# TARGET T0372 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 I 0.008 0.007 0.001 0.002 0.001 0.003 0.977 3 P 0.048 0.016 0.009 0.009 0.070 0.040 0.809 4 F 0.083 0.012 0.008 0.015 0.186 0.045 0.650 5 K 0.118 0.008 0.007 0.012 0.148 0.021 0.686 6 D 0.198 0.022 0.003 0.006 0.065 0.013 0.693 7 I 0.115 0.037 0.002 0.004 0.085 0.005 0.752 8 T 0.103 0.021 0.001 0.004 0.033 0.002 0.837 9 L 0.004 0.001 0.173 0.649 0.035 0.100 0.038 10 A 0.003 0.002 0.222 0.519 0.037 0.197 0.021 11 D 0.002 0.002 0.326 0.504 0.024 0.095 0.048 12 R 0.001 0.001 0.085 0.856 0.011 0.027 0.020 13 D 0.005 0.001 0.063 0.844 0.012 0.060 0.016 14 T 0.004 0.003 0.074 0.799 0.009 0.099 0.013 15 I 0.007 0.004 0.025 0.895 0.013 0.036 0.021 16 T 0.006 0.001 0.031 0.916 0.010 0.021 0.014 17 A 0.008 0.001 0.033 0.898 0.012 0.036 0.013 18 F 0.003 0.001 0.037 0.884 0.008 0.055 0.011 19 T 0.007 0.005 0.034 0.826 0.023 0.084 0.021 20 M 0.009 0.001 0.040 0.621 0.036 0.254 0.039 21 K 0.011 0.002 0.028 0.416 0.071 0.411 0.061 22 S 0.031 0.010 0.016 0.194 0.281 0.102 0.367 23 D 0.044 0.017 0.013 0.060 0.191 0.093 0.581 24 R 0.124 0.019 0.040 0.095 0.128 0.095 0.498 25 R 0.155 0.020 0.051 0.077 0.113 0.113 0.471 26 N 0.156 0.025 0.109 0.105 0.163 0.116 0.327 27 C 0.116 0.013 0.123 0.071 0.153 0.137 0.388 28 D 0.076 0.012 0.148 0.078 0.199 0.278 0.208 29 L 0.116 0.020 0.051 0.072 0.286 0.157 0.298 30 S 0.207 0.041 0.006 0.053 0.123 0.030 0.540 31 F 0.038 0.006 0.053 0.739 0.027 0.037 0.099 32 S 0.029 0.005 0.128 0.713 0.022 0.057 0.046 33 N 0.041 0.002 0.180 0.640 0.019 0.070 0.048 34 L 0.118 0.004 0.083 0.684 0.020 0.048 0.043 35 C 0.361 0.022 0.042 0.434 0.020 0.056 0.067 36 S 0.403 0.008 0.046 0.334 0.034 0.081 0.093 37 W 0.342 0.006 0.057 0.370 0.056 0.080 0.089 38 R 0.249 0.008 0.113 0.365 0.059 0.116 0.089 39 F 0.175 0.012 0.119 0.245 0.097 0.251 0.101 40 L 0.142 0.009 0.082 0.148 0.184 0.183 0.251 41 Y 0.167 0.010 0.048 0.076 0.181 0.311 0.207 42 D 0.223 0.006 0.022 0.027 0.203 0.312 0.207 43 T 0.476 0.013 0.009 0.020 0.123 0.040 0.318 44 Q 0.797 0.006 0.004 0.007 0.037 0.006 0.143 45 F 0.951 0.002 0.002 0.004 0.006 0.002 0.034 46 A 0.975 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.016 47 V 0.967 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.023 48 I 0.934 0.002 0.004 0.003 0.008 0.010 0.039 49 D 0.507 0.006 0.036 0.008 0.113 0.268 0.063 50 D 0.239 0.002 0.040 0.003 0.184 0.456 0.076 51 F 0.824 0.003 0.004 0.001 0.026 0.018 0.123 52 L 0.969 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.020 53 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 54 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 55 K 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 56 F 0.950 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.037 57 W 0.850 0.007 0.003 0.003 0.023 0.011 0.103 58 A 0.620 0.008 0.011 0.005 0.078 0.050 0.228 59 G 0.069 0.003 0.026 0.005 0.182 0.655 0.059 60 E 0.036 0.002 0.018 0.002 0.175 0.710 0.058 61 Q 0.441 0.014 0.010 0.003 0.146 0.044 0.342 62 L 0.703 0.025 0.003 0.001 0.032 0.010 0.226 63 A 0.842 0.009 0.004 0.002 0.024 0.008 0.111 64 Y 0.854 0.010 0.006 0.002 0.017 0.010 0.100 65 M 0.762 0.015 0.008 0.004 0.042 0.013 0.156 66 M 0.575 0.023 0.006 0.005 0.083 0.011 0.297 67 P 0.212 0.026 0.013 0.009 0.109 0.033 0.600 68 V 0.063 0.022 0.026 0.012 0.133 0.098 0.647 69 G 0.020 0.017 0.047 0.019 0.197 0.171 0.530 70 N 0.008 0.008 0.077 0.038 0.284 0.247 0.338 71 G 0.007 0.009 0.075 0.064 0.335 0.216 0.294 72 D 0.004 0.017 0.058 0.091 0.188 0.083 0.559 73 L 0.003 0.005 0.078 0.441 0.116 0.104 0.252 74 K 0.003 0.002 0.062 0.657 0.039 0.156 0.082 75 A 0.002 0.003 0.036 0.788 0.035 0.078 0.057 76 V 0.001 0.003 0.010 0.890 0.019 0.028 0.049 77 L 0.001 0.001 0.002 0.960 0.010 0.011 0.016 78 R 0.002 0.001 0.001 0.975 0.005 0.008 0.009 79 K 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.006 0.006 80 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.006 0.004 81 I 0.001 0.001 0.001 0.977 0.003 0.015 0.003 82 E 0.001 0.001 0.001 0.949 0.004 0.040 0.005 83 D 0.001 0.001 0.002 0.912 0.010 0.050 0.024 84 A 0.002 0.002 0.007 0.857 0.025 0.046 0.060 85 D 0.005 0.003 0.022 0.819 0.025 0.076 0.050 86 K 0.005 0.003 0.035 0.704 0.042 0.155 0.055 87 E 0.007 0.004 0.033 0.519 0.067 0.287 0.083 88 K 0.012 0.005 0.034 0.396 0.105 0.267 0.180 89 H 0.023 0.007 0.048 0.246 0.181 0.189 0.306 90 N 0.031 0.006 0.053 0.169 0.193 0.276 0.272 91 F 0.062 0.011 0.071 0.209 0.174 0.194 0.278 92 C 0.160 0.023 0.074 0.235 0.129 0.100 0.280 93 M 0.292 0.026 0.074 0.215 0.057 0.088 0.248 94 L 0.348 0.022 0.065 0.223 0.072 0.066 0.205 95 G 0.343 0.023 0.054 0.201 0.095 0.071 0.212 96 V 0.158 0.018 0.040 0.219 0.123 0.085 0.358 97 C 0.071 0.009 0.028 0.223 0.127 0.078 0.465 98 S 0.015 0.003 0.060 0.595 0.077 0.133 0.117 99 N 0.013 0.005 0.047 0.710 0.046 0.109 0.070 100 M 0.010 0.005 0.033 0.806 0.028 0.042 0.077 101 R 0.009 0.003 0.011 0.906 0.016 0.018 0.038 102 A 0.012 0.001 0.012 0.928 0.009 0.019 0.019 103 D 0.006 0.001 0.017 0.932 0.008 0.025 0.012 104 L 0.007 0.001 0.023 0.920 0.007 0.030 0.012 105 E 0.007 0.001 0.046 0.888 0.009 0.037 0.012 106 A 0.010 0.001 0.051 0.808 0.016 0.098 0.017 107 I 0.006 0.002 0.039 0.735 0.032 0.151 0.035 108 L 0.025 0.012 0.029 0.339 0.174 0.160 0.261 109 P 0.023 0.005 0.080 0.137 0.146 0.287 0.323 110 E 0.035 0.005 0.110 0.123 0.152 0.460 0.115 111 R 0.098 0.006 0.113 0.107 0.189 0.291 0.195 112 F 0.394 0.018 0.044 0.083 0.096 0.061 0.305 113 I 0.707 0.012 0.014 0.042 0.035 0.019 0.171 114 F 0.805 0.012 0.013 0.034 0.025 0.012 0.099 115 T 0.769 0.010 0.015 0.044 0.024 0.013 0.125 116 E 0.608 0.014 0.019 0.057 0.054 0.021 0.226 117 D 0.342 0.011 0.027 0.044 0.083 0.038 0.455 118 R 0.077 0.006 0.137 0.093 0.186 0.319 0.183 119 A 0.043 0.004 0.097 0.056 0.174 0.503 0.124 120 Y 0.154 0.017 0.092 0.079 0.199 0.206 0.253 121 A 0.217 0.012 0.018 0.057 0.111 0.046 0.540 122 D 0.364 0.006 0.016 0.056 0.191 0.036 0.331 123 Y 0.758 0.012 0.017 0.112 0.030 0.016 0.057 124 I 0.809 0.007 0.005 0.120 0.007 0.010 0.043 125 Y 0.722 0.009 0.011 0.151 0.014 0.016 0.077 126 L 0.480 0.017 0.011 0.174 0.047 0.034 0.237 127 R 0.045 0.004 0.113 0.582 0.055 0.078 0.123 128 S 0.011 0.001 0.268 0.519 0.071 0.093 0.037 129 D 0.015 0.003 0.287 0.527 0.039 0.071 0.059 130 L 0.013 0.010 0.370 0.457 0.019 0.065 0.065 131 A 0.035 0.006 0.148 0.475 0.038 0.263 0.036 132 T 0.023 0.005 0.103 0.349 0.048 0.413 0.060 133 L 0.022 0.012 0.027 0.127 0.381 0.095 0.336 134 K 0.021 0.014 0.022 0.077 0.208 0.367 0.291 135 G 0.007 0.004 0.038 0.105 0.218 0.521 0.107 136 K 0.020 0.013 0.057 0.411 0.119 0.112 0.267 137 K 0.031 0.016 0.046 0.613 0.047 0.076 0.171 138 F 0.012 0.002 0.028 0.836 0.023 0.047 0.053 139 Q 0.009 0.002 0.021 0.856 0.021 0.050 0.040 140 A 0.011 0.002 0.018 0.848 0.028 0.046 0.047 141 K 0.014 0.003 0.008 0.923 0.009 0.022 0.022 142 R 0.007 0.001 0.004 0.957 0.006 0.015 0.011 143 N 0.007 0.001 0.005 0.954 0.005 0.021 0.008 144 H 0.005 0.002 0.005 0.955 0.005 0.018 0.010 145 I 0.003 0.001 0.004 0.974 0.003 0.010 0.005 146 N 0.002 0.001 0.006 0.978 0.002 0.010 0.003 147 R 0.001 0.001 0.012 0.964 0.003 0.018 0.002 148 F 0.001 0.001 0.020 0.952 0.002 0.022 0.002 149 R 0.002 0.001 0.040 0.919 0.005 0.029 0.005 150 N 0.002 0.001 0.049 0.823 0.010 0.109 0.007 151 T 0.004 0.001 0.061 0.621 0.059 0.215 0.038 152 Y 0.013 0.007 0.038 0.073 0.284 0.090 0.494 153 P 0.010 0.003 0.044 0.020 0.159 0.614 0.150 154 D 0.032 0.006 0.068 0.013 0.125 0.643 0.112 155 Y 0.256 0.010 0.021 0.013 0.200 0.036 0.465 156 E 0.578 0.030 0.006 0.009 0.031 0.010 0.336 157 Y 0.602 0.033 0.008 0.009 0.032 0.008 0.308 158 T 0.449 0.020 0.016 0.008 0.073 0.022 0.413 159 P 0.249 0.020 0.024 0.009 0.164 0.047 0.488 160 I 0.072 0.034 0.010 0.005 0.208 0.016 0.656 161 T 0.012 0.004 0.002 0.003 0.063 0.004 0.912 162 P 0.001 0.001 0.259 0.489 0.049 0.168 0.032 163 D 0.001 0.002 0.169 0.603 0.065 0.129 0.031 164 R 0.001 0.001 0.061 0.818 0.034 0.034 0.052 165 I 0.001 0.001 0.003 0.969 0.006 0.008 0.013 166 Q 0.001 0.001 0.002 0.979 0.003 0.013 0.003 167 E 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.011 0.002 168 C 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.001 169 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 170 D 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.013 0.002 171 L 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.012 0.004 172 E 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.010 0.003 173 A 0.001 0.001 0.002 0.974 0.004 0.015 0.004 174 E 0.001 0.001 0.002 0.971 0.005 0.016 0.005 175 W 0.002 0.001 0.003 0.958 0.008 0.018 0.010 176 C 0.005 0.002 0.008 0.918 0.013 0.036 0.018 177 K 0.006 0.002 0.013 0.846 0.017 0.092 0.025 178 V 0.005 0.003 0.017 0.703 0.037 0.163 0.071 179 N 0.005 0.006 0.024 0.520 0.072 0.287 0.087 180 N 0.007 0.007 0.038 0.294 0.134 0.305 0.216 181 C 0.007 0.011 0.054 0.188 0.190 0.154 0.396 182 D 0.010 0.010 0.085 0.253 0.188 0.228 0.227 183 Q 0.007 0.006 0.068 0.220 0.265 0.196 0.239 184 Q 0.007 0.007 0.069 0.188 0.167 0.151 0.410 185 E 0.009 0.006 0.113 0.341 0.118 0.256 0.157 186 G 0.012 0.008 0.099 0.443 0.087 0.160 0.192 187 T 0.009 0.007 0.046 0.616 0.063 0.049 0.210 188 G 0.007 0.003 0.016 0.830 0.033 0.031 0.080 189 N 0.004 0.002 0.011 0.890 0.018 0.029 0.046 190 E 0.001 0.001 0.003 0.956 0.009 0.012 0.018 191 R 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.006 0.006 192 R 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.006 0.004 193 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.007 0.003 194 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 195 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.001 196 Y 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.011 0.002 197 A 0.001 0.001 0.002 0.978 0.002 0.015 0.003 198 L 0.001 0.001 0.005 0.961 0.004 0.024 0.005 199 H 0.001 0.001 0.008 0.856 0.006 0.125 0.005 200 N 0.001 0.001 0.009 0.742 0.021 0.189 0.037 201 F 0.001 0.004 0.052 0.663 0.066 0.117 0.098 202 E 0.003 0.002 0.181 0.504 0.053 0.202 0.056 203 A 0.003 0.003 0.281 0.278 0.052 0.337 0.046 204 L 0.010 0.008 0.090 0.144 0.204 0.418 0.125 205 G 0.050 0.012 0.028 0.034 0.134 0.443 0.299 206 L 0.176 0.025 0.016 0.007 0.136 0.030 0.609 207 T 0.458 0.009 0.024 0.006 0.128 0.050 0.324 208 G 0.683 0.005 0.019 0.003 0.080 0.040 0.171 209 G 0.940 0.002 0.002 0.001 0.006 0.001 0.049 210 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 211 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 212 H 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 213 V 0.909 0.003 0.001 0.001 0.008 0.013 0.066 214 N 0.030 0.001 0.006 0.001 0.054 0.904 0.006 215 G 0.003 0.001 0.003 0.001 0.076 0.914 0.003 216 K 0.668 0.003 0.002 0.001 0.052 0.053 0.221 217 I 0.969 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 218 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 219 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 220 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 221 T 0.957 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.033 222 F 0.877 0.003 0.004 0.001 0.019 0.011 0.084 223 G 0.867 0.004 0.004 0.001 0.035 0.006 0.083 224 M 0.838 0.002 0.003 0.001 0.031 0.005 0.119 225 P 0.853 0.022 0.002 0.001 0.021 0.007 0.093 226 I 0.697 0.058 0.004 0.003 0.032 0.016 0.191 227 N 0.212 0.005 0.007 0.001 0.122 0.037 0.616 228 H 0.003 0.001 0.012 0.001 0.097 0.884 0.004 229 E 0.005 0.001 0.010 0.001 0.046 0.931 0.007 230 T 0.540 0.004 0.002 0.001 0.032 0.010 0.413 231 F 0.977 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 232 G 0.995 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 233 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 234 H 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 235 V 0.903 0.003 0.006 0.002 0.010 0.008 0.069 236 E 0.614 0.004 0.033 0.011 0.098 0.047 0.192 237 K 0.425 0.023 0.058 0.025 0.165 0.082 0.222 238 A 0.194 0.070 0.033 0.036 0.204 0.044 0.420 239 D 0.037 0.010 0.037 0.058 0.182 0.073 0.603 240 T 0.005 0.002 0.081 0.237 0.156 0.464 0.054 241 S 0.004 0.002 0.059 0.348 0.054 0.491 0.042 242 I 0.009 0.006 0.025 0.765 0.026 0.068 0.101 243 D 0.009 0.002 0.006 0.851 0.034 0.042 0.057 244 G 0.007 0.001 0.004 0.920 0.022 0.027 0.019 245 A 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.005 0.004 246 Y 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.002 247 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 248 M 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 249 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 250 N 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.010 0.003 251 Y 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.014 0.002 252 E 0.001 0.001 0.002 0.968 0.004 0.018 0.007 253 F 0.001 0.001 0.005 0.953 0.004 0.031 0.005 254 A 0.004 0.002 0.010 0.912 0.015 0.037 0.020 255 N 0.011 0.002 0.030 0.858 0.013 0.064 0.022 256 R 0.018 0.001 0.027 0.715 0.021 0.184 0.034 257 I 0.025 0.010 0.058 0.504 0.041 0.247 0.116 258 P 0.042 0.005 0.143 0.239 0.121 0.267 0.183 259 E 0.043 0.006 0.161 0.121 0.198 0.377 0.093 260 Q 0.049 0.005 0.060 0.080 0.137 0.491 0.179 261 Y 0.318 0.004 0.003 0.019 0.067 0.032 0.557 262 I 0.799 0.003 0.002 0.014 0.110 0.008 0.065 263 Y 0.953 0.017 0.001 0.006 0.002 0.001 0.019 264 I 0.939 0.003 0.001 0.012 0.002 0.002 0.041 265 N 0.626 0.005 0.003 0.026 0.034 0.015 0.290 266 R 0.054 0.003 0.090 0.097 0.084 0.127 0.545 267 E 0.004 0.001 0.488 0.050 0.168 0.226 0.063 268 E 0.001 0.001 0.657 0.041 0.065 0.222 0.013 269 D 0.001 0.011 0.645 0.050 0.056 0.165 0.072 270 L 0.003 0.032 0.182 0.091 0.138 0.364 0.191 271 G 0.004 0.008 0.084 0.101 0.110 0.385 0.308 272 I 0.004 0.008 0.109 0.163 0.183 0.123 0.409 273 E 0.007 0.010 0.168 0.338 0.090 0.247 0.141 274 G 0.008 0.008 0.114 0.360 0.078 0.286 0.146 275 L 0.007 0.008 0.086 0.669 0.050 0.045 0.134 276 R 0.006 0.003 0.043 0.865 0.012 0.035 0.036 277 K 0.004 0.001 0.039 0.860 0.012 0.065 0.018 278 A 0.003 0.002 0.036 0.855 0.019 0.052 0.033 279 K 0.003 0.003 0.057 0.843 0.012 0.060 0.023 280 L 0.003 0.001 0.084 0.713 0.013 0.174 0.011 281 S 0.003 0.001 0.065 0.590 0.037 0.281 0.023 282 Y 0.014 0.015 0.021 0.287 0.286 0.127 0.251 283 Q 0.017 0.013 0.004 0.034 0.101 0.040 0.790 284 P 0.004 0.003 0.010 0.081 0.044 0.034 0.824 285 V 0.009 0.003 0.094 0.554 0.029 0.137 0.174 286 T 0.028 0.003 0.138 0.540 0.069 0.101 0.120 287 I 0.106 0.008 0.105 0.570 0.049 0.064 0.097 288 L 0.313 0.011 0.061 0.367 0.053 0.040 0.155 289 E 0.416 0.009 0.062 0.294 0.058 0.042 0.119 290 K 0.512 0.009 0.050 0.220 0.061 0.052 0.096 291 Y 0.615 0.005 0.025 0.153 0.039 0.042 0.120 292 M 0.684 0.008 0.015 0.131 0.035 0.035 0.092 293 A 0.600 0.009 0.011 0.119 0.041 0.031 0.188 294 C 0.523 0.022 0.013 0.139 0.051 0.039 0.213 295 L 0.202 0.019 0.023 0.105 0.095 0.058 0.498 296 K 0.038 0.004 0.041 0.062 0.206 0.396 0.253 297 D 0.024 0.005 0.025 0.025 0.343 0.410 0.168 298 H 0.059 0.016 0.008 0.020 0.291 0.035 0.572 299 P 0.048 0.008 0.018 0.029 0.078 0.056 0.764 300 M 0.101 0.022 0.134 0.099 0.138 0.165 0.341 301 D 0.209 0.010 0.157 0.101 0.142 0.109 0.272 302 M 0.315 0.016 0.101 0.123 0.135 0.075 0.236 303 V 0.479 0.037 0.020 0.096 0.073 0.043 0.252 304 R 0.255 0.035 0.012 0.058 0.003 0.062 0.575 305 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997