# TARGET T0373 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3196 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.284 0.139 0.151 0.135 0.118 0.078 0.044 0.023 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 2 P 0.319 0.154 0.137 0.139 0.118 0.061 0.032 0.018 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 3 T 0.327 0.160 0.124 0.146 0.105 0.065 0.035 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 4 N 0.527 0.222 0.115 0.068 0.036 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 Q 0.395 0.189 0.159 0.103 0.066 0.045 0.023 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 6 D 0.244 0.147 0.140 0.133 0.157 0.089 0.044 0.024 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 7 L 0.179 0.125 0.113 0.167 0.158 0.110 0.066 0.046 0.019 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 8 Q 0.256 0.180 0.139 0.135 0.114 0.079 0.046 0.028 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 9 L 0.028 0.021 0.036 0.084 0.139 0.177 0.165 0.167 0.104 0.048 0.019 0.007 0.003 0.001 10 A 0.034 0.041 0.073 0.136 0.182 0.204 0.157 0.082 0.050 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 11 A 0.333 0.218 0.149 0.107 0.078 0.048 0.029 0.017 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 12 H 0.066 0.084 0.116 0.174 0.169 0.155 0.133 0.067 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 13 L 0.010 0.010 0.026 0.059 0.129 0.214 0.238 0.159 0.106 0.037 0.009 0.002 0.001 0.001 14 R 0.122 0.151 0.185 0.194 0.171 0.095 0.044 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 15 S 0.348 0.251 0.172 0.105 0.069 0.029 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.025 0.027 0.047 0.138 0.176 0.206 0.187 0.129 0.045 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 17 V 0.025 0.045 0.101 0.167 0.207 0.189 0.148 0.064 0.037 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 18 T 0.574 0.248 0.099 0.041 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.211 0.206 0.204 0.159 0.111 0.057 0.032 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.023 0.021 0.051 0.111 0.195 0.232 0.197 0.094 0.054 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 21 T 0.161 0.182 0.209 0.183 0.141 0.069 0.032 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 R 0.748 0.161 0.056 0.022 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 R 0.229 0.218 0.194 0.156 0.114 0.052 0.023 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.033 0.031 0.066 0.120 0.213 0.222 0.157 0.097 0.045 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 25 R 0.291 0.248 0.176 0.149 0.081 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.743 0.179 0.055 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.146 0.158 0.174 0.208 0.186 0.076 0.030 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.087 0.069 0.104 0.172 0.204 0.163 0.113 0.055 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.571 0.264 0.089 0.046 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.624 0.198 0.111 0.034 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.249 0.166 0.170 0.162 0.145 0.065 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 P 0.470 0.185 0.141 0.072 0.063 0.035 0.019 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.085 0.053 0.060 0.156 0.232 0.169 0.095 0.072 0.035 0.029 0.007 0.003 0.001 0.001 34 Q 0.260 0.188 0.151 0.152 0.097 0.066 0.044 0.020 0.012 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 35 F 0.115 0.076 0.106 0.132 0.167 0.153 0.090 0.071 0.045 0.027 0.010 0.005 0.001 0.001 36 S 0.077 0.069 0.080 0.136 0.151 0.154 0.126 0.105 0.054 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 37 Q 0.048 0.066 0.089 0.141 0.186 0.163 0.116 0.082 0.056 0.032 0.013 0.006 0.002 0.001 38 L 0.044 0.047 0.058 0.102 0.128 0.160 0.156 0.116 0.089 0.052 0.027 0.013 0.006 0.003 39 V 0.035 0.037 0.069 0.111 0.141 0.186 0.178 0.102 0.069 0.032 0.020 0.011 0.005 0.004 40 V 0.008 0.006 0.014 0.029 0.059 0.101 0.165 0.231 0.188 0.106 0.052 0.024 0.013 0.005 41 L 0.016 0.018 0.033 0.052 0.106 0.166 0.164 0.185 0.115 0.071 0.035 0.022 0.014 0.004 42 G 0.074 0.104 0.111 0.157 0.180 0.108 0.082 0.071 0.048 0.034 0.017 0.008 0.004 0.002 43 A 0.014 0.021 0.040 0.112 0.157 0.183 0.222 0.144 0.055 0.033 0.011 0.006 0.001 0.002 44 I 0.010 0.011 0.029 0.060 0.119 0.188 0.214 0.184 0.117 0.050 0.013 0.004 0.002 0.001 45 D 0.109 0.145 0.166 0.236 0.166 0.091 0.044 0.023 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 46 R 0.270 0.192 0.158 0.150 0.117 0.060 0.024 0.012 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.211 0.150 0.114 0.205 0.139 0.085 0.050 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 48 G 0.497 0.246 0.156 0.050 0.022 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 G 0.482 0.181 0.143 0.078 0.064 0.030 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 D 0.306 0.201 0.178 0.119 0.107 0.046 0.025 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.244 0.114 0.101 0.130 0.146 0.113 0.069 0.043 0.020 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 52 T 0.142 0.154 0.140 0.166 0.153 0.106 0.072 0.037 0.017 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 53 P 0.027 0.018 0.033 0.063 0.125 0.209 0.174 0.143 0.110 0.060 0.025 0.008 0.004 0.001 54 S 0.199 0.206 0.179 0.165 0.124 0.064 0.032 0.014 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 55 E 0.306 0.233 0.206 0.110 0.074 0.034 0.017 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 56 L 0.027 0.026 0.041 0.131 0.188 0.215 0.164 0.125 0.058 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 57 A 0.059 0.091 0.141 0.229 0.193 0.126 0.086 0.038 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 58 A 0.633 0.259 0.065 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.209 0.244 0.205 0.162 0.100 0.045 0.020 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.270 0.151 0.210 0.132 0.104 0.073 0.036 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.492 0.201 0.144 0.067 0.059 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 M 0.161 0.073 0.077 0.170 0.189 0.143 0.088 0.057 0.022 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 63 R 0.335 0.228 0.146 0.120 0.086 0.043 0.021 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 S 0.200 0.127 0.159 0.146 0.154 0.101 0.054 0.030 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 65 S 0.246 0.113 0.094 0.130 0.134 0.116 0.074 0.041 0.027 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 66 N 0.112 0.115 0.129 0.165 0.156 0.147 0.088 0.046 0.023 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 67 L 0.023 0.018 0.029 0.068 0.138 0.190 0.182 0.136 0.135 0.048 0.021 0.007 0.003 0.001 68 A 0.069 0.097 0.139 0.179 0.183 0.159 0.091 0.039 0.024 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 69 A 0.349 0.287 0.192 0.080 0.047 0.021 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.017 0.025 0.044 0.139 0.182 0.220 0.187 0.122 0.044 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 71 L 0.008 0.015 0.036 0.106 0.186 0.209 0.192 0.109 0.103 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 72 R 0.382 0.359 0.157 0.062 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 E 0.189 0.303 0.281 0.120 0.060 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.021 0.020 0.049 0.131 0.247 0.224 0.168 0.097 0.034 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.130 0.213 0.218 0.211 0.127 0.049 0.033 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 R 0.629 0.221 0.088 0.030 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 G 0.078 0.157 0.179 0.234 0.203 0.085 0.033 0.010 0.009 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 78 G 0.209 0.116 0.138 0.121 0.116 0.110 0.082 0.039 0.035 0.013 0.014 0.003 0.001 0.001 79 L 0.022 0.024 0.031 0.072 0.150 0.156 0.116 0.173 0.118 0.068 0.041 0.017 0.009 0.003 80 I 0.014 0.012 0.015 0.037 0.049 0.074 0.108 0.241 0.143 0.112 0.097 0.063 0.031 0.005 81 V 0.031 0.046 0.058 0.092 0.110 0.105 0.106 0.147 0.115 0.098 0.050 0.029 0.008 0.003 82 R 0.069 0.056 0.075 0.090 0.125 0.123 0.104 0.107 0.100 0.072 0.050 0.021 0.005 0.003 83 H 0.102 0.091 0.134 0.156 0.170 0.125 0.079 0.054 0.043 0.026 0.012 0.005 0.001 0.001 84 A 0.187 0.123 0.129 0.159 0.155 0.099 0.054 0.035 0.034 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 85 D 0.307 0.182 0.152 0.162 0.111 0.041 0.019 0.011 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 86 P 0.573 0.215 0.106 0.061 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 Q 0.513 0.217 0.144 0.060 0.039 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 D 0.282 0.161 0.151 0.152 0.134 0.063 0.030 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 89 G 0.283 0.178 0.137 0.132 0.120 0.067 0.039 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 90 R 0.091 0.082 0.099 0.162 0.173 0.132 0.089 0.082 0.039 0.030 0.015 0.004 0.002 0.001 91 R 0.048 0.063 0.068 0.122 0.139 0.127 0.120 0.130 0.085 0.052 0.024 0.015 0.004 0.002 92 T 0.013 0.012 0.022 0.044 0.063 0.101 0.119 0.194 0.157 0.138 0.075 0.038 0.017 0.007 93 R 0.006 0.010 0.020 0.042 0.093 0.109 0.120 0.182 0.137 0.114 0.077 0.051 0.022 0.017 94 V 0.007 0.003 0.006 0.009 0.014 0.035 0.052 0.077 0.114 0.175 0.191 0.172 0.104 0.041 95 S 0.019 0.025 0.047 0.102 0.133 0.118 0.144 0.130 0.116 0.071 0.045 0.028 0.011 0.011 96 L 0.010 0.008 0.010 0.027 0.045 0.097 0.097 0.126 0.168 0.151 0.150 0.067 0.031 0.012 97 S 0.029 0.045 0.060 0.131 0.159 0.185 0.151 0.092 0.084 0.035 0.017 0.007 0.003 0.002 98 S 0.243 0.222 0.153 0.144 0.105 0.046 0.037 0.023 0.013 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 99 E 0.248 0.243 0.245 0.114 0.063 0.044 0.025 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 G 0.160 0.113 0.118 0.125 0.163 0.146 0.079 0.051 0.034 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 101 R 0.174 0.185 0.165 0.196 0.164 0.058 0.030 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 102 R 0.661 0.213 0.079 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 N 0.140 0.121 0.158 0.175 0.175 0.113 0.066 0.033 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 104 L 0.045 0.045 0.087 0.143 0.205 0.190 0.146 0.083 0.037 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 105 Y 0.515 0.217 0.100 0.077 0.048 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 G 0.467 0.243 0.149 0.077 0.035 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 N 0.084 0.053 0.094 0.147 0.206 0.204 0.113 0.055 0.030 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 108 R 0.241 0.184 0.203 0.161 0.117 0.050 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.800 0.128 0.043 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 K 0.334 0.230 0.170 0.134 0.081 0.032 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 R 0.156 0.088 0.122 0.172 0.205 0.129 0.062 0.034 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 112 E 0.502 0.232 0.115 0.085 0.041 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 E 0.664 0.220 0.078 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 W 0.065 0.057 0.102 0.164 0.245 0.172 0.102 0.068 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 115 L 0.044 0.050 0.092 0.152 0.222 0.172 0.133 0.086 0.032 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 116 V 0.423 0.216 0.120 0.099 0.066 0.040 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 117 R 0.300 0.224 0.171 0.141 0.087 0.040 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 118 A 0.042 0.036 0.064 0.133 0.188 0.206 0.148 0.108 0.049 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 119 M 0.058 0.077 0.112 0.165 0.181 0.176 0.131 0.054 0.029 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 120 H 0.343 0.230 0.185 0.105 0.063 0.036 0.019 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 121 A 0.377 0.232 0.182 0.098 0.060 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 C 0.268 0.146 0.132 0.149 0.151 0.079 0.037 0.021 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 123 L 0.070 0.075 0.084 0.234 0.224 0.145 0.086 0.043 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 124 D 0.576 0.273 0.090 0.039 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.648 0.213 0.098 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 S 0.649 0.207 0.097 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 E 0.218 0.150 0.137 0.155 0.227 0.071 0.020 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 128 R 0.188 0.122 0.126 0.218 0.175 0.084 0.044 0.025 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 129 A 0.655 0.186 0.079 0.040 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 L 0.074 0.077 0.114 0.237 0.245 0.111 0.069 0.047 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 131 L 0.018 0.017 0.035 0.083 0.141 0.230 0.213 0.161 0.065 0.027 0.006 0.002 0.001 0.001 132 A 0.348 0.219 0.166 0.118 0.075 0.041 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 A 0.369 0.229 0.172 0.110 0.057 0.033 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.028 0.028 0.045 0.112 0.193 0.254 0.165 0.090 0.063 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 135 G 0.071 0.126 0.210 0.211 0.176 0.102 0.061 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 136 P 0.569 0.266 0.104 0.033 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 L 0.031 0.056 0.094 0.177 0.224 0.182 0.140 0.071 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 138 L 0.007 0.012 0.042 0.073 0.142 0.205 0.288 0.154 0.054 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 139 T 0.358 0.297 0.161 0.082 0.054 0.026 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 R 0.210 0.248 0.216 0.151 0.095 0.041 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 L 0.011 0.011 0.029 0.093 0.179 0.239 0.206 0.148 0.061 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 142 A 0.068 0.095 0.173 0.230 0.210 0.114 0.064 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 143 Q 0.722 0.180 0.061 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 F 0.216 0.171 0.150 0.200 0.143 0.073 0.028 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 145 E 0.325 0.168 0.169 0.140 0.101 0.051 0.027 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.680 0.181 0.082 0.031 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 P 0.605 0.177 0.108 0.053 0.031 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001