 256 A 0.002 0.002 0.007 0.837 0.043 0.108 257 K 0.002 0.002 0.008 0.881 0.037 0.069 258 R 0.001 0.001 0.010 0.968 0.011 0.010 259 E 0.001 0.001 0.008 0.982 0.006 0.003 260 E 0.001 0.001 0.006 0.984 0.007 0.002 261 W 0.001 0.001 0.004 0.989 0.005 0.001 262 L 0.001 0.001 0.004 0.987 0.006 0.002 263 V 0.003 0.001 0.006 0.978 0.010 0.002 264 R 0.004 0.001 0.009 0.962 0.020 0.005 265 A 0.005 0.001 0.009 0.951 0.023 0.012 266 M 0.006 0.003 0.021 0.838 0.058 0.074 267 H 0.011 0.008 0.155 0.559 0.172 0.096 268 A 0.008 0.004 0.131 0.567 0.164 0.126 269 C 0.007 0.012 0.089 0.417 0.155 0.319 270 L 0.002 0.009 0.034 0.356 0.161 0.438 271 D 0.003 0.004 0.024 0.454 0.211 0.304 272 E 0.001 0.001 0.017 0.904 0.057 0.021 273 S 0.001 0.002 0.018 0.879 0.060 0.042 274 E 0.001 0.001 0.012 0.979 0.007 0.003 275 R 0.001 0.001 0.012 0.979 0.007 0.002 276 A 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 277 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 278 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 279 A 0.001 0.001 0.017 0.975 0.007 0.002 280 A 0.001 0.001 0.014 0.969 0.010 0.006 281 A 0.001 0.001 0.010 0.951 0.014 0.023 282 G 0.002 0.003 0.041 0.743 0.074 0.137 283 P 0.001 0.001 0.048 0.872 0.047 0.032 284 L 0.002 0.001 0.058 0.882 0.043 0.014 285 L 0.002 0.001 0.019 0.945 0.027 0.007 286 T 0.004 0.001 0.016 0.945 0.026 0.009 287 R 0.004 0.001 0.017 0.944 0.025 0.011 288 L 0.007 0.002 0.039 0.877 0.055 0.020 289 A 0.004 0.001 0.041 0.874 0.048 0.031 290 Q 0.006 0.002 0.075 0.751 0.088 0.079 291 F 0.011 0.008 0.041 0.368 0.196 0.376 292 E 0.020 0.010 0.022 0.155 0.158 0.635 293 E 0.011 0.009 0.006 0.044 0.122 0.809 294 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.953