# TARGET T0370 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.003 0.016 0.046 0.074 0.133 0.020 0.694 2 T 0.027 0.010 0.018 0.042 0.075 0.110 0.033 0.685 3 T 0.123 0.032 0.014 0.030 0.043 0.120 0.048 0.589 4 P 0.079 0.040 0.021 0.036 0.032 0.128 0.087 0.576 5 P 0.060 0.104 0.014 0.017 0.020 0.101 0.051 0.633 6 A 0.113 0.238 0.015 0.012 0.018 0.078 0.041 0.484 7 R 0.106 0.290 0.016 0.022 0.031 0.070 0.063 0.400 8 T 0.124 0.295 0.017 0.020 0.032 0.062 0.110 0.340 9 A 0.095 0.298 0.018 0.034 0.045 0.072 0.085 0.353 10 K 0.039 0.256 0.020 0.032 0.060 0.083 0.058 0.451 11 Q 0.028 0.152 0.018 0.029 0.051 0.120 0.056 0.546 12 R 0.025 0.149 0.023 0.032 0.034 0.090 0.340 0.307 13 I 0.052 0.758 0.003 0.004 0.005 0.017 0.081 0.080 14 Q 0.062 0.670 0.006 0.005 0.006 0.028 0.097 0.126 15 D 0.016 0.747 0.008 0.009 0.008 0.028 0.058 0.127 16 T 0.033 0.879 0.003 0.001 0.003 0.010 0.031 0.041 17 L 0.049 0.802 0.010 0.006 0.005 0.015 0.053 0.060 18 N 0.055 0.687 0.009 0.009 0.013 0.026 0.062 0.139 19 R 0.088 0.296 0.025 0.011 0.013 0.056 0.219 0.292 20 L 0.104 0.266 0.025 0.022 0.023 0.075 0.221 0.264 21 E 0.084 0.141 0.024 0.018 0.026 0.072 0.120 0.513 22 L 0.024 0.064 0.016 0.010 0.015 0.109 0.059 0.704 23 D 0.153 0.249 0.025 0.017 0.025 0.076 0.125 0.330 24 V 0.101 0.184 0.018 0.012 0.021 0.113 0.074 0.476 25 D 0.015 0.072 0.065 0.028 0.093 0.119 0.182 0.425 26 A 0.003 0.023 0.114 0.049 0.123 0.059 0.510 0.118 27 W 0.006 0.038 0.180 0.174 0.233 0.049 0.186 0.134 28 V 0.018 0.022 0.198 0.243 0.332 0.032 0.054 0.100 29 S 0.009 0.013 0.187 0.187 0.306 0.051 0.052 0.195 30 T 0.013 0.009 0.186 0.231 0.315 0.053 0.048 0.146 31 A 0.009 0.003 0.103 0.221 0.293 0.072 0.089 0.210 32 G 0.065 0.003 0.085 0.103 0.128 0.109 0.087 0.419 33 A 0.705 0.001 0.011 0.023 0.026 0.036 0.042 0.156 34 D 0.084 0.001 0.004 0.007 0.010 0.077 0.015 0.803 35 G 0.004 0.001 0.004 0.003 0.021 0.088 0.006 0.874 36 G 0.024 0.001 0.010 0.017 0.047 0.092 0.019 0.790 37 A 0.073 0.002 0.021 0.234 0.164 0.093 0.046 0.368 38 P 0.004 0.001 0.035 0.066 0.109 0.063 0.013 0.710 39 Y 0.002 0.001 0.070 0.204 0.504 0.043 0.014 0.162 40 L 0.003 0.001 0.099 0.119 0.187 0.038 0.035 0.519 41 V 0.020 0.004 0.083 0.463 0.245 0.030 0.066 0.089 42 P 0.018 0.007 0.097 0.156 0.302 0.042 0.061 0.317 43 L 0.007 0.003 0.096 0.238 0.436 0.034 0.030 0.154 44 S 0.005 0.001 0.102 0.266 0.488 0.017 0.028 0.093 45 Y 0.002 0.001 0.052 0.337 0.414 0.025 0.030 0.138 46 L 0.010 0.001 0.100 0.249 0.368 0.045 0.028 0.198 47 W 0.115 0.002 0.069 0.149 0.128 0.093 0.102 0.342 48 D 0.048 0.005 0.030 0.035 0.060 0.112 0.031 0.679 49 G 0.024 0.006 0.035 0.019 0.080 0.128 0.032 0.675 50 E 0.008 0.004 0.062 0.188 0.322 0.100 0.063 0.254 51 T 0.004 0.002 0.133 0.224 0.378 0.034 0.059 0.166 52 F 0.003 0.001 0.112 0.295 0.425 0.021 0.031 0.112 53 L 0.003 0.001 0.220 0.292 0.372 0.019 0.026 0.067 54 V 0.004 0.001 0.159 0.273 0.384 0.034 0.029 0.114 55 A 0.022 0.004 0.141 0.147 0.206 0.079 0.034 0.367 56 T 0.210 0.018 0.046 0.086 0.106 0.083 0.113 0.338 57 P 0.161 0.020 0.020 0.014 0.025 0.144 0.052 0.562 58 A 0.017 0.005 0.013 0.016 0.028 0.135 0.122 0.664 59 A 0.020 0.025 0.008 0.010 0.015 0.117 0.093 0.713 60 S 0.217 0.203 0.007 0.013 0.016 0.109 0.087 0.349 61 P 0.051 0.118 0.024 0.026 0.031 0.104 0.059 0.588 62 T 0.129 0.347 0.019 0.016 0.042 0.068 0.061 0.317 63 G 0.128 0.142 0.053 0.023 0.035 0.093 0.176 0.351 64 R 0.069 0.082 0.068 0.083 0.094 0.118 0.092 0.394 65 N 0.109 0.031 0.039 0.026 0.054 0.071 0.209 0.461 66 L 0.043 0.025 0.044 0.039 0.058 0.151 0.133 0.505 67 S 0.028 0.016 0.046 0.043 0.079 0.123 0.047 0.617 68 E 0.040 0.016 0.011 0.017 0.029 0.107 0.030 0.750 69 T 0.079 0.071 0.040 0.036 0.059 0.144 0.096 0.476 70 G 0.067 0.073 0.065 0.043 0.122 0.152 0.070 0.407 71 R 0.023 0.022 0.105 0.075 0.196 0.085 0.123 0.373 72 V 0.016 0.009 0.130 0.238 0.279 0.061 0.079 0.188 73 R 0.008 0.002 0.131 0.181 0.420 0.039 0.055 0.165 74 L 0.007 0.001 0.086 0.309 0.349 0.039 0.023 0.186 75 G 0.003 0.001 0.086 0.260 0.432 0.037 0.045 0.137 76 I 0.009 0.001 0.034 0.121 0.195 0.090 0.033 0.517 77 G 0.133 0.001 0.041 0.101 0.128 0.114 0.097 0.384 78 P 0.069 0.001 0.011 0.013 0.020 0.095 0.031 0.759 79 T 0.080 0.002 0.027 0.015 0.038 0.145 0.063 0.632 80 R 0.008 0.001 0.040 0.036 0.072 0.180 0.057 0.607 81 D 0.002 0.001 0.201 0.117 0.247 0.079 0.063 0.290 82 L 0.001 0.001 0.239 0.153 0.243 0.031 0.066 0.267 83 V 0.001 0.001 0.449 0.234 0.205 0.017 0.027 0.067 84 L 0.003 0.001 0.541 0.109 0.162 0.021 0.045 0.119 85 V 0.016 0.001 0.337 0.227 0.184 0.045 0.051 0.138 86 E 0.031 0.001 0.170 0.045 0.109 0.100 0.046 0.497 87 G 0.032 0.001 0.103 0.087 0.183 0.113 0.052 0.429 88 T 0.009 0.001 0.096 0.121 0.297 0.082 0.039 0.355 89 A 0.008 0.001 0.048 0.091 0.169 0.068 0.017 0.599 90 L 0.011 0.001 0.063 0.363 0.260 0.061 0.024 0.217 91 P 0.013 0.002 0.021 0.046 0.063 0.098 0.023 0.735 92 L 0.061 0.006 0.050 0.077 0.065 0.105 0.052 0.585 93 E 0.360 0.014 0.011 0.020 0.017 0.067 0.034 0.478 94 P 0.524 0.024 0.005 0.005 0.007 0.048 0.042 0.345 95 A 0.028 0.012 0.008 0.007 0.016 0.129 0.015 0.785 96 G 0.030 0.023 0.006 0.005 0.011 0.098 0.025 0.802 97 L 0.193 0.216 0.007 0.015 0.011 0.097 0.043 0.419 98 P 0.103 0.295 0.010 0.007 0.012 0.076 0.084 0.413 99 D 0.090 0.327 0.015 0.008 0.015 0.077 0.118 0.352 100 G 0.015 0.055 0.014 0.007 0.009 0.038 0.741 0.123 101 V 0.024 0.682 0.010 0.006 0.007 0.030 0.158 0.083 102 G 0.032 0.860 0.004 0.002 0.005 0.015 0.015 0.067 103 D 0.015 0.812 0.014 0.010 0.010 0.018 0.030 0.091 104 T 0.064 0.757 0.012 0.005 0.013 0.022 0.053 0.072 105 F 0.109 0.102 0.044 0.015 0.013 0.044 0.586 0.088 106 A 0.053 0.082 0.048 0.028 0.030 0.082 0.426 0.251 107 E 0.243 0.035 0.023 0.007 0.016 0.072 0.047 0.557 108 K 0.056 0.009 0.022 0.015 0.024 0.123 0.033 0.719 109 T 0.016 0.007 0.031 0.009 0.023 0.121 0.024 0.768 110 G 0.020 0.010 0.016 0.012 0.022 0.169 0.022 0.730 111 F 0.024 0.011 0.034 0.027 0.017 0.126 0.034 0.727 112 D 0.405 0.053 0.016 0.013 0.012 0.068 0.070 0.363 113 P 0.210 0.019 0.020 0.011 0.014 0.077 0.164 0.485 114 R 0.039 0.007 0.022 0.019 0.026 0.103 0.085 0.698 115 R 0.036 0.005 0.013 0.014 0.028 0.115 0.051 0.738 116 L 0.038 0.005 0.010 0.018 0.026 0.130 0.030 0.743 117 T 0.180 0.016 0.016 0.015 0.041 0.119 0.064 0.548 118 T 0.104 0.019 0.021 0.024 0.053 0.128 0.056 0.596 119 S 0.018 0.009 0.073 0.067 0.268 0.125 0.044 0.396 120 Y 0.003 0.002 0.064 0.114 0.422 0.049 0.061 0.286 121 L 0.002 0.001 0.088 0.358 0.471 0.015 0.020 0.045 122 Y 0.001 0.001 0.083 0.285 0.528 0.008 0.017 0.077 123 F 0.001 0.001 0.086 0.464 0.399 0.008 0.005 0.038 124 R 0.001 0.001 0.103 0.250 0.574 0.014 0.009 0.049 125 I 0.005 0.002 0.095 0.297 0.270 0.041 0.029 0.262 126 S 0.178 0.046 0.062 0.235 0.190 0.042 0.080 0.167 127 P 0.098 0.091 0.045 0.053 0.108 0.069 0.050 0.487 128 R 0.020 0.108 0.056 0.108 0.246 0.068 0.035 0.358 129 R 0.015 0.224 0.070 0.098 0.181 0.057 0.077 0.278 130 V 0.010 0.441 0.034 0.159 0.122 0.037 0.040 0.157 131 Q 0.015 0.482 0.088 0.118 0.130 0.019 0.061 0.087 132 A 0.035 0.733 0.027 0.042 0.049 0.012 0.059 0.042 133 W 0.067 0.442 0.059 0.046 0.056 0.017 0.234 0.078 134 R 0.039 0.674 0.012 0.031 0.024 0.019 0.103 0.098 135 E 0.039 0.679 0.006 0.006 0.011 0.022 0.041 0.196 136 A 0.053 0.301 0.013 0.014 0.013 0.052 0.298 0.256 137 N 0.046 0.493 0.006 0.007 0.006 0.029 0.296 0.116 138 E 0.080 0.678 0.003 0.002 0.003 0.030 0.028 0.178 139 L 0.044 0.654 0.006 0.006 0.005 0.038 0.025 0.222 140 S 0.022 0.794 0.002 0.001 0.002 0.019 0.039 0.121 141 G 0.017 0.906 0.002 0.001 0.001 0.007 0.038 0.030 142 R 0.019 0.879 0.005 0.006 0.005 0.011 0.036 0.039 143 E 0.066 0.467 0.043 0.023 0.024 0.045 0.187 0.145 144 L 0.065 0.149 0.098 0.032 0.051 0.076 0.315 0.214 145 M 0.410 0.046 0.053 0.018 0.030 0.056 0.133 0.254 146 R 0.206 0.015 0.010 0.013 0.013 0.066 0.041 0.636 147 D 0.012 0.004 0.005 0.005 0.015 0.085 0.006 0.868 148 G 0.021 0.004 0.013 0.017 0.048 0.093 0.023 0.782 149 E 0.025 0.003 0.029 0.182 0.102 0.125 0.071 0.462 150 W 0.012 0.002 0.036 0.079 0.097 0.087 0.051 0.636 151 L 0.042 0.002 0.023 0.074 0.075 0.080 0.025 0.680 152 V 0.161 0.003 0.019 0.048 0.042 0.074 0.044 0.608 153 T 0.039 0.005 0.009 0.016 0.031 0.083 0.021 0.796 154 D 0.035 0.006 0.014 0.023 0.058 0.097 0.021 0.745