# TARGET T0373 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2372 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.350 0.247 0.013 0.217 0.005 0.016 0.038 0.013 0.010 0.019 2 P 0.058 0.382 0.124 0.009 0.188 0.008 0.018 0.113 0.048 0.031 0.022 3 T 0.033 0.208 0.122 0.018 0.083 0.030 0.069 0.199 0.122 0.095 0.021 4 N 0.112 0.155 0.084 0.011 0.211 0.009 0.020 0.200 0.069 0.075 0.056 5 Q 0.016 0.050 0.025 0.004 0.023 0.005 0.010 0.565 0.205 0.085 0.013 6 D 0.029 0.032 0.007 0.002 0.053 0.004 0.018 0.758 0.058 0.026 0.012 7 L 0.007 0.021 0.004 0.001 0.016 0.002 0.003 0.792 0.100 0.048 0.006 8 Q 0.005 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.927 0.034 0.014 0.002 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.028 0.005 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.018 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.011 0.001 0.001 12 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.014 0.002 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.029 0.004 0.001 14 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.025 0.001 0.001 15 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.011 0.001 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.021 0.003 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.029 0.001 0.001 18 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.012 0.002 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.030 0.005 0.001 21 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.032 0.001 0.001 22 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.973 0.019 0.001 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.965 0.019 0.006 0.001 24 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.910 0.059 0.021 0.001 25 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.874 0.103 0.007 0.001 26 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.869 0.102 0.006 0.001 27 E 0.001 0.004 0.003 0.001 0.003 0.003 0.045 0.825 0.086 0.027 0.001 28 A 0.025 0.039 0.012 0.003 0.043 0.004 0.017 0.538 0.190 0.118 0.011 29 Q 0.008 0.036 0.030 0.009 0.013 0.018 0.057 0.656 0.138 0.030 0.006 30 A 0.016 0.043 0.022 0.011 0.033 0.019 0.097 0.283 0.168 0.283 0.026 31 D 0.039 0.496 0.148 0.006 0.254 0.002 0.007 0.011 0.008 0.013 0.017 32 P 0.057 0.048 0.027 0.005 0.037 0.009 0.012 0.054 0.103 0.485 0.161 33 V 0.074 0.418 0.118 0.009 0.274 0.003 0.011 0.022 0.015 0.034 0.021 34 Q 0.005 0.556 0.354 0.010 0.026 0.003 0.003 0.027 0.006 0.010 0.001 35 F 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.709 0.276 0.004 0.001 36 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.075 0.003 0.001 37 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.854 0.125 0.019 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.050 0.001 0.001 39 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.031 0.001 0.001 40 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.026 0.002 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 42 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.972 0.025 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.957 0.034 0.004 0.001 44 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.862 0.112 0.008 0.001 45 D 0.001 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.036 0.813 0.125 0.006 0.001 46 R 0.006 0.003 0.003 0.001 0.003 0.011 0.220 0.581 0.091 0.075 0.006 47 L 0.011 0.553 0.237 0.016 0.138 0.007 0.014 0.009 0.003 0.007 0.005 48 G 0.043 0.052 0.068 0.164 0.025 0.043 0.025 0.029 0.027 0.329 0.196 49 G 0.021 0.139 0.208 0.188 0.056 0.042 0.031 0.045 0.043 0.173 0.054 50 D 0.120 0.127 0.066 0.015 0.172 0.021 0.013 0.065 0.063 0.217 0.122 51 V 0.020 0.558 0.198 0.008 0.177 0.003 0.005 0.010 0.003 0.008 0.009 52 T 0.005 0.754 0.215 0.001 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.789 0.207 0.003 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.019 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.021 0.002 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 57 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.065 0.008 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.831 0.134 0.018 0.001 59 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 0.764 0.164 0.017 0.001 60 E 0.004 0.633 0.098 0.008 0.065 0.004 0.017 0.088 0.055 0.027 0.002 61 R 0.071 0.006 0.002 0.002 0.012 0.004 0.022 0.073 0.066 0.509 0.233 62 M 0.113 0.293 0.088 0.016 0.262 0.012 0.020 0.048 0.028 0.054 0.065 63 R 0.011 0.206 0.190 0.094 0.047 0.064 0.073 0.210 0.061 0.035 0.009 64 S 0.031 0.056 0.039 0.011 0.047 0.007 0.019 0.496 0.223 0.053 0.018 65 S 0.005 0.029 0.017 0.004 0.017 0.016 0.019 0.690 0.165 0.030 0.008 66 N 0.007 0.017 0.006 0.001 0.012 0.001 0.008 0.742 0.107 0.093 0.007 67 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.819 0.133 0.036 0.002 68 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.043 0.002 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.016 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.056 0.002 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.043 0.001 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.962 0.030 0.004 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.924 0.052 0.005 0.001 75 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.808 0.157 0.010 0.002 76 R 0.001 0.015 0.015 0.008 0.003 0.047 0.226 0.620 0.054 0.011 0.001 77 G 0.002 0.670 0.223 0.045 0.020 0.002 0.004 0.005 0.002 0.022 0.004 78 G 0.061 0.021 0.039 0.068 0.014 0.029 0.007 0.013 0.016 0.392 0.339 79 L 0.078 0.412 0.035 0.005 0.391 0.004 0.008 0.026 0.015 0.013 0.014 80 I 0.328 0.087 0.012 0.002 0.482 0.002 0.004 0.008 0.007 0.010 0.058 81 V 0.119 0.280 0.084 0.009 0.433 0.011 0.028 0.014 0.008 0.005 0.009 82 R 0.260 0.118 0.025 0.004 0.458 0.005 0.013 0.020 0.013 0.021 0.063 83 H 0.194 0.254 0.085 0.004 0.380 0.002 0.004 0.011 0.005 0.022 0.039 84 A 0.044 0.446 0.132 0.016 0.237 0.013 0.016 0.022 0.014 0.037 0.023 85 D 0.079 0.256 0.134 0.002 0.509 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.008 86 P 0.005 0.010 0.009 0.001 0.005 0.002 0.010 0.548 0.395 0.013 0.003 87 Q 0.005 0.031 0.022 0.010 0.011 0.032 0.251 0.446 0.096 0.090 0.006 88 D 0.055 0.509 0.070 0.005 0.304 0.001 0.003 0.010 0.006 0.022 0.014 89 G 0.089 0.018 0.020 0.005 0.034 0.008 0.012 0.199 0.165 0.264 0.187 90 R 0.082 0.183 0.026 0.009 0.262 0.011 0.045 0.112 0.090 0.158 0.019 91 R 0.479 0.045 0.007 0.006 0.353 0.007 0.010 0.012 0.009 0.022 0.049 92 T 0.098 0.174 0.029 0.023 0.582 0.034 0.030 0.013 0.003 0.004 0.010 93 R 0.339 0.041 0.004 0.001 0.581 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.022 94 V 0.152 0.188 0.006 0.001 0.622 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.024 95 S 0.250 0.139 0.011 0.001 0.483 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.097 96 L 0.110 0.412 0.051 0.007 0.278 0.006 0.007 0.007 0.005 0.046 0.072 97 S 0.003 0.408 0.557 0.006 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.848 0.139 0.003 0.001 99 E 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.920 0.063 0.003 0.001 100 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.888 0.064 0.042 0.001 101 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.049 0.006 0.001 102 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.950 0.042 0.002 0.001 103 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.919 0.043 0.025 0.001 104 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.877 0.091 0.018 0.001 105 Y 0.001 0.006 0.001 0.002 0.003 0.006 0.027 0.845 0.104 0.004 0.001 106 G 0.003 0.004 0.003 0.005 0.004 0.006 0.045 0.758 0.094 0.074 0.005 107 N 0.014 0.042 0.025 0.005 0.023 0.009 0.036 0.585 0.114 0.138 0.009 108 R 0.008 0.059 0.017 0.002 0.017 0.001 0.003 0.733 0.119 0.034 0.005 109 A 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.008 0.886 0.087 0.005 0.001 110 K 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.916 0.050 0.014 0.001 111 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.917 0.056 0.017 0.001 112 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.035 0.002 0.001 113 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.017 0.002 0.001 114 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.981 0.014 0.003 0.001 115 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.020 0.003 0.001 116 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.035 0.001 0.001 117 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.971 0.021 0.001 0.001 118 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.926 0.046 0.007 0.001 119 M 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.822 0.136 0.021 0.001 120 H 0.002 0.010 0.003 0.002 0.004 0.006 0.039 0.634 0.272 0.025 0.002 121 A 0.001 0.102 0.056 0.012 0.013 0.020 0.132 0.438 0.163 0.060 0.003 122 C 0.028 0.012 0.003 0.001 0.013 0.003 0.037 0.083 0.065 0.671 0.085 123 L 0.072 0.449 0.098 0.007 0.258 0.006 0.009 0.010 0.006 0.038 0.048 124 D 0.017 0.667 0.179 0.001 0.132 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.658 0.339 0.002 0.001 126 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.030 0.002 0.001 127 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.031 0.010 0.001 128 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.028 0.001 0.001 130 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.030 0.006 0.001 131 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.070 0.006 0.001 132 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.829 0.129 0.004 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.079 0.799 0.082 0.032 0.001 134 A 0.002 0.025 0.021 0.007 0.005 0.008 0.035 0.469 0.172 0.252 0.003 135 G 0.002 0.015 0.004 0.002 0.004 0.002 0.003 0.813 0.137 0.016 0.004 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.948 0.046 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.031 0.009 0.001 138 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.047 0.002 0.001 139 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.027 0.001 0.001 140 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.959 0.032 0.006 0.001 141 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.853 0.127 0.015 0.001 142 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.712 0.251 0.008 0.001 143 Q 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.008 0.154 0.592 0.177 0.058 0.001 144 F 0.011 0.021 0.010 0.006 0.021 0.022 0.227 0.304 0.147 0.218 0.015 145 E 0.145 0.078 0.023 0.010 0.105 0.011 0.029 0.109 0.110 0.238 0.142 146 E 0.052 0.189 0.159 0.060 0.140 0.036 0.050 0.152 0.098 0.040 0.023 147 P 0.023 0.118 0.082 0.021 0.067 0.022 0.068 0.316 0.193 0.074 0.017