# TARGET T0370 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.229 0.089 0.057 0.096 0.080 0.078 0.098 0.086 0.085 0.062 0.040 2 T 0.309 0.159 0.072 0.119 0.091 0.069 0.075 0.045 0.030 0.020 0.010 3 T 0.161 0.208 0.070 0.137 0.118 0.085 0.089 0.060 0.040 0.022 0.009 4 P 0.481 0.182 0.040 0.081 0.065 0.044 0.041 0.027 0.019 0.013 0.006 5 P 0.373 0.133 0.054 0.114 0.085 0.064 0.070 0.038 0.032 0.024 0.014 6 A 0.276 0.161 0.112 0.156 0.089 0.058 0.063 0.034 0.029 0.016 0.007 7 R 0.304 0.124 0.127 0.149 0.086 0.072 0.068 0.034 0.022 0.011 0.005 8 T 0.196 0.265 0.207 0.143 0.074 0.046 0.037 0.016 0.009 0.004 0.002 9 A 0.134 0.063 0.118 0.108 0.096 0.120 0.164 0.091 0.062 0.032 0.011 10 K 0.161 0.118 0.292 0.228 0.102 0.049 0.034 0.009 0.004 0.002 0.001 11 Q 0.062 0.070 0.426 0.117 0.077 0.071 0.097 0.042 0.023 0.010 0.004 12 R 0.039 0.062 0.150 0.158 0.154 0.155 0.130 0.068 0.041 0.029 0.012 13 I 0.037 0.159 0.203 0.105 0.097 0.113 0.145 0.065 0.044 0.023 0.008 14 Q 0.243 0.098 0.428 0.157 0.051 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 15 D 0.317 0.140 0.324 0.126 0.054 0.022 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 16 T 0.012 0.030 0.141 0.094 0.072 0.123 0.236 0.131 0.096 0.046 0.018 17 L 0.004 0.006 0.102 0.066 0.116 0.215 0.295 0.109 0.057 0.023 0.007 18 N 0.015 0.026 0.856 0.067 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.005 0.024 0.238 0.242 0.212 0.160 0.083 0.022 0.009 0.004 0.001 20 L 0.004 0.004 0.023 0.009 0.012 0.027 0.111 0.139 0.227 0.243 0.201 21 E 0.013 0.031 0.221 0.193 0.202 0.154 0.123 0.037 0.017 0.006 0.002 22 L 0.016 0.048 0.665 0.103 0.069 0.041 0.033 0.012 0.006 0.004 0.002 23 D 0.073 0.117 0.186 0.177 0.137 0.110 0.110 0.040 0.024 0.016 0.010 24 V 0.043 0.049 0.053 0.076 0.082 0.103 0.201 0.135 0.118 0.086 0.055 25 D 0.144 0.159 0.160 0.200 0.146 0.083 0.054 0.023 0.016 0.009 0.005 26 A 0.016 0.018 0.030 0.049 0.059 0.079 0.169 0.149 0.179 0.140 0.113 27 W 0.007 0.006 0.008 0.020 0.029 0.056 0.167 0.184 0.206 0.177 0.139 28 V 0.005 0.010 0.017 0.051 0.065 0.114 0.194 0.164 0.166 0.118 0.097 29 S 0.004 0.005 0.013 0.014 0.012 0.020 0.067 0.122 0.207 0.262 0.277 30 T 0.004 0.005 0.008 0.021 0.028 0.050 0.117 0.152 0.226 0.208 0.180 31 A 0.008 0.016 0.015 0.035 0.037 0.053 0.128 0.151 0.211 0.194 0.153 32 G 0.012 0.019 0.013 0.056 0.070 0.094 0.151 0.157 0.174 0.140 0.116 33 A 0.051 0.060 0.041 0.111 0.116 0.126 0.163 0.121 0.098 0.065 0.048 34 D 0.380 0.162 0.072 0.142 0.090 0.060 0.045 0.021 0.015 0.009 0.006 35 G 0.223 0.135 0.058 0.154 0.111 0.104 0.093 0.048 0.033 0.023 0.017 36 G 0.140 0.135 0.038 0.145 0.124 0.091 0.100 0.072 0.062 0.052 0.039 37 A 0.016 0.072 0.029 0.127 0.170 0.179 0.180 0.093 0.065 0.039 0.029 38 P 0.002 0.002 0.001 0.006 0.011 0.019 0.066 0.125 0.221 0.265 0.282 39 Y 0.004 0.008 0.004 0.050 0.103 0.149 0.257 0.166 0.120 0.076 0.063 40 L 0.001 0.002 0.002 0.008 0.011 0.017 0.064 0.138 0.232 0.279 0.247 41 V 0.001 0.002 0.001 0.012 0.022 0.046 0.136 0.183 0.239 0.198 0.161 42 P 0.001 0.002 0.001 0.009 0.012 0.027 0.095 0.167 0.245 0.259 0.182 43 L 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.034 0.126 0.206 0.247 0.222 0.137 44 S 0.003 0.007 0.006 0.036 0.045 0.073 0.166 0.194 0.205 0.155 0.110 45 Y 0.002 0.003 0.002 0.012 0.015 0.025 0.080 0.159 0.245 0.279 0.178 46 L 0.005 0.013 0.010 0.077 0.092 0.125 0.191 0.185 0.158 0.089 0.055 47 W 0.002 0.005 0.005 0.019 0.032 0.056 0.139 0.177 0.231 0.188 0.146 48 D 0.025 0.120 0.048 0.256 0.198 0.134 0.120 0.054 0.029 0.012 0.004 49 G 0.136 0.138 0.040 0.188 0.173 0.119 0.101 0.050 0.031 0.015 0.008 50 E 0.251 0.179 0.073 0.203 0.130 0.062 0.050 0.026 0.014 0.007 0.004 51 T 0.004 0.029 0.017 0.152 0.215 0.244 0.202 0.084 0.034 0.013 0.007 52 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.049 0.158 0.283 0.286 0.212 53 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.045 0.151 0.213 0.221 0.187 0.159 54 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.030 0.082 0.207 0.330 0.342 55 A 0.001 0.002 0.002 0.016 0.028 0.059 0.174 0.200 0.220 0.173 0.127 56 T 0.002 0.006 0.003 0.015 0.020 0.036 0.114 0.197 0.233 0.221 0.154 57 P 0.069 0.080 0.039 0.164 0.185 0.142 0.130 0.085 0.054 0.034 0.019 58 A 0.191 0.153 0.059 0.176 0.141 0.093 0.094 0.045 0.026 0.014 0.008 59 A 0.189 0.115 0.040 0.126 0.122 0.105 0.108 0.069 0.060 0.041 0.025 60 S 0.108 0.125 0.042 0.136 0.114 0.113 0.120 0.081 0.073 0.049 0.038 61 P 0.309 0.172 0.069 0.126 0.088 0.074 0.064 0.036 0.029 0.022 0.013 62 T 0.083 0.091 0.041 0.113 0.128 0.141 0.161 0.096 0.075 0.046 0.026 63 G 0.061 0.029 0.019 0.060 0.067 0.083 0.141 0.129 0.148 0.134 0.130 64 R 0.064 0.075 0.096 0.204 0.164 0.133 0.114 0.057 0.046 0.028 0.019 65 N 0.033 0.085 0.111 0.178 0.147 0.128 0.143 0.074 0.053 0.031 0.018 66 L 0.009 0.005 0.006 0.010 0.013 0.024 0.068 0.110 0.193 0.246 0.316 67 S 0.030 0.050 0.057 0.150 0.163 0.149 0.189 0.091 0.060 0.036 0.024 68 E 0.058 0.129 0.214 0.221 0.141 0.101 0.069 0.028 0.020 0.010 0.008 69 T 0.032 0.050 0.041 0.115 0.127 0.127 0.179 0.125 0.090 0.067 0.047 70 G 0.420 0.131 0.051 0.127 0.091 0.062 0.054 0.029 0.018 0.010 0.007 71 R 0.011 0.043 0.036 0.133 0.185 0.207 0.201 0.089 0.052 0.027 0.016 72 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.033 0.094 0.209 0.297 0.357 73 R 0.003 0.007 0.009 0.041 0.065 0.127 0.242 0.169 0.150 0.097 0.091 74 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.009 0.047 0.112 0.228 0.314 0.277 75 G 0.003 0.005 0.004 0.027 0.041 0.079 0.163 0.176 0.194 0.161 0.147 76 I 0.002 0.003 0.002 0.009 0.011 0.018 0.060 0.111 0.204 0.264 0.316 77 G 0.026 0.044 0.019 0.121 0.162 0.165 0.190 0.120 0.082 0.043 0.027 78 P 0.155 0.167 0.065 0.180 0.120 0.103 0.095 0.049 0.033 0.021 0.012 79 T 0.279 0.156 0.063 0.172 0.126 0.074 0.059 0.028 0.021 0.013 0.009 80 R 0.144 0.143 0.080 0.211 0.150 0.107 0.078 0.040 0.026 0.013 0.008 81 D 0.044 0.123 0.068 0.247 0.209 0.153 0.102 0.033 0.014 0.006 0.002 82 L 0.002 0.008 0.009 0.044 0.078 0.141 0.219 0.187 0.150 0.103 0.060 83 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.031 0.113 0.179 0.216 0.229 0.206 84 L 0.003 0.019 0.026 0.161 0.202 0.174 0.174 0.106 0.072 0.041 0.022 85 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.048 0.106 0.213 0.294 0.318 86 E 0.064 0.120 0.057 0.357 0.239 0.086 0.049 0.017 0.007 0.003 0.002 87 G 0.013 0.018 0.007 0.032 0.049 0.078 0.188 0.184 0.194 0.151 0.087 88 T 0.059 0.230 0.116 0.358 0.158 0.053 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 89 A 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.044 0.083 0.200 0.281 0.369 90 L 0.045 0.131 0.077 0.288 0.225 0.111 0.074 0.026 0.013 0.006 0.004 91 P 0.119 0.152 0.046 0.137 0.120 0.108 0.143 0.070 0.054 0.033 0.018 92 L 0.038 0.035 0.021 0.069 0.073 0.100 0.160 0.128 0.131 0.126 0.119 93 E 0.359 0.244 0.060 0.140 0.086 0.044 0.032 0.014 0.010 0.007 0.005 94 P 0.379 0.155 0.054 0.124 0.079 0.060 0.064 0.033 0.026 0.017 0.010 95 A 0.424 0.127 0.040 0.102 0.075 0.054 0.068 0.039 0.033 0.023 0.014 96 G 0.401 0.222 0.062 0.113 0.068 0.046 0.037 0.019 0.015 0.010 0.007 97 L 0.062 0.101 0.037 0.122 0.130 0.126 0.135 0.105 0.087 0.061 0.034 98 P 0.250 0.157 0.064 0.121 0.105 0.098 0.087 0.047 0.035 0.023 0.014 99 D 0.252 0.168 0.089 0.184 0.132 0.069 0.055 0.026 0.016 0.007 0.003 100 G 0.196 0.131 0.069 0.152 0.119 0.095 0.094 0.058 0.043 0.027 0.017 101 V 0.012 0.025 0.018 0.047 0.057 0.091 0.164 0.153 0.172 0.152 0.110 102 G 0.019 0.020 0.025 0.067 0.095 0.148 0.232 0.149 0.128 0.078 0.040 103 D 0.087 0.100 0.238 0.260 0.127 0.080 0.054 0.023 0.017 0.009 0.005 104 T 0.014 0.028 0.071 0.114 0.116 0.144 0.198 0.120 0.101 0.058 0.036 105 F 0.005 0.003 0.012 0.015 0.016 0.028 0.084 0.133 0.219 0.252 0.233 106 A 0.004 0.009 0.067 0.087 0.130 0.173 0.237 0.126 0.093 0.050 0.025 107 E 0.013 0.043 0.474 0.208 0.117 0.074 0.043 0.015 0.008 0.003 0.002 108 K 0.012 0.026 0.054 0.084 0.116 0.185 0.259 0.125 0.078 0.043 0.020 109 T 0.053 0.047 0.032 0.065 0.065 0.088 0.166 0.153 0.149 0.119 0.064 110 G 0.329 0.193 0.075 0.129 0.088 0.062 0.058 0.026 0.020 0.012 0.008 111 F 0.028 0.028 0.021 0.048 0.060 0.079 0.151 0.151 0.174 0.146 0.114 112 D 0.215 0.311 0.070 0.148 0.095 0.057 0.047 0.023 0.017 0.010 0.007 113 P 0.280 0.114 0.047 0.121 0.104 0.094 0.094 0.055 0.045 0.028 0.019 114 R 0.177 0.082 0.034 0.099 0.096 0.105 0.137 0.090 0.078 0.060 0.042 115 R 0.221 0.181 0.090 0.175 0.104 0.073 0.064 0.034 0.028 0.017 0.012 116 L 0.044 0.030 0.022 0.061 0.067 0.106 0.180 0.148 0.135 0.115 0.093 117 T 0.220 0.209 0.097 0.139 0.082 0.069 0.070 0.039 0.031 0.024 0.018 118 T 0.190 0.132 0.083 0.156 0.129 0.101 0.102 0.046 0.033 0.019 0.010 119 S 0.125 0.120 0.060 0.212 0.161 0.114 0.103 0.044 0.031 0.018 0.011 120 Y 0.008 0.019 0.025 0.082 0.129 0.163 0.201 0.135 0.122 0.076 0.040 121 L 0.003 0.004 0.006 0.031 0.053 0.090 0.247 0.216 0.170 0.120 0.062 122 Y 0.001 0.004 0.014 0.047 0.070 0.123 0.189 0.188 0.158 0.130 0.076 123 F 0.001 0.003 0.009 0.015 0.015 0.023 0.098 0.196 0.256 0.243 0.141 124 R 0.009 0.015 0.025 0.097 0.113 0.131 0.196 0.160 0.115 0.082 0.056 125 I 0.001 0.002 0.005 0.007 0.007 0.011 0.054 0.097 0.239 0.301 0.276 126 S 0.013 0.068 0.038 0.297 0.254 0.128 0.117 0.048 0.027 0.008 0.003 127 P 0.011 0.019 0.010 0.034 0.045 0.066 0.159 0.168 0.225 0.161 0.103 128 R 0.129 0.140 0.117 0.219 0.161 0.105 0.084 0.028 0.011 0.004 0.001 129 R 0.015 0.062 0.031 0.152 0.177 0.201 0.197 0.090 0.046 0.021 0.008 130 V 0.013 0.010 0.013 0.018 0.016 0.021 0.062 0.121 0.236 0.274 0.217 131 Q 0.024 0.043 0.060 0.226 0.211 0.173 0.131 0.065 0.044 0.017 0.007 132 A 0.014 0.030 0.100 0.060 0.043 0.045 0.125 0.151 0.175 0.153 0.103 133 W 0.008 0.009 0.039 0.062 0.068 0.109 0.181 0.159 0.162 0.123 0.079 134 R 0.019 0.027 0.149 0.109 0.120 0.140 0.213 0.100 0.070 0.037 0.017 135 E 0.019 0.029 0.367 0.135 0.109 0.088 0.107 0.057 0.043 0.029 0.017 136 A 0.040 0.049 0.170 0.104 0.076 0.086 0.136 0.093 0.107 0.087 0.052 137 N 0.087 0.052 0.142 0.087 0.069 0.089 0.131 0.100 0.111 0.083 0.048 138 E 0.060 0.067 0.226 0.116 0.096 0.118 0.143 0.074 0.051 0.031 0.018 139 L 0.090 0.071 0.235 0.083 0.068 0.070 0.117 0.076 0.080 0.066 0.045 140 S 0.200 0.123 0.134 0.134 0.104 0.079 0.082 0.045 0.046 0.032 0.020 141 G 0.276 0.127 0.132 0.100 0.069 0.067 0.070 0.046 0.050 0.038 0.027 142 R 0.131 0.086 0.134 0.125 0.119 0.119 0.133 0.063 0.050 0.026 0.013 143 E 0.145 0.080 0.172 0.134 0.102 0.095 0.111 0.064 0.051 0.032 0.015 144 L 0.056 0.060 0.087 0.102 0.097 0.100 0.155 0.114 0.101 0.076 0.052 145 M 0.057 0.039 0.070 0.058 0.057 0.071 0.138 0.132 0.158 0.125 0.095 146 R 0.111 0.101 0.099 0.115 0.124 0.130 0.124 0.070 0.052 0.041 0.031 147 D 0.097 0.254 0.088 0.171 0.124 0.084 0.080 0.043 0.031 0.020 0.010 148 G 0.275 0.071 0.042 0.082 0.104 0.100 0.121 0.075 0.065 0.040 0.024 149 E 0.387 0.218 0.122 0.156 0.062 0.026 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 150 W 0.009 0.029 0.027 0.082 0.111 0.138 0.213 0.156 0.118 0.081 0.037 151 L 0.017 0.018 0.022 0.054 0.071 0.101 0.163 0.157 0.162 0.130 0.106 152 V 0.079 0.102 0.139 0.147 0.135 0.122 0.141 0.062 0.041 0.020 0.012 153 T 0.155 0.195 0.131 0.214 0.113 0.077 0.060 0.028 0.016 0.009 0.003 154 D 0.577 0.152 0.036 0.080 0.052 0.033 0.028 0.016 0.011 0.009 0.006