# TARGET T0372 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.259 0.057 0.020 0.014 0.009 0.014 0.024 0.011 0.001 0.004 0.589 2 I 0.103 0.022 0.027 0.037 0.037 0.048 0.089 0.007 0.001 0.004 0.627 3 P 0.009 0.001 0.004 0.007 0.003 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.961 4 F 0.031 0.002 0.004 0.068 0.028 0.062 0.065 0.001 0.001 0.002 0.736 5 K 0.075 0.003 0.002 0.133 0.039 0.060 0.080 0.001 0.001 0.004 0.603 6 D 0.033 0.005 0.001 0.058 0.016 0.030 0.044 0.001 0.001 0.002 0.810 7 I 0.042 0.008 0.002 0.280 0.089 0.160 0.087 0.001 0.001 0.004 0.327 8 T 0.067 0.012 0.001 0.158 0.034 0.060 0.172 0.001 0.001 0.005 0.490 9 L 0.054 0.016 0.004 0.109 0.028 0.042 0.073 0.001 0.001 0.005 0.668 10 A 0.030 0.015 0.003 0.059 0.021 0.056 0.290 0.001 0.001 0.007 0.518 11 D 0.107 0.016 0.002 0.017 0.009 0.017 0.246 0.003 0.001 0.015 0.568 12 R 0.121 0.079 0.006 0.016 0.005 0.008 0.138 0.002 0.001 0.011 0.614 13 D 0.023 0.070 0.001 0.003 0.003 0.003 0.288 0.001 0.001 0.005 0.603 14 T 0.094 0.247 0.003 0.006 0.007 0.009 0.205 0.004 0.001 0.008 0.418 15 I 0.067 0.720 0.002 0.004 0.007 0.017 0.045 0.006 0.001 0.005 0.127 16 T 0.033 0.859 0.002 0.001 0.003 0.008 0.017 0.004 0.001 0.001 0.072 17 A 0.032 0.834 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.117 18 F 0.077 0.849 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.019 0.001 0.001 0.043 19 T 0.087 0.789 0.014 0.003 0.005 0.008 0.012 0.025 0.001 0.001 0.056 20 M 0.056 0.766 0.013 0.010 0.010 0.016 0.010 0.033 0.001 0.001 0.086 21 K 0.260 0.425 0.012 0.007 0.006 0.010 0.013 0.051 0.001 0.002 0.213 22 S 0.332 0.214 0.036 0.011 0.012 0.011 0.037 0.032 0.001 0.003 0.311 23 D 0.086 0.047 0.032 0.020 0.009 0.012 0.062 0.015 0.001 0.005 0.712 24 R 0.084 0.027 0.059 0.036 0.019 0.029 0.140 0.005 0.001 0.009 0.590 25 R 0.128 0.032 0.008 0.058 0.027 0.044 0.190 0.004 0.001 0.011 0.499 26 N 0.125 0.042 0.013 0.063 0.030 0.048 0.107 0.003 0.001 0.008 0.561 27 C 0.062 0.053 0.009 0.105 0.064 0.099 0.122 0.001 0.001 0.006 0.479 28 D 0.030 0.043 0.002 0.053 0.038 0.069 0.133 0.002 0.001 0.005 0.624 29 L 0.075 0.080 0.004 0.071 0.065 0.077 0.122 0.003 0.001 0.012 0.492 30 S 0.048 0.124 0.005 0.023 0.019 0.036 0.359 0.003 0.001 0.011 0.372 31 F 0.058 0.231 0.005 0.031 0.037 0.057 0.203 0.009 0.001 0.019 0.348 32 S 0.074 0.526 0.008 0.017 0.021 0.042 0.123 0.005 0.001 0.020 0.164 33 N 0.039 0.615 0.004 0.006 0.016 0.023 0.099 0.010 0.001 0.006 0.182 34 L 0.047 0.773 0.004 0.004 0.007 0.007 0.013 0.007 0.001 0.002 0.136 35 C 0.045 0.814 0.008 0.004 0.011 0.018 0.025 0.008 0.001 0.004 0.063 36 S 0.024 0.841 0.010 0.006 0.014 0.032 0.019 0.007 0.001 0.001 0.045 37 W 0.023 0.842 0.003 0.009 0.018 0.027 0.004 0.014 0.001 0.001 0.059 38 R 0.056 0.750 0.006 0.005 0.013 0.017 0.008 0.016 0.001 0.001 0.129 39 F 0.106 0.529 0.016 0.006 0.020 0.026 0.032 0.040 0.001 0.003 0.220 40 L 0.172 0.455 0.048 0.021 0.024 0.033 0.029 0.044 0.001 0.006 0.168 41 Y 0.082 0.404 0.024 0.019 0.041 0.038 0.065 0.016 0.001 0.004 0.306 42 D 0.091 0.227 0.013 0.031 0.032 0.064 0.051 0.022 0.001 0.008 0.461 43 T 0.195 0.127 0.042 0.050 0.081 0.098 0.052 0.015 0.001 0.012 0.327 44 Q 0.082 0.063 0.026 0.126 0.159 0.146 0.148 0.007 0.001 0.010 0.232 45 F 0.046 0.036 0.029 0.097 0.169 0.235 0.065 0.003 0.001 0.005 0.315 46 A 0.007 0.010 0.002 0.220 0.361 0.347 0.017 0.001 0.001 0.001 0.034 47 V 0.005 0.015 0.001 0.133 0.226 0.294 0.079 0.001 0.001 0.002 0.243 48 I 0.009 0.013 0.001 0.192 0.292 0.389 0.034 0.001 0.001 0.003 0.064 49 D 0.008 0.012 0.001 0.077 0.118 0.198 0.121 0.001 0.001 0.007 0.457 50 D 0.037 0.005 0.002 0.063 0.095 0.137 0.201 0.002 0.001 0.040 0.417 51 F 0.221 0.005 0.037 0.116 0.100 0.158 0.131 0.002 0.001 0.056 0.173 52 L 0.011 0.003 0.008 0.278 0.390 0.226 0.041 0.001 0.001 0.003 0.040 53 V 0.001 0.001 0.002 0.206 0.280 0.440 0.019 0.001 0.001 0.001 0.050 54 F 0.001 0.001 0.001 0.191 0.315 0.483 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 55 K 0.001 0.001 0.001 0.164 0.294 0.453 0.010 0.001 0.001 0.001 0.078 56 F 0.001 0.001 0.001 0.112 0.285 0.478 0.015 0.001 0.001 0.001 0.107 57 W 0.003 0.001 0.001 0.158 0.230 0.361 0.054 0.001 0.001 0.003 0.189 58 A 0.002 0.001 0.001 0.042 0.065 0.121 0.066 0.001 0.001 0.003 0.700 59 G 0.010 0.001 0.001 0.030 0.052 0.092 0.163 0.001 0.001 0.012 0.638 60 E 0.182 0.003 0.002 0.011 0.023 0.026 0.139 0.001 0.001 0.031 0.582 61 Q 0.179 0.011 0.004 0.016 0.033 0.035 0.171 0.001 0.001 0.018 0.532 62 L 0.088 0.011 0.005 0.043 0.088 0.095 0.140 0.001 0.001 0.008 0.520 63 A 0.033 0.010 0.003 0.058 0.141 0.285 0.095 0.001 0.001 0.005 0.369 64 Y 0.020 0.007 0.001 0.060 0.226 0.431 0.048 0.001 0.001 0.003 0.204 65 M 0.022 0.008 0.003 0.068 0.177 0.338 0.042 0.001 0.001 0.003 0.337 66 M 0.011 0.003 0.002 0.061 0.273 0.329 0.049 0.001 0.001 0.002 0.269 67 P 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.964 68 V 0.006 0.001 0.001 0.090 0.091 0.238 0.151 0.001 0.001 0.004 0.418 69 G 0.107 0.003 0.001 0.033 0.022 0.052 0.121 0.001 0.001 0.014 0.646 70 N 0.105 0.012 0.001 0.024 0.009 0.017 0.121 0.001 0.001 0.007 0.702 71 G 0.145 0.008 0.005 0.022 0.006 0.010 0.179 0.001 0.001 0.015 0.611 72 D 0.117 0.008 0.003 0.007 0.003 0.004 0.450 0.001 0.001 0.008 0.399 73 L 0.033 0.021 0.006 0.005 0.002 0.005 0.109 0.001 0.001 0.004 0.814 74 K 0.017 0.094 0.001 0.007 0.005 0.009 0.237 0.001 0.001 0.005 0.625 75 A 0.027 0.137 0.001 0.001 0.001 0.003 0.340 0.001 0.001 0.005 0.484 76 V 0.035 0.804 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.135 77 L 0.010 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 78 R 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 79 K 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 80 L 0.007 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 81 I 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 82 E 0.010 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 83 D 0.039 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.043 84 A 0.053 0.903 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.030 85 D 0.026 0.811 0.011 0.003 0.005 0.006 0.012 0.035 0.001 0.001 0.090 86 K 0.158 0.552 0.011 0.003 0.003 0.004 0.012 0.032 0.001 0.001 0.225 87 E 0.217 0.537 0.014 0.003 0.003 0.004 0.020 0.021 0.001 0.002 0.180 88 K 0.278 0.193 0.026 0.010 0.012 0.011 0.075 0.065 0.001 0.013 0.318 89 H 0.116 0.065 0.115 0.020 0.014 0.013 0.058 0.011 0.001 0.006 0.581 90 N 0.076 0.017 0.016 0.051 0.025 0.037 0.093 0.008 0.001 0.008 0.670 91 F 0.166 0.008 0.044 0.166 0.071 0.079 0.064 0.002 0.001 0.010 0.390 92 C 0.017 0.005 0.005 0.364 0.144 0.162 0.096 0.001 0.001 0.002 0.203 93 M 0.006 0.004 0.003 0.358 0.152 0.233 0.037 0.001 0.001 0.002 0.204 94 L 0.004 0.005 0.001 0.554 0.087 0.201 0.051 0.001 0.001 0.001 0.096 95 G 0.026 0.007 0.001 0.171 0.041 0.069 0.102 0.002 0.001 0.007 0.574 96 V 0.041 0.009 0.013 0.324 0.063 0.113 0.133 0.001 0.001 0.012 0.290 97 C 0.009 0.003 0.002 0.071 0.020 0.050 0.269 0.001 0.001 0.004 0.571 98 S 0.004 0.002 0.001 0.020 0.003 0.004 0.040 0.001 0.001 0.002 0.924 99 N 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.284 0.001 0.001 0.003 0.694 100 M 0.073 0.085 0.001 0.004 0.002 0.005 0.504 0.001 0.001 0.010 0.314 101 R 0.086 0.642 0.001 0.005 0.001 0.004 0.060 0.003 0.001 0.005 0.194 102 A 0.028 0.848 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.099 103 D 0.014 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.100 104 L 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 105 E 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 106 A 0.052 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 0.013 107 I 0.161 0.770 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.015 108 L 0.253 0.615 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.079 109 P 0.006 0.020 0.071 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.892 110 E 0.044 0.010 0.005 0.028 0.008 0.011 0.040 0.018 0.001 0.001 0.836 111 R 0.757 0.008 0.012 0.029 0.004 0.004 0.022 0.004 0.001 0.006 0.155 112 F 0.111 0.050 0.023 0.311 0.047 0.066 0.051 0.003 0.001 0.003 0.335 113 I 0.010 0.006 0.003 0.601 0.092 0.119 0.048 0.001 0.001 0.001 0.120 114 F 0.017 0.012 0.001 0.401 0.054 0.109 0.050 0.001 0.001 0.002 0.353 115 T 0.012 0.013 0.002 0.422 0.140 0.213 0.057 0.001 0.001 0.002 0.139 116 E 0.007 0.008 0.002 0.092 0.039 0.084 0.122 0.001 0.001 0.004 0.642 117 D 0.027 0.012 0.001 0.069 0.046 0.085 0.297 0.002 0.001 0.016 0.446 118 R 0.085 0.026 0.004 0.030 0.024 0.039 0.213 0.002 0.001 0.025 0.551 119 A 0.076 0.062 0.003 0.009 0.016 0.018 0.322 0.003 0.001 0.015 0.477 120 Y 0.185 0.109 0.010 0.010 0.020 0.030 0.188 0.005 0.001 0.023 0.419 121 A 0.121 0.285 0.009 0.012 0.030 0.040 0.118 0.006 0.001 0.010 0.368 122 D 0.091 0.205 0.006 0.005 0.019 0.026 0.175 0.010 0.001 0.010 0.452