# TARGET T0371 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0371.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2160 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.012 0.005 0.023 0.098 0.838 2 Q 0.050 0.021 0.006 0.065 0.078 0.780 3 I 0.027 0.006 0.121 0.507 0.100 0.239 4 E 0.024 0.005 0.187 0.616 0.100 0.068 5 S 0.030 0.005 0.269 0.539 0.114 0.043 6 F 0.017 0.003 0.254 0.576 0.091 0.059 7 K 0.019 0.003 0.280 0.552 0.098 0.048 8 S 0.012 0.003 0.213 0.617 0.098 0.056 9 L 0.012 0.007 0.157 0.425 0.144 0.255 10 L 0.019 0.016 0.056 0.046 0.467 0.396 11 P 0.009 0.002 0.148 0.020 0.611 0.209 12 K 0.021 0.003 0.144 0.011 0.585 0.236 13 Y 0.233 0.017 0.032 0.004 0.498 0.216 14 K 0.510 0.003 0.003 0.001 0.124 0.358 15 C 0.977 0.003 0.001 0.001 0.004 0.016 16 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 17 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 18 F 0.974 0.001 0.001 0.002 0.005 0.018 19 D 0.711 0.005 0.003 0.004 0.081 0.196 20 A 0.217 0.009 0.033 0.036 0.366 0.339 21 F 0.057 0.009 0.147 0.072 0.500 0.216 22 G 0.039 0.007 0.251 0.167 0.443 0.092 23 V 0.070 0.024 0.183 0.318 0.304 0.099 24 L 0.099 0.029 0.127 0.391 0.248 0.107 25 K 0.086 0.061 0.062 0.410 0.226 0.155 26 T 0.053 0.032 0.050 0.295 0.355 0.215 27 Y 0.013 0.009 0.147 0.203 0.472 0.157 28 N 0.009 0.008 0.272 0.082 0.527 0.101 29 G 0.009 0.012 0.331 0.101 0.465 0.082 30 L 0.008 0.020 0.130 0.150 0.456 0.237 31 L 0.005 0.014 0.014 0.074 0.544 0.349 32 P 0.001 0.005 0.042 0.484 0.327 0.142 33 G 0.001 0.002 0.030 0.749 0.148 0.070 34 I 0.001 0.001 0.011 0.963 0.019 0.006 35 E 0.001 0.001 0.006 0.975 0.010 0.008 36 N 0.001 0.001 0.006 0.976 0.008 0.007 37 T 0.002 0.001 0.005 0.982 0.004 0.007 38 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 39 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 40 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 42 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 44 Q 0.001 0.001 0.005 0.933 0.011 0.052 45 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.983 46 Q 0.007 0.001 0.001 0.001 0.028 0.964 47 D 0.548 0.003 0.001 0.001 0.039 0.410 48 Y 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 49 Y 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 50 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 51 V 0.897 0.002 0.001 0.001 0.013 0.087 52 T 0.334 0.006 0.002 0.002 0.131 0.525 53 N 0.061 0.010 0.018 0.003 0.314 0.594 54 D 0.033 0.016 0.136 0.013 0.585 0.217 55 A 0.024 0.012 0.144 0.022 0.660 0.137 56 S 0.013 0.007 0.031 0.006 0.508 0.435 57 R 0.024 0.055 0.002 0.006 0.200 0.712 58 S 0.011 0.012 0.001 0.011 0.053 0.912 59 P 0.001 0.001 0.057 0.922 0.010 0.009 60 E 0.001 0.001 0.069 0.921 0.008 0.002 61 Q 0.001 0.001 0.073 0.922 0.003 0.001 62 L 0.001 0.001 0.008 0.985 0.002 0.003 63 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 65 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 66 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 67 H 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 68 K 0.001 0.001 0.005 0.991 0.002 0.002 69 L 0.001 0.001 0.006 0.969 0.003 0.021 70 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.980 71 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.054 0.940 72 F 0.019 0.007 0.008 0.001 0.239 0.725 73 S 0.021 0.009 0.035 0.004 0.410 0.521 74 I 0.039 0.033 0.026 0.005 0.385 0.512 75 T 0.060 0.018 0.024 0.010 0.229 0.659 76 A 0.015 0.002 0.395 0.429 0.115 0.044 77 D 0.030 0.001 0.308 0.426 0.192 0.042 78 K 0.083 0.004 0.203 0.499 0.181 0.030 79 I 0.409 0.009 0.026 0.362 0.091 0.104 80 I 0.456 0.021 0.009 0.376 0.044 0.094 81 S 0.318 0.019 0.005 0.399 0.130 0.128 82 S 0.096 0.006 0.004 0.374 0.227 0.293 83 G 0.037 0.005 0.010 0.470 0.260 0.218 84 M 0.155 0.020 0.016 0.375 0.293 0.142 85 I 0.194 0.016 0.017 0.509 0.106 0.158 86 T 0.215 0.017 0.023 0.532 0.081 0.133 87 K 0.149 0.005 0.047 0.625 0.076 0.098 88 E 0.151 0.005 0.055 0.595 0.106 0.089 89 Y 0.118 0.006 0.065 0.603 0.154 0.054 90 I 0.085 0.007 0.043 0.637 0.158 0.071 91 D 0.078 0.005 0.046 0.494 0.239 0.139 92 L 0.190 0.014 0.046 0.301 0.233 0.215 93 K 0.323 0.037 0.025 0.160 0.208 0.246 94 V 0.240 0.032 0.030 0.093 0.530 0.074 95 D 0.099 0.007 0.019 0.070 0.706 0.099 96 G 0.049 0.003 0.011 0.032 0.783 0.122 97 G 0.243 0.013 0.005 0.009 0.500 0.231 98 I 0.618 0.028 0.004 0.016 0.078 0.257 99 V 0.829 0.023 0.005 0.015 0.039 0.088 100 A 0.794 0.013 0.010 0.025 0.049 0.109 101 Y 0.607 0.012 0.020 0.045 0.142 0.174 102 L 0.318 0.016 0.023 0.072 0.267 0.305 103 G 0.104 0.010 0.019 0.112 0.280 0.476 104 T 0.048 0.007 0.027 0.542 0.155 0.220 105 A 0.021 0.005 0.032 0.782 0.078 0.082 106 N 0.006 0.003 0.038 0.893 0.039 0.021 107 S 0.004 0.002 0.027 0.941 0.015 0.011 108 A 0.002 0.001 0.014 0.974 0.005 0.005 109 N 0.002 0.001 0.012 0.975 0.006 0.004 110 Y 0.001 0.001 0.009 0.981 0.005 0.003 111 L 0.001 0.001 0.009 0.975 0.010 0.004 112 V 0.002 0.001 0.015 0.963 0.013 0.006 113 S 0.001 0.001 0.022 0.946 0.021 0.009 114 D 0.001 0.001 0.024 0.867 0.043 0.063 115 G 0.002 0.002 0.007 0.019 0.088 0.882 116 I 0.030 0.021 0.010 0.009 0.143 0.788 117 K 0.155 0.028 0.020 0.014 0.184 0.599 118 M 0.222 0.034 0.083 0.039 0.236 0.386 119 L 0.206 0.022 0.069 0.035 0.280 0.389 120 P 0.199 0.015 0.117 0.044 0.288 0.338 121 V 0.149 0.027 0.094 0.096 0.280 0.355 122 S 0.121 0.027 0.076 0.104 0.323 0.349 123 A 0.051 0.019 0.132 0.188 0.335 0.275 124 I 0.034 0.016 0.185 0.214 0.343 0.209 125 D 0.027 0.008 0.264 0.194 0.353 0.153 126 D 0.022 0.006 0.371 0.216 0.265 0.120 127 S 0.031 0.016 0.188 0.296 0.267 0.202 128 N 0.043 0.014 0.078 0.202 0.284 0.379 129 I 0.030 0.007 0.053 0.335 0.254 0.321 130 G 0.054 0.010 0.059 0.293 0.288 0.295 131 E 0.081 0.017 0.103 0.336 0.268 0.194 132 V 0.107 0.008 0.137 0.396 0.202 0.151 133 N 0.142 0.003 0.108 0.424 0.185 0.138 134 A 0.351 0.003 0.055 0.426 0.089 0.076 135 L 0.555 0.004 0.013 0.347 0.036 0.046 136 V 0.740 0.004 0.006 0.199 0.020 0.031 137 L 0.737 0.008 0.005 0.158 0.035 0.057 138 L 0.541 0.019 0.012 0.125 0.100 0.203 139 D 0.167 0.016 0.034 0.084 0.283 0.414 140 D 0.041 0.016 0.147 0.064 0.548 0.184 141 E 0.026 0.010 0.139 0.056 0.626 0.143 142 G 0.027 0.007 0.095 0.025 0.613 0.233 143 F 0.077 0.038 0.038 0.018 0.422 0.407 144 N 0.114 0.069 0.030 0.032 0.225 0.530 145 W 0.096 0.074 0.049 0.083 0.231 0.467 146 F 0.040 0.023 0.069 0.134 0.371 0.363 147 H 0.008 0.004 0.182 0.385 0.284 0.138 148 D 0.006 0.003 0.153 0.556 0.167 0.116 149 L 0.002 0.002 0.035 0.913 0.033 0.015 150 N 0.003 0.002 0.013 0.929 0.025 0.028 151 K 0.002 0.001 0.009 0.964 0.014 0.012 152 T 0.001 0.001 0.004 0.984 0.005 0.006 153 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 154 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 155 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 156 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 157 R 0.001 0.001 0.008 0.977 0.010 0.005 158 K 0.001 0.001 0.014 0.915 0.030 0.040 159 R 0.001 0.001 0.021 0.430 0.107 0.440 160 T 0.001 0.001 0.002 0.002 0.064 0.929 161 I 0.032 0.003 0.002 0.001 0.148 0.813 162 P 0.178 0.002 0.003 0.001 0.163 0.653 163 A 0.926 0.006 0.002 0.001 0.017 0.049 164 I 0.982 0.003 0.001 0.001 0.004 0.010 165 V 0.971 0.002 0.001 0.001 0.008 0.017 166 A 0.734 0.008 0.001 0.003 0.063 0.191 167 N 0.156 0.005 0.004 0.002 0.343 0.489 168 T 0.073 0.010 0.016 0.005 0.559 0.337 169 D 0.050 0.021 0.057 0.009 0.600 0.264 170 N 0.082 0.026 0.072 0.021 0.607 0.193 171 T 0.112 0.029 0.049 0.039 0.434 0.337 172 Y 0.111 0.021 0.030 0.051 0.367 0.421 173 P 0.151 0.018 0.053 0.088 0.333 0.356 174 L 0.203 0.037 0.057 0.110 0.263 0.331 175 T 0.194 0.022 0.045 0.127 0.289 0.323 176 K 0.188 0.016 0.047 0.163 0.242 0.343 177 T 0.202 0.014 0.047 0.190 0.221 0.326 178 D 0.146 0.011 0.089 0.276 0.253 0.225 179 V 0.165 0.013 0.095 0.307 0.217 0.203 180 A 0.114 0.018 0.080 0.398 0.197 0.192 181 I 0.059 0.021 0.042 0.403 0.198 0.277 182 A 0.042 0.014 0.025 0.297 0.232 0.391 183 I 0.031 0.004 0.031 0.652 0.161 0.120 184 G 0.036 0.006 0.044 0.528 0.238 0.148 185 G 0.046 0.013 0.057 0.598 0.154 0.133 186 V 0.045 0.009 0.065 0.743 0.059 0.078 187 A 0.037 0.004 0.052 0.799 0.051 0.058 188 T 0.041 0.002 0.053 0.809 0.050 0.045 189 M 0.033 0.003 0.030 0.866 0.036 0.033 190 I 0.024 0.002 0.017 0.910 0.029 0.018 191 E 0.030 0.001 0.032 0.852 0.056 0.029 192 S 0.045 0.001 0.019 0.872 0.040 0.023 193 I 0.074 0.003 0.011 0.825 0.047 0.039 194 L 0.064 0.006 0.009 0.803 0.046 0.072 195 G 0.078 0.005 0.011 0.470 0.147 0.290 196 R 0.063 0.004 0.044 0.309 0.259 0.320 197 R 0.113 0.015 0.074 0.197 0.286 0.314 198 F 0.191 0.022 0.147 0.206 0.249 0.184 199 I 0.179 0.024 0.117 0.256 0.180 0.242 200 R 0.208 0.029 0.122 0.221 0.223 0.196 201 F 0.142 0.035 0.080 0.135 0.272 0.336 202 G 0.058 0.027 0.022 0.049 0.309 0.536 203 K 0.024 0.024 0.007 0.015 0.330 0.600 204 P 0.010 0.025 0.004 0.030 0.210 0.721 205 D 0.005 0.014 0.005 0.090 0.184 0.702 206 S 0.001 0.001 0.012 0.938 0.029 0.020 207 Q 0.001 0.001 0.010 0.977 0.008 0.004 208 M 0.001 0.001 0.014 0.976 0.007 0.003 209 F 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.002 210 M 0.001 0.001 0.007 0.983 0.006 0.003 211 F 0.002 0.001 0.010 0.970 0.011 0.005 212 A 0.001 0.001 0.007 0.978 0.007 0.006 213 Y 0.001 0.001 0.005 0.985 0.004 0.005 214 D 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.003 215 M 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 216 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.003 0.007 217 R 0.001 0.001 0.005 0.986 0.006 0.003 218 Q 0.001 0.001 0.006 0.970 0.013 0.011 219 K 0.001 0.001 0.017 0.837 0.087 0.059 220 M 0.002 0.003 0.030 0.222 0.259 0.484 221 E 0.003 0.001 0.004 0.003 0.131 0.859 222 I 0.057 0.032 0.007 0.003 0.178 0.724 223 S 0.063 0.015 0.009 0.003 0.134 0.776 224 K 0.019 0.003 0.729 0.033 0.138 0.079 225 R 0.066 0.001 0.578 0.020 0.236 0.100 226 E 0.269 0.002 0.405 0.018 0.226 0.080 227 I 0.832 0.007 0.010 0.016 0.043 0.091 228 L 0.953 0.008 0.002 0.009 0.008 0.020 229 M 0.963 0.004 0.001 0.006 0.009 0.017 230 V 0.878 0.006 0.002 0.010 0.039 0.066 231 G 0.275 0.009 0.004 0.012 0.246 0.454 232 D 0.052 0.011 0.002 0.010 0.271 0.654 233 T 0.014 0.011 0.002 0.028 0.152 0.793 234 L 0.009 0.004 0.005 0.828 0.069 0.086 235 H 0.009 0.005 0.008 0.840 0.087 0.050 236 T 0.008 0.007 0.007 0.844 0.080 0.054 237 D 0.007 0.003 0.013 0.902 0.030 0.044 238 I 0.002 0.001 0.006 0.981 0.006 0.005 239 L 0.002 0.001 0.008 0.970 0.011 0.008 240 G 0.003 0.001 0.011 0.965 0.012 0.007 241 G 0.006 0.003 0.017 0.942 0.023 0.009 242 N 0.009 0.001 0.070 0.839 0.057 0.025 243 K 0.023 0.003 0.109 0.721 0.087 0.057 244 F 0.033 0.006 0.070 0.552 0.131 0.207 245 G 0.018 0.004 0.006 0.012 0.073 0.886 246 L 0.070 0.003 0.004 0.002 0.108 0.813 247 D 0.348 0.002 0.003 0.001 0.103 0.543 248 T 0.941 0.003 0.001 0.001 0.013 0.042 249 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 250 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 251 V 0.974 0.001 0.001 0.003 0.006 0.015 252 L 0.748 0.003 0.001 0.004 0.078 0.166 253 T 0.190 0.011 0.004 0.007 0.283 0.505 254 G 0.065 0.015 0.011 0.007 0.399 0.503 255 N 0.069 0.024 0.025 0.022 0.360 0.501 256 T 0.064 0.025 0.033 0.027 0.371 0.481 257 R 0.051 0.019 0.055 0.091 0.330 0.453 258 I 0.041 0.012 0.093 0.287 0.230 0.338 259 D 0.022 0.007 0.104 0.465 0.211 0.191 260 D 0.011 0.004 0.116 0.651 0.144 0.074 261 A 0.006 0.003 0.075 0.829 0.061 0.026 262 E 0.011 0.002 0.093 0.804 0.063 0.027 263 T 0.014 0.002 0.104 0.732 0.093 0.054 264 K 0.033 0.008 0.069 0.715 0.090 0.086 265 I 0.049 0.019 0.036 0.670 0.108 0.117 266 K 0.059 0.020 0.037 0.492 0.141 0.252 267 S 0.041 0.013 0.047 0.328 0.352 0.220 268 T 0.022 0.007 0.051 0.173 0.466 0.281 269 G 0.012 0.004 0.013 0.011 0.387 0.572 270 I 0.037 0.022 0.009 0.008 0.291 0.633 271 V 0.064 0.028 0.005 0.003 0.232 0.669 272 P 0.059 0.014 0.007 0.003 0.356 0.560 273 T 0.123 0.007 0.012 0.004 0.288 0.566 274 H 0.804 0.020 0.005 0.003 0.055 0.114 275 I 0.930 0.016 0.001 0.005 0.012 0.036 276 C 0.887 0.011 0.002 0.010 0.022 0.068 277 E 0.439 0.008 0.005 0.078 0.142 0.327 278 S 0.059 0.003 0.052 0.254 0.350 0.282 279 A 0.019 0.006 0.153 0.525 0.204 0.093 280 V 0.013 0.008 0.366 0.372 0.189 0.052 281 I 0.015 0.006 0.235 0.436 0.215 0.093 282 E 0.012 0.007 0.149 0.451 0.205 0.175 283 L 0.016 0.015 0.045 0.139 0.309 0.476