# TARGET T0373 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2372 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.009 0.001 0.018 0.039 0.030 0.174 0.007 0.001 0.047 0.636 2 P 0.087 0.029 0.001 0.012 0.007 0.008 0.142 0.006 0.001 0.049 0.657 3 T 0.082 0.085 0.001 0.010 0.005 0.008 0.114 0.008 0.001 0.045 0.641 4 N 0.264 0.250 0.005 0.008 0.002 0.004 0.064 0.005 0.002 0.049 0.347 5 Q 0.053 0.518 0.002 0.005 0.003 0.004 0.048 0.006 0.001 0.048 0.312 6 D 0.028 0.859 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.003 0.001 0.014 0.081 7 L 0.023 0.900 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.014 0.046 8 Q 0.006 0.914 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.029 0.034 9 L 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.009 10 A 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 11 A 0.003 0.764 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.215 0.009 12 H 0.001 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.005 13 L 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 14 R 0.004 0.173 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.810 0.007 15 S 0.002 0.535 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.420 0.032 16 Q 0.008 0.942 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.015 0.018 17 V 0.019 0.334 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.603 0.029 18 T 0.004 0.838 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.057 0.087 19 T 0.015 0.915 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.001 0.007 0.037 20 L 0.009 0.919 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.004 0.017 0.024 21 T 0.012 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.042 22 R 0.013 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.013 0.047 23 R 0.027 0.696 0.041 0.001 0.001 0.001 0.020 0.019 0.018 0.120 0.056 24 L 0.085 0.699 0.012 0.001 0.001 0.001 0.028 0.016 0.007 0.047 0.103 25 R 0.100 0.474 0.024 0.002 0.001 0.001 0.037 0.020 0.014 0.079 0.248 26 R 0.201 0.112 0.039 0.006 0.002 0.004 0.089 0.012 0.017 0.136 0.383 27 E 0.123 0.041 0.009 0.011 0.002 0.011 0.066 0.006 0.005 0.076 0.649 28 A 0.112 0.010 0.006 0.009 0.002 0.007 0.071 0.003 0.002 0.052 0.725 29 Q 0.103 0.009 0.002 0.015 0.005 0.008 0.086 0.002 0.001 0.038 0.729 30 A 0.019 0.006 0.001 0.005 0.002 0.005 0.074 0.002 0.001 0.011 0.876 31 D 0.027 0.003 0.001 0.012 0.015 0.015 0.129 0.011 0.001 0.031 0.756 32 P 0.037 0.010 0.001 0.052 0.013 0.017 0.133 0.002 0.001 0.054 0.680 33 V 0.005 0.025 0.001 0.073 0.015 0.028 0.107 0.002 0.001 0.041 0.702 34 Q 0.136 0.574 0.002 0.029 0.010 0.012 0.037 0.006 0.001 0.051 0.142 35 F 0.051 0.685 0.003 0.027 0.002 0.004 0.031 0.003 0.001 0.057 0.136 36 S 0.010 0.636 0.001 0.014 0.006 0.011 0.033 0.002 0.001 0.138 0.149 37 Q 0.007 0.877 0.001 0.006 0.005 0.008 0.010 0.001 0.001 0.047 0.039 38 L 0.008 0.863 0.001 0.006 0.008 0.009 0.007 0.001 0.001 0.073 0.025 39 V 0.002 0.926 0.001 0.006 0.007 0.008 0.004 0.001 0.001 0.029 0.016 40 V 0.005 0.964 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.012 41 L 0.014 0.847 0.006 0.010 0.009 0.008 0.008 0.007 0.001 0.055 0.037 42 G 0.039 0.591 0.015 0.012 0.010 0.012 0.033 0.009 0.006 0.176 0.098 43 A 0.106 0.348 0.016 0.015 0.011 0.015 0.064 0.013 0.008 0.190 0.213 44 I 0.081 0.097 0.105 0.031 0.017 0.025 0.106 0.010 0.072 0.155 0.302 45 D 0.138 0.031 0.018 0.018 0.016 0.032 0.121 0.007 0.017 0.060 0.543 46 R 0.112 0.007 0.004 0.007 0.005 0.013 0.066 0.004 0.005 0.033 0.744 47 L 0.225 0.007 0.001 0.005 0.003 0.006 0.084 0.007 0.001 0.047 0.615 48 G 0.026 0.010 0.001 0.009 0.001 0.007 0.092 0.002 0.001 0.029 0.821 49 G 0.026 0.009 0.001 0.013 0.008 0.020 0.118 0.002 0.001 0.046 0.757 50 D 0.017 0.006 0.001 0.035 0.043 0.035 0.115 0.001 0.001 0.247 0.500 51 V 0.002 0.046 0.001 0.035 0.023 0.023 0.092 0.001 0.001 0.073 0.704 52 T 0.026 0.891 0.001 0.003 0.005 0.004 0.010 0.008 0.001 0.013 0.040 53 P 0.015 0.937 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.004 0.030 54 S 0.006 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.005 0.033 55 E 0.021 0.907 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.023 0.028 56 L 0.044 0.732 0.016 0.002 0.001 0.001 0.013 0.021 0.009 0.110 0.051 57 A 0.072 0.327 0.094 0.004 0.002 0.002 0.043 0.012 0.051 0.203 0.189 58 A 0.200 0.232 0.010 0.006 0.002 0.003 0.077 0.013 0.005 0.104 0.347 59 A 0.103 0.121 0.007 0.016 0.002 0.005 0.097 0.013 0.004 0.142 0.490 60 E 0.069 0.040 0.004 0.024 0.003 0.009 0.133 0.003 0.002 0.079 0.635 61 R 0.045 0.040 0.004 0.029 0.004 0.015 0.115 0.003 0.002 0.077 0.667 62 M 0.074 0.048 0.003 0.016 0.004 0.008 0.116 0.004 0.001 0.089 0.636 63 R 0.122 0.341 0.002 0.015 0.003 0.006 0.068 0.008 0.001 0.098 0.337 64 S 0.074 0.481 0.002 0.011 0.002 0.004 0.049 0.004 0.001 0.073 0.300 65 S 0.023 0.648 0.002 0.014 0.004 0.009 0.040 0.004 0.001 0.062 0.193 66 N 0.014 0.828 0.001 0.004 0.003 0.004 0.014 0.003 0.001 0.067 0.063 67 L 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.015 68 A 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 69 A 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 70 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 72 R 0.005 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.047 0.009 73 E 0.006 0.766 0.029 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.017 0.143 0.027 74 L 0.042 0.016 0.503 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.306 0.096 0.021 75 E 0.685 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.023 0.013 0.006 0.046 0.201 76 R 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.008 0.920 77 G 0.006 0.009 0.001 0.008 0.001 0.003 0.086 0.001 0.001 0.012 0.873 78 G 0.007 0.008 0.001 0.017 0.026 0.074 0.128 0.006 0.001 0.106 0.626 79 L 0.025 0.016 0.002 0.059 0.041 0.088 0.088 0.002 0.001 0.122 0.558 80 I 0.034 0.010 0.003 0.187 0.054 0.131 0.068 0.002 0.001 0.108 0.403 81 V 0.053 0.010 0.001 0.135 0.062 0.119 0.088 0.003 0.001 0.074 0.455 82 R 0.032 0.003 0.001 0.085 0.053 0.082 0.102 0.002 0.001 0.041 0.601 83 H 0.004 0.001 0.001 0.030 0.058 0.077 0.109 0.001 0.001 0.019 0.700 84 A 0.003 0.002 0.001 0.019 0.026 0.046 0.112 0.002 0.001 0.011 0.776 85 D 0.473 0.100 0.009 0.007 0.017 0.013 0.046 0.015 0.009 0.051 0.261 86 P 0.454 0.017 0.008 0.002 0.003 0.004 0.035 0.005 0.003 0.061 0.407 87 Q 0.051 0.011 0.001 0.003 0.003 0.009 0.062 0.003 0.001 0.027 0.829 88 D 0.047 0.005 0.002 0.013 0.017 0.046 0.116 0.001 0.001 0.087 0.665 89 G 0.010 0.004 0.002 0.030 0.081 0.141 0.118 0.001 0.001 0.102 0.510 90 R 0.005 0.002 0.001 0.021 0.191 0.275 0.091 0.001 0.001 0.060 0.354 91 R 0.001 0.002 0.001 0.056 0.217 0.266 0.075 0.001 0.001 0.050 0.331 92 T 0.001 0.001 0.001 0.096 0.220 0.485 0.027 0.001 0.001 0.088 0.081 93 R 0.002 0.001 0.001 0.128 0.240 0.355 0.026 0.001 0.001 0.085 0.163 94 V 0.001 0.001 0.001 0.149 0.365 0.338 0.017 0.001 0.001 0.035 0.095 95 S 0.008 0.003 0.001 0.113 0.265 0.339 0.036 0.001 0.001 0.089 0.146 96 L 0.016 0.013 0.002 0.120 0.128 0.132 0.073 0.003 0.002 0.092 0.420 97 S 0.126 0.336 0.002 0.028 0.026 0.037 0.066 0.011 0.002 0.087 0.277 98 S 0.137 0.401 0.005 0.014 0.004 0.008 0.045 0.008 0.002 0.129 0.248 99 E 0.014 0.303 0.004 0.011 0.008 0.007 0.039 0.003 0.001 0.402 0.208 100 G 0.006 0.925 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.004 0.001 0.011 0.041 101 R 0.013 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.006 0.019 102 R 0.015 0.850 0.005 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.002 0.069 0.046 103 N 0.037 0.524 0.007 0.001 0.001 0.001 0.020 0.006 0.003 0.321 0.079 104 L 0.028 0.776 0.025 0.001 0.001 0.001 0.011 0.028 0.007 0.069 0.054 105 Y 0.076 0.695 0.008 0.002 0.001 0.001 0.022 0.007 0.004 0.033 0.151 106 G 0.020 0.585 0.007 0.003 0.001 0.001 0.040 0.003 0.003 0.040 0.297 107 N 0.029 0.796 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 0.001 0.028 0.113 108 R 0.031 0.851 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.043 0.052 109 A 0.036 0.779 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.076 0.087 110 K 0.007 0.757 0.003 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.138 0.074 111 R 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.012 112 E 0.007 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.012 113 E 0.003 0.856 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.116 0.019 114 W 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 0.008 115 L 0.003 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.008 116 V 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 0.017 117 R 0.013 0.875 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.044 0.055 118 A 0.028 0.253 0.261 0.002 0.001 0.001 0.021 0.019 0.120 0.233 0.062 119 M 0.608 0.122 0.017 0.002 0.001 0.001 0.030 0.033 0.015 0.072 0.100 120 H 0.176 0.050 0.002 0.006 0.001 0.003 0.066 0.007 0.003 0.049 0.637 121 A 0.029 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 0.107 0.001 0.001 0.013 0.833 122 C 0.005 0.007 0.001 0.021 0.002 0.005 0.150 0.001 0.001 0.091 0.716 123 L 0.004 0.036 0.001 0.004 0.002 0.003 0.119 0.005 0.001 0.077 0.750 124 D 0.047 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.017 0.036 125 E 0.023 0.915 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.030 0.025 126 S 0.008 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.020 0.023 127 E 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 128 R 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.006 129 A 0.009 0.858 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.103 0.021 130 L 0.007 0.258 0.007 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.002 0.682 0.033 131 L 0.034 0.538 0.017 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.004 0.349 0.035 132 A 0.032 0.294 0.009 0.003 0.001 0.001 0.021 0.004 0.003 0.515 0.118 133 A 0.006 0.756 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.054 0.162 134 A 0.015 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.008 0.048 135 G 0.007 0.141 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.817 0.024 136 P 0.008 0.876 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.064 0.040 137 L 0.005 0.957 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.003 0.022 138 L 0.010 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.005 0.014 139 T 0.027 0.855 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.001 0.018 0.081 140 R 0.043 0.344 0.086 0.003 0.001 0.001 0.035 0.029 0.038 0.290 0.130 141 L 0.284 0.114 0.074 0.006 0.001 0.001 0.065 0.045 0.047 0.243 0.120 142 A 0.187 0.031 0.008 0.011 0.001 0.003 0.103 0.007 0.008 0.066 0.574 143 Q 0.043 0.004 0.001 0.008 0.001 0.003 0.108 0.001 0.001 0.023 0.807 144 F 0.007 0.002 0.001 0.018 0.004 0.012 0.169 0.002 0.001 0.041 0.744 145 E 0.029 0.004 0.001 0.010 0.003 0.006 0.111 0.003 0.001 0.027 0.805 146 E 0.236 0.010 0.002 0.008 0.006 0.008 0.101 0.013 0.001 0.059 0.556 147 P 0.090 0.010 0.001 0.009 0.002 0.005 0.091 0.004 0.001 0.035 0.753