# TARGET T0372 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 112 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.003 0.003 0.022 0.049 0.917 2 I 0.015 0.003 0.003 0.008 0.072 0.898 3 P 0.043 0.008 0.013 0.016 0.150 0.771 4 F 0.079 0.020 0.059 0.024 0.275 0.543 5 K 0.159 0.013 0.050 0.034 0.263 0.481 6 D 0.162 0.011 0.035 0.033 0.224 0.533 7 I 0.171 0.029 0.013 0.022 0.148 0.617 8 T 0.183 0.035 0.011 0.019 0.198 0.554 9 L 0.065 0.018 0.128 0.061 0.377 0.351 10 A 0.032 0.010 0.089 0.078 0.409 0.382 11 D 0.018 0.006 0.059 0.107 0.386 0.424 12 R 0.003 0.001 0.051 0.754 0.124 0.066 13 D 0.005 0.002 0.039 0.834 0.079 0.042 14 T 0.007 0.002 0.032 0.895 0.044 0.020 15 I 0.014 0.002 0.012 0.935 0.021 0.016 16 T 0.016 0.001 0.013 0.922 0.024 0.023 17 A 0.015 0.001 0.009 0.947 0.017 0.012 18 F 0.013 0.001 0.007 0.958 0.012 0.009 19 T 0.017 0.002 0.007 0.950 0.018 0.007 20 M 0.020 0.001 0.010 0.924 0.029 0.017 21 K 0.019 0.003 0.009 0.844 0.059 0.065 22 S 0.015 0.006 0.011 0.573 0.148 0.246 23 D 0.016 0.004 0.015 0.126 0.334 0.505 24 R 0.020 0.006 0.055 0.134 0.439 0.345 25 R 0.047 0.019 0.073 0.176 0.392 0.293 26 N 0.049 0.013 0.078 0.284 0.330 0.246 27 C 0.059 0.013 0.042 0.313 0.253 0.320 28 D 0.058 0.007 0.033 0.601 0.134 0.167 29 L 0.037 0.004 0.018 0.845 0.057 0.038 30 S 0.042 0.004 0.015 0.847 0.055 0.037 31 F 0.033 0.002 0.022 0.898 0.033 0.012 32 S 0.029 0.001 0.029 0.902 0.028 0.011 33 N 0.031 0.001 0.034 0.887 0.035 0.013 34 L 0.037 0.002 0.027 0.881 0.033 0.019 35 C 0.045 0.002 0.028 0.847 0.045 0.032 36 S 0.068 0.005 0.043 0.764 0.077 0.043 37 W 0.080 0.005 0.057 0.684 0.120 0.054 38 R 0.093 0.008 0.056 0.552 0.195 0.096 39 F 0.081 0.006 0.074 0.311 0.301 0.227 40 L 0.131 0.020 0.072 0.087 0.431 0.259 41 Y 0.147 0.011 0.078 0.048 0.499 0.217 42 D 0.213 0.004 0.059 0.026 0.485 0.213 43 T 0.588 0.006 0.019 0.022 0.207 0.157 44 Q 0.878 0.004 0.004 0.010 0.043 0.061 45 F 0.965 0.002 0.001 0.006 0.009 0.017 46 A 0.980 0.002 0.001 0.003 0.003 0.012 47 V 0.961 0.002 0.001 0.002 0.018 0.017 48 I 0.705 0.009 0.007 0.006 0.262 0.011 49 D 0.096 0.002 0.007 0.001 0.878 0.015 50 D 0.022 0.001 0.009 0.001 0.959 0.009 51 F 0.582 0.011 0.003 0.001 0.371 0.032 52 L 0.967 0.003 0.001 0.001 0.007 0.022 53 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 54 F 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 55 K 0.985 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 56 F 0.965 0.001 0.001 0.003 0.009 0.022 57 W 0.909 0.003 0.002 0.005 0.033 0.048 58 A 0.738 0.008 0.010 0.012 0.173 0.058 59 G 0.337 0.005 0.028 0.016 0.523 0.091 60 E 0.208 0.003 0.036 0.021 0.629 0.102 61 Q 0.620 0.011 0.015 0.010 0.247 0.097 62 L 0.891 0.008 0.003 0.005 0.033 0.059 63 A 0.919 0.009 0.003 0.006 0.022 0.041 64 Y 0.851 0.010 0.004 0.007 0.041 0.087 65 M 0.590 0.016 0.007 0.011 0.126 0.250 66 M 0.232 0.010 0.012 0.007 0.289 0.451 67 P 0.153 0.015 0.019 0.008 0.394 0.411 68 V 0.135 0.062 0.032 0.014 0.339 0.418 69 G 0.066 0.034 0.017 0.016 0.395 0.473 70 N 0.027 0.015 0.024 0.044 0.379 0.511 71 G 0.011 0.012 0.060 0.144 0.305 0.468 72 D 0.012 0.015 0.043 0.198 0.298 0.434 73 L 0.001 0.001 0.050 0.876 0.039 0.034 74 K 0.001 0.001 0.018 0.938 0.021 0.021 75 A 0.001 0.001 0.022 0.957 0.015 0.006 76 V 0.001 0.001 0.015 0.972 0.009 0.003 77 L 0.001 0.001 0.004 0.986 0.007 0.003 78 R 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 79 K 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.002 80 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 81 I 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 82 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 83 D 0.001 0.001 0.008 0.958 0.016 0.017 84 A 0.001 0.002 0.025 0.912 0.037 0.023 85 D 0.001 0.001 0.075 0.816 0.088 0.019 86 K 0.001 0.001 0.077 0.786 0.111 0.023 87 E 0.002 0.001 0.070 0.730 0.123 0.072 88 K 0.005 0.003 0.020 0.070 0.345 0.557 89 H 0.017 0.003 0.012 0.016 0.339 0.613 90 N 0.206 0.009 0.005 0.004 0.211 0.565 91 F 0.661 0.011 0.004 0.007 0.079 0.239 92 C 0.879 0.005 0.004 0.007 0.027 0.078 93 M 0.960 0.002 0.003 0.004 0.010 0.020 94 L 0.953 0.002 0.002 0.006 0.012 0.024 95 G 0.838 0.007 0.006 0.014 0.045 0.090 96 V 0.417 0.022 0.007 0.017 0.127 0.409 97 C 0.113 0.013 0.010 0.019 0.276 0.569 98 S 0.005 0.001 0.288 0.425 0.221 0.060 99 N 0.003 0.001 0.291 0.494 0.173 0.038 100 M 0.001 0.001 0.201 0.733 0.053 0.010 101 R 0.002 0.001 0.029 0.905 0.034 0.029 102 A 0.001 0.001 0.018 0.958 0.015 0.008 103 D 0.001 0.001 0.019 0.956 0.018 0.006 104 L 0.001 0.001 0.025 0.953 0.017 0.004 105 E 0.001 0.001 0.056 0.914 0.024 0.004 106 A 0.001 0.001 0.037 0.912 0.037 0.012 107 I 0.002 0.002 0.029 0.845 0.052 0.070 108 L 0.007 0.007 0.031 0.353 0.213 0.390 109 P 0.011 0.004 0.097 0.226 0.417 0.246 110 E 0.019 0.003 0.185 0.272 0.402 0.120 111 R 0.035 0.003 0.147 0.429 0.287 0.099 112 F 0.171 0.009 0.068 0.374 0.214 0.164 113 I 0.416 0.016 0.020 0.284 0.071 0.194 114 F 0.434 0.020 0.015 0.269 0.078 0.184 115 T 0.266 0.010 0.027 0.286 0.170 0.241 116 E 0.147 0.007 0.052 0.314 0.220 0.259 117 D 0.133 0.010 0.106 0.382 0.206 0.163 118 R 0.147 0.010 0.124 0.325 0.260 0.135 119 A 0.215 0.011 0.095 0.351 0.184 0.144 120 Y 0.232 0.013 0.111 0.392 0.148 0.105 121 A 0.223 0.007 0.111 0.391 0.162 0.105 122 D 0.182 0.005 0.133 0.394 0.174 0.112 123 Y 0.249 0.012 0.116 0.382 0.138 0.103 124 I 0.217 0.022 0.047 0.326 0.161 0.228 125 Y 0.228 0.026 0.039 0.311 0.150 0.246 126 L 0.134 0.020 0.044 0.229 0.246 0.327 127 R 0.013 0.003 0.382 0.372 0.163 0.069 128 S 0.010 0.001 0.526 0.251 0.167 0.044 129 D 0.014 0.005 0.564 0.209 0.181 0.028 130 L 0.025 0.010 0.304 0.338 0.255 0.068 131 A 0.059 0.009 0.189 0.364 0.268 0.110 132 T 0.078 0.014 0.132 0.388 0.253 0.135 133 L 0.090 0.020 0.035 0.270 0.262 0.324 134 K 0.057 0.015 0.013 0.245 0.193 0.477 135 G 0.015 0.003 0.025 0.564 0.158 0.234 136 K 0.011 0.001 0.049 0.765 0.098 0.075 137 K 0.015 0.002 0.043 0.824 0.076 0.040 138 F 0.023 0.003 0.025 0.821 0.064 0.064 139 Q 0.010 0.002 0.011 0.908 0.035 0.033 140 A 0.019 0.003 0.013 0.872 0.043 0.051 141 K 0.006 0.001 0.006 0.939 0.023 0.025 142 R 0.003 0.001 0.003 0.968 0.013 0.013 143 N 0.001 0.001 0.004 0.972 0.011 0.012 144 H 0.001 0.001 0.004 0.984 0.006 0.005 145 I 0.001 0.001 0.003 0.986 0.006 0.004 146 N 0.002 0.001 0.004 0.974 0.014 0.006 147 R 0.003 0.001 0.006 0.964 0.018 0.009 148 F 0.003 0.001 0.013 0.939 0.028 0.016 149 R 0.003 0.001 0.040 0.908 0.041 0.006 150 N 0.008 0.001 0.030 0.855 0.085 0.020 151 T 0.011 0.004 0.028 0.625 0.114 0.218 152 Y 0.009 0.002 0.004 0.006 0.180 0.799 153 P 0.060 0.006 0.017 0.004 0.251 0.662 154 D 0.422 0.016 0.014 0.003 0.216 0.329 155 Y 0.795 0.009 0.005 0.003 0.065 0.122 156 E 0.895 0.002 0.001 0.004 0.026 0.071 157 Y 0.947 0.002 0.001 0.003 0.013 0.034 158 T 0.925 0.003 0.001 0.002 0.018 0.050 159 P 0.689 0.008 0.002 0.003 0.071 0.227 160 I 0.181 0.014 0.003 0.003 0.119 0.681 161 T 0.031 0.007 0.001 0.003 0.123 0.833 162 P 0.002 0.002 0.145 0.580 0.177 0.094 163 D 0.001 0.001 0.166 0.717 0.096 0.020 164 R 0.001 0.001 0.143 0.813 0.039 0.005 165 I 0.001 0.001 0.024 0.943 0.021 0.011 166 Q 0.001 0.001 0.014 0.965 0.012 0.008 167 E 0.001 0.001 0.020 0.951 0.020 0.008 168 C 0.002 0.001 0.014 0.948 0.024 0.011 169 L 0.002 0.001 0.009 0.967 0.016 0.005 170 D 0.003 0.001 0.009 0.957 0.017 0.014 171 L 0.001 0.001 0.008 0.950 0.015 0.026 172 E 0.001 0.001 0.009 0.951 0.016 0.022 173 A 0.001 0.001 0.009 0.975 0.010 0.004 174 E 0.002 0.001 0.010 0.966 0.014 0.008 175 W 0.002 0.001 0.013 0.944 0.020 0.019 176 C 0.010 0.002 0.032 0.876 0.049 0.031 177 K 0.019 0.002 0.031 0.789 0.088 0.070 178 V 0.016 0.005 0.023 0.778 0.085 0.093 179 N 0.010 0.004 0.020 0.691 0.121 0.153 180 N 0.018 0.005 0.037 0.360 0.305 0.275 181 C 0.029 0.010 0.096 0.330 0.337 0.196 182 D 0.035 0.016 0.120 0.327 0.335 0.167 183 Q 0.031 0.010 0.122 0.301 0.356 0.180 184 Q 0.040 0.008 0.079 0.196 0.392 0.285 185 E 0.064 0.012 0.052 0.158 0.345 0.369 186 G 0.107 0.023 0.041 0.117 0.308 0.404 187 T 0.097 0.028 0.041 0.163 0.299 0.373 188 G 0.061 0.018 0.052 0.287 0.256 0.326 189 N 0.032 0.008 0.082 0.453 0.207 0.218 190 E 0.021 0.003 0.083 0.692 0.114 0.086 191 R 0.020 0.002 0.053 0.773 0.080 0.072 192 R 0.020 0.002 0.038 0.834 0.057 0.048 193 A 0.039 0.002 0.029 0.851 0.047 0.032 194 L 0.038 0.003 0.018 0.890 0.030 0.021 195 I 0.035 0.002 0.014 0.904 0.026 0.019 196 Y 0.024 0.001 0.020 0.894 0.035 0.026 197 A 0.011 0.002 0.041 0.871 0.035 0.040 198 L 0.008 0.002 0.066 0.814 0.059 0.050 199 H 0.006 0.002 0.073 0.762 0.097 0.060 200 N 0.007 0.004 0.077 0.619 0.150 0.144 201 F 0.006 0.003 0.190 0.493 0.220 0.088 202 E 0.007 0.002 0.314 0.406 0.208 0.063 203 A 0.017 0.004 0.312 0.402 0.203 0.063 204 L 0.044 0.012 0.121 0.336 0.243 0.244 205 G 0.052 0.009 0.014 0.027 0.223 0.676 206 L 0.219 0.013 0.016 0.015 0.276 0.462 207 T 0.514 0.007 0.008 0.011 0.193 0.268 208 G 0.768 0.005 0.006 0.012 0.088 0.121 209 G 0.909 0.004 0.004 0.008 0.027 0.047 210 I 0.972 0.001 0.003 0.005 0.006 0.013 211 L 0.978 0.002 0.002 0.004 0.004 0.011 212 H 0.912 0.004 0.002 0.003 0.078 0.002 213 V 0.312 0.005 0.005 0.005 0.670 0.003 214 N 0.007 0.001 0.002 0.002 0.985 0.003 215 G 0.051 0.001 0.001 0.001 0.942 0.005 216 K 0.883 0.012 0.001 0.001 0.043 0.063 217 I 0.982 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 218 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 219 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 220 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 221 T 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 222 F 0.950 0.001 0.002 0.002 0.015 0.031 223 G 0.788 0.002 0.004 0.003 0.046 0.158 224 M 0.804 0.004 0.004 0.004 0.045 0.138 225 P 0.796 0.006 0.005 0.004 0.085 0.103 226 I 0.631 0.021 0.008 0.005 0.148 0.187 227 N 0.283 0.028 0.011 0.003 0.599 0.076 228 H 0.049 0.001 0.038 0.004 0.830 0.077 229 E 0.085 0.001 0.032 0.003 0.770 0.109 230 T 0.785 0.009 0.005 0.001 0.161 0.040 231 F 0.921 0.002 0.001 0.001 0.016 0.060 232 G 0.992 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 233 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 234 H 0.947 0.001 0.001 0.001 0.011 0.040 235 V 0.871 0.002 0.004 0.002 0.036 0.085 236 E 0.767 0.006 0.007 0.004 0.061 0.155 237 K 0.694 0.017 0.017 0.012 0.108 0.152 238 A 0.329 0.052 0.022 0.017 0.220 0.360 239 D 0.086 0.028 0.020 0.017 0.538 0.312 240 T 0.012 0.011 0.044 0.041 0.580 0.312 241 S 0.005 0.005 0.023 0.032 0.549 0.385 242 I 0.005 0.004 0.059 0.248 0.496 0.189 243 D 0.005 0.004 0.021 0.512 0.210 0.247 244 G 0.005 0.006 0.012 0.872 0.053 0.052 245 A 0.005 0.002 0.006 0.959 0.013 0.015 246 Y 0.003 0.001 0.003 0.986 0.004 0.003 247 A 0.002 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 248 M 0.002 0.001 0.006 0.985 0.005 0.002 249 I 0.002 0.001 0.003 0.989 0.004 0.002 250 N 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 251 Y 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 252 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.002 253 F 0.001 0.001 0.005 0.985 0.006 0.003 254 A 0.001 0.001 0.018 0.960 0.017 0.004 255 N 0.002 0.001 0.014 0.941 0.031 0.012 256 R 0.004 0.003 0.017 0.800 0.070 0.106 257 I 0.008 0.006 0.032 0.224 0.332 0.398 258 P 0.007 0.004 0.159 0.111 0.591 0.128 259 E 0.015 0.002 0.180 0.081 0.631 0.091 260 Q 0.041 0.004 0.071 0.055 0.613 0.215 261 Y 0.291 0.012 0.016 0.021 0.356 0.304 262 I 0.666 0.007 0.005 0.007 0.072 0.244 263 Y 0.895 0.016 0.002 0.005 0.016 0.065 264 I 0.730 0.027 0.003 0.013 0.029 0.197 265 N 0.419 0.017 0.006 0.012 0.081 0.465 266 R 0.030 0.003 0.326 0.380 0.149 0.112 267 E 0.013 0.001 0.602 0.181 0.166 0.037 268 E 0.008 0.003 0.667 0.148 0.150 0.024 269 D 0.007 0.010 0.391 0.330 0.181 0.081 270 L 0.003 0.008 0.071 0.568 0.183 0.166 271 G 0.001 0.003 0.007 0.074 0.154 0.761 272 I 0.002 0.003 0.050 0.438 0.210 0.297 273 E 0.003 0.003 0.135 0.618 0.162 0.079 274 G 0.003 0.005 0.267 0.482 0.188 0.056 275 L 0.003 0.004 0.278 0.519 0.167 0.030 276 R 0.002 0.001 0.269 0.547 0.146 0.035 277 K 0.002 0.002 0.131 0.510 0.220 0.134 278 A 0.006 0.011 0.029 0.199 0.248 0.506 279 K 0.007 0.006 0.003 0.013 0.112 0.858 280 L 0.045 0.024 0.020 0.030 0.257 0.624 281 S 0.068 0.019 0.029 0.043 0.327 0.515 282 Y 0.080 0.025 0.057 0.082 0.345 0.411 283 Q 0.048 0.015 0.018 0.076 0.266 0.578 284 P 0.028 0.006 0.023 0.190 0.197 0.557 285 V 0.031 0.006 0.028 0.521 0.127 0.287 286 T 0.036 0.008 0.020 0.713 0.077 0.146 287 I 0.018 0.002 0.020 0.916 0.022 0.022 288 L 0.034 0.001 0.015 0.912 0.022 0.016 289 E 0.063 0.001 0.021 0.866 0.035 0.014 290 K 0.066 0.001 0.012 0.881 0.025 0.014 291 Y 0.042 0.001 0.009 0.915 0.019 0.014 292 M 0.028 0.001 0.010 0.924 0.020 0.017 293 A 0.023 0.001 0.011 0.928 0.019 0.018 294 C 0.037 0.003 0.012 0.894 0.025 0.028 295 L 0.047 0.005 0.015 0.823 0.058 0.053 296 K 0.034 0.006 0.017 0.621 0.177 0.146 297 D 0.030 0.008 0.020 0.436 0.241 0.264 298 H 0.024 0.008 0.025 0.085 0.479 0.379 299 P 0.009 0.003 0.334 0.159 0.406 0.088 300 M 0.020 0.002 0.401 0.183 0.328 0.066 301 D 0.061 0.005 0.352 0.214 0.313 0.056 302 M 0.287 0.026 0.061 0.249 0.219 0.158 303 V 0.471 0.022 0.022 0.159 0.112 0.214 304 R 0.322 0.026 0.011 0.133 0.127 0.381 305 W 0.044 0.002 0.001 0.021 0.069 0.863