# TARGET T0373 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 151.605 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.777 0.157 0.042 0.017 0.005 0.001 0.001 2 P 0.775 0.149 0.048 0.021 0.006 0.001 0.001 3 T 0.762 0.180 0.044 0.012 0.002 0.001 0.001 4 N 0.714 0.196 0.059 0.023 0.007 0.001 0.001 5 Q 0.433 0.271 0.167 0.090 0.030 0.008 0.001 6 D 0.179 0.223 0.232 0.208 0.120 0.034 0.004 7 L 0.098 0.183 0.261 0.280 0.140 0.035 0.003 8 Q 0.128 0.258 0.237 0.190 0.127 0.052 0.007 9 L 0.048 0.054 0.101 0.200 0.283 0.259 0.055 10 A 0.045 0.067 0.097 0.189 0.255 0.288 0.059 11 A 0.041 0.117 0.218 0.290 0.210 0.107 0.017 12 H 0.030 0.051 0.120 0.254 0.306 0.206 0.033 13 L 0.030 0.017 0.016 0.032 0.115 0.473 0.318 14 R 0.059 0.104 0.157 0.272 0.239 0.147 0.022 15 S 0.080 0.209 0.271 0.224 0.141 0.059 0.015 16 Q 0.036 0.053 0.091 0.181 0.271 0.284 0.085 17 V 0.026 0.044 0.070 0.159 0.274 0.351 0.076 18 T 0.098 0.241 0.257 0.216 0.127 0.053 0.009 19 T 0.076 0.162 0.236 0.272 0.180 0.065 0.009 20 L 0.016 0.022 0.038 0.104 0.270 0.444 0.107 21 T 0.020 0.082 0.176 0.290 0.258 0.153 0.020 22 R 0.126 0.343 0.279 0.157 0.071 0.021 0.004 23 R 0.033 0.120 0.245 0.333 0.204 0.060 0.005 24 L 0.018 0.021 0.045 0.164 0.375 0.347 0.030 25 R 0.066 0.207 0.305 0.279 0.121 0.022 0.001 26 R 0.336 0.481 0.145 0.033 0.005 0.001 0.001 27 E 0.086 0.246 0.293 0.261 0.094 0.019 0.001 28 A 0.038 0.074 0.174 0.351 0.300 0.062 0.001 29 Q 0.430 0.364 0.153 0.044 0.008 0.001 0.001 30 A 0.743 0.199 0.044 0.012 0.002 0.001 0.001 31 D 0.229 0.300 0.275 0.147 0.041 0.007 0.001 32 P 0.413 0.338 0.155 0.068 0.021 0.005 0.001 33 V 0.032 0.047 0.110 0.252 0.368 0.173 0.017 34 Q 0.044 0.144 0.227 0.262 0.199 0.106 0.018 35 F 0.024 0.077 0.143 0.239 0.264 0.210 0.044 36 S 0.010 0.029 0.070 0.170 0.295 0.330 0.096 37 Q 0.004 0.016 0.034 0.075 0.157 0.381 0.333 38 L 0.001 0.005 0.018 0.068 0.190 0.421 0.297 39 V 0.001 0.009 0.037 0.135 0.300 0.344 0.174 40 V 0.001 0.001 0.003 0.011 0.056 0.390 0.539 41 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.056 0.401 0.531 42 G 0.002 0.022 0.080 0.194 0.280 0.310 0.113 43 A 0.001 0.007 0.065 0.289 0.412 0.200 0.026 44 I 0.001 0.002 0.006 0.037 0.229 0.617 0.109 45 D 0.008 0.080 0.204 0.378 0.271 0.057 0.002 46 R 0.088 0.330 0.317 0.181 0.070 0.013 0.001 47 L 0.072 0.260 0.389 0.219 0.053 0.006 0.001 48 G 0.557 0.278 0.110 0.044 0.010 0.001 0.001 49 G 0.492 0.288 0.133 0.063 0.021 0.004 0.001 50 D 0.520 0.299 0.120 0.045 0.013 0.003 0.001 51 V 0.087 0.164 0.245 0.285 0.173 0.044 0.003 52 T 0.059 0.280 0.304 0.218 0.103 0.033 0.003 53 P 0.010 0.032 0.092 0.302 0.399 0.153 0.012 54 S 0.186 0.401 0.274 0.108 0.025 0.004 0.001 55 E 0.046 0.286 0.390 0.221 0.049 0.008 0.001 56 L 0.009 0.012 0.033 0.184 0.424 0.317 0.022 57 A 0.029 0.119 0.263 0.347 0.197 0.043 0.003 58 A 0.262 0.439 0.192 0.077 0.022 0.007 0.001 59 A 0.079 0.213 0.279 0.255 0.123 0.045 0.005 60 E 0.046 0.088 0.182 0.270 0.266 0.131 0.018 61 R 0.244 0.322 0.210 0.126 0.063 0.030 0.005 62 M 0.140 0.133 0.166 0.219 0.209 0.117 0.017 63 R 0.223 0.237 0.201 0.155 0.101 0.066 0.017 64 S 0.260 0.236 0.182 0.161 0.101 0.051 0.009 65 S 0.264 0.192 0.161 0.146 0.124 0.089 0.024 66 N 0.154 0.184 0.182 0.196 0.148 0.106 0.031 67 L 0.045 0.040 0.059 0.132 0.236 0.344 0.143 68 A 0.074 0.139 0.186 0.261 0.210 0.107 0.023 69 A 0.100 0.272 0.294 0.199 0.089 0.037 0.008 70 L 0.022 0.044 0.113 0.232 0.339 0.229 0.021 71 L 0.025 0.025 0.046 0.133 0.343 0.381 0.048 72 R 0.152 0.378 0.272 0.148 0.042 0.008 0.001 73 E 0.086 0.379 0.336 0.163 0.032 0.004 0.001 74 L 0.012 0.025 0.071 0.296 0.424 0.167 0.005 75 E 0.088 0.226 0.295 0.264 0.109 0.016 0.001 76 R 0.615 0.294 0.072 0.016 0.003 0.001 0.001 77 G 0.288 0.327 0.273 0.094 0.016 0.001 0.001 78 G 0.317 0.385 0.198 0.076 0.019 0.004 0.001 79 L 0.058 0.118 0.206 0.301 0.243 0.072 0.003 80 I 0.036 0.055 0.117 0.261 0.367 0.157 0.007 81 V 0.130 0.249 0.269 0.228 0.098 0.024 0.001 82 R 0.176 0.216 0.222 0.229 0.127 0.029 0.001 83 H 0.255 0.312 0.249 0.133 0.044 0.007 0.001 84 A 0.461 0.305 0.148 0.066 0.018 0.003 0.001 85 D 0.625 0.234 0.089 0.037 0.012 0.003 0.001 86 P 0.720 0.191 0.057 0.024 0.007 0.002 0.001 87 Q 0.698 0.182 0.068 0.036 0.012 0.003 0.001 88 D 0.427 0.265 0.173 0.090 0.033 0.009 0.001 89 G 0.415 0.327 0.150 0.071 0.028 0.008 0.001 90 R 0.153 0.187 0.225 0.243 0.150 0.037 0.004 91 R 0.129 0.226 0.257 0.230 0.123 0.031 0.004 92 T 0.121 0.261 0.263 0.213 0.100 0.037 0.004 93 R 0.039 0.130 0.244 0.299 0.210 0.071 0.007 94 V 0.022 0.028 0.049 0.134 0.300 0.389 0.079 95 S 0.032 0.135 0.234 0.313 0.194 0.081 0.011 96 L 0.017 0.031 0.060 0.167 0.315 0.355 0.055 97 S 0.046 0.152 0.250 0.300 0.176 0.066 0.010 98 S 0.329 0.381 0.172 0.076 0.027 0.011 0.003 99 E 0.232 0.279 0.231 0.159 0.069 0.025 0.005 100 G 0.122 0.118 0.152 0.230 0.241 0.123 0.014 101 R 0.168 0.266 0.260 0.190 0.088 0.026 0.003 102 R 0.379 0.389 0.152 0.055 0.018 0.006 0.001 103 N 0.147 0.200 0.230 0.237 0.134 0.047 0.004 104 L 0.132 0.123 0.164 0.264 0.220 0.091 0.006 105 Y 0.383 0.293 0.186 0.099 0.031 0.008 0.001 106 G 0.376 0.331 0.183 0.082 0.023 0.004 0.001 107 N 0.178 0.157 0.177 0.230 0.186 0.067 0.005 108 R 0.241 0.294 0.223 0.154 0.066 0.021 0.002 109 A 0.560 0.295 0.096 0.034 0.011 0.002 0.001 110 K 0.176 0.301 0.259 0.178 0.066 0.017 0.002 111 R 0.046 0.080 0.137 0.275 0.300 0.149 0.012 112 E 0.230 0.353 0.259 0.114 0.035 0.008 0.001 113 E 0.333 0.390 0.191 0.068 0.015 0.002 0.001 114 W 0.031 0.070 0.143 0.272 0.291 0.177 0.016 115 L 0.033 0.041 0.073 0.193 0.315 0.302 0.043 116 V 0.072 0.197 0.275 0.269 0.133 0.049 0.005 117 R 0.221 0.268 0.212 0.167 0.088 0.039 0.005 118 A 0.069 0.080 0.124 0.209 0.263 0.223 0.032 119 M 0.144 0.117 0.151 0.200 0.208 0.159 0.022 120 H 0.273 0.222 0.210 0.171 0.096 0.026 0.003 121 A 0.489 0.286 0.122 0.065 0.028 0.008 0.001 122 C 0.181 0.258 0.239 0.187 0.093 0.037 0.004 123 L 0.060 0.117 0.203 0.318 0.242 0.058 0.002 124 D 0.424 0.374 0.140 0.044 0.014 0.003 0.001 125 E 0.758 0.183 0.042 0.012 0.003 0.001 0.001 126 S 0.552 0.314 0.092 0.031 0.008 0.002 0.001 127 E 0.090 0.146 0.230 0.321 0.174 0.037 0.002 128 R 0.072 0.214 0.314 0.262 0.112 0.025 0.002 129 A 0.304 0.404 0.196 0.073 0.019 0.003 0.001 130 L 0.079 0.159 0.239 0.275 0.181 0.062 0.005 131 L 0.064 0.051 0.070 0.199 0.331 0.255 0.030 132 A 0.086 0.230 0.276 0.244 0.116 0.044 0.005 133 A 0.177 0.244 0.215 0.196 0.105 0.056 0.008 134 A 0.045 0.056 0.078 0.132 0.246 0.348 0.094 135 G 0.093 0.112 0.196 0.258 0.216 0.109 0.016 136 P 0.147 0.275 0.261 0.181 0.094 0.035 0.007 137 L 0.055 0.061 0.104 0.199 0.306 0.236 0.038 138 L 0.037 0.049 0.069 0.130 0.259 0.369 0.087 139 T 0.114 0.222 0.244 0.226 0.135 0.053 0.006 140 R 0.047 0.140 0.286 0.319 0.165 0.040 0.003 141 L 0.021 0.020 0.034 0.115 0.320 0.427 0.061 142 A 0.073 0.147 0.236 0.292 0.189 0.060 0.003 143 Q 0.237 0.430 0.230 0.080 0.019 0.003 0.001 144 F 0.090 0.166 0.273 0.299 0.144 0.026 0.001 145 E 0.207 0.198 0.209 0.228 0.129 0.028 0.001 146 E 0.564 0.313 0.094 0.024 0.005 0.001 0.001 147 P 0.656 0.232 0.077 0.028 0.006 0.001 0.001 148 M 0.438 0.280 0.165 0.085 0.027 0.005 0.001 149 P 0.645 0.237 0.076 0.032 0.008 0.001 0.001 150 T 0.560 0.229 0.119 0.066 0.022 0.003 0.001 151 N 0.435 0.275 0.168 0.088 0.030 0.005 0.001 152 Q 0.434 0.282 0.158 0.090 0.029 0.006 0.001 153 D 0.372 0.264 0.172 0.120 0.055 0.016 0.002 154 L 0.189 0.197 0.226 0.221 0.126 0.038 0.004 155 Q 0.319 0.294 0.180 0.120 0.058 0.025 0.005 156 L 0.128 0.134 0.170 0.231 0.193 0.117 0.026 157 A 0.176 0.205 0.197 0.182 0.132 0.087 0.021 158 A 0.281 0.254 0.188 0.140 0.080 0.044 0.012 159 H 0.231 0.227 0.183 0.163 0.115 0.065 0.016 160 L 0.146 0.123 0.147 0.194 0.192 0.156 0.042 161 R 0.177 0.177 0.167 0.180 0.152 0.117 0.030 162 S 0.237 0.235 0.202 0.157 0.100 0.054 0.015 163 Q 0.164 0.182 0.187 0.204 0.148 0.093 0.022 164 V 0.082 0.057 0.072 0.126 0.219 0.321 0.123 165 T 0.132 0.157 0.178 0.209 0.173 0.121 0.030 166 T 0.178 0.285 0.232 0.156 0.087 0.046 0.016 167 L 0.052 0.062 0.105 0.204 0.286 0.226 0.065 168 T 0.084 0.111 0.140 0.191 0.216 0.200 0.058 169 R 0.142 0.221 0.220 0.204 0.130 0.067 0.015 170 R 0.097 0.179 0.245 0.245 0.155 0.067 0.013 171 L 0.069 0.048 0.064 0.151 0.269 0.317 0.081 172 R 0.121 0.177 0.181 0.232 0.172 0.099 0.018 173 R 0.211 0.245 0.201 0.169 0.104 0.057 0.014 174 E 0.147 0.230 0.230 0.203 0.119 0.056 0.013 175 A 0.142 0.181 0.207 0.216 0.159 0.079 0.015 176 Q 0.209 0.225 0.195 0.175 0.127 0.058 0.010 177 A 0.243 0.198 0.177 0.168 0.132 0.068 0.014 178 D 0.259 0.265 0.214 0.150 0.073 0.032 0.007 179 P 0.296 0.281 0.170 0.131 0.075 0.037 0.009 180 V 0.048 0.074 0.130 0.220 0.261 0.208 0.059 181 Q 0.096 0.192 0.209 0.202 0.159 0.104 0.038 182 F 0.028 0.041 0.076 0.167 0.262 0.290 0.136 183 S 0.047 0.116 0.170 0.232 0.208 0.160 0.067 184 Q 0.050 0.124 0.151 0.166 0.172 0.207 0.130 185 L 0.018 0.035 0.059 0.130 0.228 0.339 0.191 186 V 0.023 0.038 0.070 0.143 0.216 0.290 0.219 187 V 0.025 0.031 0.049 0.091 0.144 0.336 0.324 188 L 0.015 0.018 0.024 0.048 0.116 0.349 0.431 189 G 0.030 0.042 0.063 0.099 0.165 0.269 0.330 190 A 0.019 0.040 0.069 0.136 0.216 0.313 0.207 191 I 0.028 0.036 0.053 0.102 0.196 0.339 0.246 192 D 0.056 0.106 0.146 0.217 0.232 0.190 0.053 193 R 0.083 0.156 0.209 0.222 0.194 0.108 0.028 194 L 0.124 0.153 0.174 0.202 0.181 0.122 0.043 195 G 0.266 0.211 0.168 0.150 0.116 0.072 0.017 196 G 0.365 0.231 0.149 0.123 0.079 0.043 0.010 197 D 0.396 0.186 0.133 0.133 0.091 0.048 0.013 198 V 0.299 0.250 0.187 0.129 0.073 0.046 0.014 199 T 0.286 0.219 0.155 0.144 0.106 0.071 0.019 200 P 0.164 0.140 0.149 0.179 0.178 0.136 0.056 201 S 0.305 0.208 0.168 0.137 0.093 0.063 0.025 202 E 0.256 0.279 0.215 0.137 0.066 0.035 0.012 203 L 0.152 0.132 0.124 0.181 0.198 0.170 0.044 204 A 0.160 0.138 0.148 0.184 0.184 0.147 0.040 205 A 0.210 0.265 0.215 0.166 0.087 0.045 0.012 206 A 0.098 0.149 0.178 0.223 0.180 0.129 0.044 207 E 0.041 0.085 0.125 0.201 0.246 0.236 0.067 208 R 0.110 0.199 0.235 0.205 0.139 0.088 0.024 209 M 0.139 0.191 0.200 0.218 0.168 0.071 0.013 210 R 0.264 0.287 0.191 0.126 0.081 0.040 0.011 211 S 0.081 0.170 0.206 0.246 0.185 0.096 0.016 212 S 0.058 0.158 0.216 0.246 0.187 0.109 0.027 213 N 0.010 0.041 0.117 0.274 0.342 0.191 0.024 214 L 0.003 0.005 0.017 0.068 0.226 0.528 0.153 215 A 0.004 0.007 0.012 0.033 0.128 0.502 0.313 216 A 0.002 0.004 0.007 0.024 0.098 0.394 0.471 217 L 0.001 0.005 0.015 0.060 0.183 0.413 0.323 218 L 0.002 0.017 0.055 0.142 0.297 0.370 0.117 219 R 0.021 0.108 0.182 0.253 0.248 0.152 0.035 220 E 0.088 0.212 0.211 0.209 0.165 0.093 0.022 221 L 0.049 0.113 0.168 0.242 0.248 0.155 0.025 222 E 0.042 0.133 0.200 0.271 0.218 0.117 0.020 223 R 0.036 0.115 0.193 0.258 0.212 0.137 0.049 224 G 0.002 0.007 0.025 0.084 0.229 0.466 0.186 225 G 0.001 0.004 0.015 0.063 0.207 0.441 0.269 226 L 0.001 0.001 0.004 0.011 0.060 0.373 0.550 227 I 0.001 0.001 0.004 0.014 0.079 0.384 0.517 228 V 0.001 0.001 0.003 0.018 0.123 0.508 0.348 229 R 0.001 0.014 0.054 0.187 0.361 0.313 0.070 230 H 0.008 0.057 0.157 0.308 0.312 0.145 0.013 231 A 0.114 0.297 0.282 0.188 0.085 0.029 0.004 232 D 0.379 0.319 0.171 0.089 0.032 0.009 0.001 233 P 0.494 0.263 0.136 0.071 0.027 0.008 0.001 234 Q 0.461 0.248 0.140 0.088 0.044 0.017 0.002 235 D 0.183 0.297 0.260 0.157 0.070 0.028 0.004 236 G 0.054 0.071 0.121 0.240 0.314 0.176 0.024 237 R 0.064 0.184 0.259 0.280 0.152 0.052 0.009 238 R 0.070 0.153 0.181 0.205 0.202 0.152 0.036 239 T 0.022 0.059 0.138 0.269 0.294 0.184 0.034 240 R 0.021 0.049 0.112 0.206 0.290 0.242 0.081 241 V 0.026 0.038 0.046 0.092 0.171 0.376 0.251 242 S 0.036 0.067 0.105 0.210 0.260 0.228 0.094 243 L 0.019 0.029 0.045 0.096 0.185 0.369 0.256 244 S 0.062 0.122 0.173 0.243 0.196 0.138 0.066 245 S 0.199 0.303 0.200 0.137 0.081 0.059 0.020 246 E 0.164 0.203 0.193 0.193 0.143 0.081 0.024 247 G 0.102 0.118 0.149 0.188 0.197 0.196 0.050 248 R 0.118 0.151 0.160 0.194 0.168 0.151 0.059 249 R 0.105 0.158 0.174 0.209 0.175 0.129 0.049 250 N 0.175 0.258 0.235 0.165 0.090 0.055 0.021 251 L 0.133 0.212 0.225 0.188 0.143 0.079 0.020 252 Y 0.038 0.053 0.086 0.152 0.278 0.321 0.071 253 G 0.058 0.083 0.129 0.257 0.292 0.162 0.019 254 N 0.146 0.352 0.293 0.152 0.044 0.012 0.001 255 R 0.046 0.095 0.210 0.349 0.230 0.066 0.005 256 A 0.027 0.018 0.024 0.078 0.266 0.484 0.102 257 K 0.062 0.140 0.236 0.306 0.179 0.069 0.009 258 R 0.129 0.312 0.254 0.174 0.089 0.034 0.006 259 E 0.027 0.091 0.193 0.295 0.252 0.119 0.023 260 E 0.034 0.065 0.093 0.165 0.245 0.287 0.111 261 W 0.040 0.092 0.126 0.195 0.261 0.224 0.060 262 L 0.025 0.078 0.176 0.285 0.270 0.133 0.033 263 V 0.011 0.019 0.033 0.082 0.171 0.381 0.304 264 R 0.010 0.028 0.053 0.127 0.223 0.344 0.215 265 A 0.032 0.080 0.131 0.179 0.196 0.222 0.161 266 M 0.024 0.053 0.101 0.216 0.265 0.226 0.115 267 H 0.015 0.032 0.055 0.108 0.179 0.363 0.249 268 A 0.019 0.033 0.059 0.138 0.235 0.336 0.179 269 C 0.022 0.049 0.086 0.159 0.223 0.292 0.171 270 L 0.029 0.054 0.078 0.131 0.196 0.289 0.223 271 D 0.033 0.066 0.096 0.185 0.218 0.253 0.149 272 E 0.027 0.064 0.120 0.187 0.248 0.231 0.123 273 S 0.016 0.027 0.034 0.059 0.103 0.340 0.421 274 E 0.012 0.019 0.036 0.094 0.211 0.326 0.301 275 R 0.008 0.022 0.048 0.089 0.130 0.289 0.413 276 A 0.011 0.013 0.027 0.078 0.147 0.310 0.415 277 L 0.024 0.047 0.043 0.053 0.090 0.333 0.410 278 L 0.035 0.041 0.063 0.135 0.186 0.254 0.286 279 A 0.090 0.095 0.126 0.166 0.174 0.222 0.127 280 A 0.093 0.128 0.140 0.181 0.155 0.178 0.125 281 A 0.058 0.052 0.075 0.160 0.217 0.287 0.152 282 G 0.100 0.124 0.140 0.165 0.179 0.187 0.105 283 P 0.106 0.109 0.113 0.143 0.164 0.214 0.151 284 L 0.056 0.057 0.072 0.114 0.172 0.288 0.241 285 L 0.025 0.028 0.036 0.076 0.164 0.347 0.324 286 T 0.032 0.049 0.091 0.161 0.203 0.259 0.204 287 R 0.063 0.120 0.134 0.183 0.154 0.217 0.129 288 L 0.045 0.062 0.094 0.164 0.198 0.237 0.201 289 A 0.082 0.083 0.085 0.144 0.164 0.319 0.124 290 Q 0.071 0.106 0.133 0.209 0.202 0.208 0.069 291 F 0.065 0.057 0.060 0.138 0.263 0.350 0.067 292 E 0.088 0.175 0.218 0.230 0.170 0.105 0.015 293 E 0.117 0.194 0.222 0.233 0.164 0.066 0.004 294 P 0.321 0.260 0.218 0.129 0.055 0.015 0.001