# TARGET T0373 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3196 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.007 0.001 0.019 0.042 0.032 0.180 0.007 0.001 0.046 0.634 2 P 0.074 0.027 0.001 0.013 0.007 0.009 0.146 0.006 0.001 0.044 0.671 3 T 0.094 0.094 0.001 0.011 0.005 0.009 0.113 0.009 0.001 0.047 0.614 4 N 0.261 0.245 0.005 0.008 0.002 0.004 0.065 0.005 0.002 0.052 0.350 5 Q 0.048 0.513 0.002 0.005 0.003 0.004 0.049 0.006 0.001 0.047 0.324 6 D 0.029 0.863 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.014 0.077 7 L 0.026 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.015 0.046 8 Q 0.006 0.913 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.028 0.036 9 L 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.010 10 A 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 11 A 0.003 0.748 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.228 0.011 12 H 0.001 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 0.006 13 L 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 14 R 0.004 0.168 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.815 0.008 15 S 0.003 0.528 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.423 0.035 16 Q 0.009 0.937 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.016 0.020 17 V 0.021 0.331 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.600 0.032 18 T 0.005 0.829 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.057 0.095 19 T 0.018 0.903 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.001 0.008 0.043 20 L 0.010 0.911 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.005 0.018 0.027 21 T 0.014 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.048 22 R 0.014 0.896 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.015 0.055 23 R 0.027 0.714 0.040 0.001 0.001 0.001 0.022 0.019 0.017 0.101 0.059 24 L 0.082 0.729 0.009 0.001 0.001 0.001 0.025 0.016 0.005 0.036 0.095 25 R 0.086 0.518 0.020 0.002 0.001 0.001 0.034 0.017 0.011 0.075 0.235 26 R 0.174 0.152 0.042 0.006 0.002 0.004 0.087 0.012 0.018 0.144 0.359 27 E 0.142 0.066 0.012 0.011 0.002 0.012 0.066 0.009 0.006 0.089 0.584 28 A 0.141 0.015 0.007 0.008 0.003 0.008 0.070 0.003 0.003 0.056 0.685 29 Q 0.091 0.013 0.002 0.015 0.005 0.010 0.086 0.002 0.001 0.035 0.739 30 A 0.020 0.007 0.001 0.005 0.002 0.005 0.070 0.002 0.001 0.012 0.876 31 D 0.037 0.004 0.001 0.009 0.014 0.014 0.129 0.013 0.001 0.036 0.743 32 P 0.043 0.011 0.001 0.033 0.010 0.014 0.126 0.002 0.001 0.053 0.708 33 V 0.008 0.037 0.001 0.048 0.011 0.021 0.104 0.002 0.001 0.042 0.725 34 Q 0.123 0.626 0.001 0.016 0.007 0.009 0.034 0.005 0.001 0.045 0.133 35 F 0.043 0.736 0.002 0.017 0.002 0.003 0.026 0.002 0.001 0.049 0.118 36 S 0.008 0.719 0.001 0.009 0.005 0.008 0.026 0.001 0.001 0.111 0.112 37 Q 0.005 0.908 0.001 0.004 0.003 0.005 0.007 0.001 0.001 0.039 0.027 38 L 0.005 0.902 0.001 0.004 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.055 0.017 39 V 0.002 0.951 0.001 0.004 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.020 0.011 40 V 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 41 L 0.011 0.893 0.004 0.006 0.005 0.004 0.005 0.005 0.001 0.043 0.023 42 G 0.032 0.649 0.013 0.008 0.006 0.008 0.024 0.008 0.005 0.175 0.073 43 A 0.099 0.407 0.017 0.012 0.007 0.010 0.054 0.013 0.008 0.196 0.178 44 I 0.073 0.118 0.133 0.024 0.013 0.019 0.096 0.010 0.091 0.153 0.271 45 D 0.140 0.035 0.023 0.014 0.013 0.023 0.115 0.007 0.022 0.055 0.553 46 R 0.134 0.007 0.004 0.005 0.004 0.011 0.062 0.005 0.005 0.033 0.730 47 L 0.231 0.007 0.001 0.004 0.002 0.005 0.081 0.006 0.001 0.045 0.617 48 G 0.023 0.010 0.001 0.009 0.001 0.007 0.091 0.002 0.001 0.029 0.827 49 G 0.022 0.009 0.001 0.015 0.008 0.023 0.115 0.002 0.001 0.050 0.755 50 D 0.016 0.006 0.001 0.035 0.049 0.038 0.112 0.001 0.001 0.252 0.490 51 V 0.002 0.048 0.001 0.044 0.028 0.026 0.092 0.001 0.001 0.070 0.689 52 T 0.027 0.887 0.001 0.004 0.005 0.005 0.010 0.008 0.001 0.013 0.040 53 P 0.017 0.930 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.004 0.031 54 S 0.007 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.006 0.040 55 E 0.026 0.884 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.002 0.027 0.035 56 L 0.053 0.673 0.020 0.003 0.002 0.001 0.016 0.024 0.012 0.131 0.064 57 A 0.080 0.218 0.141 0.005 0.002 0.002 0.046 0.013 0.085 0.198 0.209 58 A 0.266 0.139 0.009 0.006 0.002 0.003 0.079 0.014 0.005 0.090 0.385 59 A 0.103 0.065 0.004 0.015 0.002 0.006 0.098 0.010 0.003 0.108 0.586 60 E 0.044 0.018 0.002 0.022 0.002 0.009 0.133 0.002 0.001 0.051 0.715 61 R 0.029 0.022 0.003 0.029 0.005 0.016 0.116 0.002 0.001 0.062 0.714 62 M 0.064 0.035 0.002 0.016 0.005 0.008 0.120 0.004 0.001 0.081 0.664 63 R 0.136 0.329 0.002 0.017 0.003 0.006 0.069 0.008 0.001 0.103 0.327 64 S 0.073 0.529 0.002 0.010 0.002 0.004 0.045 0.004 0.001 0.059 0.271 65 S 0.024 0.657 0.002 0.014 0.004 0.008 0.040 0.004 0.001 0.056 0.189 66 N 0.014 0.819 0.001 0.004 0.003 0.004 0.015 0.003 0.001 0.075 0.062 67 L 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.014 68 A 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 69 A 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 70 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 71 L 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 72 R 0.005 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.045 0.009 73 E 0.006 0.789 0.024 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.015 0.126 0.028 74 L 0.036 0.014 0.524 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.304 0.089 0.019 75 E 0.718 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 0.012 0.006 0.043 0.178 76 R 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.008 0.925 77 G 0.005 0.008 0.001 0.008 0.001 0.003 0.086 0.001 0.001 0.011 0.877 78 G 0.006 0.006 0.001 0.017 0.029 0.080 0.131 0.006 0.001 0.100 0.624 79 L 0.025 0.014 0.002 0.053 0.038 0.080 0.087 0.002 0.001 0.110 0.588 80 I 0.033 0.009 0.003 0.183 0.057 0.136 0.067 0.002 0.001 0.103 0.406 81 V 0.053 0.010 0.001 0.116 0.059 0.118 0.087 0.003 0.001 0.072 0.481 82 R 0.031 0.003 0.001 0.078 0.055 0.084 0.099 0.002 0.001 0.039 0.610 83 H 0.003 0.001 0.001 0.027 0.068 0.091 0.103 0.001 0.001 0.019 0.687 84 A 0.003 0.003 0.001 0.017 0.028 0.048 0.104 0.002 0.002 0.010 0.782 85 D 0.524 0.059 0.011 0.005 0.019 0.014 0.041 0.016 0.011 0.052 0.248 86 P 0.439 0.008 0.006 0.002 0.003 0.003 0.032 0.005 0.003 0.055 0.445 87 Q 0.044 0.004 0.001 0.002 0.003 0.008 0.057 0.002 0.001 0.022 0.857 88 D 0.028 0.002 0.001 0.013 0.015 0.039 0.107 0.001 0.001 0.057 0.737 89 G 0.005 0.002 0.001 0.024 0.082 0.137 0.113 0.001 0.001 0.080 0.555 90 R 0.003 0.001 0.001 0.021 0.229 0.260 0.085 0.001 0.001 0.052 0.349 91 R 0.001 0.001 0.001 0.059 0.213 0.268 0.074 0.001 0.001 0.048 0.336 92 T 0.001 0.001 0.001 0.101 0.234 0.487 0.023 0.001 0.001 0.081 0.073 93 R 0.001 0.001 0.001 0.141 0.235 0.357 0.024 0.001 0.001 0.075 0.165 94 V 0.001 0.001 0.001 0.144 0.392 0.335 0.014 0.001 0.001 0.029 0.085 95 S 0.006 0.002 0.001 0.116 0.286 0.346 0.033 0.001 0.001 0.072 0.137 96 L 0.015 0.009 0.002 0.116 0.142 0.139 0.071 0.003 0.002 0.077 0.426 97 S 0.145 0.288 0.002 0.030 0.030 0.041 0.069 0.013 0.002 0.076 0.303 98 S 0.154 0.357 0.004 0.015 0.005 0.009 0.048 0.008 0.002 0.120 0.280 99 E 0.015 0.291 0.005 0.013 0.009 0.009 0.044 0.003 0.001 0.369 0.241 100 G 0.007 0.913 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.005 0.001 0.012 0.048 101 R 0.016 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.006 0.023 102 R 0.017 0.838 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.004 0.002 0.070 0.054 103 N 0.033 0.520 0.006 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 0.003 0.328 0.081 104 L 0.024 0.802 0.020 0.001 0.001 0.001 0.010 0.022 0.005 0.065 0.049 105 Y 0.058 0.764 0.007 0.002 0.001 0.001 0.017 0.006 0.003 0.028 0.115 106 G 0.014 0.679 0.006 0.003 0.001 0.001 0.029 0.002 0.002 0.040 0.223 107 N 0.018 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.001 0.018 0.066 108 R 0.022 0.889 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.040 0.035 109 A 0.019 0.830 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.072 0.061 110 K 0.006 0.889 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.050 0.042 111 R 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.012 112 E 0.008 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 0.013 113 E 0.004 0.869 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.093 0.025 114 W 0.007 0.937 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.027 0.015 115 L 0.010 0.938 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.019 0.019 116 V 0.019 0.875 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.034 0.056 117 R 0.017 0.850 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.002 0.036 0.075 118 A 0.058 0.266 0.258 0.002 0.001 0.001 0.025 0.027 0.127 0.136 0.099 119 M 0.646 0.098 0.008 0.002 0.001 0.001 0.028 0.026 0.007 0.050 0.134 120 H 0.123 0.034 0.001 0.005 0.001 0.004 0.065 0.004 0.001 0.035 0.728 121 A 0.021 0.009 0.001 0.009 0.001 0.001 0.093 0.001 0.001 0.013 0.852 122 C 0.006 0.008 0.001 0.021 0.005 0.008 0.151 0.001 0.001 0.086 0.712 123 L 0.003 0.031 0.001 0.005 0.003 0.004 0.109 0.004 0.001 0.069 0.772 124 D 0.043 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.015 0.028 125 E 0.026 0.911 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.031 0.025 126 S 0.007 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.019 0.025 127 E 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 128 R 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.007 129 A 0.009 0.847 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.110 0.024 130 L 0.011 0.396 0.013 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.003 0.512 0.047 131 L 0.056 0.596 0.018 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.004 0.256 0.041 132 A 0.040 0.257 0.008 0.003 0.001 0.001 0.027 0.004 0.004 0.506 0.151 133 A 0.006 0.700 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.057 0.209 134 A 0.014 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.008 0.052 135 G 0.009 0.129 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.825 0.026 136 P 0.008 0.850 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.080 0.048 137 L 0.007 0.951 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.004 0.024 138 L 0.011 0.948 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.006 0.017 139 T 0.034 0.822 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.019 0.103 140 R 0.042 0.346 0.077 0.003 0.001 0.001 0.037 0.027 0.035 0.277 0.154 141 L 0.283 0.107 0.073 0.006 0.001 0.001 0.070 0.045 0.044 0.238 0.131 142 A 0.187 0.030 0.008 0.012 0.001 0.004 0.103 0.007 0.008 0.065 0.576 143 Q 0.042 0.004 0.001 0.008 0.001 0.003 0.104 0.001 0.001 0.022 0.813 144 F 0.008 0.002 0.001 0.017 0.004 0.012 0.165 0.002 0.001 0.040 0.749 145 E 0.030 0.004 0.001 0.010 0.003 0.006 0.110 0.003 0.001 0.027 0.805 146 E 0.235 0.010 0.002 0.008 0.005 0.008 0.098 0.013 0.001 0.057 0.563 147 P 0.084 0.009 0.001 0.009 0.002 0.005 0.092 0.004 0.001 0.035 0.758