# TARGET T0371 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0371.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2160 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.213 0.185 0.189 0.204 0.142 0.059 0.007 2 Q 0.407 0.289 0.152 0.091 0.043 0.015 0.002 3 I 0.238 0.267 0.230 0.166 0.072 0.024 0.002 4 E 0.573 0.255 0.098 0.045 0.021 0.008 0.001 5 S 0.347 0.331 0.180 0.095 0.036 0.010 0.001 6 F 0.048 0.082 0.167 0.319 0.284 0.094 0.006 7 K 0.233 0.360 0.252 0.112 0.034 0.009 0.001 8 S 0.395 0.434 0.128 0.035 0.007 0.001 0.001 9 L 0.028 0.077 0.183 0.360 0.277 0.071 0.003 10 L 0.025 0.068 0.196 0.375 0.287 0.047 0.001 11 P 0.327 0.499 0.143 0.028 0.004 0.001 0.001 12 K 0.145 0.442 0.294 0.103 0.014 0.001 0.001 13 Y 0.001 0.006 0.033 0.186 0.513 0.255 0.007 14 K 0.002 0.031 0.161 0.397 0.328 0.076 0.005 15 C 0.001 0.002 0.007 0.032 0.159 0.616 0.183 16 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 0.398 0.558 17 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.176 0.792 18 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.114 0.870 19 D 0.001 0.001 0.001 0.007 0.037 0.240 0.713 20 A 0.001 0.001 0.004 0.014 0.055 0.290 0.635 21 F 0.001 0.004 0.011 0.037 0.104 0.350 0.494 22 G 0.003 0.011 0.027 0.073 0.174 0.426 0.286 23 V 0.002 0.009 0.025 0.079 0.229 0.466 0.191 24 L 0.002 0.006 0.014 0.058 0.231 0.544 0.144 25 K 0.012 0.063 0.144 0.274 0.297 0.188 0.023 26 T 0.038 0.147 0.257 0.292 0.195 0.066 0.006 27 Y 0.098 0.191 0.264 0.250 0.146 0.047 0.004 28 N 0.445 0.290 0.153 0.075 0.029 0.007 0.001 29 G 0.351 0.293 0.186 0.105 0.048 0.016 0.002 30 L 0.199 0.249 0.221 0.188 0.106 0.034 0.003 31 L 0.068 0.175 0.246 0.267 0.172 0.067 0.006 32 P 0.364 0.352 0.162 0.070 0.034 0.015 0.003 33 G 0.075 0.246 0.275 0.234 0.123 0.041 0.006 34 I 0.015 0.025 0.058 0.215 0.392 0.263 0.031 35 E 0.047 0.239 0.376 0.240 0.079 0.019 0.001 36 N 0.095 0.526 0.293 0.072 0.012 0.001 0.001 37 T 0.001 0.008 0.036 0.190 0.466 0.286 0.013 38 F 0.002 0.011 0.067 0.311 0.463 0.142 0.004 39 D 0.076 0.585 0.280 0.053 0.005 0.001 0.001 40 Y 0.013 0.195 0.468 0.283 0.040 0.002 0.001 41 L 0.001 0.005 0.031 0.189 0.494 0.273 0.006 42 K 0.040 0.315 0.385 0.212 0.045 0.003 0.001 43 A 0.538 0.338 0.087 0.030 0.006 0.001 0.001 44 Q 0.334 0.353 0.217 0.079 0.016 0.001 0.001 45 G 0.375 0.408 0.163 0.047 0.006 0.001 0.001 46 Q 0.060 0.289 0.348 0.236 0.061 0.006 0.001 47 D 0.022 0.166 0.283 0.309 0.178 0.040 0.003 48 Y 0.001 0.001 0.007 0.071 0.351 0.500 0.070 49 Y 0.001 0.001 0.002 0.016 0.114 0.525 0.343 50 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.172 0.816 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.074 0.921 52 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.111 0.874 53 N 0.001 0.001 0.003 0.016 0.073 0.245 0.663 54 D 0.001 0.006 0.017 0.052 0.150 0.399 0.374 55 A 0.004 0.014 0.032 0.094 0.220 0.406 0.230 56 S 0.058 0.113 0.138 0.194 0.199 0.213 0.084 57 R 0.093 0.174 0.188 0.201 0.152 0.133 0.060 58 S 0.101 0.121 0.116 0.175 0.192 0.203 0.091 59 P 0.068 0.174 0.225 0.231 0.161 0.100 0.040 60 E 0.324 0.369 0.169 0.072 0.035 0.020 0.012 61 Q 0.033 0.179 0.298 0.266 0.153 0.060 0.012 62 L 0.007 0.012 0.032 0.142 0.391 0.362 0.053 63 A 0.031 0.154 0.302 0.315 0.150 0.044 0.004 64 D 0.135 0.505 0.265 0.079 0.013 0.002 0.001 65 S 0.008 0.036 0.125 0.360 0.348 0.118 0.005 66 Y 0.004 0.010 0.042 0.184 0.431 0.305 0.023 67 H 0.136 0.385 0.308 0.133 0.032 0.005 0.001 68 K 0.267 0.412 0.213 0.083 0.020 0.004 0.001 69 L 0.024 0.071 0.195 0.326 0.285 0.094 0.005 70 G 0.214 0.333 0.247 0.130 0.055 0.019 0.002 71 L 0.089 0.105 0.157 0.264 0.269 0.107 0.009 72 F 0.139 0.216 0.232 0.220 0.131 0.055 0.007 73 S 0.393 0.315 0.144 0.084 0.040 0.020 0.004 74 I 0.109 0.125 0.176 0.264 0.219 0.094 0.011 75 T 0.320 0.312 0.194 0.107 0.048 0.017 0.004 76 A 0.165 0.241 0.225 0.189 0.113 0.056 0.012 77 D 0.127 0.246 0.225 0.191 0.126 0.068 0.017 78 K 0.033 0.108 0.181 0.251 0.239 0.152 0.037 79 I 0.011 0.017 0.038 0.103 0.220 0.408 0.203 80 I 0.011 0.016 0.028 0.068 0.150 0.411 0.317 81 S 0.035 0.033 0.035 0.052 0.096 0.292 0.456 82 S 0.017 0.017 0.024 0.051 0.108 0.260 0.523 83 G 0.015 0.024 0.045 0.083 0.137 0.261 0.436 84 M 0.022 0.048 0.064 0.103 0.168 0.285 0.311 85 I 0.015 0.024 0.039 0.089 0.212 0.385 0.236 86 T 0.028 0.044 0.065 0.118 0.215 0.354 0.176 87 K 0.028 0.080 0.165 0.281 0.249 0.167 0.030 88 E 0.082 0.240 0.267 0.215 0.125 0.056 0.015 89 Y 0.046 0.100 0.171 0.251 0.247 0.151 0.034 90 I 0.112 0.115 0.164 0.246 0.228 0.120 0.014 91 D 0.549 0.263 0.105 0.053 0.021 0.008 0.002 92 L 0.466 0.264 0.131 0.081 0.039 0.016 0.002 93 K 0.325 0.269 0.179 0.125 0.071 0.029 0.002 94 V 0.176 0.179 0.226 0.244 0.138 0.036 0.003 95 D 0.596 0.249 0.105 0.037 0.011 0.002 0.001 96 G 0.489 0.283 0.139 0.064 0.020 0.005 0.001 97 G 0.170 0.208 0.229 0.222 0.126 0.041 0.004 98 I 0.072 0.142 0.200 0.253 0.211 0.109 0.014 99 V 0.021 0.031 0.067 0.160 0.289 0.346 0.086 100 A 0.025 0.069 0.139 0.237 0.253 0.226 0.050 101 Y 0.029 0.073 0.122 0.184 0.241 0.270 0.081 102 L 0.019 0.049 0.092 0.180 0.286 0.281 0.093 103 G 0.026 0.083 0.144 0.193 0.235 0.240 0.079 104 T 0.021 0.055 0.095 0.181 0.258 0.298 0.092 105 A 0.104 0.227 0.231 0.206 0.137 0.077 0.017 106 N 0.038 0.173 0.293 0.257 0.158 0.068 0.012 107 S 0.006 0.010 0.019 0.072 0.239 0.514 0.140 108 A 0.011 0.042 0.122 0.299 0.326 0.180 0.020 109 N 0.066 0.349 0.329 0.165 0.062 0.025 0.003 110 Y 0.007 0.047 0.165 0.356 0.310 0.108 0.008 111 L 0.004 0.008 0.027 0.121 0.391 0.405 0.045 112 V 0.067 0.239 0.337 0.251 0.088 0.016 0.001 113 S 0.455 0.378 0.119 0.036 0.009 0.002 0.001 114 D 0.149 0.260 0.303 0.197 0.074 0.016 0.001 115 G 0.260 0.310 0.223 0.134 0.055 0.018 0.001 116 I 0.077 0.084 0.149 0.274 0.287 0.120 0.009 117 K 0.191 0.242 0.236 0.184 0.098 0.044 0.005 118 M 0.112 0.147 0.172 0.220 0.197 0.132 0.020 119 L 0.048 0.062 0.114 0.229 0.299 0.212 0.036 120 P 0.126 0.156 0.182 0.181 0.171 0.149 0.035 121 V 0.109 0.157 0.199 0.240 0.186 0.097 0.013 122 S 0.304 0.264 0.174 0.133 0.082 0.037 0.007 123 A 0.225 0.213 0.191 0.170 0.119 0.068 0.013 124 I 0.153 0.159 0.176 0.227 0.179 0.097 0.009 125 D 0.332 0.294 0.191 0.113 0.050 0.017 0.003 126 D 0.313 0.263 0.192 0.133 0.066 0.029 0.005 127 S 0.137 0.146 0.165 0.226 0.199 0.114 0.013 128 N 0.227 0.231 0.213 0.178 0.101 0.044 0.006 129 I 0.301 0.263 0.195 0.139 0.072 0.027 0.004 130 G 0.363 0.292 0.178 0.098 0.048 0.019 0.004 131 E 0.176 0.238 0.214 0.181 0.115 0.066 0.010 132 V 0.036 0.060 0.125 0.256 0.308 0.194 0.022 133 N 0.134 0.271 0.277 0.186 0.088 0.038 0.006 134 A 0.058 0.101 0.159 0.244 0.248 0.168 0.022 135 L 0.016 0.026 0.053 0.139 0.293 0.386 0.088 136 V 0.023 0.051 0.109 0.214 0.285 0.269 0.049 137 L 0.055 0.151 0.204 0.227 0.200 0.137 0.026 138 L 0.047 0.103 0.175 0.264 0.265 0.131 0.016 139 D 0.119 0.168 0.208 0.222 0.177 0.094 0.011 140 D 0.348 0.269 0.176 0.122 0.062 0.021 0.003 141 E 0.381 0.316 0.176 0.087 0.031 0.009 0.001 142 G 0.243 0.285 0.216 0.152 0.074 0.028 0.003 143 F 0.049 0.093 0.190 0.292 0.255 0.111 0.009 144 N 0.196 0.334 0.244 0.137 0.062 0.022 0.004 145 W 0.034 0.091 0.168 0.287 0.287 0.122 0.010 146 F 0.019 0.072 0.163 0.313 0.300 0.125 0.008 147 H 0.151 0.373 0.281 0.127 0.050 0.015 0.002 148 D 0.048 0.227 0.311 0.258 0.113 0.037 0.005 149 L 0.003 0.006 0.019 0.110 0.369 0.440 0.054 150 N 0.023 0.139 0.324 0.323 0.150 0.040 0.002 151 K 0.060 0.374 0.356 0.155 0.045 0.009 0.001 152 T 0.002 0.009 0.030 0.118 0.347 0.451 0.043 153 V 0.002 0.011 0.047 0.198 0.422 0.296 0.024 154 N 0.053 0.422 0.337 0.140 0.037 0.010 0.001 155 L 0.006 0.092 0.316 0.413 0.147 0.025 0.001 156 L 0.001 0.004 0.019 0.121 0.444 0.390 0.020 157 R 0.044 0.259 0.381 0.249 0.062 0.006 0.001 158 K 0.513 0.390 0.079 0.016 0.002 0.001 0.001 159 R 0.085 0.335 0.377 0.167 0.033 0.003 0.001 160 T 0.077 0.410 0.319 0.159 0.030 0.004 0.001 161 I 0.001 0.006 0.040 0.230 0.510 0.205 0.008 162 P 0.001 0.006 0.060 0.265 0.430 0.214 0.024 163 A 0.001 0.001 0.001 0.007 0.062 0.610 0.319 164 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.317 0.662 165 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.202 0.777 166 A 0.001 0.001 0.001 0.008 0.063 0.359 0.569 167 N 0.001 0.003 0.016 0.091 0.289 0.458 0.143 168 T 0.011 0.112 0.236 0.291 0.216 0.109 0.024 169 D 0.067 0.176 0.217 0.248 0.193 0.087 0.012 170 N 0.127 0.178 0.224 0.236 0.161 0.068 0.006 171 T 0.214 0.234 0.225 0.173 0.106 0.043 0.005 172 Y 0.102 0.145 0.230 0.273 0.183 0.063 0.005 173 P 0.229 0.323 0.212 0.132 0.069 0.031 0.004 174 L 0.060 0.093 0.177 0.312 0.249 0.101 0.007 175 T 0.380 0.330 0.161 0.081 0.034 0.012 0.002 176 K 0.352 0.325 0.201 0.090 0.026 0.005 0.001 177 T 0.242 0.255 0.194 0.171 0.097 0.038 0.004 178 D 0.052 0.122 0.223 0.297 0.209 0.089 0.009 179 V 0.244 0.370 0.219 0.108 0.042 0.015 0.002 180 A 0.192 0.252 0.236 0.187 0.098 0.032 0.003 181 I 0.134 0.138 0.174 0.231 0.201 0.105 0.017 182 A 0.296 0.224 0.178 0.140 0.087 0.062 0.013 183 I 0.203 0.202 0.189 0.180 0.135 0.076 0.015 184 G 0.256 0.204 0.165 0.155 0.121 0.076 0.023 185 G 0.105 0.135 0.157 0.192 0.189 0.166 0.056 186 V 0.028 0.026 0.039 0.097 0.202 0.377 0.231 187 A 0.070 0.180 0.239 0.236 0.153 0.091 0.030 188 T 0.068 0.197 0.241 0.215 0.152 0.091 0.034 189 M 0.020 0.031 0.073 0.170 0.292 0.303 0.110 190 I 0.023 0.031 0.054 0.131 0.257 0.381 0.122 191 E 0.067 0.188 0.253 0.260 0.155 0.065 0.013 192 S 0.056 0.114 0.183 0.253 0.222 0.146 0.026 193 I 0.037 0.042 0.055 0.116 0.232 0.380 0.138 194 L 0.053 0.071 0.100 0.189 0.256 0.265 0.066 195 G 0.171 0.216 0.202 0.188 0.131 0.069 0.022 196 R 0.186 0.242 0.218 0.190 0.109 0.043 0.011 197 R 0.332 0.285 0.182 0.114 0.057 0.025 0.005 198 F 0.219 0.196 0.186 0.182 0.138 0.064 0.014 199 I 0.150 0.155 0.178 0.200 0.174 0.117 0.026 200 R 0.204 0.250 0.196 0.152 0.100 0.070 0.028 201 F 0.078 0.105 0.147 0.221 0.228 0.169 0.052 202 G 0.088 0.180 0.186 0.187 0.161 0.152 0.046 203 K 0.019 0.053 0.102 0.194 0.285 0.276 0.070 204 P 0.009 0.036 0.103 0.248 0.339 0.233 0.033 205 D 0.069 0.183 0.223 0.212 0.171 0.107 0.035 206 S 0.188 0.270 0.220 0.177 0.102 0.039 0.004 207 Q 0.059 0.144 0.286 0.292 0.175 0.042 0.003 208 M 0.010 0.019 0.034 0.088 0.238 0.518 0.093 209 F 0.003 0.011 0.015 0.068 0.258 0.522 0.122 210 M 0.010 0.104 0.288 0.357 0.172 0.060 0.008 211 F 0.003 0.021 0.121 0.348 0.369 0.129 0.008 212 A 0.002 0.003 0.003 0.009 0.084 0.698 0.201 213 Y 0.002 0.012 0.062 0.262 0.417 0.231 0.013 214 D 0.037 0.308 0.351 0.205 0.079 0.018 0.002 215 M 0.013 0.090 0.255 0.433 0.182 0.026 0.001 216 L 0.004 0.014 0.046 0.228 0.458 0.238 0.011 217 R 0.179 0.363 0.277 0.131 0.045 0.006 0.001 218 Q 0.643 0.299 0.050 0.007 0.001 0.001 0.001 219 K 0.364 0.294 0.202 0.112 0.024 0.003 0.001 220 M 0.154 0.272 0.313 0.196 0.057 0.008 0.001 221 E 0.656 0.273 0.053 0.014 0.003 0.001 0.001 222 I 0.060 0.094 0.221 0.379 0.215 0.032 0.001 223 S 0.359 0.402 0.150 0.065 0.021 0.004 0.001 224 K 0.148 0.292 0.294 0.206 0.054 0.005 0.001 225 R 0.076 0.287 0.303 0.223 0.091 0.019 0.001 226 E 0.004 0.031 0.125 0.341 0.355 0.136 0.009 227 I 0.001 0.001 0.009 0.049 0.227 0.577 0.136 228 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.046 0.416 0.531 229 M 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.263 0.694 230 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.199 0.780 231 G 0.001 0.001 0.006 0.037 0.158 0.421 0.376 232 D 0.001 0.006 0.024 0.081 0.225 0.440 0.222 233 T 0.003 0.014 0.038 0.087 0.178 0.368 0.313 234 L 0.006 0.013 0.035 0.085 0.179 0.377 0.305 235 H 0.013 0.033 0.062 0.117 0.179 0.303 0.292 236 T 0.010 0.020 0.034 0.082 0.144 0.318 0.392 237 D 0.009 0.016 0.019 0.038 0.093 0.291 0.534 238 I 0.009 0.014 0.028 0.070 0.148 0.324 0.407 239 L 0.020 0.031 0.047 0.092 0.158 0.297 0.354 240 G 0.015 0.020 0.024 0.043 0.094 0.309 0.496 241 G 0.006 0.007 0.012 0.038 0.117 0.333 0.487 242 N 0.017 0.084 0.146 0.215 0.211 0.199 0.128 243 K 0.015 0.065 0.094 0.184 0.269 0.255 0.117 244 F 0.003 0.017 0.048 0.121 0.263 0.351 0.196 245 G 0.004 0.042 0.117 0.212 0.216 0.251 0.159 246 L 0.001 0.001 0.005 0.030 0.157 0.483 0.324 247 D 0.001 0.004 0.021 0.112 0.307 0.353 0.202 248 T 0.001 0.001 0.002 0.007 0.038 0.330 0.622 249 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.168 0.817 250 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.222 0.737 251 V 0.001 0.001 0.002 0.012 0.072 0.359 0.554 252 L 0.001 0.006 0.021 0.087 0.246 0.447 0.192 253 T 0.002 0.017 0.056 0.160 0.302 0.373 0.090 254 G 0.019 0.055 0.109 0.217 0.314 0.248 0.038 255 N 0.067 0.164 0.243 0.253 0.179 0.085 0.010 256 T 0.128 0.208 0.233 0.218 0.142 0.062 0.009 257 R 0.204 0.306 0.227 0.150 0.078 0.031 0.004 258 I 0.065 0.132 0.237 0.291 0.204 0.067 0.003 259 D 0.565 0.289 0.097 0.034 0.011 0.003 0.001 260 D 0.549 0.276 0.110 0.047 0.015 0.003 0.001 261 A 0.158 0.177 0.236 0.260 0.136 0.031 0.001 262 E 0.260 0.254 0.233 0.173 0.066 0.014 0.001 263 T 0.488 0.328 0.132 0.041 0.009 0.001 0.001 264 K 0.200 0.289 0.273 0.170 0.057 0.011 0.001 265 I 0.033 0.057 0.131 0.313 0.336 0.126 0.004 266 K 0.282 0.337 0.225 0.114 0.034 0.007 0.001 267 S 0.525 0.282 0.119 0.055 0.016 0.003 0.001 268 T 0.379 0.254 0.173 0.125 0.055 0.013 0.001 269 G 0.479 0.306 0.128 0.057 0.022 0.007 0.001 270 I 0.179 0.218 0.243 0.216 0.114 0.028 0.002 271 V 0.128 0.228 0.253 0.231 0.120 0.036 0.003 272 P 0.196 0.225 0.221 0.201 0.112 0.041 0.006 273 T 0.257 0.349 0.226 0.114 0.041 0.012 0.001 274 H 0.125 0.153 0.202 0.267 0.195 0.056 0.002 275 I 0.082 0.148 0.203 0.250 0.204 0.106 0.008 276 C 0.055 0.042 0.078 0.194 0.296 0.300 0.035 277 E 0.256 0.273 0.229 0.156 0.066 0.018 0.001 278 S 0.325 0.300 0.197 0.115 0.047 0.014 0.002 279 A 0.239 0.172 0.167 0.174 0.135 0.102 0.012 280 V 0.369 0.127 0.126 0.151 0.152 0.071 0.004 281 I 0.419 0.303 0.171 0.079 0.023 0.005 0.001 282 E 0.597 0.262 0.091 0.036 0.012 0.003 0.001 283 L 0.506 0.144 0.147 0.120 0.065 0.016 0.001