# TARGET T0370 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.001 0.001 0.012 0.031 0.033 0.106 0.002 0.001 0.023 0.779 2 T 0.004 0.001 0.001 0.006 0.018 0.016 0.106 0.001 0.001 0.009 0.839 3 T 0.025 0.005 0.001 0.011 0.023 0.027 0.148 0.016 0.001 0.030 0.715 4 P 0.203 0.022 0.002 0.019 0.009 0.009 0.105 0.007 0.001 0.133 0.489 5 P 0.060 0.181 0.003 0.019 0.008 0.014 0.095 0.008 0.001 0.041 0.571 6 A 0.158 0.289 0.005 0.012 0.008 0.015 0.049 0.007 0.001 0.020 0.435 7 R 0.059 0.369 0.006 0.021 0.023 0.027 0.061 0.013 0.002 0.047 0.371 8 T 0.141 0.380 0.003 0.008 0.018 0.030 0.063 0.014 0.002 0.047 0.295 9 A 0.174 0.343 0.006 0.020 0.021 0.028 0.052 0.016 0.002 0.038 0.299 10 K 0.104 0.143 0.003 0.017 0.037 0.056 0.107 0.005 0.002 0.030 0.496 11 Q 0.022 0.077 0.003 0.028 0.014 0.025 0.116 0.002 0.001 0.032 0.679 12 R 0.021 0.117 0.005 0.025 0.024 0.017 0.107 0.005 0.002 0.186 0.492 13 I 0.063 0.715 0.003 0.003 0.002 0.003 0.026 0.017 0.001 0.031 0.136 14 Q 0.059 0.486 0.004 0.006 0.002 0.003 0.022 0.005 0.001 0.174 0.238 15 D 0.013 0.745 0.012 0.004 0.002 0.003 0.019 0.004 0.003 0.081 0.115 16 T 0.056 0.855 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.009 0.001 0.012 0.055 17 L 0.058 0.751 0.016 0.005 0.003 0.004 0.012 0.021 0.006 0.039 0.086 18 N 0.112 0.595 0.002 0.005 0.003 0.005 0.043 0.007 0.001 0.029 0.197 19 R 0.053 0.297 0.029 0.015 0.005 0.011 0.075 0.016 0.012 0.132 0.356 20 L 0.176 0.252 0.017 0.013 0.007 0.009 0.125 0.018 0.006 0.093 0.284 21 E 0.122 0.116 0.011 0.018 0.006 0.014 0.095 0.005 0.007 0.061 0.544 22 L 0.042 0.063 0.004 0.017 0.009 0.018 0.106 0.004 0.002 0.044 0.692 23 D 0.102 0.048 0.006 0.021 0.017 0.045 0.125 0.010 0.004 0.135 0.487 24 V 0.066 0.031 0.007 0.031 0.025 0.054 0.146 0.008 0.002 0.098 0.532 25 D 0.016 0.007 0.003 0.048 0.053 0.188 0.113 0.001 0.001 0.191 0.379 26 A 0.003 0.005 0.001 0.083 0.113 0.349 0.062 0.001 0.001 0.199 0.185 27 W 0.002 0.004 0.001 0.114 0.192 0.364 0.052 0.001 0.001 0.113 0.158 28 V 0.001 0.002 0.001 0.086 0.286 0.464 0.019 0.001 0.001 0.041 0.100 29 S 0.001 0.001 0.001 0.029 0.243 0.606 0.009 0.001 0.001 0.046 0.064 30 T 0.001 0.001 0.001 0.023 0.346 0.472 0.009 0.001 0.001 0.044 0.103 31 A 0.001 0.001 0.001 0.031 0.371 0.490 0.016 0.001 0.001 0.023 0.064 32 G 0.008 0.001 0.008 0.030 0.289 0.378 0.028 0.002 0.009 0.030 0.219 33 A 0.733 0.002 0.001 0.004 0.061 0.049 0.010 0.017 0.002 0.058 0.062 34 D 0.254 0.001 0.001 0.005 0.005 0.011 0.056 0.001 0.001 0.036 0.629 35 G 0.002 0.001 0.001 0.011 0.009 0.043 0.067 0.001 0.001 0.007 0.859 36 G 0.008 0.001 0.001 0.013 0.143 0.139 0.106 0.001 0.001 0.051 0.537 37 A 0.007 0.001 0.001 0.014 0.265 0.156 0.094 0.004 0.001 0.085 0.375 38 P 0.006 0.001 0.001 0.032 0.111 0.172 0.088 0.001 0.001 0.035 0.555 39 Y 0.002 0.001 0.001 0.035 0.226 0.485 0.037 0.001 0.001 0.034 0.181 40 L 0.002 0.001 0.001 0.076 0.134 0.234 0.075 0.001 0.001 0.077 0.401 41 V 0.001 0.001 0.001 0.090 0.379 0.411 0.024 0.001 0.001 0.037 0.059 42 P 0.001 0.001 0.001 0.142 0.187 0.377 0.035 0.001 0.001 0.066 0.191 43 L 0.001 0.001 0.001 0.091 0.344 0.480 0.009 0.001 0.001 0.021 0.054 44 S 0.001 0.001 0.001 0.228 0.191 0.412 0.019 0.001 0.001 0.041 0.107 45 Y 0.001 0.001 0.001 0.212 0.329 0.326 0.017 0.001 0.001 0.053 0.061 46 L 0.003 0.001 0.001 0.203 0.242 0.368 0.028 0.001 0.001 0.050 0.103 47 W 0.119 0.001 0.003 0.078 0.083 0.191 0.090 0.002 0.005 0.078 0.350 48 D 0.205 0.002 0.002 0.032 0.021 0.041 0.105 0.008 0.003 0.091 0.490 49 G 0.028 0.001 0.001 0.010 0.006 0.015 0.141 0.001 0.001 0.029 0.767 50 E 0.002 0.001 0.001 0.031 0.159 0.290 0.139 0.002 0.001 0.036 0.340 51 T 0.002 0.001 0.001 0.053 0.186 0.422 0.049 0.001 0.001 0.119 0.167 52 F 0.001 0.001 0.001 0.105 0.300 0.335 0.026 0.001 0.001 0.054 0.178 53 L 0.001 0.001 0.001 0.056 0.307 0.478 0.015 0.001 0.001 0.024 0.118 54 V 0.001 0.001 0.001 0.040 0.322 0.417 0.021 0.001 0.001 0.036 0.163 55 A 0.011 0.002 0.001 0.085 0.208 0.254 0.065 0.003 0.002 0.084 0.286 56 T 0.234 0.009 0.002 0.036 0.095 0.108 0.091 0.019 0.003 0.129 0.275 57 P 0.220 0.004 0.001 0.022 0.016 0.027 0.093 0.003 0.001 0.050 0.563 58 A 0.022 0.002 0.001 0.024 0.026 0.045 0.103 0.001 0.001 0.038 0.739 59 A 0.014 0.014 0.001 0.016 0.027 0.037 0.123 0.003 0.001 0.033 0.730 60 S 0.132 0.071 0.003 0.013 0.047 0.037 0.127 0.026 0.001 0.065 0.479 61 P 0.091 0.067 0.004 0.022 0.033 0.043 0.136 0.014 0.001 0.072 0.518 62 T 0.070 0.186 0.002 0.024 0.034 0.099 0.104 0.008 0.001 0.057 0.416 63 G 0.079 0.076 0.007 0.052 0.046 0.095 0.086 0.007 0.002 0.147 0.403 64 R 0.021 0.076 0.007 0.068 0.088 0.119 0.112 0.006 0.002 0.093 0.408 65 N 0.078 0.034 0.006 0.045 0.070 0.116 0.093 0.007 0.003 0.153 0.395 66 L 0.081 0.007 0.010 0.067 0.077 0.099 0.104 0.004 0.005 0.155 0.391 67 S 0.066 0.003 0.003 0.041 0.046 0.111 0.147 0.003 0.002 0.060 0.517 68 E 0.045 0.002 0.002 0.040 0.033 0.092 0.150 0.004 0.001 0.057 0.574 69 T 0.023 0.002 0.002 0.037 0.041 0.079 0.183 0.002 0.001 0.078 0.551 70 G 0.005 0.002 0.001 0.095 0.085 0.213 0.135 0.002 0.001 0.081 0.380 71 R 0.002 0.001 0.001 0.115 0.088 0.183 0.085 0.001 0.001 0.081 0.444 72 V 0.001 0.001 0.001 0.224 0.253 0.360 0.018 0.001 0.001 0.071 0.073 73 R 0.001 0.001 0.001 0.204 0.171 0.413 0.019 0.001 0.001 0.074 0.117 74 L 0.001 0.001 0.001 0.239 0.318 0.281 0.016 0.001 0.001 0.036 0.108 75 G 0.001 0.001 0.001 0.129 0.228 0.410 0.037 0.001 0.001 0.053 0.140 76 I 0.007 0.001 0.001 0.066 0.076 0.124 0.090 0.001 0.002 0.036 0.597 77 G 0.270 0.001 0.002 0.028 0.040 0.050 0.102 0.010 0.005 0.092 0.400 78 P 0.118 0.001 0.003 0.012 0.004 0.006 0.105 0.001 0.002 0.088 0.660 79 T 0.012 0.001 0.001 0.007 0.010 0.020 0.114 0.001 0.001 0.022 0.812 80 R 0.008 0.001 0.001 0.018 0.074 0.081 0.131 0.001 0.001 0.038 0.647 81 D 0.001 0.001 0.001 0.050 0.158 0.356 0.082 0.001 0.001 0.076 0.277 82 L 0.001 0.001 0.001 0.080 0.173 0.452 0.031 0.001 0.001 0.072 0.191 83 V 0.001 0.001 0.001 0.101 0.384 0.412 0.010 0.001 0.001 0.026 0.067 84 L 0.001 0.001 0.001 0.120 0.311 0.439 0.011 0.001 0.001 0.038 0.081 85 V 0.001 0.001 0.001 0.109 0.372 0.427 0.007 0.001 0.001 0.038 0.046 86 E 0.007 0.001 0.001 0.092 0.229 0.451 0.030 0.001 0.001 0.056 0.133 87 G 0.004 0.001 0.001 0.051 0.345 0.444 0.027 0.001 0.001 0.027 0.102 88 T 0.003 0.001 0.001 0.070 0.257 0.481 0.038 0.001 0.001 0.031 0.120 89 A 0.005 0.001 0.001 0.144 0.204 0.245 0.074 0.001 0.001 0.029 0.297 90 L 0.020 0.001 0.001 0.065 0.310 0.327 0.058 0.001 0.001 0.050 0.169 91 P 0.005 0.003 0.001 0.041 0.069 0.132 0.098 0.001 0.001 0.029 0.620 92 L 0.026 0.011 0.006 0.030 0.040 0.059 0.126 0.007 0.006 0.035 0.654 93 E 0.425 0.058 0.003 0.009 0.009 0.009 0.062 0.047 0.003 0.106 0.270 94 P 0.427 0.020 0.001 0.004 0.002 0.003 0.061 0.003 0.001 0.049 0.430 95 A 0.017 0.010 0.001 0.012 0.009 0.022 0.087 0.001 0.001 0.021 0.820 96 G 0.019 0.049 0.001 0.009 0.009 0.013 0.103 0.001 0.001 0.023 0.773 97 L 0.090 0.388 0.001 0.005 0.024 0.013 0.083 0.026 0.001 0.058 0.310 98 P 0.066 0.689 0.001 0.002 0.001 0.002 0.028 0.005 0.001 0.022 0.182 99 D 0.035 0.724 0.001 0.003 0.001 0.003 0.026 0.004 0.001 0.071 0.133 100 G 0.009 0.115 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.818 0.040 101 V 0.005 0.791 0.003 0.002 0.002 0.001 0.011 0.003 0.001 0.133 0.049 102 G 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 103 D 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.014 104 T 0.012 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.010 0.027 105 F 0.071 0.329 0.025 0.002 0.001 0.001 0.013 0.023 0.011 0.471 0.054 106 A 0.057 0.127 0.181 0.004 0.001 0.001 0.042 0.014 0.145 0.313 0.114 107 E 0.286 0.045 0.022 0.006 0.001 0.002 0.110 0.009 0.015 0.059 0.446 108 K 0.111 0.019 0.003 0.014 0.001 0.003 0.104 0.006 0.002 0.050 0.687 109 T 0.038 0.002 0.001 0.008 0.002 0.006 0.141 0.002 0.001 0.033 0.769 110 G 0.008 0.003 0.001 0.019 0.002 0.013 0.120 0.002 0.001 0.029 0.803 111 F 0.031 0.005 0.002 0.008 0.004 0.008 0.123 0.004 0.001 0.028 0.787 112 D 0.291 0.016 0.002 0.019 0.005 0.010 0.084 0.012 0.001 0.100 0.459 113 P 0.162 0.009 0.001 0.019 0.003 0.006 0.093 0.002 0.001 0.075 0.629 114 R 0.029 0.002 0.001 0.025 0.009 0.022 0.121 0.001 0.001 0.044 0.745 115 R 0.042 0.003 0.001 0.020 0.013 0.021 0.126 0.001 0.001 0.037 0.736 116 L 0.049 0.002 0.001 0.013 0.014 0.020 0.160 0.005 0.001 0.046 0.690 117 T 0.080 0.006 0.001 0.011 0.012 0.020 0.163 0.006 0.001 0.051 0.650 118 T 0.034 0.004 0.001 0.019 0.025 0.056 0.187 0.003 0.001 0.054 0.616 119 S 0.006 0.003 0.001 0.055 0.097 0.259 0.132 0.002 0.001 0.051 0.393 120 Y 0.003 0.002 0.001 0.072 0.153 0.370 0.063 0.001 0.001 0.070 0.266 121 L 0.001 0.001 0.001 0.096 0.315 0.412 0.025 0.001 0.001 0.054 0.096 122 Y 0.001 0.001 0.001 0.085 0.251 0.490 0.020 0.001 0.001 0.036 0.115 123 F 0.001 0.001 0.001 0.094 0.378 0.357 0.017 0.001 0.001 0.039 0.113 124 R 0.002 0.001 0.001 0.084 0.325 0.373 0.030 0.001 0.001 0.043 0.142 125 I 0.008 0.002 0.001 0.069 0.207 0.226 0.062 0.001 0.001 0.042 0.380 126 S 0.223 0.035 0.002 0.048 0.125 0.112 0.077 0.014 0.003 0.087 0.275 127 P 0.115 0.110 0.003 0.034 0.016 0.024 0.097 0.007 0.002 0.052 0.539 128 R 0.032 0.148 0.002 0.031 0.053 0.066 0.090 0.009 0.001 0.031 0.537 129 R 0.042 0.410 0.003 0.047 0.063 0.077 0.059 0.007 0.001 0.030 0.263 130 V 0.028 0.353 0.003 0.055 0.071 0.070 0.049 0.006 0.001 0.110 0.255 131 Q 0.031 0.518 0.008 0.049 0.052 0.047 0.035 0.009 0.002 0.108 0.140 132 A 0.110 0.533 0.009 0.037 0.019 0.027 0.039 0.016 0.003 0.054 0.154 133 W 0.104 0.267 0.018 0.053 0.026 0.038 0.061 0.009 0.008 0.164 0.252 134 R 0.044 0.276 0.005 0.027 0.025 0.035 0.095 0.006 0.002 0.070 0.415 135 E 0.052 0.569 0.005 0.009 0.005 0.011 0.041 0.016 0.002 0.024 0.268 136 A 0.072 0.285 0.009 0.010 0.007 0.006 0.046 0.012 0.003 0.292 0.257 137 N 0.043 0.508 0.016 0.004 0.003 0.006 0.044 0.009 0.007 0.163 0.195 138 E 0.124 0.637 0.009 0.003 0.001 0.003 0.020 0.012 0.003 0.035 0.152 139 L 0.123 0.542 0.019 0.007 0.004 0.006 0.033 0.015 0.010 0.056 0.185 140 S 0.066 0.618 0.002 0.005 0.003 0.007 0.044 0.005 0.001 0.016 0.234 141 G 0.045 0.655 0.009 0.008 0.004 0.010 0.031 0.015 0.002 0.018 0.202 142 R 0.116 0.428 0.005 0.012 0.022 0.029 0.060 0.013 0.001 0.065 0.247 143 E 0.039 0.268 0.020 0.025 0.017 0.048 0.087 0.004 0.009 0.090 0.394 144 L 0.120 0.136 0.076 0.025 0.035 0.049 0.100 0.015 0.022 0.095 0.328 145 M 0.389 0.035 0.016 0.016 0.020 0.036 0.053 0.023 0.012 0.065 0.335 146 R 0.246 0.015 0.001 0.007 0.009 0.015 0.056 0.004 0.001 0.025 0.620 147 D 0.015 0.010 0.001 0.016 0.008 0.024 0.076 0.002 0.001 0.016 0.832 148 G 0.012 0.010 0.001 0.016 0.030 0.064 0.098 0.005 0.001 0.035 0.730 149 E 0.024 0.005 0.001 0.034 0.171 0.179 0.082 0.003 0.001 0.073 0.428 150 W 0.011 0.007 0.002 0.073 0.059 0.093 0.106 0.001 0.001 0.047 0.601 151 L 0.069 0.009 0.005 0.063 0.059 0.075 0.103 0.004 0.002 0.060 0.550 152 V 0.357 0.010 0.001 0.014 0.015 0.017 0.088 0.008 0.001 0.065 0.424 153 T 0.029 0.003 0.001 0.007 0.004 0.009 0.097 0.003 0.001 0.022 0.824 154 D 0.033 0.007 0.001 0.012 0.009 0.019 0.104 0.004 0.001 0.026 0.784