# TARGET T0370 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.901 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 0.002 0.034 0.009 0.007 0.015 2 T 0.001 0.038 0.850 0.001 0.008 0.034 0.001 0.001 0.005 0.022 0.017 0.002 0.022 3 T 0.001 0.013 0.599 0.001 0.020 0.082 0.001 0.001 0.005 0.195 0.041 0.034 0.009 4 P 0.001 0.004 0.648 0.002 0.027 0.076 0.001 0.001 0.002 0.139 0.074 0.003 0.023 5 P 0.001 0.016 0.553 0.002 0.047 0.121 0.001 0.001 0.002 0.116 0.106 0.014 0.020 6 A 0.002 0.022 0.521 0.003 0.039 0.130 0.001 0.001 0.002 0.166 0.072 0.014 0.030 7 R 0.001 0.008 0.539 0.005 0.033 0.153 0.001 0.001 0.002 0.182 0.041 0.021 0.016 8 T 0.001 0.008 0.598 0.004 0.044 0.178 0.001 0.001 0.003 0.071 0.052 0.004 0.039 9 A 0.002 0.020 0.357 0.001 0.065 0.368 0.001 0.001 0.009 0.067 0.057 0.035 0.016 10 K 0.002 0.022 0.442 0.002 0.046 0.266 0.002 0.001 0.018 0.077 0.044 0.008 0.069 11 Q 0.002 0.027 0.414 0.004 0.031 0.268 0.002 0.001 0.028 0.097 0.078 0.024 0.026 12 R 0.001 0.020 0.570 0.001 0.008 0.113 0.001 0.001 0.014 0.200 0.029 0.018 0.025 13 I 0.001 0.003 0.863 0.001 0.003 0.067 0.001 0.001 0.003 0.040 0.007 0.001 0.012 14 Q 0.001 0.001 0.033 0.001 0.010 0.916 0.001 0.001 0.001 0.011 0.028 0.001 0.001 15 D 0.001 0.001 0.011 0.001 0.010 0.943 0.001 0.001 0.001 0.011 0.023 0.001 0.001 16 T 0.001 0.001 0.016 0.001 0.012 0.953 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 18 N 0.001 0.001 0.007 0.001 0.011 0.960 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 0.944 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.010 0.929 0.001 0.001 0.001 0.008 0.039 0.001 0.002 21 E 0.001 0.002 0.037 0.001 0.019 0.794 0.001 0.001 0.001 0.024 0.115 0.004 0.002 22 L 0.001 0.001 0.066 0.002 0.032 0.487 0.001 0.001 0.001 0.065 0.338 0.002 0.006 23 D 0.001 0.007 0.230 0.001 0.036 0.243 0.001 0.001 0.001 0.137 0.324 0.009 0.010 24 V 0.001 0.013 0.392 0.003 0.022 0.033 0.001 0.001 0.003 0.286 0.221 0.009 0.018 25 D 0.005 0.004 0.423 0.008 0.011 0.005 0.003 0.001 0.016 0.322 0.154 0.030 0.020 26 A 0.092 0.008 0.277 0.014 0.003 0.004 0.021 0.013 0.148 0.133 0.023 0.041 0.225 27 W 0.396 0.005 0.092 0.022 0.001 0.002 0.066 0.022 0.106 0.017 0.002 0.181 0.090 28 V 0.551 0.001 0.022 0.009 0.001 0.001 0.108 0.047 0.066 0.003 0.001 0.048 0.142 29 S 0.570 0.001 0.026 0.011 0.001 0.002 0.099 0.086 0.031 0.002 0.001 0.092 0.077 30 T 0.483 0.002 0.046 0.013 0.001 0.002 0.122 0.062 0.060 0.004 0.001 0.047 0.154 31 A 0.486 0.005 0.087 0.014 0.001 0.002 0.054 0.009 0.045 0.011 0.005 0.139 0.141 32 G 0.243 0.020 0.235 0.009 0.002 0.002 0.026 0.002 0.040 0.056 0.011 0.090 0.264 33 A 0.006 0.022 0.619 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.176 0.046 0.018 0.095 34 D 0.001 0.002 0.020 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.118 0.845 0.001 0.001 35 G 0.001 0.001 0.016 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.874 0.001 0.001 36 G 0.001 0.008 0.248 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.557 0.160 0.002 0.011 37 A 0.002 0.029 0.683 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.173 0.015 0.062 0.029 38 P 0.007 0.044 0.332 0.019 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.107 0.048 0.007 0.420 39 Y 0.033 0.029 0.215 0.015 0.011 0.003 0.025 0.002 0.005 0.042 0.045 0.531 0.045 40 L 0.053 0.014 0.121 0.008 0.004 0.002 0.025 0.001 0.007 0.030 0.010 0.016 0.709 41 V 0.057 0.003 0.082 0.025 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.022 0.002 0.768 0.027 42 P 0.149 0.002 0.099 0.025 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.010 0.002 0.028 0.674 43 L 0.583 0.001 0.042 0.046 0.001 0.001 0.021 0.001 0.006 0.005 0.001 0.204 0.088 44 S 0.773 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.080 0.118 45 Y 0.772 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.146 46 L 0.668 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.025 0.002 0.002 0.001 0.001 0.180 0.110 47 W 0.335 0.003 0.035 0.021 0.002 0.002 0.021 0.001 0.007 0.008 0.014 0.030 0.522 48 D 0.098 0.009 0.115 0.010 0.008 0.003 0.005 0.001 0.004 0.122 0.162 0.382 0.080 49 G 0.009 0.002 0.034 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.739 0.011 0.026 50 E 0.055 0.001 0.083 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.279 0.434 0.099 0.031 51 T 0.530 0.002 0.034 0.002 0.001 0.001 0.023 0.002 0.003 0.014 0.002 0.052 0.334 52 F 0.777 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.041 0.002 0.003 0.001 0.001 0.105 0.059 53 L 0.795 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.073 0.004 0.003 0.001 0.001 0.019 0.091 54 V 0.719 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.090 0.006 0.006 0.001 0.001 0.113 0.050 55 A 0.535 0.004 0.054 0.008 0.001 0.001 0.070 0.006 0.021 0.008 0.002 0.052 0.240 56 T 0.072 0.018 0.455 0.004 0.002 0.003 0.006 0.001 0.041 0.100 0.009 0.136 0.155 57 P 0.003 0.008 0.421 0.002 0.020 0.011 0.001 0.001 0.009 0.293 0.169 0.006 0.057 58 A 0.001 0.004 0.075 0.002 0.033 0.026 0.001 0.001 0.001 0.175 0.678 0.003 0.002 59 A 0.001 0.004 0.151 0.001 0.045 0.064 0.001 0.001 0.001 0.218 0.511 0.002 0.003 60 S 0.001 0.007 0.370 0.001 0.014 0.197 0.001 0.001 0.001 0.317 0.077 0.002 0.012 61 P 0.001 0.017 0.172 0.001 0.019 0.653 0.001 0.001 0.001 0.070 0.050 0.004 0.011 62 T 0.008 0.017 0.084 0.001 0.014 0.751 0.001 0.001 0.002 0.057 0.033 0.006 0.025 63 G 0.018 0.007 0.050 0.002 0.020 0.842 0.003 0.001 0.002 0.013 0.012 0.008 0.022 64 R 0.035 0.004 0.048 0.005 0.035 0.774 0.003 0.001 0.006 0.019 0.023 0.029 0.018 65 N 0.026 0.005 0.037 0.002 0.042 0.728 0.001 0.001 0.002 0.023 0.083 0.019 0.030 66 L 0.009 0.012 0.046 0.009 0.104 0.602 0.001 0.001 0.001 0.041 0.129 0.005 0.040 67 S 0.007 0.006 0.063 0.013 0.088 0.394 0.001 0.001 0.002 0.052 0.338 0.019 0.016 68 E 0.008 0.010 0.089 0.006 0.037 0.219 0.001 0.001 0.001 0.172 0.430 0.006 0.021 69 T 0.001 0.006 0.450 0.003 0.013 0.013 0.001 0.001 0.001 0.337 0.146 0.016 0.014 70 G 0.002 0.007 0.355 0.003 0.012 0.010 0.001 0.001 0.002 0.241 0.322 0.007 0.039 71 R 0.087 0.008 0.257 0.010 0.008 0.013 0.010 0.002 0.012 0.172 0.178 0.152 0.091 72 V 0.347 0.014 0.100 0.004 0.002 0.004 0.025 0.004 0.029 0.021 0.003 0.176 0.270 73 R 0.726 0.003 0.025 0.017 0.001 0.001 0.052 0.002 0.010 0.003 0.001 0.072 0.088 74 L 0.807 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.055 0.003 0.006 0.001 0.001 0.041 0.071 75 G 0.615 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.037 0.005 0.019 0.002 0.001 0.180 0.123 76 I 0.392 0.009 0.053 0.008 0.004 0.001 0.025 0.002 0.015 0.006 0.003 0.031 0.452 77 G 0.115 0.020 0.233 0.055 0.008 0.002 0.006 0.001 0.019 0.083 0.022 0.251 0.186 78 P 0.007 0.010 0.197 0.045 0.030 0.002 0.001 0.001 0.002 0.256 0.321 0.020 0.109 79 T 0.001 0.009 0.171 0.007 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.316 0.425 0.027 0.018 80 R 0.001 0.004 0.130 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.407 0.407 0.013 0.020 81 D 0.012 0.007 0.297 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.341 0.232 0.029 0.067 82 L 0.210 0.011 0.131 0.010 0.001 0.001 0.025 0.001 0.004 0.037 0.008 0.076 0.485 83 V 0.513 0.003 0.019 0.008 0.001 0.001 0.042 0.001 0.002 0.003 0.001 0.295 0.113 84 L 0.702 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.207 85 V 0.640 0.001 0.016 0.008 0.001 0.001 0.041 0.001 0.003 0.001 0.001 0.191 0.096 86 E 0.506 0.001 0.025 0.022 0.001 0.001 0.027 0.001 0.006 0.007 0.003 0.062 0.341 87 G 0.460 0.001 0.042 0.069 0.002 0.001 0.014 0.001 0.004 0.020 0.009 0.238 0.140 88 T 0.356 0.002 0.069 0.011 0.003 0.001 0.022 0.001 0.020 0.024 0.007 0.213 0.273 89 A 0.292 0.006 0.073 0.009 0.002 0.001 0.031 0.001 0.033 0.011 0.002 0.099 0.442 90 L 0.120 0.004 0.067 0.004 0.001 0.001 0.028 0.002 0.050 0.009 0.001 0.631 0.084 91 P 0.054 0.011 0.124 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.035 0.005 0.002 0.014 0.734 92 L 0.025 0.020 0.485 0.046 0.002 0.001 0.004 0.001 0.033 0.050 0.005 0.261 0.067 93 E 0.004 0.016 0.384 0.004 0.006 0.003 0.001 0.001 0.009 0.348 0.032 0.046 0.147 94 P 0.001 0.009 0.593 0.002 0.020 0.012 0.001 0.001 0.002 0.263 0.069 0.003 0.027 95 A 0.001 0.003 0.294 0.001 0.050 0.117 0.001 0.001 0.001 0.303 0.221 0.007 0.004 96 G 0.001 0.007 0.309 0.001 0.044 0.190 0.001 0.001 0.001 0.221 0.220 0.001 0.008 97 L 0.001 0.011 0.375 0.001 0.033 0.350 0.001 0.001 0.001 0.160 0.062 0.004 0.004 98 P 0.001 0.005 0.424 0.001 0.029 0.456 0.001 0.001 0.001 0.034 0.047 0.001 0.003 99 D 0.001 0.006 0.126 0.001 0.027 0.753 0.001 0.001 0.001 0.048 0.035 0.002 0.001 100 G 0.001 0.002 0.038 0.001 0.020 0.892 0.001 0.001 0.001 0.014 0.031 0.001 0.002 101 V 0.001 0.001 0.013 0.001 0.008 0.955 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 102 G 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 103 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 104 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 105 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 106 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.011 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.001 0.001 107 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.015 0.880 0.001 0.001 0.001 0.007 0.088 0.001 0.001 108 K 0.001 0.001 0.030 0.001 0.017 0.730 0.001 0.001 0.001 0.023 0.195 0.001 0.001 109 T 0.001 0.007 0.163 0.001 0.021 0.401 0.001 0.001 0.003 0.099 0.297 0.003 0.006 110 G 0.001 0.011 0.444 0.002 0.021 0.143 0.001 0.001 0.004 0.179 0.177 0.006 0.013 111 F 0.001 0.013 0.514 0.002 0.028 0.070 0.001 0.001 0.003 0.269 0.071 0.012 0.017 112 D 0.001 0.015 0.621 0.003 0.043 0.049 0.001 0.001 0.004 0.181 0.045 0.019 0.020 113 P 0.001 0.017 0.561 0.004 0.130 0.055 0.001 0.001 0.006 0.095 0.096 0.006 0.029 114 R 0.002 0.022 0.337 0.004 0.198 0.049 0.001 0.001 0.008 0.136 0.211 0.014 0.018 115 R 0.002 0.019 0.365 0.002 0.147 0.028 0.001 0.001 0.006 0.192 0.202 0.012 0.025 116 L 0.001 0.019 0.382 0.006 0.096 0.027 0.001 0.001 0.003 0.215 0.219 0.008 0.024 117 T 0.002 0.020 0.313 0.009 0.044 0.019 0.001 0.001 0.001 0.301 0.253 0.015 0.022 118 T 0.003 0.006 0.275 0.019 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001 0.395 0.213 0.022 0.023 119 S 0.030 0.013 0.373 0.016 0.017 0.008 0.002 0.001 0.006 0.240 0.109 0.047 0.139 120 Y 0.258 0.011 0.179 0.019 0.003 0.004 0.019 0.001 0.016 0.046 0.013 0.121 0.311 121 L 0.447 0.004 0.044 0.003 0.001 0.001 0.054 0.002 0.031 0.005 0.001 0.285 0.123 122 Y 0.549 0.001 0.011 0.013 0.001 0.001 0.081 0.002 0.012 0.003 0.001 0.032 0.296 123 F 0.537 0.001 0.016 0.024 0.001 0.001 0.067 0.003 0.013 0.002 0.001 0.297 0.040 124 R 0.640 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.067 0.002 0.005 0.001 0.001 0.023 0.252 125 I 0.577 0.003 0.032 0.009 0.001 0.002 0.058 0.002 0.006 0.003 0.001 0.151 0.154 126 S 0.174 0.002 0.156 0.024 0.001 0.003 0.019 0.001 0.015 0.047 0.004 0.243 0.310 127 P 0.057 0.005 0.182 0.049 0.025 0.019 0.007 0.001 0.012 0.113 0.128 0.025 0.377 128 R 0.125 0.004 0.099 0.060 0.015 0.019 0.015 0.001 0.009 0.147 0.067 0.380 0.059 129 R 0.156 0.010 0.072 0.005 0.008 0.020 0.017 0.001 0.047 0.044 0.027 0.101 0.492 130 V 0.197 0.006 0.163 0.033 0.006 0.043 0.047 0.006 0.049 0.046 0.012 0.205 0.188 131 Q 0.197 0.006 0.155 0.032 0.008 0.065 0.038 0.003 0.024 0.033 0.010 0.165 0.265 132 A 0.212 0.012 0.107 0.013 0.019 0.137 0.035 0.002 0.019 0.033 0.019 0.098 0.294 133 W 0.129 0.009 0.192 0.009 0.039 0.285 0.021 0.002 0.019 0.039 0.040 0.123 0.094 134 R 0.079 0.011 0.193 0.009 0.055 0.272 0.020 0.001 0.026 0.081 0.080 0.062 0.113 135 E 0.016 0.008 0.190 0.002 0.088 0.381 0.002 0.001 0.013 0.070 0.169 0.014 0.045 136 A 0.005 0.007 0.222 0.002 0.079 0.318 0.001 0.001 0.005 0.123 0.215 0.014 0.009 137 N 0.001 0.004 0.284 0.001 0.050 0.353 0.001 0.001 0.002 0.137 0.155 0.003 0.011 138 E 0.001 0.003 0.074 0.001 0.034 0.752 0.001 0.001 0.001 0.057 0.075 0.001 0.003 139 L 0.001 0.002 0.029 0.001 0.019 0.889 0.001 0.001 0.001 0.017 0.041 0.001 0.001 140 S 0.001 0.001 0.025 0.001 0.013 0.912 0.001 0.001 0.001 0.012 0.033 0.001 0.001 141 G 0.001 0.001 0.021 0.001 0.014 0.925 0.001 0.001 0.001 0.010 0.025 0.001 0.001 142 R 0.002 0.002 0.017 0.001 0.012 0.939 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.001 0.002 143 E 0.002 0.001 0.012 0.001 0.014 0.936 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.001 0.002 144 L 0.001 0.001 0.019 0.001 0.016 0.901 0.001 0.001 0.001 0.010 0.046 0.001 0.002 145 M 0.001 0.002 0.024 0.001 0.013 0.858 0.001 0.001 0.002 0.017 0.077 0.002 0.004 146 R 0.001 0.004 0.050 0.001 0.018 0.788 0.001 0.001 0.001 0.041 0.089 0.002 0.005 147 D 0.001 0.010 0.116 0.001 0.029 0.638 0.001 0.001 0.002 0.090 0.102 0.004 0.006 148 G 0.001 0.005 0.171 0.004 0.070 0.297 0.001 0.001 0.003 0.144 0.288 0.005 0.011 149 E 0.002 0.013 0.277 0.003 0.088 0.245 0.001 0.001 0.006 0.163 0.164 0.013 0.025 150 W 0.004 0.022 0.267 0.001 0.059 0.249 0.001 0.001 0.009 0.204 0.098 0.048 0.037 151 L 0.005 0.046 0.336 0.001 0.054 0.174 0.002 0.001 0.012 0.144 0.156 0.013 0.056 152 V 0.002 0.021 0.437 0.001 0.035 0.107 0.001 0.001 0.007 0.088 0.278 0.006 0.017 153 T 0.001 0.009 0.652 0.001 0.016 0.046 0.001 0.001 0.003 0.056 0.205 0.003 0.008 154 D 0.001 0.002 0.835 0.001 0.010 0.035 0.001 0.001 0.001 0.070 0.043 0.001 0.003