# TARGET T0372 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.012 0.002 0.003 0.373 0.588 2 I 0.080 0.062 0.004 0.006 0.351 0.496 3 P 0.084 0.020 0.005 0.004 0.331 0.557 4 F 0.118 0.018 0.008 0.006 0.405 0.445 5 K 0.178 0.020 0.004 0.003 0.231 0.564 6 D 0.247 0.066 0.008 0.004 0.144 0.531 7 I 0.169 0.056 0.005 0.003 0.151 0.616 8 T 0.097 0.010 0.008 0.006 0.174 0.704 9 L 0.034 0.004 0.304 0.104 0.371 0.184 10 A 0.011 0.004 0.454 0.183 0.260 0.088 11 D 0.014 0.006 0.393 0.354 0.175 0.058 12 R 0.008 0.001 0.133 0.667 0.123 0.067 13 D 0.005 0.001 0.063 0.841 0.047 0.041 14 T 0.009 0.003 0.082 0.851 0.040 0.016 15 I 0.010 0.001 0.029 0.915 0.028 0.018 16 T 0.015 0.001 0.046 0.886 0.034 0.017 17 A 0.015 0.001 0.046 0.868 0.050 0.020 18 F 0.014 0.002 0.046 0.842 0.067 0.030 19 T 0.017 0.003 0.066 0.772 0.097 0.045 20 M 0.013 0.002 0.066 0.693 0.143 0.083 21 K 0.012 0.002 0.056 0.441 0.230 0.258 22 S 0.026 0.005 0.021 0.130 0.312 0.506 23 D 0.052 0.010 0.017 0.046 0.243 0.633 24 R 0.152 0.025 0.023 0.052 0.240 0.509 25 R 0.171 0.024 0.041 0.060 0.250 0.455 26 N 0.223 0.021 0.069 0.073 0.276 0.337 27 C 0.143 0.010 0.076 0.098 0.334 0.339 28 D 0.104 0.010 0.095 0.225 0.335 0.232 29 L 0.084 0.012 0.054 0.378 0.278 0.194 30 S 0.143 0.028 0.026 0.293 0.214 0.296 31 F 0.080 0.005 0.044 0.710 0.098 0.063 32 S 0.086 0.004 0.045 0.752 0.076 0.037 33 N 0.123 0.004 0.049 0.720 0.067 0.037 34 L 0.155 0.004 0.031 0.726 0.056 0.028 35 C 0.288 0.005 0.017 0.591 0.059 0.039 36 S 0.282 0.005 0.015 0.574 0.071 0.052 37 W 0.155 0.004 0.031 0.672 0.091 0.047 38 R 0.223 0.008 0.056 0.471 0.176 0.066 39 F 0.182 0.005 0.076 0.369 0.283 0.085 40 L 0.159 0.011 0.072 0.266 0.389 0.103 41 Y 0.146 0.011 0.052 0.131 0.488 0.172 42 D 0.156 0.004 0.020 0.022 0.476 0.322 43 T 0.424 0.004 0.010 0.011 0.267 0.284 44 Q 0.826 0.006 0.004 0.004 0.061 0.099 45 F 0.958 0.003 0.001 0.002 0.012 0.024 46 A 0.977 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 47 V 0.968 0.002 0.001 0.001 0.013 0.015 48 I 0.877 0.004 0.003 0.001 0.085 0.029 49 D 0.250 0.003 0.016 0.006 0.672 0.053 50 D 0.100 0.002 0.035 0.007 0.804 0.052 51 F 0.677 0.005 0.007 0.003 0.260 0.048 52 L 0.971 0.001 0.001 0.001 0.013 0.014 53 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 54 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 55 K 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 56 F 0.967 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 57 W 0.873 0.003 0.001 0.002 0.076 0.045 58 A 0.510 0.013 0.006 0.004 0.393 0.074 59 G 0.086 0.005 0.014 0.006 0.808 0.081 60 E 0.098 0.005 0.015 0.004 0.750 0.127 61 Q 0.547 0.016 0.006 0.004 0.252 0.175 62 L 0.798 0.011 0.002 0.003 0.048 0.139 63 A 0.895 0.012 0.001 0.002 0.019 0.071 64 Y 0.873 0.009 0.002 0.003 0.031 0.081 65 M 0.682 0.009 0.004 0.004 0.060 0.241 66 M 0.414 0.014 0.004 0.004 0.097 0.468 67 P 0.164 0.016 0.004 0.004 0.159 0.653 68 V 0.089 0.030 0.011 0.006 0.268 0.597 69 G 0.041 0.020 0.020 0.009 0.471 0.439 70 N 0.031 0.015 0.026 0.021 0.516 0.392 71 G 0.017 0.017 0.017 0.043 0.472 0.435 72 D 0.015 0.019 0.016 0.076 0.385 0.489 73 L 0.004 0.004 0.096 0.644 0.172 0.081 74 K 0.004 0.003 0.095 0.734 0.117 0.047 75 A 0.004 0.002 0.075 0.830 0.062 0.027 76 V 0.004 0.003 0.020 0.916 0.024 0.033 77 L 0.003 0.001 0.007 0.960 0.013 0.016 78 R 0.001 0.001 0.006 0.977 0.008 0.007 79 K 0.001 0.001 0.005 0.978 0.008 0.006 80 L 0.001 0.001 0.004 0.973 0.011 0.010 81 I 0.002 0.001 0.005 0.969 0.012 0.012 82 E 0.003 0.001 0.005 0.938 0.028 0.025 83 D 0.002 0.001 0.005 0.932 0.027 0.034 84 A 0.004 0.002 0.011 0.896 0.040 0.047 85 D 0.004 0.002 0.024 0.854 0.072 0.044 86 K 0.005 0.001 0.039 0.788 0.105 0.061 87 E 0.010 0.003 0.038 0.586 0.215 0.147 88 K 0.021 0.008 0.036 0.407 0.331 0.196 89 H 0.021 0.004 0.026 0.227 0.434 0.288 90 N 0.027 0.003 0.025 0.070 0.461 0.415 91 F 0.147 0.016 0.033 0.069 0.381 0.354 92 C 0.398 0.019 0.028 0.050 0.189 0.316 93 M 0.579 0.013 0.034 0.057 0.113 0.204 94 L 0.675 0.010 0.028 0.049 0.088 0.150 95 G 0.583 0.017 0.025 0.053 0.115 0.208 96 V 0.269 0.018 0.015 0.060 0.172 0.467 97 C 0.083 0.008 0.015 0.085 0.281 0.529 98 S 0.018 0.003 0.059 0.419 0.315 0.187 99 N 0.015 0.004 0.060 0.613 0.208 0.099 100 M 0.024 0.008 0.055 0.691 0.145 0.077 101 R 0.022 0.003 0.028 0.803 0.072 0.071 102 A 0.020 0.002 0.024 0.880 0.043 0.031 103 D 0.013 0.002 0.026 0.913 0.031 0.016 104 L 0.010 0.001 0.025 0.918 0.029 0.017 105 E 0.007 0.001 0.051 0.892 0.032 0.017 106 A 0.007 0.001 0.050 0.877 0.044 0.021 107 I 0.007 0.002 0.043 0.797 0.081 0.071 108 L 0.016 0.009 0.041 0.291 0.264 0.379 109 P 0.020 0.005 0.083 0.134 0.511 0.247 110 E 0.033 0.004 0.124 0.132 0.498 0.210 111 R 0.142 0.011 0.100 0.071 0.459 0.217 112 F 0.505 0.013 0.033 0.048 0.201 0.199 113 I 0.692 0.006 0.010 0.025 0.071 0.194 114 F 0.830 0.012 0.004 0.020 0.029 0.105 115 T 0.780 0.007 0.006 0.022 0.056 0.128 116 E 0.695 0.010 0.007 0.023 0.068 0.197 117 D 0.402 0.016 0.021 0.037 0.244 0.279 118 R 0.120 0.007 0.088 0.053 0.529 0.203 119 A 0.045 0.004 0.082 0.050 0.597 0.223 120 Y 0.077 0.018 0.177 0.094 0.477 0.156 121 A 0.194 0.024 0.078 0.092 0.358 0.254 122 D 0.242 0.007 0.070 0.072 0.254 0.356 123 Y 0.701 0.011 0.027 0.065 0.086 0.110 124 I 0.820 0.011 0.009 0.064 0.038 0.059 125 Y 0.864 0.007 0.004 0.044 0.028 0.052 126 L 0.761 0.006 0.010 0.066 0.047 0.109 127 R 0.513 0.009 0.059 0.117 0.149 0.153 128 S 0.207 0.004 0.167 0.223 0.262 0.136 129 D 0.140 0.010 0.266 0.187 0.272 0.126 130 L 0.119 0.022 0.253 0.255 0.242 0.109 131 A 0.116 0.017 0.146 0.282 0.239 0.200 132 T 0.111 0.019 0.060 0.261 0.253 0.297 133 L 0.070 0.028 0.038 0.200 0.477 0.187 134 K 0.053 0.011 0.019 0.142 0.541 0.233 135 G 0.037 0.011 0.018 0.097 0.549 0.288 136 K 0.054 0.025 0.036 0.244 0.471 0.170 137 K 0.079 0.024 0.059 0.405 0.273 0.160 138 F 0.070 0.013 0.075 0.521 0.205 0.117 139 Q 0.087 0.015 0.060 0.482 0.236 0.120 140 A 0.071 0.018 0.040 0.465 0.211 0.195 141 K 0.059 0.009 0.020 0.667 0.113 0.132 142 R 0.039 0.004 0.010 0.782 0.076 0.089 143 N 0.033 0.006 0.006 0.836 0.041 0.077 144 H 0.017 0.005 0.007 0.931 0.018 0.022 145 I 0.008 0.001 0.008 0.960 0.013 0.011 146 N 0.014 0.001 0.010 0.953 0.015 0.007 147 R 0.014 0.001 0.011 0.949 0.015 0.009 148 F 0.014 0.001 0.010 0.948 0.014 0.013 149 R 0.018 0.001 0.020 0.921 0.025 0.015 150 N 0.016 0.002 0.020 0.882 0.049 0.032 151 T 0.010 0.006 0.017 0.767 0.095 0.105 152 Y 0.010 0.012 0.010 0.108 0.601 0.260 153 P 0.007 0.003 0.008 0.015 0.786 0.180 154 D 0.008 0.002 0.012 0.009 0.840 0.130 155 Y 0.050 0.020 0.008 0.007 0.729 0.187 156 E 0.158 0.014 0.006 0.006 0.176 0.640 157 Y 0.410 0.028 0.013 0.008 0.103 0.438 158 T 0.457 0.018 0.019 0.008 0.135 0.363 159 P 0.451 0.049 0.030 0.008 0.113 0.347 160 I 0.195 0.019 0.014 0.006 0.164 0.603 161 T 0.062 0.011 0.009 0.021 0.219 0.678 162 P 0.005 0.001 0.128 0.622 0.196 0.048 163 D 0.001 0.001 0.096 0.743 0.140 0.019 164 R 0.001 0.002 0.060 0.859 0.061 0.017 165 I 0.001 0.001 0.008 0.976 0.008 0.006 166 Q 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 167 E 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 168 C 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 169 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 170 D 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 171 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 172 E 0.001 0.001 0.002 0.986 0.006 0.005 173 A 0.001 0.001 0.002 0.985 0.007 0.006 174 E 0.001 0.001 0.002 0.975 0.011 0.011 175 W 0.003 0.001 0.005 0.943 0.027 0.021 176 C 0.008 0.003 0.013 0.877 0.055 0.045 177 K 0.008 0.002 0.020 0.842 0.079 0.049 178 V 0.008 0.002 0.023 0.726 0.125 0.116 179 N 0.007 0.004 0.037 0.422 0.266 0.264 180 N 0.010 0.008 0.078 0.211 0.385 0.307 181 C 0.011 0.010 0.108 0.225 0.438 0.209 182 D 0.011 0.009 0.100 0.201 0.509 0.169 183 Q 0.012 0.006 0.045 0.204 0.485 0.248 184 Q 0.017 0.008 0.028 0.218 0.364 0.366 185 E 0.023 0.011 0.051 0.416 0.282 0.217 186 G 0.031 0.015 0.069 0.465 0.215 0.205 187 T 0.039 0.009 0.086 0.563 0.160 0.141 188 G 0.026 0.006 0.069 0.685 0.112 0.101 189 N 0.021 0.005 0.044 0.743 0.073 0.113 190 E 0.005 0.001 0.015 0.935 0.019 0.024 191 R 0.002 0.001 0.005 0.968 0.009 0.015 192 R 0.001 0.001 0.003 0.983 0.006 0.007 193 A 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.005 194 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.004 0.005 195 I 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.005 196 Y 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.004 197 A 0.001 0.001 0.005 0.981 0.008 0.006 198 L 0.001 0.001 0.013 0.949 0.023 0.014 199 H 0.001 0.001 0.016 0.906 0.049 0.027 200 N 0.001 0.001 0.016 0.770 0.113 0.099 201 F 0.002 0.002 0.096 0.573 0.223 0.103 202 E 0.006 0.003 0.199 0.370 0.302 0.120 203 A 0.017 0.004 0.316 0.304 0.287 0.071 204 L 0.037 0.007 0.212 0.179 0.384 0.180 205 G 0.060 0.005 0.026 0.011 0.291 0.607 206 L 0.296 0.005 0.009 0.002 0.177 0.511 207 T 0.752 0.004 0.003 0.001 0.056 0.183 208 G 0.958 0.002 0.001 0.001 0.011 0.027 209 G 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 210 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 211 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 212 H 0.980 0.002 0.001 0.001 0.013 0.006 213 V 0.888 0.009 0.001 0.001 0.082 0.021 214 N 0.119 0.001 0.005 0.001 0.850 0.024 215 G 0.062 0.001 0.019 0.005 0.879 0.033 216 K 0.841 0.012 0.002 0.002 0.111 0.031 217 I 0.970 0.003 0.001 0.001 0.009 0.017 218 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 219 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 220 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 221 T 0.978 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 222 F 0.865 0.003 0.005 0.005 0.044 0.078 223 G 0.478 0.011 0.091 0.013 0.215 0.192 224 M 0.329 0.011 0.191 0.020 0.283 0.166 225 P 0.285 0.030 0.118 0.014 0.333 0.219 226 I 0.219 0.103 0.018 0.012 0.301 0.347 227 N 0.042 0.025 0.004 0.002 0.875 0.052 228 H 0.011 0.001 0.015 0.006 0.940 0.027 229 E 0.059 0.001 0.009 0.003 0.891 0.036 230 T 0.788 0.013 0.001 0.001 0.178 0.020 231 F 0.959 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 232 G 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 233 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 234 H 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 235 V 0.941 0.001 0.001 0.001 0.015 0.042 236 E 0.794 0.007 0.002 0.002 0.071 0.124 237 K 0.424 0.017 0.009 0.005 0.301 0.246 238 A 0.129 0.025 0.009 0.009 0.448 0.381 239 D 0.046 0.018 0.006 0.011 0.819 0.098 240 T 0.015 0.003 0.022 0.074 0.826 0.060 241 S 0.057 0.013 0.037 0.149 0.650 0.093 242 I 0.139 0.015 0.025 0.519 0.253 0.049 243 D 0.144 0.005 0.009 0.678 0.063 0.100 244 G 0.141 0.016 0.012 0.738 0.038 0.055 245 A 0.083 0.005 0.016 0.858 0.019 0.018 246 Y 0.086 0.002 0.022 0.820 0.035 0.036 247 A 0.030 0.001 0.020 0.855 0.045 0.049 248 M 0.022 0.002 0.017 0.894 0.035 0.029 249 I 0.031 0.004 0.012 0.846 0.057 0.049 250 N 0.019 0.002 0.006 0.861 0.050 0.062 251 Y 0.004 0.001 0.003 0.963 0.016 0.015 252 E 0.007 0.001 0.002 0.945 0.025 0.020 253 F 0.003 0.001 0.002 0.971 0.012 0.012 254 A 0.003 0.001 0.007 0.959 0.014 0.016 255 N 0.004 0.001 0.012 0.956 0.019 0.009 256 R 0.005 0.001 0.017 0.926 0.028 0.024 257 I 0.016 0.003 0.023 0.777 0.083 0.099 258 P 0.036 0.006 0.070 0.565 0.211 0.112 259 E 0.038 0.002 0.062 0.353 0.347 0.198 260 Q 0.079 0.005 0.036 0.130 0.413 0.337 261 Y 0.408 0.021 0.022 0.074 0.247 0.228 262 I 0.597 0.013 0.011 0.061 0.125 0.193 263 Y 0.593 0.026 0.016 0.104 0.117 0.145 264 I 0.419 0.029 0.009 0.100 0.171 0.273 265 N 0.196 0.006 0.008 0.171 0.212 0.406 266 R 0.031 0.002 0.091 0.628 0.154 0.094 267 E 0.027 0.005 0.145 0.542 0.195 0.087 268 E 0.011 0.002 0.266 0.436 0.246 0.040 269 D 0.009 0.005 0.107 0.437 0.302 0.140 270 L 0.005 0.010 0.054 0.525 0.175 0.231 271 G 0.001 0.001 0.004 0.036 0.084 0.874 272 I 0.001 0.001 0.073 0.719 0.077 0.130 273 E 0.001 0.001 0.083 0.824 0.077 0.014 274 G 0.001 0.001 0.081 0.847 0.062 0.008 275 L 0.001 0.001 0.066 0.851 0.072 0.008 276 R 0.002 0.001 0.062 0.832 0.087 0.016 277 K 0.006 0.009 0.078 0.784 0.099 0.024 278 A 0.014 0.008 0.060 0.728 0.105 0.085 279 K 0.064 0.017 0.089 0.455 0.169 0.206 280 L 0.105 0.011 0.096 0.392 0.196 0.200 281 S 0.088 0.009 0.040 0.289 0.310 0.265 282 Y 0.096 0.017 0.024 0.146 0.357 0.359 283 Q 0.098 0.017 0.011 0.050 0.375 0.448 284 P 0.087 0.007 0.028 0.069 0.452 0.357 285 V 0.153 0.008 0.098 0.117 0.376 0.247 286 T 0.618 0.014 0.043 0.030 0.152 0.142 287 I 0.828 0.007 0.017 0.013 0.050 0.084 288 L 0.842 0.007 0.004 0.005 0.024 0.118 289 E 0.904 0.005 0.002 0.003 0.018 0.068 290 K 0.840 0.002 0.010 0.004 0.043 0.102 291 Y 0.830 0.006 0.010 0.003 0.052 0.100 292 M 0.836 0.004 0.009 0.003 0.060 0.087 293 A 0.901 0.007 0.005 0.002 0.037 0.049 294 C 0.853 0.032 0.002 0.002 0.041 0.070 295 L 0.424 0.039 0.008 0.009 0.432 0.089 296 K 0.029 0.002 0.014 0.019 0.831 0.105 297 D 0.010 0.004 0.013 0.020 0.847 0.107 298 H 0.028 0.018 0.014 0.030 0.745 0.166 299 P 0.048 0.030 0.061 0.145 0.289 0.427 300 M 0.073 0.045 0.269 0.170 0.273 0.169 301 D 0.091 0.005 0.351 0.133 0.254 0.166 302 M 0.173 0.023 0.187 0.150 0.211 0.257 303 V 0.205 0.059 0.046 0.105 0.149 0.436 304 R 0.180 0.037 0.018 0.114 0.088 0.562 305 W 0.006 0.002 0.002 0.011 0.022 0.956