# TARGET T0373 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 191.992 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 2 P 0.008 0.012 0.002 0.017 0.005 0.011 0.945 3 T 0.014 0.012 0.022 0.127 0.188 0.095 0.542 4 N 0.010 0.004 0.064 0.301 0.107 0.132 0.382 5 Q 0.008 0.003 0.084 0.510 0.105 0.104 0.186 6 D 0.008 0.003 0.039 0.668 0.045 0.062 0.176 7 L 0.005 0.003 0.021 0.837 0.033 0.024 0.078 8 Q 0.005 0.004 0.014 0.878 0.015 0.023 0.060 9 L 0.008 0.002 0.014 0.911 0.011 0.022 0.032 10 A 0.006 0.001 0.010 0.943 0.005 0.013 0.021 11 A 0.005 0.001 0.009 0.957 0.006 0.016 0.007 12 H 0.003 0.001 0.006 0.965 0.003 0.016 0.006 13 L 0.002 0.001 0.003 0.976 0.002 0.011 0.007 14 R 0.001 0.001 0.002 0.979 0.002 0.011 0.004 15 S 0.002 0.001 0.002 0.979 0.002 0.011 0.004 16 Q 0.002 0.001 0.003 0.980 0.001 0.009 0.005 17 V 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.005 0.003 18 T 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.007 0.002 19 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 21 T 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.006 0.003 22 R 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.009 0.002 23 R 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.009 0.002 24 L 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.011 0.004 25 R 0.001 0.001 0.003 0.977 0.002 0.011 0.006 26 R 0.001 0.001 0.010 0.965 0.002 0.019 0.004 27 E 0.001 0.001 0.021 0.924 0.003 0.044 0.006 28 A 0.003 0.003 0.035 0.846 0.013 0.084 0.016 29 Q 0.005 0.005 0.053 0.612 0.028 0.252 0.046 30 A 0.005 0.002 0.071 0.366 0.121 0.371 0.065 31 D 0.007 0.002 0.016 0.064 0.494 0.254 0.162 32 P 0.015 0.010 0.023 0.025 0.208 0.326 0.394 33 V 0.041 0.042 0.003 0.008 0.125 0.010 0.770 34 Q 0.036 0.019 0.002 0.012 0.025 0.003 0.903 35 F 0.001 0.001 0.034 0.947 0.002 0.010 0.005 36 S 0.001 0.001 0.013 0.974 0.001 0.009 0.002 37 Q 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.003 0.002 38 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 39 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 40 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 42 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 44 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 45 D 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 46 R 0.001 0.001 0.003 0.918 0.002 0.075 0.001 47 L 0.001 0.001 0.003 0.326 0.006 0.660 0.005 48 G 0.001 0.001 0.003 0.010 0.033 0.887 0.066 49 G 0.004 0.002 0.003 0.001 0.117 0.017 0.855 50 D 0.042 0.044 0.007 0.002 0.048 0.021 0.836 51 V 0.049 0.044 0.001 0.002 0.112 0.003 0.790 52 T 0.023 0.015 0.001 0.005 0.016 0.001 0.940 53 P 0.001 0.001 0.010 0.985 0.001 0.004 0.001 54 S 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.003 0.001 55 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 57 A 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.006 0.001 58 A 0.001 0.001 0.002 0.975 0.001 0.020 0.002 59 A 0.001 0.001 0.009 0.890 0.009 0.074 0.016 60 E 0.001 0.001 0.009 0.494 0.019 0.453 0.023 61 R 0.001 0.002 0.016 0.130 0.067 0.648 0.137 62 M 0.005 0.008 0.009 0.020 0.287 0.022 0.648 63 R 0.006 0.006 0.014 0.021 0.133 0.022 0.798 64 S 0.003 0.005 0.082 0.523 0.151 0.110 0.126 65 S 0.002 0.002 0.052 0.725 0.071 0.075 0.072 66 N 0.004 0.008 0.030 0.817 0.032 0.036 0.073 67 L 0.001 0.001 0.003 0.984 0.002 0.004 0.007 68 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.002 69 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 70 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.002 71 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 75 E 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.012 0.001 76 R 0.001 0.001 0.003 0.817 0.002 0.176 0.001 77 G 0.001 0.001 0.003 0.073 0.009 0.907 0.007 78 G 0.003 0.001 0.005 0.005 0.070 0.854 0.063 79 L 0.183 0.008 0.014 0.005 0.134 0.036 0.620 80 I 0.868 0.013 0.005 0.002 0.024 0.006 0.083 81 V 0.935 0.004 0.002 0.002 0.006 0.002 0.049 82 R 0.960 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.030 83 H 0.865 0.003 0.001 0.001 0.023 0.001 0.106 84 A 0.552 0.039 0.001 0.001 0.107 0.007 0.294 85 D 0.073 0.012 0.001 0.001 0.068 0.003 0.843 86 P 0.005 0.001 0.031 0.005 0.097 0.821 0.039 87 Q 0.003 0.002 0.036 0.003 0.074 0.860 0.021 88 D 0.019 0.011 0.133 0.009 0.342 0.369 0.118 89 G 0.043 0.012 0.043 0.005 0.183 0.470 0.244 90 R 0.345 0.042 0.014 0.001 0.109 0.047 0.441 91 R 0.661 0.021 0.005 0.001 0.053 0.012 0.248 92 T 0.878 0.002 0.002 0.002 0.027 0.004 0.086 93 R 0.956 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.035 94 V 0.981 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 95 S 0.962 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 0.025 96 L 0.736 0.010 0.001 0.008 0.008 0.004 0.234 97 S 0.097 0.002 0.001 0.005 0.022 0.004 0.870 98 S 0.004 0.001 0.023 0.754 0.054 0.156 0.009 99 E 0.002 0.001 0.026 0.780 0.011 0.174 0.006 100 G 0.003 0.001 0.037 0.875 0.008 0.055 0.022 101 R 0.007 0.004 0.009 0.933 0.009 0.017 0.022 102 R 0.009 0.002 0.012 0.936 0.009 0.022 0.010 103 N 0.003 0.001 0.011 0.943 0.005 0.030 0.008 104 L 0.003 0.001 0.010 0.924 0.008 0.038 0.015 105 Y 0.004 0.001 0.025 0.810 0.018 0.115 0.027 106 G 0.005 0.002 0.040 0.737 0.020 0.161 0.035 107 N 0.002 0.002 0.029 0.793 0.025 0.080 0.068 108 R 0.001 0.001 0.012 0.879 0.020 0.033 0.053 109 A 0.001 0.001 0.009 0.943 0.011 0.020 0.016 110 K 0.001 0.001 0.009 0.956 0.004 0.018 0.011 111 R 0.001 0.001 0.004 0.976 0.002 0.011 0.007 112 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.002 113 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 114 W 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 115 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 116 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 117 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 118 A 0.001 0.001 0.003 0.972 0.001 0.021 0.003 119 M 0.001 0.001 0.009 0.943 0.004 0.037 0.006 120 H 0.001 0.001 0.059 0.793 0.007 0.131 0.009 121 A 0.001 0.001 0.067 0.490 0.025 0.386 0.031 122 C 0.001 0.003 0.081 0.308 0.049 0.416 0.142 123 L 0.001 0.009 0.003 0.037 0.402 0.016 0.532 124 D 0.001 0.004 0.001 0.018 0.071 0.004 0.902 125 E 0.001 0.001 0.005 0.966 0.004 0.023 0.002 126 S 0.001 0.001 0.008 0.972 0.001 0.017 0.001 127 E 0.001 0.001 0.010 0.981 0.001 0.005 0.003 128 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 130 L 0.001 0.001 0.002 0.977 0.001 0.019 0.001 131 L 0.001 0.001 0.005 0.970 0.002 0.018 0.004 132 A 0.001 0.001 0.015 0.956 0.002 0.025 0.001 133 A 0.001 0.001 0.022 0.848 0.001 0.126 0.002 134 A 0.001 0.001 0.021 0.844 0.003 0.123 0.009 135 G 0.001 0.001 0.014 0.892 0.035 0.020 0.039 136 P 0.001 0.001 0.020 0.935 0.007 0.023 0.014 137 L 0.001 0.001 0.007 0.971 0.002 0.017 0.003 138 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.002 139 T 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.008 0.002 140 R 0.001 0.001 0.006 0.962 0.001 0.027 0.003 141 L 0.001 0.001 0.018 0.907 0.003 0.063 0.008 142 A 0.002 0.003 0.028 0.742 0.024 0.164 0.035 143 Q 0.003 0.002 0.045 0.394 0.035 0.463 0.058 144 F 0.009 0.004 0.030 0.151 0.189 0.223 0.394 145 E 0.016 0.012 0.044 0.091 0.275 0.132 0.431 146 E 0.015 0.010 0.005 0.008 0.400 0.021 0.541 147 P 0.026 0.027 0.009 0.007 0.162 0.083 0.686 148 M 0.013 0.018 0.003 0.003 0.105 0.014 0.845 149 P 0.016 0.014 0.010 0.015 0.084 0.059 0.802 150 T 0.016 0.012 0.032 0.035 0.186 0.185 0.534 151 N 0.036 0.019 0.082 0.133 0.194 0.142 0.394 152 Q 0.049 0.007 0.045 0.175 0.181 0.069 0.475 153 D 0.090 0.014 0.050 0.260 0.077 0.072 0.437 154 L 0.121 0.019 0.036 0.367 0.095 0.032 0.330 155 Q 0.100 0.027 0.035 0.397 0.041 0.046 0.354 156 L 0.069 0.016 0.050 0.427 0.042 0.050 0.346 157 A 0.045 0.008 0.070 0.494 0.028 0.047 0.309 158 A 0.012 0.002 0.120 0.709 0.027 0.080 0.050 159 H 0.010 0.002 0.123 0.642 0.020 0.153 0.050 160 L 0.014 0.005 0.087 0.660 0.030 0.122 0.082 161 R 0.013 0.004 0.053 0.734 0.028 0.100 0.070 162 S 0.012 0.002 0.031 0.717 0.072 0.114 0.052 163 Q 0.010 0.003 0.014 0.803 0.043 0.063 0.064 164 V 0.012 0.003 0.005 0.929 0.009 0.014 0.029 165 T 0.016 0.002 0.005 0.931 0.009 0.013 0.023 166 T 0.016 0.001 0.005 0.947 0.007 0.012 0.012 167 L 0.013 0.001 0.007 0.950 0.005 0.012 0.012 168 T 0.012 0.001 0.008 0.944 0.005 0.014 0.015 169 R 0.008 0.001 0.010 0.928 0.011 0.031 0.011 170 R 0.008 0.001 0.007 0.936 0.007 0.027 0.014 171 L 0.016 0.003 0.005 0.912 0.009 0.028 0.028 172 R 0.023 0.003 0.008 0.848 0.019 0.043 0.057 173 R 0.021 0.002 0.018 0.868 0.019 0.044 0.028 174 E 0.014 0.001 0.036 0.830 0.018 0.064 0.037 175 A 0.018 0.004 0.058 0.711 0.032 0.131 0.046 176 Q 0.022 0.007 0.056 0.465 0.069 0.277 0.104 177 A 0.026 0.007 0.044 0.238 0.294 0.196 0.195 178 D 0.025 0.005 0.005 0.022 0.552 0.035 0.357 179 P 0.039 0.009 0.042 0.056 0.185 0.212 0.456 180 V 0.165 0.037 0.038 0.048 0.202 0.092 0.417 181 Q 0.274 0.045 0.032 0.041 0.091 0.038 0.479 182 F 0.247 0.017 0.159 0.150 0.086 0.088 0.253 183 S 0.206 0.010 0.123 0.207 0.120 0.161 0.172 184 Q 0.289 0.007 0.112 0.138 0.147 0.125 0.182 185 L 0.472 0.014 0.014 0.113 0.040 0.016 0.330 186 V 0.666 0.023 0.010 0.106 0.017 0.014 0.163 187 V 0.766 0.017 0.006 0.079 0.027 0.009 0.096 188 L 0.468 0.007 0.020 0.217 0.084 0.102 0.101 189 G 0.294 0.007 0.023 0.160 0.130 0.258 0.128 190 A 0.463 0.012 0.022 0.198 0.033 0.045 0.227 191 I 0.617 0.011 0.040 0.206 0.032 0.018 0.076 192 D 0.640 0.005 0.053 0.181 0.023 0.027 0.071 193 R 0.501 0.014 0.063 0.221 0.055 0.078 0.070 194 L 0.211 0.047 0.040 0.172 0.106 0.300 0.125 195 G 0.054 0.010 0.022 0.015 0.196 0.409 0.294 196 G 0.030 0.006 0.022 0.008 0.317 0.268 0.349 197 D 0.056 0.035 0.017 0.006 0.217 0.203 0.466 198 V 0.043 0.041 0.003 0.006 0.236 0.015 0.656 199 T 0.035 0.022 0.001 0.008 0.060 0.006 0.867 200 P 0.005 0.002 0.029 0.908 0.010 0.020 0.025 201 S 0.003 0.001 0.023 0.944 0.007 0.014 0.009 202 E 0.003 0.001 0.012 0.967 0.004 0.006 0.008 203 L 0.004 0.002 0.006 0.974 0.003 0.006 0.006 204 A 0.009 0.001 0.014 0.938 0.007 0.019 0.011 205 A 0.015 0.002 0.025 0.869 0.011 0.052 0.027 206 A 0.017 0.004 0.065 0.735 0.042 0.089 0.048 207 E 0.019 0.004 0.047 0.489 0.048 0.341 0.053 208 R 0.019 0.005 0.049 0.264 0.082 0.451 0.130 209 M 0.036 0.011 0.028 0.092 0.211 0.045 0.577 210 R 0.052 0.011 0.043 0.118 0.121 0.088 0.567 211 S 0.034 0.008 0.043 0.374 0.149 0.183 0.209 212 S 0.038 0.004 0.020 0.437 0.202 0.154 0.146 213 N 0.089 0.009 0.007 0.606 0.115 0.039 0.135 214 L 0.051 0.002 0.002 0.910 0.005 0.004 0.025 215 A 0.053 0.001 0.005 0.918 0.004 0.003 0.016 216 A 0.088 0.001 0.014 0.870 0.005 0.006 0.015 217 L 0.114 0.001 0.040 0.795 0.009 0.022 0.019 218 L 0.089 0.004 0.034 0.794 0.013 0.041 0.025 219 R 0.036 0.002 0.031 0.819 0.020 0.068 0.024 220 E 0.030 0.002 0.032 0.824 0.015 0.068 0.028 221 L 0.029 0.005 0.050 0.792 0.018 0.077 0.029 222 E 0.012 0.003 0.095 0.601 0.025 0.226 0.038 223 R 0.024 0.004 0.093 0.417 0.061 0.348 0.052 224 G 0.017 0.002 0.024 0.083 0.124 0.682 0.068 225 G 0.109 0.002 0.010 0.025 0.231 0.521 0.101 226 L 0.808 0.010 0.003 0.017 0.026 0.012 0.124 227 I 0.948 0.010 0.001 0.009 0.005 0.002 0.024 228 V 0.932 0.002 0.004 0.011 0.006 0.003 0.042 229 R 0.902 0.001 0.004 0.008 0.020 0.004 0.060 230 H 0.778 0.007 0.006 0.006 0.036 0.010 0.156 231 A 0.456 0.049 0.005 0.009 0.157 0.013 0.312 232 D 0.125 0.018 0.001 0.002 0.090 0.004 0.760 233 P 0.007 0.002 0.170 0.042 0.049 0.673 0.056 234 Q 0.004 0.002 0.192 0.026 0.055 0.696 0.024 235 D 0.011 0.006 0.354 0.023 0.143 0.388 0.075 236 G 0.035 0.011 0.066 0.008 0.215 0.455 0.210 237 R 0.160 0.018 0.021 0.003 0.200 0.146 0.451 238 R 0.541 0.024 0.007 0.001 0.078 0.016 0.332 239 T 0.820 0.005 0.002 0.002 0.029 0.004 0.139 240 R 0.960 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.030 241 V 0.981 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 242 S 0.967 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.023 243 L 0.825 0.007 0.001 0.011 0.018 0.010 0.128 244 S 0.319 0.007 0.003 0.009 0.060 0.024 0.578 245 S 0.096 0.007 0.039 0.079 0.325 0.306 0.148 246 E 0.049 0.008 0.053 0.121 0.148 0.532 0.090 247 G 0.059 0.010 0.065 0.176 0.262 0.255 0.173 248 R 0.078 0.019 0.070 0.449 0.086 0.094 0.204 249 R 0.098 0.032 0.110 0.507 0.074 0.113 0.067 250 N 0.063 0.013 0.133 0.468 0.045 0.156 0.123 251 L 0.043 0.015 0.140 0.366 0.079 0.221 0.136 252 Y 0.030 0.013 0.130 0.309 0.078 0.291 0.149 253 G 0.011 0.004 0.105 0.222 0.130 0.461 0.068 254 N 0.012 0.009 0.042 0.291 0.217 0.206 0.223 255 R 0.022 0.018 0.035 0.433 0.136 0.151 0.205 256 A 0.014 0.008 0.015 0.568 0.095 0.030 0.269 257 K 0.006 0.005 0.006 0.749 0.036 0.018 0.180 258 R 0.001 0.001 0.003 0.983 0.003 0.009 0.003 259 E 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.009 0.002 260 E 0.002 0.001 0.004 0.985 0.002 0.003 0.003 261 W 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.005 0.002 262 L 0.001 0.001 0.001 0.968 0.001 0.027 0.002 263 V 0.003 0.001 0.003 0.951 0.003 0.030 0.010 264 R 0.031 0.002 0.016 0.869 0.027 0.022 0.033 265 A 0.034 0.003 0.030 0.849 0.011 0.058 0.014 266 M 0.014 0.008 0.025 0.778 0.016 0.148 0.012 267 H 0.006 0.002 0.043 0.674 0.014 0.224 0.037 268 A 0.006 0.002 0.067 0.303 0.032 0.474 0.116 269 C 0.004 0.006 0.123 0.251 0.048 0.367 0.200 270 L 0.003 0.005 0.032 0.249 0.325 0.147 0.238 271 D 0.002 0.003 0.009 0.277 0.398 0.053 0.256 272 E 0.001 0.002 0.011 0.581 0.113 0.250 0.042 273 S 0.002 0.004 0.013 0.611 0.081 0.234 0.054 274 E 0.002 0.003 0.015 0.892 0.019 0.025 0.044 275 R 0.001 0.001 0.010 0.955 0.009 0.013 0.012 276 A 0.001 0.001 0.021 0.934 0.005 0.025 0.012 277 L 0.001 0.001 0.053 0.897 0.005 0.037 0.007 278 L 0.001 0.001 0.119 0.819 0.009 0.045 0.006 279 A 0.001 0.001 0.209 0.645 0.004 0.137 0.003 280 A 0.001 0.001 0.189 0.461 0.007 0.328 0.012 281 A 0.005 0.005 0.093 0.480 0.134 0.193 0.090 282 G 0.006 0.003 0.054 0.503 0.238 0.069 0.128 283 P 0.006 0.003 0.071 0.688 0.042 0.141 0.048 284 L 0.017 0.003 0.054 0.785 0.019 0.099 0.022 285 L 0.069 0.014 0.052 0.739 0.033 0.054 0.040 286 T 0.071 0.009 0.044 0.711 0.033 0.079 0.052 287 R 0.020 0.003 0.037 0.756 0.017 0.136 0.031 288 L 0.012 0.004 0.085 0.703 0.018 0.130 0.047 289 A 0.024 0.004 0.135 0.527 0.034 0.152 0.124 290 Q 0.029 0.007 0.223 0.382 0.065 0.173 0.121 291 F 0.044 0.014 0.125 0.251 0.147 0.204 0.214 292 E 0.039 0.021 0.066 0.149 0.185 0.278 0.262 293 E 0.021 0.013 0.010 0.020 0.139 0.029 0.768 294 P 0.010 0.005 0.013 0.011 0.042 0.039 0.880