# TARGET T0371 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0371.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4534 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.002 0.002 0.035 0.033 0.916 2 Q 0.033 0.012 0.003 0.072 0.038 0.842 3 I 0.008 0.002 0.084 0.610 0.064 0.232 4 E 0.006 0.001 0.206 0.652 0.078 0.057 5 S 0.006 0.001 0.178 0.724 0.068 0.022 6 F 0.005 0.002 0.107 0.795 0.051 0.040 7 K 0.007 0.002 0.139 0.743 0.070 0.039 8 S 0.008 0.003 0.128 0.678 0.113 0.070 9 L 0.013 0.004 0.133 0.495 0.147 0.208 10 L 0.035 0.015 0.068 0.096 0.346 0.441 11 P 0.027 0.003 0.068 0.042 0.362 0.499 12 K 0.069 0.009 0.054 0.024 0.362 0.482 13 Y 0.261 0.005 0.007 0.004 0.305 0.417 14 K 0.553 0.002 0.002 0.001 0.099 0.344 15 C 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 16 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 17 F 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 18 F 0.957 0.001 0.001 0.002 0.006 0.033 19 D 0.682 0.005 0.002 0.004 0.100 0.207 20 A 0.193 0.008 0.046 0.035 0.452 0.267 21 F 0.074 0.007 0.127 0.087 0.510 0.194 22 G 0.056 0.004 0.228 0.149 0.482 0.081 23 V 0.177 0.026 0.151 0.290 0.250 0.106 24 L 0.313 0.034 0.109 0.325 0.140 0.080 25 K 0.313 0.042 0.059 0.283 0.172 0.131 26 T 0.206 0.026 0.040 0.164 0.349 0.215 27 Y 0.042 0.012 0.107 0.158 0.510 0.171 28 N 0.015 0.006 0.176 0.137 0.530 0.136 29 G 0.013 0.009 0.204 0.096 0.529 0.149 30 L 0.008 0.019 0.104 0.235 0.331 0.304 31 L 0.008 0.012 0.031 0.317 0.241 0.390 32 P 0.001 0.003 0.051 0.807 0.089 0.050 33 G 0.001 0.001 0.069 0.835 0.072 0.021 34 I 0.001 0.001 0.035 0.942 0.018 0.005 35 E 0.001 0.001 0.018 0.965 0.012 0.004 36 N 0.001 0.001 0.015 0.968 0.011 0.005 37 T 0.001 0.001 0.008 0.980 0.006 0.005 38 F 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.003 39 D 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 40 Y 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 41 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 42 K 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 43 A 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 44 Q 0.001 0.001 0.009 0.935 0.010 0.045 45 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.985 46 Q 0.032 0.002 0.001 0.001 0.052 0.913 47 D 0.565 0.006 0.001 0.001 0.050 0.378 48 Y 0.943 0.005 0.001 0.001 0.009 0.041 49 Y 0.960 0.002 0.001 0.002 0.008 0.027 50 I 0.911 0.002 0.002 0.002 0.020 0.062 51 V 0.673 0.009 0.004 0.005 0.091 0.218 52 T 0.212 0.022 0.010 0.006 0.285 0.465 53 N 0.044 0.010 0.015 0.010 0.409 0.512 54 D 0.025 0.013 0.025 0.013 0.489 0.434 55 A 0.024 0.017 0.047 0.034 0.561 0.317 56 S 0.027 0.025 0.043 0.070 0.443 0.392 57 R 0.023 0.027 0.025 0.080 0.391 0.454 58 S 0.015 0.017 0.009 0.091 0.225 0.643 59 P 0.001 0.001 0.046 0.878 0.038 0.036 60 E 0.001 0.001 0.048 0.911 0.026 0.014 61 Q 0.001 0.001 0.066 0.898 0.027 0.007 62 L 0.001 0.001 0.023 0.956 0.011 0.008 63 A 0.001 0.001 0.009 0.977 0.007 0.006 64 D 0.001 0.001 0.011 0.976 0.008 0.004 65 S 0.001 0.001 0.009 0.975 0.010 0.006 66 Y 0.001 0.001 0.013 0.971 0.012 0.003 67 H 0.001 0.001 0.027 0.948 0.019 0.005 68 K 0.001 0.001 0.028 0.938 0.024 0.010 69 L 0.001 0.001 0.042 0.811 0.049 0.097 70 G 0.001 0.001 0.005 0.014 0.114 0.864 71 L 0.024 0.027 0.037 0.027 0.365 0.521 72 F 0.074 0.037 0.039 0.029 0.425 0.396 73 S 0.061 0.029 0.041 0.040 0.461 0.369 74 I 0.045 0.016 0.024 0.045 0.393 0.477 75 T 0.061 0.020 0.015 0.042 0.259 0.604 76 A 0.020 0.003 0.194 0.501 0.193 0.089 77 D 0.030 0.002 0.189 0.534 0.188 0.057 78 K 0.054 0.004 0.139 0.639 0.134 0.030 79 I 0.136 0.014 0.036 0.677 0.077 0.060 80 I 0.142 0.011 0.024 0.696 0.070 0.056 81 S 0.116 0.008 0.023 0.620 0.139 0.094 82 S 0.063 0.003 0.017 0.599 0.153 0.163 83 G 0.065 0.004 0.022 0.369 0.223 0.317 84 M 0.173 0.011 0.050 0.366 0.177 0.223 85 I 0.340 0.027 0.047 0.300 0.101 0.185 86 T 0.274 0.016 0.046 0.373 0.102 0.190 87 K 0.203 0.005 0.064 0.447 0.108 0.173 88 E 0.207 0.006 0.088 0.432 0.134 0.133 89 Y 0.127 0.005 0.128 0.535 0.143 0.063 90 I 0.123 0.004 0.092 0.510 0.191 0.080 91 D 0.123 0.006 0.075 0.530 0.167 0.099 92 L 0.181 0.011 0.039 0.453 0.131 0.185 93 K 0.261 0.022 0.023 0.281 0.147 0.267 94 V 0.225 0.026 0.023 0.185 0.287 0.254 95 D 0.127 0.014 0.027 0.151 0.412 0.268 96 G 0.048 0.004 0.024 0.109 0.501 0.313 97 G 0.129 0.006 0.024 0.073 0.433 0.335 98 I 0.377 0.023 0.025 0.146 0.154 0.275 99 V 0.525 0.029 0.031 0.183 0.088 0.145 100 A 0.487 0.012 0.033 0.204 0.104 0.159 101 Y 0.333 0.008 0.057 0.337 0.116 0.149 102 L 0.211 0.009 0.046 0.371 0.159 0.204 103 G 0.114 0.010 0.033 0.370 0.183 0.290 104 T 0.046 0.004 0.029 0.597 0.126 0.198 105 A 0.018 0.003 0.027 0.787 0.083 0.081 106 N 0.008 0.002 0.035 0.869 0.054 0.032 107 S 0.005 0.002 0.028 0.926 0.023 0.017 108 A 0.002 0.001 0.025 0.947 0.015 0.010 109 N 0.002 0.001 0.024 0.949 0.016 0.008 110 Y 0.001 0.001 0.014 0.960 0.013 0.010 111 L 0.002 0.001 0.012 0.963 0.014 0.008 112 V 0.002 0.001 0.018 0.957 0.014 0.009 113 S 0.001 0.001 0.020 0.944 0.023 0.011 114 D 0.001 0.001 0.024 0.896 0.029 0.049 115 G 0.002 0.001 0.004 0.014 0.085 0.895 116 I 0.058 0.013 0.023 0.024 0.167 0.714 117 K 0.237 0.026 0.031 0.031 0.166 0.510 118 M 0.335 0.034 0.083 0.067 0.162 0.318 119 L 0.273 0.011 0.052 0.062 0.209 0.393 120 P 0.233 0.010 0.070 0.078 0.217 0.393 121 V 0.172 0.017 0.108 0.134 0.234 0.336 122 S 0.159 0.019 0.099 0.120 0.309 0.295 123 A 0.086 0.011 0.165 0.215 0.303 0.219 124 I 0.082 0.019 0.105 0.228 0.309 0.258 125 D 0.070 0.012 0.111 0.227 0.343 0.236 126 D 0.038 0.007 0.184 0.289 0.305 0.178 127 S 0.050 0.011 0.154 0.300 0.292 0.193 128 N 0.061 0.015 0.094 0.275 0.314 0.242 129 I 0.048 0.007 0.052 0.337 0.251 0.306 130 G 0.093 0.010 0.046 0.234 0.232 0.384 131 E 0.168 0.018 0.060 0.267 0.207 0.279 132 V 0.206 0.011 0.105 0.293 0.187 0.198 133 N 0.245 0.005 0.074 0.305 0.190 0.181 134 A 0.433 0.003 0.043 0.331 0.095 0.094 135 L 0.592 0.004 0.013 0.298 0.038 0.055 136 V 0.715 0.005 0.007 0.216 0.024 0.034 137 L 0.617 0.009 0.008 0.240 0.045 0.080 138 L 0.445 0.017 0.016 0.198 0.110 0.214 139 D 0.154 0.012 0.050 0.118 0.256 0.409 140 D 0.039 0.008 0.226 0.104 0.464 0.159 141 E 0.021 0.005 0.270 0.096 0.477 0.132 142 G 0.021 0.005 0.130 0.036 0.573 0.235 143 F 0.064 0.029 0.035 0.039 0.414 0.418 144 N 0.103 0.080 0.022 0.037 0.224 0.534 145 W 0.073 0.059 0.025 0.064 0.241 0.538 146 F 0.036 0.017 0.032 0.074 0.340 0.501 147 H 0.005 0.003 0.150 0.388 0.319 0.135 148 D 0.005 0.004 0.116 0.512 0.246 0.117 149 L 0.001 0.001 0.029 0.940 0.024 0.007 150 N 0.001 0.001 0.008 0.970 0.012 0.008 151 K 0.001 0.001 0.006 0.979 0.009 0.005 152 T 0.001 0.001 0.005 0.987 0.004 0.003 153 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 154 N 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 155 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 156 L 0.001 0.001 0.004 0.987 0.006 0.002 157 R 0.001 0.001 0.007 0.983 0.007 0.003 158 K 0.001 0.001 0.015 0.961 0.016 0.008 159 R 0.001 0.001 0.028 0.777 0.053 0.142 160 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.951 161 I 0.024 0.002 0.001 0.001 0.125 0.848 162 P 0.189 0.001 0.001 0.001 0.133 0.675 163 A 0.953 0.003 0.001 0.001 0.008 0.036 164 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 165 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 166 A 0.955 0.002 0.001 0.001 0.007 0.033 167 N 0.484 0.005 0.001 0.001 0.123 0.385 168 T 0.100 0.006 0.005 0.003 0.332 0.554 169 D 0.026 0.012 0.014 0.007 0.466 0.475 170 N 0.033 0.015 0.028 0.042 0.560 0.322 171 T 0.046 0.018 0.039 0.101 0.474 0.322 172 Y 0.069 0.020 0.049 0.197 0.323 0.341 173 P 0.087 0.024 0.064 0.296 0.209 0.321 174 L 0.126 0.027 0.078 0.352 0.159 0.258 175 T 0.120 0.013 0.051 0.356 0.177 0.283 176 K 0.089 0.008 0.065 0.508 0.155 0.173 177 T 0.076 0.009 0.057 0.555 0.145 0.158 178 D 0.061 0.006 0.123 0.551 0.164 0.095 179 V 0.059 0.006 0.169 0.537 0.134 0.096 180 A 0.041 0.009 0.169 0.610 0.096 0.074 181 I 0.028 0.005 0.093 0.635 0.112 0.128 182 A 0.027 0.007 0.036 0.343 0.168 0.419 183 I 0.021 0.007 0.048 0.609 0.143 0.172 184 G 0.017 0.003 0.055 0.550 0.215 0.160 185 G 0.014 0.003 0.068 0.635 0.174 0.106 186 V 0.017 0.003 0.059 0.802 0.067 0.052 187 A 0.029 0.003 0.047 0.814 0.065 0.042 188 T 0.052 0.002 0.048 0.753 0.089 0.054 189 M 0.100 0.003 0.049 0.723 0.082 0.042 190 I 0.087 0.004 0.023 0.792 0.064 0.029 191 E 0.073 0.002 0.028 0.799 0.067 0.032 192 S 0.100 0.002 0.026 0.764 0.061 0.047 193 I 0.110 0.008 0.021 0.668 0.083 0.111 194 L 0.099 0.020 0.024 0.571 0.112 0.174 195 G 0.086 0.009 0.025 0.279 0.262 0.338 196 R 0.061 0.004 0.119 0.295 0.325 0.196 197 R 0.097 0.009 0.155 0.248 0.283 0.207 198 F 0.154 0.022 0.191 0.211 0.267 0.155 199 I 0.183 0.023 0.086 0.190 0.257 0.261 200 R 0.185 0.030 0.072 0.171 0.253 0.290 201 F 0.152 0.021 0.063 0.105 0.286 0.373 202 G 0.110 0.022 0.026 0.033 0.288 0.521 203 K 0.068 0.025 0.011 0.014 0.241 0.641 204 P 0.026 0.019 0.004 0.015 0.173 0.763 205 D 0.007 0.007 0.002 0.033 0.119 0.831 206 S 0.001 0.001 0.008 0.950 0.023 0.019 207 Q 0.001 0.001 0.006 0.979 0.011 0.004 208 M 0.001 0.001 0.006 0.984 0.007 0.002 209 F 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 210 M 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 211 F 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 212 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 213 Y 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 214 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 215 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 216 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 217 R 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 218 Q 0.001 0.001 0.003 0.987 0.006 0.005 219 K 0.001 0.001 0.005 0.951 0.028 0.016 220 M 0.001 0.001 0.026 0.649 0.152 0.171 221 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.184 0.812 222 I 0.017 0.027 0.005 0.002 0.243 0.706 223 S 0.017 0.011 0.002 0.001 0.110 0.859 224 K 0.006 0.002 0.805 0.021 0.122 0.044 225 R 0.020 0.001 0.661 0.019 0.238 0.062 226 E 0.135 0.001 0.607 0.022 0.198 0.037 227 I 0.775 0.009 0.011 0.022 0.069 0.113 228 L 0.916 0.009 0.001 0.011 0.014 0.049 229 M 0.937 0.004 0.001 0.008 0.020 0.030 230 V 0.821 0.010 0.001 0.011 0.037 0.121 231 G 0.374 0.018 0.005 0.014 0.207 0.382 232 D 0.126 0.025 0.011 0.020 0.347 0.472 233 T 0.041 0.028 0.034 0.046 0.456 0.394 234 L 0.014 0.007 0.202 0.179 0.472 0.126 235 H 0.009 0.004 0.232 0.188 0.472 0.096 236 T 0.006 0.007 0.140 0.271 0.447 0.129 237 D 0.010 0.014 0.053 0.627 0.126 0.170 238 I 0.004 0.003 0.009 0.950 0.017 0.017 239 L 0.005 0.001 0.008 0.959 0.018 0.008 240 G 0.003 0.002 0.008 0.969 0.012 0.006 241 G 0.003 0.001 0.013 0.969 0.012 0.003 242 N 0.002 0.001 0.042 0.938 0.013 0.004 243 K 0.003 0.001 0.051 0.921 0.016 0.008 244 F 0.003 0.001 0.046 0.855 0.021 0.075 245 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.984 246 L 0.052 0.003 0.001 0.001 0.071 0.872 247 D 0.293 0.002 0.001 0.001 0.101 0.603 248 T 0.952 0.004 0.001 0.001 0.008 0.036 249 A 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 250 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 251 V 0.948 0.002 0.001 0.003 0.013 0.033 252 L 0.672 0.005 0.003 0.004 0.091 0.225 253 T 0.213 0.008 0.007 0.010 0.305 0.457 254 G 0.051 0.013 0.019 0.020 0.401 0.496 255 N 0.053 0.014 0.035 0.074 0.378 0.446 256 T 0.041 0.019 0.058 0.141 0.406 0.336 257 R 0.030 0.017 0.059 0.264 0.278 0.351 258 I 0.021 0.007 0.078 0.541 0.164 0.189 259 D 0.017 0.004 0.082 0.648 0.131 0.117 260 D 0.012 0.003 0.090 0.724 0.111 0.060 261 A 0.009 0.003 0.099 0.790 0.065 0.033 262 E 0.015 0.002 0.126 0.732 0.087 0.038 263 T 0.022 0.002 0.112 0.721 0.093 0.050 264 K 0.037 0.007 0.058 0.731 0.080 0.086 265 I 0.065 0.029 0.032 0.631 0.113 0.130 266 K 0.061 0.015 0.034 0.471 0.182 0.238 267 S 0.042 0.017 0.035 0.286 0.341 0.278 268 T 0.021 0.011 0.037 0.160 0.408 0.363 269 G 0.012 0.003 0.010 0.010 0.378 0.586 270 I 0.044 0.016 0.011 0.014 0.310 0.605 271 V 0.104 0.036 0.011 0.009 0.318 0.522 272 P 0.137 0.016 0.017 0.021 0.386 0.424 273 T 0.234 0.006 0.032 0.046 0.297 0.384 274 H 0.796 0.007 0.019 0.029 0.067 0.082 275 I 0.888 0.016 0.005 0.036 0.012 0.043 276 C 0.837 0.012 0.005 0.051 0.022 0.072 277 E 0.420 0.009 0.007 0.125 0.110 0.329 278 S 0.093 0.010 0.029 0.300 0.231 0.338 279 A 0.012 0.002 0.180 0.564 0.163 0.079 280 V 0.007 0.001 0.358 0.496 0.104 0.034 281 I 0.007 0.002 0.311 0.529 0.094 0.058 282 E 0.006 0.005 0.090 0.553 0.069 0.277 283 L 0.002 0.001 0.001 0.014 0.035 0.948