# TARGET T0371 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0371.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4534 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.443 0.170 0.156 0.137 0.072 0.020 0.002 2 Q 0.634 0.246 0.083 0.028 0.007 0.002 0.001 3 I 0.423 0.257 0.169 0.102 0.037 0.010 0.001 4 E 0.750 0.167 0.049 0.021 0.009 0.003 0.001 5 S 0.426 0.321 0.154 0.072 0.022 0.005 0.001 6 F 0.095 0.122 0.207 0.295 0.200 0.074 0.006 7 K 0.259 0.338 0.233 0.122 0.039 0.008 0.001 8 S 0.382 0.398 0.152 0.050 0.013 0.004 0.001 9 L 0.055 0.144 0.240 0.319 0.189 0.051 0.002 10 L 0.022 0.059 0.148 0.332 0.336 0.102 0.003 11 P 0.306 0.438 0.181 0.061 0.013 0.002 0.001 12 K 0.186 0.471 0.245 0.082 0.014 0.002 0.001 13 Y 0.001 0.012 0.058 0.245 0.457 0.220 0.006 14 K 0.004 0.034 0.146 0.380 0.338 0.090 0.009 15 C 0.001 0.001 0.005 0.020 0.099 0.570 0.304 16 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.035 0.304 0.652 17 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.158 0.820 18 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.122 0.865 19 D 0.001 0.001 0.001 0.007 0.036 0.210 0.746 20 A 0.001 0.001 0.004 0.015 0.057 0.315 0.608 21 F 0.001 0.003 0.010 0.033 0.116 0.370 0.467 22 G 0.003 0.012 0.032 0.073 0.164 0.412 0.303 23 V 0.003 0.013 0.040 0.108 0.243 0.405 0.188 24 L 0.003 0.007 0.013 0.054 0.203 0.496 0.225 25 K 0.013 0.057 0.139 0.260 0.294 0.207 0.030 26 T 0.036 0.112 0.193 0.277 0.250 0.119 0.014 27 Y 0.136 0.222 0.250 0.234 0.120 0.035 0.004 28 N 0.351 0.344 0.178 0.087 0.030 0.008 0.001 29 G 0.237 0.306 0.240 0.141 0.058 0.016 0.002 30 L 0.116 0.191 0.203 0.224 0.184 0.079 0.004 31 L 0.029 0.088 0.201 0.313 0.255 0.105 0.008 32 P 0.309 0.405 0.177 0.066 0.030 0.012 0.002 33 G 0.041 0.149 0.246 0.299 0.190 0.066 0.008 34 I 0.004 0.008 0.019 0.096 0.342 0.453 0.079 35 E 0.013 0.098 0.314 0.390 0.154 0.029 0.002 36 N 0.030 0.328 0.386 0.187 0.053 0.015 0.001 37 T 0.001 0.006 0.024 0.114 0.379 0.432 0.045 38 F 0.001 0.001 0.008 0.055 0.273 0.572 0.092 39 D 0.022 0.287 0.404 0.201 0.067 0.018 0.001 40 Y 0.005 0.074 0.314 0.427 0.157 0.022 0.001 41 L 0.001 0.005 0.015 0.102 0.409 0.433 0.035 42 K 0.020 0.178 0.360 0.315 0.108 0.018 0.001 43 A 0.408 0.417 0.126 0.040 0.008 0.001 0.001 44 Q 0.152 0.375 0.286 0.149 0.034 0.004 0.001 45 G 0.212 0.412 0.236 0.107 0.027 0.004 0.001 46 Q 0.023 0.239 0.337 0.284 0.102 0.014 0.001 47 D 0.002 0.035 0.145 0.347 0.353 0.107 0.011 48 Y 0.001 0.001 0.002 0.019 0.151 0.642 0.186 49 Y 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.372 0.591 50 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.090 0.905 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.057 0.941 52 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.107 0.882 53 N 0.001 0.001 0.002 0.012 0.062 0.291 0.632 54 D 0.001 0.005 0.017 0.062 0.180 0.416 0.319 55 A 0.006 0.028 0.069 0.154 0.259 0.354 0.129 56 S 0.035 0.124 0.179 0.229 0.219 0.167 0.047 57 R 0.151 0.201 0.191 0.182 0.147 0.095 0.034 58 S 0.138 0.194 0.195 0.199 0.158 0.097 0.020 59 P 0.070 0.130 0.188 0.236 0.209 0.136 0.030 60 E 0.380 0.323 0.155 0.085 0.038 0.016 0.004 61 Q 0.137 0.388 0.261 0.145 0.051 0.016 0.002 62 L 0.011 0.031 0.088 0.248 0.360 0.244 0.018 63 A 0.024 0.081 0.192 0.313 0.269 0.113 0.007 64 D 0.301 0.486 0.170 0.037 0.005 0.001 0.001 65 S 0.038 0.182 0.310 0.313 0.130 0.026 0.001 66 Y 0.007 0.020 0.055 0.225 0.467 0.221 0.005 67 H 0.136 0.356 0.294 0.164 0.043 0.007 0.001 68 K 0.431 0.375 0.133 0.049 0.010 0.002 0.001 69 L 0.027 0.126 0.296 0.339 0.169 0.042 0.001 70 G 0.109 0.261 0.282 0.213 0.103 0.030 0.002 71 L 0.032 0.056 0.103 0.233 0.334 0.222 0.020 72 F 0.055 0.129 0.193 0.261 0.222 0.121 0.018 73 S 0.191 0.300 0.203 0.140 0.091 0.060 0.016 74 I 0.039 0.067 0.125 0.252 0.295 0.189 0.033 75 T 0.124 0.225 0.219 0.199 0.136 0.077 0.021 76 A 0.089 0.124 0.139 0.181 0.197 0.201 0.068 77 D 0.104 0.165 0.177 0.203 0.176 0.132 0.042 78 K 0.049 0.090 0.135 0.199 0.227 0.213 0.086 79 I 0.026 0.030 0.044 0.093 0.189 0.388 0.230 80 I 0.027 0.038 0.056 0.091 0.149 0.312 0.327 81 S 0.120 0.087 0.082 0.095 0.114 0.212 0.289 82 S 0.079 0.066 0.068 0.094 0.132 0.235 0.325 83 G 0.092 0.079 0.084 0.111 0.141 0.212 0.282 84 M 0.085 0.099 0.101 0.117 0.134 0.216 0.247 85 I 0.072 0.080 0.095 0.136 0.171 0.242 0.204 86 T 0.058 0.081 0.092 0.128 0.184 0.263 0.194 87 K 0.056 0.102 0.153 0.213 0.222 0.182 0.071 88 E 0.139 0.226 0.193 0.173 0.134 0.099 0.036 89 Y 0.053 0.094 0.146 0.237 0.252 0.175 0.042 90 I 0.112 0.149 0.168 0.210 0.197 0.136 0.028 91 D 0.320 0.268 0.168 0.127 0.071 0.035 0.010 92 L 0.356 0.283 0.170 0.113 0.051 0.022 0.005 93 K 0.266 0.275 0.195 0.146 0.081 0.034 0.004 94 V 0.143 0.127 0.163 0.231 0.209 0.114 0.013 95 D 0.372 0.264 0.166 0.111 0.057 0.025 0.006 96 G 0.330 0.276 0.182 0.118 0.059 0.029 0.007 97 G 0.132 0.193 0.201 0.212 0.157 0.090 0.014 98 I 0.050 0.084 0.132 0.212 0.249 0.218 0.056 99 V 0.029 0.040 0.064 0.127 0.220 0.362 0.158 100 A 0.046 0.095 0.132 0.181 0.203 0.242 0.100 101 Y 0.056 0.092 0.119 0.179 0.215 0.238 0.101 102 L 0.028 0.056 0.090 0.162 0.239 0.296 0.129 103 G 0.034 0.068 0.104 0.158 0.211 0.285 0.139 104 T 0.048 0.089 0.124 0.180 0.215 0.245 0.100 105 A 0.145 0.200 0.192 0.185 0.152 0.097 0.030 106 N 0.070 0.168 0.214 0.218 0.173 0.124 0.034 107 S 0.041 0.051 0.061 0.111 0.229 0.372 0.134 108 A 0.060 0.125 0.200 0.270 0.220 0.109 0.017 109 N 0.138 0.362 0.264 0.146 0.062 0.024 0.004 110 Y 0.031 0.088 0.189 0.297 0.254 0.127 0.013 111 L 0.019 0.039 0.081 0.214 0.374 0.252 0.021 112 V 0.157 0.325 0.296 0.164 0.048 0.009 0.001 113 S 0.495 0.339 0.111 0.041 0.011 0.002 0.001 114 D 0.139 0.302 0.302 0.186 0.059 0.011 0.001 115 G 0.156 0.275 0.242 0.192 0.099 0.033 0.002 116 I 0.017 0.043 0.098 0.249 0.365 0.212 0.017 117 K 0.079 0.237 0.264 0.218 0.132 0.059 0.011 118 M 0.024 0.054 0.102 0.199 0.288 0.281 0.052 119 L 0.031 0.067 0.117 0.195 0.263 0.270 0.058 120 P 0.061 0.140 0.202 0.222 0.191 0.139 0.045 121 V 0.082 0.118 0.157 0.220 0.227 0.162 0.035 122 S 0.201 0.224 0.184 0.174 0.128 0.071 0.018 123 A 0.200 0.183 0.162 0.171 0.144 0.110 0.029 124 I 0.190 0.189 0.187 0.180 0.141 0.094 0.019 125 D 0.305 0.219 0.171 0.147 0.098 0.049 0.011 126 D 0.373 0.257 0.159 0.107 0.063 0.034 0.007 127 S 0.333 0.220 0.168 0.134 0.086 0.047 0.013 128 N 0.375 0.248 0.162 0.116 0.061 0.031 0.007 129 I 0.264 0.225 0.193 0.161 0.094 0.051 0.012 130 G 0.450 0.232 0.131 0.092 0.055 0.030 0.009 131 E 0.231 0.258 0.203 0.157 0.092 0.049 0.010 132 V 0.092 0.108 0.146 0.228 0.231 0.163 0.033 133 N 0.097 0.178 0.198 0.217 0.173 0.107 0.028 134 A 0.080 0.157 0.193 0.215 0.184 0.137 0.032 135 L 0.021 0.043 0.084 0.185 0.288 0.310 0.068 136 V 0.015 0.039 0.077 0.155 0.259 0.352 0.103 137 L 0.068 0.140 0.193 0.227 0.195 0.144 0.032 138 L 0.109 0.172 0.210 0.232 0.173 0.088 0.016 139 D 0.197 0.250 0.208 0.178 0.108 0.051 0.008 140 D 0.258 0.260 0.205 0.159 0.083 0.031 0.004 141 E 0.470 0.280 0.141 0.074 0.027 0.007 0.001 142 G 0.278 0.315 0.201 0.131 0.057 0.016 0.001 143 F 0.040 0.085 0.163 0.296 0.280 0.127 0.008 144 N 0.151 0.312 0.266 0.175 0.074 0.021 0.003 145 W 0.023 0.055 0.125 0.271 0.324 0.191 0.012 146 F 0.021 0.081 0.171 0.291 0.285 0.144 0.008 147 H 0.140 0.313 0.267 0.167 0.081 0.028 0.005 148 D 0.061 0.240 0.291 0.244 0.118 0.041 0.005 149 L 0.003 0.009 0.028 0.134 0.374 0.405 0.047 150 N 0.030 0.150 0.326 0.325 0.135 0.033 0.002 151 K 0.064 0.376 0.335 0.159 0.051 0.014 0.001 152 T 0.003 0.012 0.035 0.125 0.349 0.424 0.052 153 V 0.001 0.006 0.026 0.116 0.352 0.454 0.045 154 N 0.044 0.363 0.371 0.168 0.044 0.010 0.001 155 L 0.009 0.092 0.283 0.397 0.178 0.039 0.001 156 L 0.001 0.004 0.012 0.088 0.399 0.473 0.023 157 R 0.028 0.202 0.370 0.303 0.088 0.009 0.001 158 K 0.449 0.444 0.090 0.016 0.001 0.001 0.001 159 R 0.069 0.339 0.367 0.183 0.037 0.004 0.001 160 T 0.092 0.406 0.309 0.145 0.040 0.007 0.001 161 I 0.001 0.012 0.065 0.285 0.478 0.154 0.006 162 P 0.001 0.011 0.060 0.213 0.383 0.287 0.046 163 A 0.001 0.001 0.002 0.016 0.119 0.608 0.255 164 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.342 0.632 165 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.168 0.818 166 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.203 0.773 167 N 0.001 0.001 0.004 0.019 0.113 0.438 0.425 168 T 0.002 0.016 0.056 0.183 0.346 0.325 0.071 169 D 0.026 0.162 0.259 0.268 0.182 0.085 0.018 170 N 0.111 0.213 0.223 0.222 0.149 0.069 0.013 171 T 0.150 0.217 0.197 0.195 0.143 0.084 0.014 172 Y 0.107 0.148 0.199 0.232 0.193 0.105 0.017 173 P 0.102 0.210 0.236 0.207 0.148 0.084 0.013 174 L 0.043 0.067 0.127 0.230 0.280 0.214 0.040 175 T 0.229 0.283 0.209 0.146 0.082 0.043 0.009 176 K 0.184 0.292 0.238 0.165 0.082 0.033 0.007 177 T 0.152 0.182 0.169 0.213 0.176 0.096 0.012 178 D 0.084 0.125 0.166 0.248 0.233 0.125 0.018 179 V 0.216 0.291 0.228 0.156 0.072 0.032 0.006 180 A 0.123 0.212 0.220 0.205 0.145 0.082 0.012 181 I 0.039 0.069 0.118 0.215 0.280 0.238 0.040 182 A 0.062 0.164 0.218 0.225 0.180 0.124 0.027 183 I 0.026 0.043 0.077 0.179 0.284 0.316 0.075 184 G 0.097 0.203 0.230 0.224 0.150 0.080 0.015 185 G 0.085 0.206 0.259 0.235 0.135 0.066 0.013 186 V 0.038 0.050 0.072 0.149 0.260 0.340 0.091 187 A 0.041 0.080 0.119 0.199 0.261 0.247 0.053 188 T 0.085 0.196 0.242 0.231 0.144 0.079 0.022 189 M 0.037 0.080 0.128 0.212 0.253 0.227 0.063 190 I 0.026 0.033 0.048 0.112 0.238 0.379 0.163 191 E 0.113 0.192 0.204 0.192 0.143 0.113 0.042 192 S 0.124 0.174 0.189 0.195 0.155 0.117 0.046 193 I 0.075 0.091 0.118 0.179 0.212 0.227 0.098 194 L 0.085 0.104 0.130 0.167 0.188 0.218 0.108 195 G 0.171 0.142 0.121 0.139 0.148 0.174 0.105 196 R 0.191 0.180 0.157 0.172 0.143 0.106 0.051 197 R 0.241 0.225 0.181 0.149 0.101 0.068 0.034 198 F 0.179 0.163 0.157 0.171 0.148 0.129 0.054 199 I 0.105 0.096 0.111 0.163 0.199 0.230 0.097 200 R 0.167 0.198 0.179 0.169 0.132 0.108 0.047 201 F 0.120 0.131 0.135 0.186 0.193 0.174 0.060 202 G 0.105 0.150 0.158 0.195 0.178 0.157 0.057 203 K 0.038 0.065 0.102 0.169 0.216 0.275 0.135 204 P 0.064 0.109 0.139 0.193 0.211 0.204 0.079 205 D 0.075 0.184 0.233 0.229 0.151 0.092 0.035 206 S 0.191 0.247 0.182 0.153 0.118 0.081 0.028 207 Q 0.064 0.215 0.269 0.238 0.142 0.062 0.011 208 M 0.004 0.012 0.032 0.116 0.303 0.440 0.093 209 F 0.003 0.016 0.036 0.101 0.273 0.447 0.124 210 M 0.009 0.080 0.229 0.305 0.237 0.124 0.017 211 F 0.002 0.016 0.105 0.354 0.380 0.131 0.012 212 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.056 0.542 0.396 213 Y 0.001 0.004 0.034 0.175 0.395 0.364 0.028 214 D 0.016 0.254 0.399 0.226 0.077 0.026 0.002 215 M 0.002 0.027 0.172 0.461 0.280 0.056 0.002 216 L 0.001 0.002 0.008 0.092 0.470 0.416 0.012 217 R 0.024 0.211 0.394 0.296 0.071 0.004 0.001 218 Q 0.578 0.382 0.037 0.003 0.001 0.001 0.001 219 K 0.105 0.371 0.355 0.153 0.016 0.001 0.001 220 M 0.028 0.122 0.320 0.363 0.146 0.020 0.001 221 E 0.611 0.327 0.049 0.011 0.002 0.001 0.001 222 I 0.016 0.061 0.197 0.409 0.268 0.049 0.001 223 S 0.341 0.429 0.152 0.056 0.018 0.003 0.001 224 K 0.114 0.306 0.305 0.211 0.059 0.005 0.001 225 R 0.119 0.368 0.288 0.166 0.050 0.008 0.001 226 E 0.005 0.054 0.206 0.404 0.276 0.053 0.002 227 I 0.001 0.002 0.016 0.069 0.253 0.566 0.093 228 L 0.001 0.001 0.003 0.010 0.057 0.473 0.456 229 M 0.001 0.001 0.002 0.009 0.043 0.250 0.696 230 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.221 0.749 231 G 0.001 0.003 0.010 0.037 0.116 0.340 0.493 232 D 0.001 0.010 0.030 0.089 0.199 0.405 0.265 233 T 0.004 0.024 0.062 0.141 0.254 0.350 0.165 234 L 0.011 0.037 0.075 0.164 0.261 0.325 0.128 235 H 0.024 0.103 0.173 0.203 0.211 0.198 0.089 236 T 0.010 0.036 0.081 0.164 0.259 0.320 0.131 237 D 0.016 0.050 0.081 0.121 0.188 0.314 0.229 238 I 0.015 0.034 0.062 0.133 0.274 0.369 0.115 239 L 0.035 0.134 0.198 0.226 0.191 0.156 0.061 240 G 0.014 0.025 0.053 0.132 0.253 0.365 0.157 241 G 0.006 0.009 0.015 0.048 0.175 0.498 0.250 242 N 0.020 0.106 0.195 0.274 0.246 0.126 0.032 243 K 0.018 0.108 0.210 0.255 0.226 0.152 0.030 244 F 0.003 0.020 0.051 0.153 0.323 0.350 0.099 245 G 0.005 0.062 0.184 0.287 0.242 0.165 0.055 246 L 0.001 0.004 0.013 0.061 0.240 0.519 0.163 247 D 0.001 0.003 0.027 0.151 0.321 0.360 0.137 248 T 0.001 0.001 0.002 0.008 0.043 0.363 0.583 249 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.153 0.836 250 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.195 0.773 251 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.049 0.297 0.645 252 L 0.001 0.004 0.013 0.062 0.222 0.482 0.217 253 T 0.002 0.024 0.081 0.189 0.298 0.330 0.076 254 G 0.013 0.050 0.119 0.248 0.326 0.214 0.030 255 N 0.079 0.235 0.277 0.234 0.124 0.047 0.005 256 T 0.158 0.200 0.211 0.198 0.149 0.072 0.013 257 R 0.259 0.308 0.194 0.125 0.073 0.035 0.005 258 I 0.066 0.112 0.209 0.285 0.224 0.095 0.009 259 D 0.431 0.323 0.146 0.063 0.025 0.009 0.002 260 D 0.286 0.338 0.209 0.111 0.043 0.012 0.002 261 A 0.111 0.118 0.174 0.279 0.230 0.082 0.005 262 E 0.219 0.273 0.228 0.176 0.081 0.021 0.002 263 T 0.375 0.318 0.181 0.089 0.028 0.008 0.001 264 K 0.165 0.216 0.226 0.223 0.125 0.042 0.003 265 I 0.099 0.119 0.173 0.257 0.226 0.116 0.010 266 K 0.363 0.259 0.173 0.121 0.059 0.022 0.003 267 S 0.481 0.259 0.135 0.081 0.032 0.010 0.002 268 T 0.361 0.271 0.176 0.116 0.054 0.020 0.003 269 G 0.258 0.272 0.200 0.145 0.082 0.037 0.006 270 I 0.149 0.152 0.188 0.241 0.181 0.078 0.010 271 V 0.141 0.190 0.205 0.217 0.155 0.080 0.011 272 P 0.097 0.139 0.173 0.222 0.201 0.138 0.030 273 T 0.131 0.255 0.245 0.207 0.109 0.046 0.006 274 H 0.123 0.165 0.183 0.243 0.185 0.094 0.008 275 I 0.083 0.106 0.151 0.238 0.232 0.169 0.020 276 C 0.046 0.035 0.046 0.112 0.255 0.439 0.067 277 E 0.164 0.203 0.245 0.216 0.121 0.047 0.004 278 S 0.207 0.328 0.248 0.139 0.056 0.019 0.003 279 A 0.300 0.183 0.139 0.140 0.125 0.098 0.015 280 V 0.272 0.144 0.161 0.196 0.138 0.084 0.004 281 I 0.466 0.259 0.163 0.080 0.025 0.007 0.001 282 E 0.577 0.272 0.096 0.038 0.013 0.004 0.001 283 L 0.462 0.162 0.122 0.125 0.083 0.042 0.004