# TARGET T0372 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 108 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.370 0.248 0.163 0.122 0.066 0.027 0.003 2 I 0.166 0.182 0.234 0.238 0.145 0.033 0.002 3 P 0.600 0.279 0.086 0.027 0.007 0.001 0.001 4 F 0.249 0.223 0.241 0.195 0.078 0.014 0.001 5 K 0.439 0.263 0.171 0.086 0.033 0.008 0.001 6 D 0.425 0.326 0.157 0.067 0.021 0.004 0.001 7 I 0.065 0.102 0.212 0.330 0.236 0.053 0.002 8 T 0.341 0.366 0.183 0.075 0.027 0.007 0.001 9 L 0.101 0.162 0.250 0.308 0.151 0.028 0.001 10 A 0.454 0.316 0.137 0.065 0.022 0.005 0.001 11 D 0.321 0.332 0.209 0.103 0.030 0.005 0.001 12 R 0.361 0.344 0.196 0.076 0.018 0.004 0.001 13 D 0.712 0.226 0.045 0.013 0.004 0.001 0.001 14 T 0.130 0.221 0.301 0.232 0.096 0.020 0.001 15 I 0.036 0.069 0.150 0.331 0.299 0.109 0.005 16 T 0.270 0.423 0.218 0.072 0.014 0.002 0.001 17 A 0.152 0.303 0.295 0.178 0.059 0.012 0.001 18 F 0.049 0.047 0.101 0.281 0.368 0.146 0.008 19 T 0.136 0.232 0.269 0.224 0.105 0.032 0.003 20 M 0.334 0.353 0.188 0.089 0.028 0.007 0.001 21 K 0.350 0.313 0.181 0.102 0.042 0.012 0.001 22 S 0.355 0.242 0.175 0.134 0.068 0.024 0.002 23 D 0.577 0.255 0.097 0.046 0.018 0.006 0.001 24 R 0.270 0.214 0.194 0.177 0.103 0.036 0.005 25 R 0.166 0.246 0.222 0.166 0.113 0.070 0.017 26 N 0.053 0.090 0.131 0.207 0.248 0.203 0.067 27 C 0.026 0.040 0.076 0.154 0.265 0.292 0.148 28 D 0.024 0.056 0.085 0.134 0.187 0.298 0.215 29 L 0.012 0.019 0.036 0.076 0.143 0.293 0.421 30 S 0.009 0.011 0.017 0.037 0.094 0.261 0.570 31 F 0.007 0.008 0.012 0.028 0.060 0.213 0.672 32 S 0.011 0.013 0.018 0.031 0.054 0.171 0.701 33 N 0.010 0.009 0.013 0.028 0.064 0.193 0.683 34 L 0.007 0.009 0.013 0.027 0.058 0.195 0.690 35 C 0.015 0.018 0.027 0.065 0.123 0.275 0.477 36 S 0.027 0.035 0.041 0.068 0.124 0.301 0.404 37 W 0.013 0.019 0.029 0.061 0.132 0.340 0.405 38 R 0.016 0.046 0.088 0.179 0.235 0.300 0.136 39 F 0.038 0.084 0.112 0.182 0.237 0.228 0.118 40 L 0.055 0.092 0.102 0.143 0.196 0.262 0.150 41 Y 0.025 0.049 0.092 0.162 0.226 0.289 0.157 42 D 0.035 0.122 0.187 0.225 0.167 0.157 0.107 43 T 0.016 0.038 0.074 0.139 0.249 0.326 0.157 44 Q 0.008 0.025 0.075 0.183 0.318 0.304 0.087 45 F 0.003 0.006 0.014 0.037 0.128 0.497 0.313 46 A 0.005 0.016 0.035 0.110 0.283 0.428 0.124 47 V 0.007 0.035 0.094 0.219 0.349 0.258 0.038 48 I 0.020 0.073 0.165 0.308 0.305 0.117 0.012 49 D 0.123 0.323 0.274 0.174 0.076 0.026 0.004 50 D 0.068 0.245 0.287 0.233 0.123 0.039 0.005 51 F 0.005 0.027 0.125 0.331 0.366 0.138 0.009 52 L 0.001 0.003 0.010 0.034 0.161 0.620 0.170 53 V 0.001 0.003 0.007 0.031 0.131 0.502 0.325 54 F 0.001 0.001 0.003 0.014 0.084 0.457 0.442 55 K 0.001 0.007 0.035 0.141 0.301 0.392 0.124 56 F 0.001 0.003 0.013 0.063 0.225 0.542 0.153 57 W 0.003 0.036 0.123 0.277 0.319 0.217 0.026 58 A 0.043 0.117 0.182 0.267 0.270 0.111 0.009 59 G 0.177 0.317 0.279 0.155 0.056 0.015 0.002 60 E 0.307 0.348 0.195 0.103 0.036 0.010 0.001 61 Q 0.052 0.171 0.231 0.259 0.194 0.082 0.010 62 L 0.007 0.032 0.093 0.243 0.351 0.236 0.038 63 A 0.002 0.005 0.016 0.059 0.189 0.455 0.274 64 Y 0.001 0.001 0.002 0.011 0.064 0.394 0.527 65 M 0.001 0.001 0.003 0.010 0.046 0.261 0.679 66 M 0.001 0.001 0.002 0.005 0.026 0.194 0.773 67 P 0.001 0.002 0.004 0.017 0.079 0.319 0.579 68 V 0.001 0.004 0.013 0.058 0.201 0.421 0.302 69 G 0.005 0.032 0.096 0.259 0.359 0.224 0.025 70 N 0.093 0.331 0.327 0.174 0.058 0.014 0.002 71 G 0.093 0.227 0.288 0.229 0.125 0.033 0.005 72 D 0.301 0.407 0.177 0.076 0.029 0.009 0.001 73 L 0.010 0.043 0.154 0.346 0.324 0.115 0.008 74 K 0.026 0.176 0.308 0.288 0.156 0.045 0.002 75 A 0.047 0.336 0.410 0.157 0.043 0.006 0.001 76 V 0.001 0.003 0.014 0.093 0.357 0.499 0.033 77 L 0.001 0.004 0.012 0.069 0.301 0.560 0.053 78 R 0.006 0.110 0.341 0.367 0.137 0.038 0.002 79 K 0.003 0.054 0.294 0.430 0.192 0.026 0.001 80 L 0.001 0.001 0.003 0.020 0.184 0.710 0.082 81 I 0.001 0.008 0.057 0.311 0.463 0.155 0.004 82 E 0.042 0.490 0.346 0.100 0.019 0.003 0.001 83 D 0.012 0.095 0.290 0.439 0.146 0.017 0.001 84 A 0.003 0.011 0.036 0.199 0.434 0.298 0.018 85 D 0.137 0.455 0.283 0.101 0.020 0.002 0.001 86 K 0.524 0.358 0.088 0.024 0.004 0.001 0.001 87 E 0.269 0.355 0.252 0.102 0.020 0.002 0.001 88 K 0.468 0.354 0.128 0.039 0.008 0.002 0.001 89 H 0.070 0.158 0.248 0.290 0.190 0.042 0.002 90 N 0.033 0.108 0.233 0.309 0.225 0.083 0.009 91 F 0.003 0.011 0.030 0.094 0.262 0.477 0.123 92 C 0.001 0.005 0.019 0.074 0.229 0.489 0.183 93 M 0.001 0.003 0.009 0.031 0.117 0.469 0.371 94 L 0.002 0.007 0.018 0.066 0.205 0.455 0.246 95 G 0.002 0.024 0.100 0.230 0.289 0.293 0.063 96 V 0.001 0.006 0.021 0.094 0.314 0.457 0.106 97 C 0.015 0.087 0.168 0.263 0.262 0.176 0.028 98 S 0.275 0.358 0.201 0.105 0.044 0.015 0.002 99 N 0.156 0.350 0.301 0.141 0.039 0.010 0.001 100 M 0.030 0.046 0.093 0.245 0.380 0.194 0.012 101 R 0.060 0.160 0.270 0.299 0.162 0.047 0.003 102 A 0.403 0.405 0.137 0.043 0.010 0.002 0.001 103 D 0.079 0.184 0.316 0.283 0.113 0.024 0.001 104 L 0.047 0.034 0.064 0.235 0.401 0.209 0.011 105 E 0.127 0.289 0.321 0.192 0.058 0.011 0.001 106 A 0.434 0.366 0.130 0.051 0.015 0.004 0.001 107 I 0.138 0.218 0.251 0.215 0.125 0.048 0.005 108 L 0.141 0.138 0.207 0.268 0.179 0.063 0.005 109 P 0.504 0.269 0.123 0.064 0.028 0.010 0.002 110 E 0.296 0.222 0.176 0.155 0.100 0.044 0.006 111 R 0.181 0.212 0.200 0.182 0.131 0.079 0.016 112 F 0.065 0.104 0.151 0.228 0.237 0.174 0.041 113 I 0.052 0.108 0.158 0.228 0.231 0.177 0.044 114 F 0.050 0.093 0.141 0.224 0.253 0.191 0.049 115 T 0.095 0.111 0.134 0.191 0.217 0.197 0.055 116 E 0.139 0.266 0.256 0.190 0.091 0.044 0.014 117 D 0.102 0.151 0.171 0.220 0.192 0.127 0.037 118 R 0.066 0.184 0.232 0.223 0.167 0.106 0.021 119 A 0.077 0.116 0.147 0.212 0.223 0.187 0.038 120 Y 0.033 0.075 0.156 0.243 0.246 0.207 0.041 121 A 0.031 0.036 0.061 0.131 0.271 0.378 0.092 122 D 0.049 0.125 0.206 0.273 0.210 0.117 0.019 123 Y 0.019 0.035 0.077 0.158 0.309 0.347 0.054 124 I 0.035 0.039 0.051 0.111 0.295 0.407 0.062 125 Y 0.031 0.059 0.131 0.297 0.343 0.133 0.005 126 L 0.159 0.352 0.293 0.144 0.044 0.007 0.001 127 R 0.310 0.338 0.205 0.110 0.032 0.005 0.001 128 S 0.787 0.173 0.030 0.008 0.002 0.001 0.001 129 D 0.461 0.279 0.158 0.080 0.019 0.003 0.001 130 L 0.200 0.115 0.170 0.280 0.196 0.039 0.001 131 A 0.329 0.348 0.232 0.076 0.014 0.001 0.001 132 T 0.613 0.296 0.072 0.016 0.003 0.001 0.001 133 L 0.380 0.200 0.197 0.150 0.061 0.012 0.001 134 K 0.782 0.146 0.045 0.019 0.006 0.001 0.001 135 G 0.798 0.130 0.044 0.021 0.006 0.001 0.001 136 K 0.766 0.179 0.042 0.011 0.002 0.001 0.001 137 K 0.713 0.199 0.061 0.022 0.004 0.001 0.001 138 F 0.713 0.156 0.069 0.045 0.015 0.002 0.001 139 Q 0.722 0.179 0.066 0.025 0.007 0.001 0.001 140 A 0.783 0.151 0.044 0.018 0.004 0.001 0.001 141 K 0.644 0.196 0.094 0.048 0.015 0.003 0.001 142 R 0.541 0.220 0.125 0.076 0.031 0.007 0.001 143 N 0.556 0.230 0.108 0.062 0.030 0.012 0.002 144 H 0.307 0.217 0.208 0.155 0.084 0.026 0.003 145 I 0.281 0.180 0.181 0.193 0.117 0.044 0.005 146 N 0.383 0.318 0.161 0.087 0.037 0.012 0.002 147 R 0.274 0.303 0.242 0.131 0.042 0.007 0.001 148 F 0.164 0.083 0.111 0.263 0.288 0.088 0.004 149 R 0.302 0.340 0.210 0.109 0.032 0.006 0.001 150 N 0.499 0.295 0.122 0.059 0.020 0.004 0.001 151 T 0.509 0.307 0.129 0.045 0.009 0.001 0.001 152 Y 0.275 0.264 0.227 0.174 0.053 0.007 0.001 153 P 0.456 0.264 0.151 0.084 0.036 0.009 0.001 154 D 0.394 0.357 0.168 0.060 0.016 0.003 0.001 155 Y 0.070 0.087 0.183 0.320 0.262 0.075 0.004 156 E 0.129 0.323 0.295 0.176 0.062 0.014 0.001 157 Y 0.053 0.083 0.150 0.264 0.316 0.128 0.007 158 T 0.097 0.170 0.269 0.291 0.146 0.026 0.001 159 P 0.282 0.406 0.198 0.081 0.026 0.006 0.001 160 I 0.063 0.152 0.265 0.328 0.153 0.037 0.002 161 T 0.286 0.397 0.197 0.084 0.029 0.006 0.001 162 P 0.586 0.269 0.102 0.033 0.008 0.002 0.001 163 D 0.599 0.277 0.078 0.031 0.011 0.003 0.001 164 R 0.056 0.172 0.273 0.288 0.169 0.040 0.001 165 I 0.033 0.130 0.271 0.388 0.159 0.019 0.001 166 Q 0.235 0.548 0.183 0.030 0.004 0.001 0.001 167 E 0.014 0.095 0.313 0.392 0.164 0.020 0.001 168 C 0.002 0.003 0.011 0.086 0.415 0.469 0.014 169 L 0.025 0.171 0.373 0.330 0.091 0.010 0.001 170 D 0.038 0.395 0.394 0.148 0.022 0.003 0.001 171 L 0.001 0.007 0.034 0.192 0.468 0.290 0.008 172 E 0.006 0.051 0.186 0.389 0.308 0.058 0.002 173 A 0.330 0.504 0.135 0.025 0.005 0.001 0.001 174 E 0.036 0.211 0.408 0.285 0.055 0.005 0.001 175 W 0.008 0.025 0.085 0.306 0.440 0.134 0.002 176 C 0.022 0.126 0.314 0.368 0.156 0.013 0.001 177 K 0.694 0.254 0.043 0.008 0.001 0.001 0.001 178 V 0.203 0.301 0.304 0.160 0.029 0.003 0.001 179 N 0.642 0.249 0.078 0.026 0.005 0.001 0.001 180 N 0.714 0.208 0.053 0.019 0.006 0.001 0.001 181 C 0.332 0.279 0.221 0.121 0.040 0.008 0.001 182 D 0.635 0.231 0.070 0.040 0.018 0.005 0.001 183 Q 0.577 0.247 0.117 0.045 0.013 0.002 0.001 184 Q 0.516 0.282 0.125 0.055 0.017 0.004 0.001 185 E 0.462 0.283 0.145 0.081 0.024 0.005 0.001 186 G 0.229 0.209 0.218 0.194 0.113 0.032 0.004 187 T 0.246 0.181 0.188 0.211 0.120 0.045 0.008 188 G 0.294 0.328 0.197 0.108 0.051 0.018 0.004 189 N 0.148 0.142 0.188 0.227 0.176 0.095 0.024 190 E 0.118 0.124 0.122 0.164 0.201 0.213 0.057 191 R 0.107 0.140 0.161 0.202 0.192 0.151 0.047 192 R 0.067 0.159 0.234 0.273 0.174 0.079 0.014 193 A 0.066 0.070 0.097 0.176 0.246 0.260 0.086 194 L 0.029 0.044 0.055 0.096 0.179 0.365 0.232 195 I 0.028 0.055 0.102 0.199 0.281 0.265 0.070 196 Y 0.023 0.077 0.179 0.301 0.267 0.123 0.030 197 A 0.008 0.020 0.037 0.076 0.206 0.471 0.181 198 L 0.010 0.020 0.040 0.115 0.295 0.397 0.123 199 H 0.038 0.220 0.288 0.246 0.135 0.061 0.014 200 N 0.010 0.047 0.138 0.308 0.321 0.149 0.027 201 F 0.004 0.013 0.035 0.143 0.360 0.380 0.063 202 E 0.144 0.383 0.271 0.136 0.049 0.014 0.003 203 A 0.136 0.321 0.277 0.180 0.066 0.018 0.003 204 L 0.018 0.051 0.117 0.236 0.311 0.231 0.036 205 G 0.040 0.167 0.261 0.269 0.164 0.081 0.017 206 L 0.010 0.017 0.040 0.133 0.286 0.392 0.121 207 T 0.031 0.068 0.118 0.194 0.252 0.256 0.081 208 G 0.041 0.067 0.107 0.161 0.211 0.298 0.116 209 G 0.023 0.031 0.050 0.097 0.204 0.367 0.229 210 I 0.008 0.013 0.021 0.052 0.162 0.453 0.292 211 L 0.009 0.029 0.053 0.132 0.260 0.408 0.109 212 H 0.022 0.099 0.201 0.296 0.268 0.104 0.010 213 V 0.043 0.150 0.270 0.311 0.181 0.040 0.004 214 N 0.516 0.344 0.098 0.031 0.008 0.002 0.001 215 G 0.130 0.276 0.280 0.208 0.087 0.017 0.001 216 K 0.012 0.083 0.235 0.348 0.230 0.084 0.008 217 I 0.001 0.002 0.007 0.045 0.235 0.558 0.153 218 V 0.001 0.002 0.015 0.088 0.287 0.429 0.179 219 A 0.001 0.001 0.002 0.009 0.050 0.362 0.577 220 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.240 0.729 221 T 0.001 0.001 0.002 0.011 0.048 0.252 0.685 222 F 0.001 0.002 0.007 0.031 0.128 0.376 0.457 223 G 0.001 0.005 0.012 0.040 0.144 0.489 0.310 224 M 0.003 0.016 0.044 0.139 0.286 0.425 0.088 225 P 0.024 0.128 0.227 0.286 0.225 0.097 0.013 226 I 0.056 0.145 0.205 0.267 0.219 0.098 0.011 227 N 0.165 0.223 0.239 0.211 0.119 0.039 0.004 228 H 0.364 0.319 0.183 0.093 0.033 0.007 0.001 229 E 0.320 0.342 0.202 0.099 0.029 0.007 0.001 230 T 0.074 0.200 0.230 0.240 0.168 0.075 0.012 231 F 0.003 0.011 0.046 0.167 0.347 0.357 0.069 232 G 0.003 0.016 0.053 0.134 0.254 0.390 0.150 233 V 0.001 0.002 0.006 0.019 0.081 0.413 0.478 234 H 0.002 0.013 0.035 0.098 0.214 0.366 0.273 235 V 0.001 0.003 0.011 0.042 0.158 0.466 0.319 236 E 0.002 0.016 0.046 0.139 0.277 0.385 0.134 237 K 0.010 0.054 0.114 0.200 0.274 0.280 0.068 238 A 0.017 0.099 0.222 0.316 0.240 0.094 0.011 239 D 0.093 0.227 0.276 0.244 0.126 0.031 0.003 240 T 0.248 0.344 0.229 0.115 0.050 0.013 0.002 241 S 0.233 0.416 0.220 0.096 0.027 0.007 0.001 242 I 0.017 0.043 0.123 0.312 0.349 0.142 0.014 243 D 0.069 0.224 0.278 0.237 0.137 0.050 0.005 244 G 0.009 0.030 0.098 0.231 0.341 0.250 0.041 245 A 0.004 0.009 0.013 0.029 0.094 0.416 0.436 246 Y 0.002 0.008 0.021 0.080 0.222 0.385 0.282 247 A 0.003 0.020 0.063 0.159 0.236 0.320 0.199 248 M 0.002 0.008 0.021 0.067 0.201 0.461 0.240 249 I 0.001 0.002 0.004 0.013 0.055 0.350 0.575 250 N 0.001 0.006 0.018 0.065 0.167 0.400 0.343 251 Y 0.004 0.027 0.086 0.211 0.292 0.280 0.101 252 E 0.007 0.031 0.095 0.231 0.321 0.248 0.067 253 F 0.005 0.012 0.021 0.055 0.162 0.530 0.215 254 A 0.013 0.022 0.039 0.128 0.325 0.397 0.077 255 N 0.041 0.194 0.279 0.274 0.155 0.050 0.007 256 R 0.019 0.095 0.213 0.359 0.225 0.081 0.008 257 I 0.012 0.036 0.080 0.191 0.346 0.302 0.033 258 P 0.092 0.212 0.284 0.256 0.128 0.027 0.002 259 E 0.457 0.301 0.142 0.066 0.027 0.007 0.001 260 Q 0.318 0.323 0.208 0.102 0.036 0.011 0.002 261 Y 0.064 0.095 0.161 0.292 0.269 0.109 0.009 262 I 0.182 0.306 0.239 0.157 0.077 0.032 0.007 263 Y 0.132 0.154 0.164 0.212 0.195 0.115 0.028 264 I 0.045 0.048 0.076 0.174 0.285 0.296 0.076 265 N 0.097 0.139 0.163 0.193 0.183 0.161 0.065 266 R 0.065 0.132 0.217 0.274 0.189 0.093 0.030 267 E 0.193 0.259 0.191 0.149 0.109 0.070 0.029 268 E 0.103 0.152 0.171 0.188 0.174 0.147 0.064 269 D 0.038 0.055 0.082 0.140 0.217 0.321 0.147 270 L 0.059 0.080 0.108 0.161 0.181 0.247 0.164 271 G 0.064 0.075 0.075 0.111 0.148 0.288 0.239 272 I 0.059 0.079 0.093 0.151 0.210 0.243 0.164 273 E 0.093 0.115 0.151 0.188 0.188 0.158 0.108 274 G 0.049 0.067 0.088 0.122 0.176 0.289 0.210 275 L 0.038 0.043 0.053 0.122 0.230 0.343 0.172 276 R 0.080 0.199 0.239 0.233 0.145 0.079 0.024 277 K 0.067 0.214 0.273 0.259 0.126 0.048 0.013 278 A 0.051 0.052 0.084 0.212 0.323 0.240 0.038 279 K 0.124 0.257 0.246 0.205 0.119 0.043 0.007 280 L 0.211 0.229 0.197 0.171 0.114 0.066 0.012 281 S 0.136 0.244 0.258 0.207 0.109 0.042 0.004 282 Y 0.113 0.128 0.195 0.258 0.201 0.089 0.016 283 Q 0.286 0.302 0.186 0.128 0.063 0.030 0.006 284 P 0.217 0.188 0.180 0.171 0.141 0.084 0.019 285 V 0.165 0.184 0.212 0.209 0.141 0.074 0.016 286 T 0.200 0.289 0.222 0.141 0.083 0.050 0.014 287 I 0.065 0.050 0.079 0.172 0.292 0.270 0.072 288 L 0.076 0.119 0.166 0.242 0.224 0.146 0.027 289 E 0.182 0.276 0.240 0.175 0.084 0.036 0.007 290 K 0.125 0.163 0.205 0.222 0.166 0.098 0.020 291 Y 0.107 0.083 0.102 0.174 0.231 0.252 0.050 292 M 0.129 0.161 0.181 0.221 0.179 0.112 0.017 293 A 0.193 0.213 0.171 0.165 0.135 0.099 0.024 294 C 0.121 0.149 0.175 0.229 0.183 0.121 0.022 295 L 0.132 0.111 0.145 0.209 0.235 0.150 0.018 296 K 0.509 0.248 0.137 0.077 0.025 0.005 0.001 297 D 0.644 0.251 0.073 0.022 0.008 0.002 0.001 298 H 0.380 0.218 0.198 0.145 0.050 0.009 0.001 299 P 0.556 0.206 0.107 0.077 0.039 0.014 0.001 300 M 0.468 0.243 0.142 0.094 0.044 0.009 0.001 301 D 0.311 0.205 0.214 0.188 0.065 0.017 0.001 302 M 0.268 0.132 0.097 0.125 0.182 0.181 0.016 303 V 0.181 0.172 0.172 0.205 0.172 0.087 0.011 304 R 0.322 0.284 0.183 0.120 0.060 0.026 0.004 305 W 0.323 0.181 0.190 0.168 0.103 0.031 0.004