# TARGET T0373 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 151.605 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.007 0.004 0.004 0.132 0.845 2 P 0.011 0.013 0.008 0.014 0.171 0.782 3 T 0.005 0.011 0.010 0.037 0.210 0.726 4 N 0.004 0.008 0.026 0.242 0.250 0.471 5 Q 0.003 0.003 0.023 0.741 0.092 0.138 6 D 0.003 0.002 0.010 0.889 0.032 0.065 7 L 0.001 0.001 0.003 0.979 0.007 0.009 8 Q 0.002 0.001 0.003 0.987 0.004 0.005 9 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 10 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 11 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 12 H 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 14 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 15 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 18 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 21 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 22 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 25 R 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.004 26 R 0.001 0.001 0.007 0.987 0.003 0.003 27 E 0.001 0.001 0.008 0.980 0.006 0.006 28 A 0.001 0.001 0.013 0.941 0.023 0.022 29 Q 0.001 0.003 0.021 0.657 0.167 0.151 30 A 0.002 0.003 0.028 0.259 0.371 0.337 31 D 0.002 0.002 0.015 0.044 0.506 0.431 32 P 0.003 0.004 0.024 0.026 0.397 0.545 33 V 0.012 0.024 0.007 0.025 0.245 0.687 34 Q 0.009 0.011 0.003 0.054 0.099 0.825 35 F 0.001 0.001 0.007 0.987 0.002 0.003 36 S 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 37 Q 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 39 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 40 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 42 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 44 I 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 45 D 0.001 0.001 0.006 0.985 0.003 0.005 46 R 0.001 0.002 0.010 0.945 0.018 0.026 47 L 0.001 0.002 0.008 0.855 0.048 0.086 48 G 0.001 0.003 0.005 0.024 0.299 0.668 49 G 0.001 0.001 0.006 0.003 0.406 0.582 50 D 0.014 0.015 0.017 0.005 0.388 0.561 51 V 0.022 0.048 0.002 0.003 0.195 0.730 52 T 0.012 0.017 0.001 0.009 0.048 0.913 53 P 0.001 0.001 0.007 0.980 0.003 0.009 54 S 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 56 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 57 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.002 58 A 0.002 0.001 0.006 0.973 0.009 0.010 59 A 0.003 0.002 0.014 0.928 0.036 0.017 60 E 0.005 0.003 0.025 0.778 0.121 0.070 61 R 0.005 0.003 0.034 0.188 0.372 0.397 62 M 0.014 0.032 0.009 0.113 0.317 0.516 63 R 0.008 0.007 0.002 0.082 0.058 0.843 64 S 0.001 0.001 0.008 0.924 0.022 0.045 65 S 0.001 0.001 0.010 0.967 0.012 0.009 66 N 0.002 0.001 0.010 0.970 0.008 0.009 67 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 68 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 69 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 70 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 71 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 73 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 74 L 0.001 0.001 0.008 0.979 0.009 0.003 75 E 0.001 0.001 0.021 0.955 0.020 0.004 76 R 0.001 0.001 0.020 0.927 0.035 0.015 77 G 0.003 0.001 0.024 0.486 0.188 0.298 78 G 0.008 0.001 0.004 0.006 0.143 0.839 79 L 0.277 0.012 0.004 0.001 0.117 0.589 80 I 0.865 0.009 0.002 0.001 0.031 0.091 81 V 0.907 0.004 0.001 0.001 0.023 0.063 82 R 0.792 0.010 0.002 0.001 0.043 0.152 83 H 0.428 0.016 0.004 0.001 0.170 0.380 84 A 0.253 0.040 0.004 0.001 0.224 0.479 85 D 0.052 0.021 0.002 0.001 0.618 0.306 86 P 0.010 0.004 0.064 0.015 0.894 0.012 87 Q 0.008 0.002 0.046 0.011 0.923 0.011 88 D 0.008 0.005 0.046 0.011 0.915 0.014 89 G 0.063 0.023 0.017 0.012 0.717 0.169 90 R 0.293 0.047 0.015 0.028 0.237 0.380 91 R 0.603 0.015 0.007 0.027 0.178 0.170 92 T 0.841 0.002 0.002 0.016 0.044 0.096 93 R 0.968 0.001 0.001 0.008 0.007 0.015 94 V 0.984 0.001 0.001 0.008 0.003 0.004 95 S 0.958 0.002 0.001 0.023 0.004 0.012 96 L 0.781 0.008 0.001 0.023 0.025 0.162 97 S 0.075 0.002 0.001 0.016 0.086 0.820 98 S 0.007 0.001 0.038 0.776 0.101 0.077 99 E 0.002 0.001 0.025 0.922 0.042 0.009 100 G 0.002 0.001 0.027 0.927 0.035 0.007 101 R 0.007 0.001 0.019 0.940 0.022 0.010 102 R 0.004 0.001 0.010 0.963 0.013 0.007 103 N 0.002 0.001 0.013 0.957 0.015 0.012 104 L 0.004 0.001 0.024 0.897 0.039 0.035 105 Y 0.002 0.001 0.037 0.873 0.051 0.036 106 G 0.003 0.002 0.054 0.788 0.080 0.074 107 N 0.003 0.004 0.022 0.545 0.120 0.305 108 R 0.002 0.002 0.017 0.685 0.074 0.221 109 A 0.001 0.001 0.012 0.931 0.026 0.030 110 K 0.001 0.001 0.010 0.951 0.018 0.019 111 R 0.001 0.001 0.003 0.985 0.005 0.006 112 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.005 113 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 114 W 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 115 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 116 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 117 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 118 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 119 M 0.001 0.001 0.005 0.977 0.008 0.009 120 H 0.001 0.001 0.024 0.911 0.039 0.024 121 A 0.002 0.001 0.035 0.622 0.127 0.213 122 C 0.003 0.005 0.019 0.133 0.187 0.653 123 L 0.006 0.028 0.003 0.025 0.196 0.742 124 D 0.003 0.003 0.001 0.010 0.048 0.937 125 E 0.001 0.001 0.008 0.987 0.002 0.002 126 S 0.001 0.001 0.008 0.991 0.001 0.001 127 E 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 128 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 130 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 131 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 132 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 133 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 134 A 0.001 0.001 0.002 0.984 0.004 0.010 135 G 0.001 0.002 0.016 0.693 0.085 0.204 136 P 0.001 0.001 0.057 0.743 0.106 0.092 137 L 0.002 0.001 0.045 0.856 0.057 0.039 138 L 0.001 0.001 0.011 0.971 0.011 0.005 139 T 0.001 0.001 0.008 0.982 0.006 0.002 140 R 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 141 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 142 A 0.001 0.001 0.008 0.976 0.007 0.009 143 Q 0.001 0.001 0.015 0.935 0.019 0.030 144 F 0.002 0.002 0.029 0.688 0.104 0.174 145 E 0.005 0.007 0.038 0.412 0.223 0.315 146 E 0.007 0.007 0.021 0.097 0.343 0.527 147 P 0.004 0.005 0.031 0.074 0.299 0.587 148 M 0.004 0.006 0.013 0.011 0.266 0.700 149 P 0.005 0.009 0.046 0.027 0.347 0.566 150 T 0.004 0.009 0.123 0.110 0.345 0.409 151 N 0.007 0.009 0.091 0.150 0.344 0.400 152 Q 0.010 0.008 0.089 0.283 0.263 0.347 153 D 0.019 0.008 0.082 0.394 0.187 0.309 154 L 0.030 0.011 0.090 0.532 0.166 0.171 155 Q 0.060 0.016 0.074 0.484 0.161 0.205 156 L 0.082 0.018 0.067 0.493 0.132 0.208 157 A 0.072 0.009 0.075 0.455 0.159 0.229 158 A 0.032 0.003 0.137 0.548 0.149 0.131 159 H 0.038 0.009 0.122 0.473 0.186 0.172 160 L 0.036 0.010 0.070 0.497 0.164 0.223 161 R 0.027 0.003 0.036 0.636 0.116 0.181 162 S 0.028 0.002 0.022 0.764 0.079 0.104 163 Q 0.046 0.003 0.016 0.835 0.047 0.053 164 V 0.057 0.002 0.010 0.876 0.022 0.033 165 T 0.055 0.001 0.010 0.900 0.015 0.019 166 T 0.046 0.001 0.008 0.917 0.012 0.016 167 L 0.028 0.001 0.008 0.931 0.012 0.019 168 T 0.019 0.002 0.009 0.929 0.015 0.025 169 R 0.016 0.001 0.018 0.921 0.022 0.022 170 R 0.019 0.002 0.019 0.900 0.029 0.032 171 L 0.016 0.005 0.021 0.895 0.029 0.035 172 R 0.012 0.004 0.029 0.872 0.037 0.046 173 R 0.005 0.001 0.085 0.855 0.033 0.021 174 E 0.005 0.001 0.089 0.849 0.037 0.018 175 A 0.004 0.002 0.067 0.839 0.052 0.036 176 Q 0.006 0.005 0.035 0.417 0.193 0.344 177 A 0.007 0.005 0.021 0.099 0.300 0.569 178 D 0.012 0.004 0.016 0.030 0.345 0.593 179 P 0.023 0.007 0.039 0.045 0.378 0.508 180 V 0.054 0.034 0.028 0.061 0.310 0.514 181 Q 0.115 0.037 0.030 0.112 0.205 0.501 182 F 0.031 0.006 0.291 0.444 0.128 0.100 183 S 0.050 0.005 0.276 0.450 0.131 0.088 184 Q 0.037 0.003 0.288 0.545 0.096 0.031 185 L 0.100 0.010 0.075 0.593 0.126 0.095 186 V 0.099 0.007 0.062 0.621 0.121 0.090 187 V 0.176 0.017 0.055 0.600 0.091 0.061 188 L 0.148 0.007 0.058 0.633 0.092 0.062 189 G 0.135 0.007 0.095 0.492 0.127 0.143 190 A 0.077 0.006 0.136 0.538 0.122 0.121 191 I 0.116 0.014 0.148 0.490 0.130 0.102 192 D 0.076 0.010 0.096 0.546 0.162 0.110 193 R 0.030 0.008 0.089 0.583 0.190 0.100 194 L 0.018 0.013 0.067 0.484 0.309 0.110 195 G 0.011 0.008 0.045 0.178 0.561 0.196 196 G 0.006 0.004 0.031 0.059 0.600 0.300 197 D 0.024 0.013 0.013 0.015 0.380 0.555 198 V 0.063 0.054 0.009 0.020 0.161 0.693 199 T 0.038 0.027 0.003 0.011 0.142 0.779 200 P 0.016 0.009 0.017 0.131 0.152 0.674 201 S 0.005 0.002 0.036 0.780 0.064 0.113 202 E 0.002 0.001 0.038 0.920 0.030 0.011 203 L 0.002 0.001 0.034 0.921 0.030 0.012 204 A 0.006 0.002 0.025 0.927 0.028 0.013 205 A 0.009 0.002 0.027 0.913 0.032 0.018 206 A 0.014 0.002 0.033 0.855 0.051 0.046 207 E 0.019 0.003 0.032 0.812 0.061 0.073 208 R 0.019 0.005 0.032 0.706 0.103 0.135 209 M 0.016 0.007 0.059 0.513 0.192 0.213 210 R 0.019 0.007 0.081 0.316 0.283 0.293 211 S 0.024 0.006 0.109 0.343 0.303 0.215 212 S 0.041 0.005 0.099 0.298 0.316 0.241 213 N 0.193 0.006 0.057 0.254 0.218 0.272 214 L 0.703 0.004 0.010 0.134 0.051 0.097 215 A 0.892 0.002 0.002 0.080 0.008 0.016 216 A 0.941 0.001 0.001 0.047 0.004 0.006 217 L 0.930 0.001 0.001 0.047 0.008 0.012 218 L 0.839 0.003 0.006 0.072 0.062 0.018 219 R 0.604 0.005 0.029 0.087 0.225 0.049 220 E 0.238 0.004 0.077 0.122 0.449 0.110 221 L 0.350 0.027 0.045 0.058 0.372 0.149 222 E 0.369 0.030 0.016 0.020 0.203 0.363 223 R 0.488 0.017 0.012 0.013 0.215 0.255 224 G 0.611 0.010 0.009 0.010 0.169 0.192 225 G 0.821 0.005 0.007 0.005 0.068 0.095 226 L 0.898 0.006 0.010 0.004 0.033 0.048 227 I 0.898 0.008 0.010 0.007 0.028 0.050 228 V 0.795 0.007 0.014 0.008 0.060 0.115 229 R 0.657 0.013 0.014 0.004 0.105 0.207 230 H 0.359 0.044 0.014 0.006 0.263 0.314 231 A 0.140 0.076 0.006 0.004 0.301 0.473 232 D 0.031 0.020 0.001 0.001 0.455 0.491 233 P 0.017 0.009 0.037 0.049 0.780 0.109 234 Q 0.021 0.003 0.041 0.070 0.795 0.069 235 D 0.026 0.006 0.051 0.081 0.786 0.050 236 G 0.102 0.013 0.039 0.118 0.541 0.187 237 R 0.361 0.043 0.030 0.175 0.185 0.206 238 R 0.589 0.012 0.021 0.123 0.124 0.131 239 T 0.698 0.004 0.009 0.075 0.061 0.153 240 R 0.900 0.003 0.005 0.034 0.017 0.041 241 V 0.968 0.002 0.001 0.007 0.006 0.016 242 S 0.958 0.003 0.001 0.006 0.008 0.025 243 L 0.727 0.027 0.002 0.010 0.040 0.194 244 S 0.156 0.014 0.009 0.015 0.595 0.212 245 S 0.007 0.001 0.258 0.072 0.620 0.042 246 E 0.002 0.001 0.340 0.085 0.555 0.017 247 G 0.009 0.027 0.269 0.111 0.565 0.018 248 R 0.017 0.035 0.104 0.240 0.388 0.215 249 R 0.020 0.030 0.080 0.370 0.310 0.190 250 N 0.012 0.004 0.103 0.510 0.257 0.113 251 L 0.028 0.008 0.064 0.658 0.154 0.088 252 Y 0.016 0.006 0.028 0.838 0.070 0.042 253 G 0.010 0.003 0.023 0.874 0.053 0.037 254 N 0.005 0.001 0.028 0.884 0.048 0.033 255 R 0.005 0.001 0.035 0.900 0.037 0.022 256 A 0.003 0.001 0.015 0.938 0.023 0.020 257 K 0.002 0.001 0.011 0.955 0.016 0.016 258 R 0.002 0.001 0.008 0.965 0.012 0.013 259 E 0.003 0.001 0.009 0.971 0.008 0.009 260 E 0.003 0.001 0.006 0.978 0.005 0.007 261 W 0.005 0.001 0.007 0.970 0.009 0.009 262 L 0.020 0.002 0.016 0.914 0.022 0.026 263 V 0.025 0.003 0.022 0.897 0.031 0.022 264 R 0.033 0.002 0.029 0.877 0.042 0.018 265 A 0.020 0.003 0.019 0.905 0.035 0.018 266 M 0.017 0.003 0.012 0.892 0.037 0.039 267 H 0.014 0.004 0.019 0.784 0.046 0.134 268 A 0.022 0.006 0.038 0.472 0.094 0.368 269 C 0.035 0.021 0.052 0.399 0.104 0.390 270 L 0.016 0.018 0.046 0.448 0.113 0.359 271 D 0.008 0.008 0.045 0.463 0.171 0.306 272 E 0.001 0.001 0.043 0.917 0.027 0.012 273 S 0.001 0.001 0.054 0.901 0.028 0.015 274 E 0.001 0.001 0.026 0.957 0.009 0.006 275 R 0.001 0.001 0.009 0.982 0.005 0.004 276 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 277 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 278 L 0.001 0.001 0.007 0.990 0.003 0.001 279 A 0.001 0.001 0.026 0.964 0.008 0.001 280 A 0.001 0.001 0.018 0.968 0.011 0.002 281 A 0.001 0.001 0.017 0.940 0.018 0.024 282 G 0.001 0.007 0.036 0.258 0.232 0.465 283 P 0.001 0.001 0.203 0.420 0.264 0.111 284 L 0.008 0.005 0.201 0.366 0.311 0.109 285 L 0.007 0.004 0.159 0.578 0.204 0.048 286 T 0.010 0.003 0.126 0.618 0.169 0.074 287 R 0.013 0.004 0.080 0.700 0.115 0.087 288 L 0.043 0.012 0.058 0.567 0.173 0.147 289 A 0.042 0.010 0.033 0.235 0.221 0.459 290 Q 0.077 0.011 0.037 0.098 0.235 0.543 291 F 0.158 0.020 0.032 0.047 0.231 0.512 292 E 0.193 0.030 0.023 0.030 0.156 0.568 293 E 0.142 0.021 0.005 0.013 0.121 0.697 294 P 0.044 0.009 0.002 0.006 0.125 0.815