# TARGET T0371 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0371.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 728 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.747 0.191 0.049 0.011 0.002 0.001 0.001 2 Q 0.503 0.290 0.126 0.065 0.014 0.001 0.001 3 I 0.444 0.237 0.179 0.097 0.035 0.007 0.001 4 E 0.862 0.114 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 5 S 0.467 0.340 0.133 0.049 0.010 0.001 0.001 6 F 0.155 0.127 0.162 0.265 0.215 0.069 0.006 7 K 0.205 0.422 0.265 0.094 0.014 0.001 0.001 8 S 0.297 0.576 0.110 0.015 0.002 0.001 0.001 9 L 0.040 0.098 0.228 0.424 0.191 0.018 0.001 10 L 0.036 0.085 0.163 0.399 0.283 0.035 0.001 11 P 0.404 0.501 0.081 0.013 0.001 0.001 0.001 12 K 0.093 0.398 0.395 0.106 0.008 0.001 0.001 13 Y 0.003 0.027 0.093 0.315 0.461 0.099 0.001 14 K 0.002 0.053 0.193 0.359 0.314 0.077 0.002 15 C 0.001 0.001 0.004 0.028 0.136 0.643 0.188 16 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.355 0.613 17 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.112 0.880 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.096 0.896 19 D 0.001 0.001 0.002 0.008 0.032 0.188 0.770 20 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.204 0.754 21 F 0.001 0.005 0.014 0.044 0.123 0.337 0.476 22 G 0.002 0.007 0.021 0.061 0.144 0.397 0.368 23 V 0.001 0.003 0.009 0.031 0.094 0.371 0.491 24 L 0.002 0.004 0.012 0.042 0.123 0.432 0.386 25 K 0.004 0.010 0.020 0.053 0.202 0.462 0.249 26 T 0.012 0.056 0.142 0.262 0.266 0.201 0.061 27 Y 0.027 0.103 0.175 0.247 0.244 0.171 0.034 28 N 0.146 0.267 0.229 0.194 0.111 0.045 0.007 29 G 0.203 0.299 0.239 0.154 0.075 0.026 0.004 30 L 0.027 0.075 0.148 0.260 0.303 0.171 0.016 31 L 0.013 0.075 0.171 0.282 0.293 0.152 0.013 32 P 0.133 0.356 0.286 0.152 0.052 0.018 0.002 33 G 0.013 0.104 0.279 0.356 0.187 0.055 0.007 34 I 0.001 0.003 0.007 0.036 0.238 0.587 0.128 35 E 0.001 0.028 0.173 0.389 0.300 0.102 0.007 36 N 0.010 0.245 0.416 0.238 0.070 0.019 0.001 37 T 0.001 0.007 0.031 0.148 0.399 0.382 0.031 38 F 0.001 0.001 0.003 0.038 0.288 0.622 0.048 39 D 0.009 0.173 0.369 0.310 0.115 0.023 0.002 40 Y 0.035 0.253 0.351 0.255 0.088 0.018 0.001 41 L 0.006 0.034 0.077 0.251 0.417 0.209 0.008 42 K 0.061 0.169 0.296 0.303 0.139 0.030 0.001 43 A 0.620 0.277 0.067 0.027 0.007 0.001 0.001 44 Q 0.287 0.339 0.240 0.108 0.022 0.003 0.001 45 G 0.470 0.323 0.135 0.054 0.016 0.002 0.001 46 Q 0.087 0.183 0.244 0.262 0.181 0.042 0.002 47 D 0.088 0.227 0.283 0.284 0.097 0.020 0.001 48 Y 0.019 0.037 0.077 0.195 0.375 0.271 0.026 49 Y 0.010 0.030 0.085 0.205 0.325 0.300 0.046 50 I 0.006 0.011 0.030 0.089 0.218 0.465 0.180 51 V 0.005 0.008 0.019 0.058 0.174 0.460 0.276 52 T 0.014 0.050 0.101 0.190 0.264 0.282 0.099 53 N 0.028 0.070 0.116 0.184 0.251 0.256 0.096 54 D 0.070 0.140 0.165 0.197 0.208 0.169 0.051 55 A 0.110 0.160 0.180 0.213 0.177 0.129 0.031 56 S 0.254 0.223 0.162 0.159 0.115 0.071 0.014 57 R 0.253 0.210 0.168 0.141 0.120 0.087 0.022 58 S 0.121 0.211 0.214 0.222 0.153 0.066 0.013 59 P 0.114 0.230 0.246 0.210 0.126 0.062 0.012 60 E 0.447 0.323 0.141 0.057 0.021 0.009 0.002 61 Q 0.148 0.353 0.281 0.136 0.057 0.021 0.004 62 L 0.013 0.030 0.069 0.187 0.386 0.288 0.027 63 A 0.018 0.085 0.241 0.360 0.221 0.071 0.005 64 D 0.285 0.490 0.154 0.048 0.017 0.006 0.001 65 S 0.023 0.120 0.304 0.356 0.162 0.034 0.002 66 Y 0.008 0.015 0.049 0.204 0.443 0.268 0.014 67 H 0.124 0.276 0.285 0.195 0.088 0.029 0.003 68 K 0.407 0.356 0.139 0.065 0.023 0.009 0.001 69 L 0.091 0.157 0.231 0.259 0.173 0.078 0.011 70 G 0.237 0.227 0.186 0.154 0.120 0.065 0.010 71 L 0.191 0.143 0.142 0.191 0.191 0.120 0.022 72 F 0.237 0.208 0.191 0.194 0.116 0.047 0.007 73 S 0.336 0.262 0.165 0.123 0.074 0.033 0.007 74 I 0.124 0.132 0.156 0.210 0.219 0.130 0.030 75 T 0.215 0.229 0.207 0.186 0.110 0.043 0.009 76 A 0.267 0.257 0.193 0.152 0.085 0.036 0.010 77 D 0.287 0.258 0.176 0.138 0.086 0.043 0.012 78 K 0.150 0.183 0.195 0.191 0.153 0.096 0.032 79 I 0.047 0.055 0.080 0.157 0.247 0.285 0.128 80 I 0.041 0.068 0.111 0.171 0.224 0.259 0.126 81 S 0.048 0.073 0.100 0.165 0.211 0.254 0.150 82 S 0.022 0.048 0.059 0.108 0.176 0.320 0.266 83 G 0.013 0.025 0.044 0.099 0.199 0.342 0.278 84 M 0.039 0.106 0.183 0.201 0.175 0.196 0.099 85 I 0.014 0.037 0.069 0.163 0.264 0.331 0.122 86 T 0.010 0.011 0.012 0.034 0.120 0.479 0.335 87 K 0.009 0.031 0.076 0.204 0.314 0.314 0.051 88 E 0.023 0.184 0.279 0.243 0.172 0.090 0.010 89 Y 0.007 0.036 0.102 0.276 0.348 0.214 0.017 90 I 0.009 0.026 0.063 0.207 0.389 0.289 0.017 91 D 0.150 0.344 0.249 0.160 0.067 0.027 0.003 92 L 0.449 0.361 0.114 0.051 0.017 0.006 0.001 93 K 0.219 0.264 0.254 0.174 0.070 0.017 0.002 94 V 0.441 0.221 0.152 0.112 0.057 0.015 0.001 95 D 0.464 0.245 0.138 0.097 0.043 0.011 0.001 96 G 0.400 0.292 0.175 0.093 0.033 0.007 0.001 97 G 0.162 0.219 0.211 0.213 0.146 0.046 0.003 98 I 0.066 0.132 0.204 0.275 0.222 0.094 0.007 99 V 0.036 0.043 0.073 0.177 0.303 0.318 0.050 100 A 0.033 0.039 0.067 0.140 0.253 0.378 0.090 101 Y 0.027 0.037 0.062 0.142 0.246 0.362 0.125 102 L 0.022 0.038 0.064 0.127 0.243 0.348 0.159 103 G 0.048 0.113 0.150 0.206 0.229 0.179 0.074 104 T 0.082 0.162 0.184 0.198 0.170 0.143 0.062 105 A 0.222 0.214 0.159 0.137 0.118 0.110 0.040 106 N 0.113 0.208 0.201 0.174 0.147 0.117 0.040 107 S 0.036 0.068 0.107 0.192 0.285 0.260 0.052 108 A 0.061 0.154 0.221 0.260 0.185 0.101 0.018 109 N 0.317 0.331 0.166 0.095 0.054 0.032 0.006 110 Y 0.074 0.160 0.229 0.258 0.184 0.083 0.011 111 L 0.027 0.037 0.083 0.213 0.341 0.267 0.033 112 V 0.113 0.213 0.240 0.214 0.138 0.070 0.011 113 S 0.238 0.278 0.196 0.145 0.085 0.050 0.009 114 D 0.087 0.132 0.161 0.211 0.215 0.162 0.032 115 G 0.124 0.151 0.180 0.187 0.185 0.146 0.026 116 I 0.113 0.093 0.122 0.203 0.247 0.190 0.032 117 K 0.199 0.214 0.209 0.191 0.123 0.057 0.006 118 M 0.169 0.158 0.164 0.202 0.179 0.112 0.016 119 L 0.194 0.173 0.151 0.175 0.177 0.112 0.018 120 P 0.297 0.242 0.183 0.144 0.085 0.041 0.007 121 V 0.347 0.224 0.153 0.138 0.087 0.043 0.008 122 S 0.393 0.243 0.140 0.107 0.070 0.038 0.008 123 A 0.304 0.213 0.167 0.148 0.103 0.054 0.010 124 I 0.306 0.203 0.156 0.151 0.109 0.062 0.012 125 D 0.346 0.215 0.147 0.131 0.091 0.057 0.013 126 D 0.338 0.209 0.149 0.136 0.097 0.057 0.013 127 S 0.285 0.205 0.158 0.151 0.115 0.068 0.018 128 N 0.264 0.189 0.158 0.161 0.129 0.078 0.022 129 I 0.320 0.214 0.162 0.143 0.096 0.052 0.013 130 G 0.342 0.210 0.146 0.134 0.098 0.056 0.015 131 E 0.189 0.166 0.156 0.180 0.167 0.111 0.031 132 V 0.130 0.134 0.158 0.203 0.198 0.140 0.037 133 N 0.140 0.158 0.162 0.191 0.179 0.134 0.036 134 A 0.085 0.105 0.130 0.193 0.224 0.203 0.061 135 L 0.042 0.047 0.065 0.131 0.228 0.337 0.150 136 V 0.037 0.047 0.071 0.133 0.217 0.328 0.166 137 L 0.059 0.076 0.100 0.154 0.203 0.271 0.136 138 L 0.063 0.083 0.101 0.165 0.222 0.252 0.114 139 D 0.050 0.073 0.104 0.174 0.228 0.255 0.116 140 D 0.085 0.120 0.137 0.190 0.213 0.188 0.067 141 E 0.152 0.219 0.190 0.177 0.139 0.093 0.030 142 G 0.110 0.159 0.167 0.188 0.177 0.154 0.045 143 F 0.081 0.089 0.106 0.189 0.241 0.244 0.050 144 N 0.100 0.180 0.203 0.200 0.180 0.114 0.023 145 W 0.045 0.116 0.170 0.271 0.252 0.129 0.015 146 F 0.025 0.116 0.228 0.292 0.236 0.095 0.009 147 H 0.320 0.395 0.175 0.074 0.026 0.009 0.001 148 D 0.026 0.180 0.343 0.299 0.120 0.027 0.004 149 L 0.001 0.005 0.018 0.095 0.392 0.444 0.045 150 N 0.008 0.131 0.346 0.330 0.140 0.041 0.004 151 K 0.038 0.367 0.354 0.176 0.049 0.014 0.001 152 T 0.001 0.005 0.019 0.093 0.375 0.465 0.042 153 V 0.001 0.002 0.010 0.086 0.355 0.500 0.047 154 N 0.027 0.306 0.357 0.215 0.076 0.018 0.003 155 L 0.011 0.125 0.359 0.355 0.124 0.026 0.001 156 L 0.001 0.005 0.015 0.110 0.462 0.390 0.017 157 R 0.031 0.167 0.340 0.322 0.118 0.021 0.001 158 K 0.477 0.392 0.089 0.033 0.008 0.001 0.001 159 R 0.058 0.320 0.390 0.198 0.032 0.002 0.001 160 T 0.064 0.399 0.333 0.159 0.041 0.004 0.001 161 I 0.001 0.006 0.042 0.192 0.461 0.288 0.009 162 P 0.001 0.003 0.024 0.172 0.421 0.349 0.029 163 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.050 0.474 0.469 164 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.159 0.834 165 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.141 0.849 166 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.289 0.671 167 N 0.001 0.005 0.021 0.082 0.254 0.420 0.218 168 T 0.007 0.048 0.121 0.210 0.274 0.241 0.099 169 D 0.093 0.220 0.223 0.189 0.153 0.097 0.026 170 N 0.085 0.128 0.189 0.241 0.205 0.132 0.021 171 T 0.093 0.137 0.173 0.211 0.199 0.161 0.026 172 Y 0.075 0.094 0.137 0.209 0.250 0.201 0.034 173 P 0.134 0.178 0.191 0.213 0.171 0.094 0.018 174 L 0.209 0.257 0.217 0.177 0.093 0.039 0.008 175 T 0.328 0.271 0.169 0.124 0.069 0.032 0.008 176 K 0.295 0.226 0.181 0.150 0.094 0.044 0.011 177 T 0.309 0.205 0.157 0.150 0.108 0.059 0.012 178 D 0.238 0.224 0.194 0.172 0.107 0.053 0.012 179 V 0.205 0.202 0.175 0.181 0.142 0.080 0.016 180 A 0.084 0.139 0.166 0.213 0.209 0.150 0.038 181 I 0.058 0.055 0.092 0.176 0.269 0.268 0.082 182 A 0.069 0.131 0.161 0.215 0.208 0.166 0.051 183 I 0.033 0.073 0.111 0.194 0.257 0.248 0.083 184 G 0.033 0.079 0.116 0.202 0.262 0.223 0.084 185 G 0.019 0.048 0.091 0.190 0.268 0.268 0.115 186 V 0.006 0.008 0.011 0.035 0.117 0.448 0.375 187 A 0.008 0.030 0.074 0.198 0.306 0.301 0.084 188 T 0.017 0.082 0.171 0.248 0.244 0.195 0.043 189 M 0.004 0.011 0.027 0.097 0.250 0.432 0.179 190 I 0.002 0.004 0.008 0.032 0.147 0.537 0.270 191 E 0.019 0.089 0.183 0.279 0.246 0.154 0.029 192 S 0.048 0.139 0.192 0.246 0.215 0.138 0.022 193 I 0.019 0.036 0.067 0.164 0.283 0.354 0.077 194 L 0.036 0.058 0.099 0.207 0.301 0.260 0.039 195 G 0.200 0.271 0.210 0.168 0.103 0.042 0.007 196 R 0.257 0.251 0.183 0.163 0.098 0.039 0.008 197 R 0.356 0.270 0.172 0.119 0.055 0.024 0.005 198 F 0.279 0.242 0.188 0.147 0.094 0.042 0.008 199 I 0.159 0.168 0.185 0.212 0.170 0.089 0.018 200 R 0.161 0.158 0.157 0.199 0.182 0.118 0.024 201 F 0.122 0.097 0.135 0.202 0.218 0.179 0.047 202 G 0.200 0.178 0.145 0.164 0.150 0.131 0.032 203 K 0.056 0.084 0.121 0.206 0.250 0.223 0.061 204 P 0.056 0.090 0.123 0.202 0.259 0.218 0.051 205 D 0.073 0.203 0.217 0.219 0.165 0.104 0.019 206 S 0.105 0.266 0.296 0.212 0.089 0.029 0.004 207 Q 0.137 0.315 0.257 0.175 0.084 0.028 0.004 208 M 0.009 0.031 0.073 0.190 0.366 0.293 0.039 209 F 0.004 0.016 0.046 0.156 0.369 0.370 0.039 210 M 0.059 0.329 0.387 0.172 0.042 0.011 0.001 211 F 0.029 0.158 0.340 0.342 0.110 0.020 0.001 212 A 0.008 0.009 0.013 0.068 0.313 0.535 0.054 213 Y 0.003 0.034 0.172 0.411 0.308 0.070 0.003 214 D 0.076 0.587 0.269 0.059 0.009 0.001 0.001 215 M 0.021 0.120 0.354 0.359 0.128 0.017 0.001 216 L 0.007 0.035 0.094 0.279 0.438 0.143 0.003 217 R 0.096 0.313 0.326 0.202 0.056 0.008 0.001 218 Q 0.472 0.393 0.099 0.028 0.007 0.001 0.001 219 K 0.107 0.269 0.320 0.215 0.076 0.012 0.001 220 M 0.459 0.315 0.139 0.069 0.017 0.002 0.001 221 E 0.425 0.343 0.154 0.062 0.014 0.002 0.001 222 I 0.183 0.175 0.185 0.274 0.153 0.029 0.001 223 S 0.377 0.371 0.160 0.068 0.020 0.004 0.001 224 K 0.238 0.328 0.221 0.145 0.057 0.010 0.001 225 R 0.078 0.301 0.314 0.232 0.065 0.009 0.001 226 E 0.009 0.073 0.177 0.337 0.291 0.107 0.006 227 I 0.001 0.003 0.011 0.060 0.251 0.556 0.118 228 L 0.001 0.001 0.003 0.015 0.078 0.473 0.429 229 M 0.001 0.001 0.002 0.008 0.033 0.231 0.725 230 V 0.001 0.002 0.004 0.014 0.042 0.235 0.703 231 G 0.001 0.005 0.011 0.037 0.111 0.337 0.498 232 D 0.004 0.014 0.032 0.074 0.176 0.342 0.359 233 T 0.010 0.033 0.062 0.140 0.240 0.299 0.216 234 L 0.014 0.029 0.057 0.109 0.210 0.357 0.223 235 H 0.036 0.070 0.104 0.177 0.233 0.259 0.121 236 T 0.035 0.073 0.114 0.183 0.216 0.230 0.149 237 D 0.016 0.024 0.040 0.090 0.191 0.381 0.259 238 I 0.014 0.029 0.049 0.106 0.212 0.366 0.225 239 L 0.041 0.075 0.102 0.186 0.225 0.237 0.134 240 G 0.027 0.041 0.063 0.113 0.208 0.368 0.181 241 G 0.026 0.025 0.037 0.100 0.235 0.399 0.179 242 N 0.075 0.186 0.234 0.263 0.150 0.074 0.018 243 K 0.092 0.163 0.186 0.215 0.209 0.116 0.019 244 F 0.018 0.046 0.072 0.178 0.312 0.301 0.074 245 G 0.017 0.075 0.151 0.245 0.235 0.227 0.049 246 L 0.002 0.003 0.011 0.040 0.145 0.494 0.305 247 D 0.003 0.020 0.051 0.153 0.302 0.342 0.130 248 T 0.001 0.003 0.010 0.030 0.103 0.422 0.432 249 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.250 0.723 250 L 0.001 0.002 0.005 0.026 0.092 0.369 0.506 251 V 0.001 0.002 0.006 0.018 0.092 0.404 0.478 252 L 0.003 0.017 0.055 0.149 0.278 0.368 0.130 253 T 0.019 0.074 0.153 0.236 0.262 0.211 0.044 254 G 0.057 0.161 0.205 0.246 0.212 0.106 0.013 255 N 0.103 0.198 0.246 0.243 0.152 0.055 0.004 256 T 0.140 0.199 0.240 0.239 0.137 0.042 0.002 257 R 0.367 0.303 0.169 0.103 0.045 0.012 0.001 258 I 0.395 0.285 0.175 0.099 0.037 0.009 0.001 259 D 0.554 0.276 0.105 0.047 0.015 0.003 0.001 260 D 0.458 0.304 0.145 0.069 0.020 0.004 0.001 261 A 0.283 0.229 0.206 0.185 0.080 0.016 0.001 262 E 0.567 0.279 0.103 0.040 0.009 0.002 0.001 263 T 0.672 0.227 0.066 0.027 0.007 0.001 0.001 264 K 0.517 0.258 0.130 0.074 0.018 0.002 0.001 265 I 0.514 0.334 0.108 0.035 0.008 0.001 0.001 266 K 0.139 0.266 0.257 0.228 0.095 0.015 0.001 267 S 0.100 0.305 0.307 0.212 0.064 0.012 0.001 268 T 0.016 0.037 0.078 0.234 0.401 0.222 0.013 269 G 0.039 0.192 0.337 0.288 0.120 0.024 0.001 270 I 0.018 0.057 0.107 0.249 0.355 0.198 0.015 271 V 0.019 0.105 0.187 0.293 0.259 0.128 0.010 272 P 0.008 0.038 0.090 0.242 0.380 0.227 0.015 273 T 0.119 0.367 0.292 0.152 0.055 0.013 0.001 274 H 0.119 0.270 0.276 0.216 0.090 0.026 0.002 275 I 0.068 0.101 0.138 0.267 0.307 0.113 0.006 276 C 0.208 0.358 0.245 0.141 0.041 0.008 0.001 277 E 0.315 0.340 0.218 0.096 0.025 0.005 0.001 278 S 0.132 0.125 0.157 0.220 0.250 0.108 0.008 279 A 0.198 0.228 0.206 0.208 0.123 0.035 0.002 280 V 0.475 0.336 0.135 0.042 0.010 0.002 0.001 281 I 0.296 0.224 0.207 0.177 0.073 0.021 0.002 282 E 0.504 0.235 0.134 0.082 0.033 0.011 0.001 283 L 0.452 0.186 0.146 0.127 0.071 0.017 0.001