# TARGET T0373 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3196 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.338 0.157 0.060 0.113 0.075 0.058 0.063 0.044 0.045 0.029 0.018 2 P 0.432 0.176 0.037 0.090 0.070 0.058 0.057 0.032 0.024 0.015 0.009 3 T 0.331 0.169 0.045 0.109 0.088 0.076 0.070 0.043 0.035 0.021 0.012 4 N 0.289 0.370 0.067 0.127 0.065 0.032 0.023 0.011 0.009 0.004 0.002 5 Q 0.268 0.176 0.096 0.166 0.111 0.075 0.053 0.024 0.017 0.010 0.005 6 D 0.187 0.156 0.063 0.135 0.105 0.096 0.101 0.060 0.054 0.029 0.014 7 L 0.052 0.056 0.079 0.166 0.179 0.180 0.160 0.066 0.039 0.017 0.006 8 Q 0.076 0.118 0.172 0.253 0.147 0.099 0.085 0.028 0.014 0.005 0.002 9 L 0.002 0.007 0.026 0.036 0.043 0.072 0.196 0.178 0.212 0.145 0.083 10 A 0.002 0.002 0.017 0.023 0.039 0.083 0.211 0.167 0.197 0.162 0.098 11 A 0.009 0.019 0.333 0.229 0.153 0.100 0.085 0.033 0.023 0.012 0.005 12 H 0.001 0.005 0.083 0.073 0.113 0.175 0.277 0.126 0.086 0.043 0.018 13 L 0.001 0.001 0.011 0.006 0.004 0.007 0.043 0.080 0.213 0.329 0.305 14 R 0.002 0.009 0.110 0.137 0.167 0.188 0.232 0.085 0.048 0.018 0.004 15 S 0.008 0.031 0.482 0.174 0.119 0.084 0.063 0.023 0.012 0.004 0.002 16 Q 0.001 0.004 0.022 0.019 0.030 0.076 0.281 0.184 0.190 0.128 0.064 17 V 0.001 0.003 0.016 0.015 0.018 0.048 0.234 0.203 0.218 0.166 0.078 18 T 0.015 0.041 0.506 0.219 0.116 0.057 0.031 0.009 0.004 0.002 0.001 19 T 0.012 0.042 0.295 0.152 0.150 0.149 0.132 0.039 0.019 0.007 0.002 20 L 0.002 0.004 0.024 0.014 0.011 0.017 0.080 0.114 0.253 0.275 0.205 21 T 0.002 0.007 0.041 0.060 0.112 0.202 0.338 0.126 0.071 0.031 0.010 22 R 0.013 0.034 0.733 0.147 0.047 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 23 R 0.010 0.021 0.117 0.087 0.126 0.190 0.273 0.094 0.052 0.023 0.008 24 L 0.001 0.002 0.010 0.007 0.009 0.021 0.103 0.142 0.251 0.258 0.196 25 R 0.002 0.014 0.130 0.174 0.229 0.217 0.156 0.044 0.023 0.009 0.003 26 R 0.035 0.058 0.723 0.117 0.038 0.016 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 27 E 0.015 0.035 0.075 0.091 0.113 0.169 0.291 0.110 0.064 0.026 0.012 28 A 0.006 0.003 0.008 0.008 0.012 0.029 0.104 0.131 0.211 0.252 0.236 29 Q 0.029 0.118 0.306 0.288 0.163 0.063 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 30 A 0.115 0.120 0.445 0.152 0.076 0.048 0.026 0.009 0.006 0.003 0.001 31 D 0.067 0.067 0.030 0.095 0.112 0.159 0.248 0.110 0.064 0.032 0.016 32 P 0.455 0.239 0.058 0.130 0.064 0.028 0.016 0.005 0.003 0.002 0.001 33 V 0.006 0.004 0.002 0.006 0.009 0.016 0.057 0.094 0.234 0.263 0.308 34 Q 0.079 0.380 0.103 0.212 0.111 0.063 0.032 0.011 0.006 0.002 0.002 35 F 0.058 0.065 0.030 0.125 0.155 0.162 0.188 0.102 0.068 0.031 0.014 36 S 0.086 0.083 0.031 0.098 0.123 0.148 0.175 0.100 0.081 0.045 0.031 37 Q 0.001 0.003 0.005 0.041 0.070 0.118 0.253 0.191 0.173 0.100 0.045 38 L 0.005 0.005 0.015 0.026 0.036 0.057 0.153 0.148 0.200 0.188 0.167 39 V 0.002 0.009 0.059 0.130 0.151 0.172 0.212 0.112 0.082 0.049 0.022 40 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.009 0.062 0.122 0.294 0.297 0.201 41 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.016 0.064 0.092 0.189 0.292 0.333 42 G 0.001 0.002 0.052 0.071 0.111 0.154 0.254 0.155 0.118 0.063 0.020 43 A 0.001 0.001 0.010 0.018 0.033 0.088 0.297 0.226 0.177 0.102 0.048 44 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.034 0.081 0.222 0.348 0.305 45 D 0.001 0.005 0.016 0.074 0.157 0.193 0.271 0.146 0.088 0.036 0.015 46 R 0.022 0.081 0.198 0.212 0.162 0.144 0.107 0.040 0.021 0.009 0.004 47 L 0.012 0.020 0.021 0.067 0.086 0.141 0.279 0.155 0.113 0.069 0.036 48 G 0.504 0.202 0.043 0.088 0.056 0.041 0.034 0.012 0.009 0.006 0.005 49 G 0.636 0.143 0.050 0.076 0.039 0.025 0.017 0.006 0.004 0.003 0.001 50 D 0.400 0.208 0.041 0.159 0.088 0.052 0.032 0.011 0.006 0.002 0.001 51 V 0.002 0.006 0.003 0.022 0.050 0.094 0.216 0.214 0.195 0.127 0.071 52 T 0.015 0.607 0.066 0.162 0.079 0.036 0.017 0.007 0.005 0.003 0.003 53 P 0.032 0.011 0.010 0.055 0.139 0.174 0.192 0.143 0.122 0.078 0.044 54 S 0.597 0.161 0.040 0.076 0.055 0.033 0.023 0.007 0.005 0.002 0.001 55 E 0.002 0.032 0.054 0.537 0.220 0.095 0.044 0.010 0.004 0.001 0.001 56 L 0.003 0.002 0.006 0.005 0.004 0.005 0.027 0.068 0.172 0.260 0.448 57 A 0.001 0.002 0.028 0.034 0.071 0.188 0.268 0.181 0.125 0.069 0.030 58 A 0.003 0.022 0.655 0.199 0.068 0.029 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 59 A 0.001 0.006 0.027 0.047 0.096 0.195 0.316 0.130 0.085 0.056 0.041 60 E 0.015 0.009 0.015 0.024 0.026 0.050 0.163 0.165 0.228 0.186 0.118 61 R 0.303 0.236 0.100 0.159 0.085 0.054 0.036 0.011 0.008 0.004 0.003 62 M 0.006 0.008 0.014 0.020 0.025 0.043 0.118 0.150 0.230 0.204 0.183 63 R 0.139 0.509 0.102 0.124 0.057 0.034 0.021 0.006 0.004 0.002 0.002 64 S 0.180 0.119 0.058 0.174 0.162 0.130 0.098 0.038 0.023 0.012 0.006 65 S 0.397 0.162 0.067 0.093 0.080 0.071 0.073 0.028 0.018 0.007 0.003 66 N 0.029 0.112 0.084 0.299 0.201 0.137 0.089 0.029 0.013 0.005 0.002 67 L 0.003 0.003 0.006 0.011 0.014 0.026 0.119 0.161 0.243 0.234 0.179 68 A 0.010 0.016 0.069 0.141 0.210 0.252 0.198 0.057 0.031 0.012 0.004 69 A 0.013 0.054 0.439 0.314 0.107 0.043 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.004 0.007 0.020 0.059 0.238 0.219 0.231 0.146 0.076 71 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.013 0.094 0.154 0.262 0.262 0.205 72 R 0.002 0.011 0.374 0.299 0.168 0.083 0.045 0.009 0.005 0.002 0.001 73 E 0.002 0.025 0.152 0.228 0.244 0.206 0.109 0.021 0.008 0.003 0.001 74 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.004 0.033 0.072 0.223 0.310 0.350 75 E 0.001 0.001 0.007 0.023 0.071 0.160 0.357 0.185 0.105 0.058 0.032 76 R 0.007 0.054 0.719 0.158 0.046 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 77 G 0.013 0.029 0.040 0.161 0.204 0.269 0.225 0.041 0.013 0.005 0.002 78 G 0.356 0.204 0.044 0.128 0.076 0.060 0.066 0.028 0.021 0.011 0.005 79 L 0.002 0.015 0.011 0.054 0.077 0.115 0.209 0.150 0.156 0.118 0.093 80 I 0.002 0.005 0.007 0.014 0.024 0.052 0.143 0.159 0.232 0.197 0.165 81 V 0.019 0.105 0.072 0.320 0.207 0.113 0.090 0.037 0.021 0.009 0.007 82 R 0.009 0.014 0.009 0.040 0.070 0.100 0.182 0.166 0.174 0.142 0.092 83 H 0.059 0.103 0.052 0.284 0.218 0.134 0.089 0.032 0.018 0.008 0.004 84 A 0.121 0.085 0.033 0.121 0.132 0.140 0.172 0.086 0.060 0.035 0.016 85 D 0.077 0.209 0.078 0.239 0.143 0.087 0.072 0.040 0.029 0.017 0.009 86 P 0.521 0.165 0.041 0.119 0.065 0.037 0.027 0.011 0.008 0.005 0.002 87 Q 0.645 0.159 0.037 0.076 0.037 0.021 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 88 D 0.143 0.178 0.067 0.180 0.113 0.094 0.100 0.055 0.039 0.020 0.010 89 G 0.283 0.194 0.073 0.158 0.103 0.077 0.052 0.025 0.019 0.011 0.005 90 R 0.097 0.067 0.065 0.143 0.131 0.134 0.160 0.085 0.065 0.036 0.018 91 R 0.026 0.060 0.109 0.287 0.218 0.129 0.085 0.039 0.028 0.014 0.006 92 T 0.009 0.019 0.024 0.089 0.107 0.142 0.243 0.166 0.127 0.056 0.018 93 R 0.007 0.037 0.063 0.246 0.264 0.183 0.127 0.041 0.020 0.008 0.002 94 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.010 0.055 0.114 0.273 0.312 0.224 95 S 0.008 0.042 0.084 0.294 0.273 0.147 0.103 0.030 0.013 0.004 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.047 0.101 0.245 0.317 0.269 97 S 0.001 0.017 0.009 0.089 0.190 0.222 0.250 0.120 0.069 0.024 0.009 98 S 0.775 0.103 0.050 0.049 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 99 E 0.392 0.153 0.096 0.192 0.095 0.041 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 100 G 0.005 0.008 0.008 0.015 0.024 0.067 0.194 0.176 0.223 0.176 0.105 101 R 0.005 0.014 0.037 0.186 0.243 0.237 0.176 0.059 0.029 0.012 0.003 102 R 0.050 0.061 0.809 0.052 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 103 N 0.002 0.010 0.060 0.073 0.110 0.221 0.298 0.110 0.069 0.033 0.015 104 L 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.024 0.118 0.159 0.249 0.255 0.174 105 Y 0.014 0.040 0.512 0.198 0.125 0.060 0.036 0.009 0.005 0.002 0.001 106 G 0.032 0.066 0.610 0.135 0.073 0.042 0.026 0.007 0.005 0.002 0.001 107 N 0.012 0.015 0.015 0.024 0.027 0.063 0.174 0.161 0.209 0.181 0.118 108 R 0.031 0.036 0.061 0.100 0.138 0.187 0.251 0.105 0.061 0.024 0.007 109 A 0.137 0.092 0.572 0.096 0.044 0.024 0.020 0.007 0.005 0.002 0.001 110 K 0.029 0.070 0.203 0.184 0.146 0.143 0.133 0.046 0.029 0.013 0.005 111 R 0.004 0.007 0.014 0.018 0.024 0.053 0.165 0.177 0.239 0.190 0.109 112 E 0.020 0.030 0.227 0.246 0.210 0.140 0.090 0.022 0.010 0.004 0.001 113 E 0.024 0.058 0.687 0.142 0.054 0.020 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 114 W 0.005 0.008 0.041 0.041 0.057 0.130 0.300 0.180 0.139 0.070 0.030 115 L 0.002 0.003 0.030 0.023 0.034 0.068 0.224 0.195 0.207 0.145 0.068 116 V 0.002 0.013 0.547 0.142 0.124 0.091 0.058 0.014 0.007 0.002 0.001 117 R 0.006 0.031 0.520 0.232 0.115 0.056 0.028 0.007 0.004 0.001 0.001 118 A 0.012 0.014 0.047 0.030 0.035 0.070 0.204 0.178 0.201 0.137 0.072 119 M 0.012 0.017 0.089 0.059 0.062 0.102 0.255 0.153 0.133 0.082 0.038 120 H 0.010 0.047 0.291 0.223 0.201 0.114 0.074 0.023 0.012 0.004 0.001 121 A 0.144 0.153 0.331 0.147 0.083 0.059 0.049 0.016 0.011 0.005 0.002 122 C 0.127 0.067 0.060 0.099 0.115 0.136 0.193 0.090 0.063 0.034 0.016 123 L 0.013 0.013 0.008 0.013 0.017 0.030 0.088 0.112 0.185 0.245 0.276 124 D 0.038 0.610 0.130 0.125 0.053 0.024 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 125 E 0.828 0.053 0.051 0.039 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 126 S 0.811 0.103 0.029 0.032 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 127 E 0.001 0.005 0.009 0.031 0.058 0.157 0.308 0.201 0.136 0.064 0.029 128 R 0.003 0.006 0.032 0.104 0.175 0.247 0.249 0.095 0.055 0.025 0.009 129 A 0.020 0.032 0.876 0.045 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 130 L 0.001 0.007 0.085 0.143 0.167 0.229 0.234 0.068 0.042 0.018 0.005 131 L 0.001 0.001 0.006 0.003 0.003 0.007 0.040 0.083 0.200 0.303 0.354 132 A 0.002 0.011 0.241 0.199 0.249 0.156 0.101 0.026 0.011 0.003 0.001 133 A 0.008 0.050 0.584 0.154 0.096 0.060 0.033 0.008 0.005 0.002 0.001 134 A 0.002 0.007 0.007 0.015 0.022 0.052 0.176 0.163 0.215 0.206 0.135 135 G 0.021 0.018 0.015 0.033 0.058 0.120 0.274 0.183 0.153 0.088 0.038 136 P 0.365 0.163 0.254 0.120 0.047 0.022 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 137 L 0.002 0.010 0.014 0.048 0.083 0.165 0.294 0.157 0.126 0.071 0.029 138 L 0.002 0.002 0.007 0.007 0.007 0.011 0.042 0.085 0.217 0.285 0.335 139 T 0.028 0.032 0.170 0.247 0.219 0.149 0.099 0.030 0.016 0.007 0.003 140 R 0.005 0.035 0.319 0.195 0.161 0.138 0.096 0.030 0.014 0.005 0.002 141 L 0.001 0.001 0.011 0.009 0.010 0.023 0.101 0.131 0.228 0.249 0.236 142 A 0.005 0.006 0.026 0.038 0.061 0.105 0.265 0.190 0.155 0.102 0.049 143 Q 0.017 0.069 0.572 0.184 0.088 0.040 0.018 0.005 0.003 0.002 0.001 144 F 0.021 0.032 0.061 0.072 0.086 0.142 0.247 0.127 0.101 0.069 0.041 145 E 0.246 0.120 0.054 0.082 0.063 0.071 0.114 0.082 0.080 0.056 0.030 146 E 0.451 0.228 0.076 0.087 0.051 0.036 0.031 0.015 0.012 0.008 0.004 147 P 0.486 0.155 0.065 0.102 0.063 0.045 0.036 0.018 0.016 0.010 0.005