# TARGET T0373 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1386 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.008 0.052 0.021 0.027 0.082 0.009 0.717 2 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.991 3 T 0.022 0.004 0.041 0.023 0.055 0.118 0.004 0.733 4 N 0.042 0.006 0.018 0.009 0.016 0.067 0.003 0.839 5 Q 0.040 0.010 0.012 0.005 0.016 0.342 0.002 0.572 6 D 0.046 0.019 0.005 0.002 0.005 0.460 0.003 0.459 7 L 0.140 0.217 0.006 0.003 0.004 0.259 0.006 0.364 8 Q 0.067 0.542 0.005 0.003 0.004 0.209 0.005 0.164 9 L 0.026 0.812 0.004 0.003 0.006 0.036 0.003 0.109 10 A 0.006 0.955 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.025 11 A 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 12 H 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 13 L 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 14 R 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 15 S 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 16 Q 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 17 V 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 18 T 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 19 T 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 20 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 21 T 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 22 R 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 23 R 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 24 L 0.013 0.964 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 25 R 0.016 0.935 0.005 0.001 0.002 0.005 0.005 0.031 26 R 0.020 0.857 0.006 0.001 0.003 0.011 0.008 0.095 27 E 0.023 0.908 0.002 0.001 0.001 0.010 0.006 0.049 28 A 0.043 0.896 0.004 0.002 0.002 0.005 0.012 0.037 29 Q 0.184 0.631 0.013 0.004 0.005 0.015 0.049 0.099 30 A 0.219 0.288 0.058 0.006 0.006 0.019 0.064 0.340 31 D 0.226 0.203 0.083 0.020 0.016 0.030 0.044 0.377 32 P 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.991 33 V 0.055 0.018 0.190 0.027 0.039 0.190 0.010 0.471 34 Q 0.063 0.014 0.028 0.008 0.011 0.504 0.006 0.367 35 F 0.072 0.071 0.033 0.008 0.022 0.044 0.002 0.748 36 S 0.011 0.054 0.012 0.004 0.007 0.264 0.002 0.648 37 Q 0.085 0.095 0.006 0.003 0.004 0.347 0.009 0.450 38 L 0.029 0.871 0.004 0.003 0.003 0.018 0.002 0.072 39 V 0.007 0.913 0.003 0.004 0.006 0.017 0.002 0.049 40 V 0.003 0.966 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.020 41 L 0.001 0.991 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 42 G 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 43 A 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 44 I 0.012 0.966 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.010 45 D 0.016 0.959 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.014 46 R 0.040 0.901 0.004 0.003 0.002 0.002 0.020 0.027 47 L 0.143 0.689 0.019 0.004 0.004 0.010 0.083 0.049 48 G 0.373 0.297 0.032 0.008 0.006 0.011 0.097 0.174 49 G 0.098 0.123 0.171 0.013 0.010 0.055 0.055 0.475 50 D 0.117 0.018 0.039 0.005 0.007 0.062 0.022 0.730 51 V 0.110 0.011 0.080 0.005 0.007 0.093 0.007 0.686 52 T 0.025 0.013 0.031 0.013 0.017 0.442 0.003 0.455 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 54 S 0.003 0.008 0.004 0.003 0.012 0.474 0.001 0.495 55 E 0.036 0.016 0.001 0.001 0.001 0.788 0.002 0.156 56 L 0.016 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 57 A 0.005 0.964 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.021 58 A 0.026 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.028 59 A 0.136 0.835 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.012 60 E 0.107 0.826 0.007 0.005 0.003 0.001 0.036 0.014 61 R 0.313 0.391 0.030 0.009 0.008 0.007 0.106 0.137 62 M 0.106 0.213 0.425 0.023 0.027 0.027 0.024 0.154 63 R 0.033 0.189 0.080 0.019 0.026 0.126 0.013 0.514 64 S 0.025 0.092 0.074 0.006 0.011 0.039 0.009 0.746 65 S 0.050 0.104 0.042 0.005 0.006 0.104 0.010 0.679 66 N 0.129 0.062 0.029 0.004 0.005 0.282 0.019 0.470 67 L 0.114 0.382 0.047 0.012 0.016 0.126 0.010 0.293 68 A 0.020 0.641 0.028 0.008 0.018 0.091 0.003 0.191 69 A 0.033 0.627 0.008 0.006 0.011 0.116 0.005 0.194 70 L 0.019 0.903 0.002 0.002 0.003 0.013 0.002 0.055 71 L 0.008 0.951 0.002 0.001 0.004 0.005 0.002 0.027 72 R 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 73 E 0.011 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 74 L 0.047 0.918 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.020 75 E 0.042 0.889 0.007 0.004 0.006 0.004 0.017 0.031 76 R 0.054 0.826 0.012 0.007 0.008 0.006 0.030 0.058 77 G 0.121 0.415 0.049 0.013 0.008 0.012 0.190 0.192 78 G 0.552 0.042 0.049 0.017 0.006 0.015 0.175 0.145 79 L 0.031 0.013 0.716 0.043 0.030 0.031 0.008 0.128 80 I 0.016 0.005 0.224 0.190 0.307 0.060 0.004 0.193 81 V 0.012 0.003 0.302 0.225 0.236 0.030 0.002 0.189 82 R 0.005 0.005 0.212 0.282 0.225 0.040 0.002 0.228 83 H 0.005 0.003 0.242 0.182 0.267 0.029 0.001 0.271 84 A 0.002 0.001 0.016 0.042 0.119 0.034 0.001 0.785 85 D 0.019 0.004 0.015 0.068 0.191 0.120 0.003 0.580 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.992 87 Q 0.011 0.001 0.001 0.003 0.007 0.905 0.003 0.068 88 D 0.722 0.006 0.002 0.004 0.004 0.176 0.017 0.068 89 G 0.247 0.191 0.033 0.049 0.028 0.091 0.030 0.332 90 R 0.128 0.015 0.035 0.038 0.082 0.509 0.020 0.172 91 R 0.174 0.016 0.045 0.126 0.205 0.168 0.019 0.247 92 T 0.047 0.011 0.047 0.298 0.502 0.033 0.005 0.057 93 R 0.006 0.002 0.093 0.266 0.405 0.023 0.001 0.203 94 V 0.002 0.002 0.079 0.370 0.475 0.011 0.001 0.061 95 S 0.004 0.001 0.071 0.314 0.498 0.016 0.001 0.094 96 L 0.006 0.003 0.106 0.299 0.378 0.032 0.001 0.175 97 S 0.007 0.004 0.051 0.079 0.339 0.117 0.002 0.401 98 S 0.009 0.004 0.010 0.009 0.047 0.072 0.002 0.848 99 E 0.010 0.006 0.001 0.001 0.003 0.606 0.002 0.370 100 G 0.148 0.043 0.001 0.002 0.003 0.428 0.013 0.362 101 R 0.030 0.841 0.005 0.002 0.003 0.021 0.002 0.096 102 R 0.002 0.909 0.003 0.002 0.003 0.008 0.001 0.072 103 N 0.016 0.901 0.002 0.002 0.004 0.007 0.004 0.063 104 L 0.023 0.952 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.016 105 Y 0.015 0.942 0.004 0.001 0.003 0.004 0.004 0.027 106 G 0.030 0.900 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 0.051 107 N 0.063 0.854 0.006 0.001 0.001 0.006 0.015 0.053 108 R 0.066 0.754 0.010 0.002 0.003 0.013 0.016 0.135 109 A 0.041 0.525 0.019 0.003 0.005 0.048 0.013 0.347 110 K 0.050 0.530 0.009 0.002 0.004 0.079 0.011 0.316 111 R 0.047 0.739 0.007 0.001 0.003 0.034 0.007 0.162 112 E 0.023 0.747 0.006 0.001 0.002 0.041 0.006 0.174 113 E 0.014 0.834 0.003 0.001 0.001 0.027 0.003 0.117 114 W 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 115 L 0.008 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.030 116 V 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 117 R 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 118 A 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 119 M 0.010 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 120 H 0.017 0.961 0.005 0.001 0.002 0.001 0.003 0.009 121 A 0.121 0.809 0.007 0.002 0.002 0.005 0.031 0.022 122 C 0.566 0.218 0.015 0.003 0.001 0.004 0.126 0.066 123 L 0.358 0.139 0.299 0.007 0.005 0.029 0.045 0.118 124 D 0.069 0.045 0.096 0.006 0.013 0.333 0.019 0.419 125 E 0.009 0.023 0.013 0.001 0.006 0.022 0.001 0.923 126 S 0.005 0.021 0.004 0.001 0.001 0.334 0.001 0.634 127 E 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.944 0.001 0.042 128 R 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 129 A 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 130 L 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 131 L 0.011 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 132 A 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 133 A 0.012 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 134 A 0.048 0.899 0.004 0.001 0.001 0.001 0.026 0.021 135 G 0.073 0.793 0.013 0.001 0.002 0.005 0.015 0.097 136 P 0.001 0.098 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.893 137 L 0.006 0.662 0.005 0.002 0.003 0.030 0.003 0.289 138 L 0.013 0.914 0.004 0.001 0.001 0.006 0.003 0.057 139 T 0.003 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 140 R 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 141 L 0.033 0.941 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 142 A 0.097 0.851 0.005 0.002 0.002 0.002 0.020 0.021 143 Q 0.184 0.557 0.033 0.008 0.008 0.022 0.061 0.126 144 F 0.209 0.319 0.037 0.008 0.011 0.033 0.062 0.321 145 E 0.207 0.275 0.051 0.009 0.014 0.054 0.083 0.307 146 E 0.100 0.071 0.042 0.019 0.016 0.084 0.018 0.650 147 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999