# TARGET T0370 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.025 0.015 0.016 0.007 0.011 0.020 0.008 0.001 0.002 0.781 2 T 0.067 0.007 0.014 0.022 0.013 0.022 0.092 0.006 0.001 0.004 0.753 3 T 0.086 0.002 0.022 0.026 0.005 0.013 0.046 0.001 0.001 0.004 0.795 4 P 0.009 0.001 0.001 0.012 0.003 0.003 0.034 0.001 0.001 0.001 0.937 5 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.987 6 A 0.035 0.002 0.001 0.056 0.010 0.033 0.323 0.001 0.001 0.007 0.535 7 R 0.316 0.015 0.001 0.036 0.007 0.016 0.117 0.001 0.001 0.009 0.483 8 T 0.186 0.149 0.001 0.071 0.016 0.029 0.078 0.001 0.001 0.004 0.464 9 A 0.106 0.153 0.002 0.055 0.029 0.044 0.092 0.002 0.001 0.006 0.510 10 K 0.163 0.262 0.003 0.029 0.019 0.030 0.118 0.006 0.001 0.006 0.365 11 Q 0.184 0.389 0.009 0.019 0.015 0.028 0.078 0.014 0.001 0.006 0.257 12 R 0.238 0.376 0.032 0.030 0.020 0.036 0.067 0.015 0.001 0.005 0.181 13 I 0.165 0.193 0.029 0.017 0.011 0.024 0.074 0.010 0.001 0.003 0.475 14 Q 0.025 0.083 0.007 0.018 0.005 0.012 0.040 0.004 0.001 0.001 0.804 15 D 0.011 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.877 16 T 0.048 0.298 0.001 0.004 0.003 0.005 0.293 0.005 0.001 0.006 0.336 17 L 0.043 0.735 0.001 0.003 0.002 0.006 0.071 0.005 0.001 0.004 0.129 18 N 0.023 0.927 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.002 0.001 0.001 0.032 19 R 0.020 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.024 20 L 0.030 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.017 21 E 0.052 0.881 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 0.001 0.001 0.032 22 L 0.066 0.795 0.021 0.002 0.004 0.008 0.008 0.043 0.001 0.001 0.052 23 D 0.219 0.498 0.013 0.004 0.005 0.005 0.014 0.070 0.001 0.001 0.170 24 V 0.157 0.275 0.096 0.016 0.010 0.012 0.025 0.024 0.001 0.006 0.379 25 D 0.070 0.082 0.042 0.039 0.043 0.041 0.198 0.018 0.001 0.011 0.454 26 A 0.158 0.049 0.063 0.096 0.049 0.076 0.119 0.008 0.001 0.019 0.362 27 W 0.038 0.044 0.014 0.292 0.184 0.273 0.052 0.002 0.001 0.005 0.095 28 V 0.006 0.018 0.004 0.339 0.254 0.274 0.030 0.001 0.001 0.001 0.073 29 S 0.003 0.015 0.001 0.326 0.256 0.323 0.009 0.001 0.001 0.001 0.067 30 T 0.003 0.009 0.001 0.280 0.256 0.399 0.011 0.001 0.001 0.001 0.039 31 A 0.008 0.009 0.002 0.131 0.275 0.344 0.029 0.003 0.001 0.002 0.198 32 G 0.008 0.004 0.002 0.143 0.247 0.412 0.040 0.002 0.001 0.004 0.139 33 A 0.009 0.003 0.003 0.091 0.146 0.201 0.133 0.001 0.001 0.004 0.410 34 D 0.007 0.001 0.001 0.023 0.028 0.040 0.104 0.001 0.001 0.005 0.791 35 G 0.059 0.002 0.001 0.015 0.013 0.023 0.211 0.001 0.001 0.015 0.659 36 G 0.458 0.006 0.003 0.011 0.011 0.011 0.125 0.002 0.001 0.039 0.335 37 A 0.289 0.013 0.011 0.027 0.024 0.031 0.200 0.001 0.001 0.012 0.391 38 P 0.003 0.001 0.001 0.007 0.012 0.013 0.017 0.001 0.001 0.001 0.945 39 Y 0.017 0.001 0.001 0.088 0.144 0.346 0.086 0.001 0.001 0.003 0.314 40 L 0.048 0.002 0.002 0.038 0.079 0.209 0.051 0.001 0.001 0.005 0.564 41 V 0.009 0.001 0.001 0.115 0.364 0.380 0.037 0.001 0.001 0.001 0.091 42 P 0.001 0.001 0.001 0.019 0.010 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.940 43 L 0.001 0.001 0.001 0.389 0.174 0.309 0.033 0.001 0.001 0.001 0.093 44 S 0.026 0.001 0.001 0.211 0.145 0.233 0.050 0.001 0.001 0.007 0.327 45 Y 0.009 0.002 0.001 0.166 0.286 0.284 0.027 0.001 0.001 0.002 0.222 46 L 0.005 0.001 0.001 0.160 0.281 0.375 0.035 0.001 0.001 0.002 0.140 47 W 0.008 0.002 0.001 0.106 0.234 0.354 0.090 0.001 0.001 0.004 0.201 48 D 0.008 0.003 0.001 0.032 0.122 0.183 0.150 0.001 0.001 0.009 0.491 49 G 0.033 0.002 0.001 0.013 0.033 0.041 0.166 0.001 0.001 0.029 0.681 50 E 0.259 0.002 0.007 0.025 0.036 0.030 0.231 0.001 0.001 0.075 0.334 51 T 0.148 0.002 0.022 0.049 0.090 0.082 0.239 0.001 0.001 0.036 0.331 52 F 0.009 0.001 0.005 0.177 0.348 0.305 0.072 0.001 0.001 0.003 0.080 53 L 0.001 0.001 0.001 0.168 0.236 0.480 0.038 0.001 0.001 0.001 0.075 54 V 0.001 0.001 0.001 0.170 0.290 0.469 0.012 0.001 0.001 0.001 0.057 55 A 0.001 0.001 0.001 0.161 0.210 0.469 0.035 0.001 0.001 0.001 0.121 56 T 0.005 0.001 0.001 0.129 0.199 0.242 0.106 0.001 0.001 0.003 0.314 57 P 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.959 58 A 0.003 0.001 0.001 0.039 0.018 0.070 0.337 0.001 0.001 0.007 0.525 59 A 0.346 0.003 0.001 0.018 0.009 0.019 0.119 0.001 0.001 0.037 0.448 60 S 0.320 0.051 0.001 0.021 0.010 0.016 0.109 0.002 0.001 0.006 0.463 61 P 0.019 0.008 0.002 0.004 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.948 62 T 0.057 0.042 0.002 0.021 0.022 0.051 0.248 0.001 0.001 0.008 0.548 63 G 0.205 0.138 0.005 0.016 0.033 0.100 0.121 0.004 0.001 0.013 0.366 64 R 0.061 0.390 0.003 0.030 0.106 0.149 0.039 0.005 0.001 0.003 0.215 65 N 0.090 0.219 0.003 0.013 0.077 0.079 0.066 0.008 0.001 0.004 0.441 66 L 0.168 0.309 0.008 0.040 0.098 0.099 0.033 0.011 0.001 0.004 0.230 67 S 0.048 0.297 0.004 0.049 0.124 0.150 0.115 0.029 0.001 0.008 0.176 68 E 0.156 0.192 0.007 0.019 0.059 0.067 0.184 0.045 0.001 0.023 0.247 69 T 0.517 0.070 0.009 0.017 0.019 0.028 0.120 0.052 0.001 0.033 0.133 70 G 0.167 0.005 0.134 0.018 0.012 0.008 0.077 0.006 0.001 0.023 0.550 71 R 0.023 0.001 0.111 0.078 0.049 0.046 0.281 0.001 0.001 0.013 0.398 72 V 0.017 0.001 0.027 0.309 0.196 0.225 0.084 0.001 0.001 0.006 0.135 73 R 0.001 0.001 0.001 0.568 0.172 0.210 0.019 0.001 0.001 0.001 0.029 74 L 0.001 0.001 0.001 0.387 0.202 0.328 0.014 0.001 0.001 0.001 0.068 75 G 0.001 0.001 0.001 0.569 0.156 0.232 0.007 0.001 0.001 0.001 0.035 76 I 0.001 0.001 0.001 0.356 0.117 0.254 0.029 0.001 0.001 0.002 0.240 77 G 0.002 0.001 0.001 0.144 0.253 0.373 0.043 0.001 0.001 0.003 0.182 78 P 0.001 0.001 0.001 0.024 0.029 0.050 0.022 0.001 0.001 0.001 0.873 79 T 0.006 0.001 0.001 0.033 0.083 0.141 0.145 0.001 0.001 0.006 0.585 80 R 0.147 0.002 0.001 0.016 0.033 0.048 0.092 0.001 0.001 0.029 0.633 81 D 0.191 0.008 0.002 0.022 0.058 0.057 0.152 0.001 0.001 0.018 0.491 82 L 0.188 0.004 0.010 0.047 0.088 0.117 0.127 0.001 0.001 0.019 0.398 83 V 0.028 0.003 0.006 0.132 0.329 0.288 0.071 0.001 0.001 0.003 0.139 84 L 0.002 0.001 0.002 0.079 0.284 0.420 0.040 0.001 0.001 0.001 0.172 85 V 0.001 0.001 0.001 0.072 0.326 0.499 0.016 0.001 0.001 0.001 0.086 86 E 0.001 0.001 0.001 0.126 0.206 0.407 0.041 0.001 0.001 0.001 0.217 87 G 0.006 0.001 0.001 0.087 0.193 0.362 0.061 0.001 0.001 0.006 0.284 88 T 0.015 0.001 0.001 0.109 0.114 0.176 0.097 0.001 0.001 0.010 0.475 89 A 0.021 0.001 0.003 0.109 0.125 0.209 0.094 0.001 0.001 0.012 0.424 90 L 0.018 0.001 0.001 0.097 0.202 0.219 0.114 0.001 0.001 0.005 0.342 91 P 0.002 0.001 0.001 0.007 0.013 0.018 0.008 0.001 0.001 0.001 0.950 92 L 0.006 0.001 0.001 0.052 0.104 0.291 0.072 0.001 0.001 0.003 0.471 93 E 0.030 0.001 0.001 0.024 0.042 0.104 0.066 0.001 0.001 0.004 0.728 94 P 0.009 0.001 0.001 0.009 0.012 0.021 0.024 0.001 0.001 0.001 0.923 95 A 0.023 0.001 0.001 0.016 0.006 0.018 0.071 0.001 0.001 0.002 0.862 96 G 0.206 0.002 0.001 0.018 0.007 0.011 0.091 0.001 0.001 0.009 0.654 97 L 0.247 0.008 0.005 0.011 0.008 0.013 0.121 0.001 0.001 0.005 0.582 98 P 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.978 99 D 0.027 0.008 0.001 0.018 0.006 0.019 0.180 0.001 0.001 0.003 0.739 100 G 0.113 0.022 0.001 0.003 0.002 0.003 0.109 0.001 0.001 0.004 0.743 101 V 0.155 0.312 0.002 0.012 0.008 0.014 0.168 0.002 0.001 0.006 0.321 102 G 0.043 0.512 0.003 0.012 0.006 0.020 0.100 0.002 0.001 0.003 0.298 103 D 0.030 0.727 0.001 0.004 0.003 0.004 0.026 0.004 0.001 0.001 0.201 104 T 0.028 0.841 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.110 105 F 0.016 0.925 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.004 0.001 0.001 0.038 106 A 0.017 0.941 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.006 0.001 0.001 0.020 107 E 0.020 0.936 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 0.019 108 K 0.098 0.848 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.031 109 T 0.172 0.521 0.020 0.004 0.004 0.003 0.006 0.216 0.001 0.001 0.052 110 G 0.381 0.092 0.076 0.011 0.003 0.004 0.017 0.211 0.001 0.005 0.201 111 F 0.042 0.013 0.566 0.026 0.003 0.005 0.026 0.011 0.001 0.002 0.307 112 D 0.031 0.003 0.007 0.035 0.008 0.008 0.161 0.004 0.001 0.001 0.742 113 P 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 114 R 0.005 0.001 0.001 0.019 0.007 0.018 0.422 0.001 0.001 0.004 0.524 115 R 0.611 0.002 0.001 0.013 0.006 0.010 0.131 0.001 0.001 0.031 0.195 116 L 0.413 0.112 0.001 0.052 0.014 0.018 0.056 0.003 0.001 0.005 0.326 117 T 0.154 0.055 0.002 0.036 0.033 0.030 0.106 0.004 0.001 0.009 0.570 118 T 0.144 0.016 0.003 0.017 0.014 0.013 0.069 0.003 0.001 0.012 0.709 119 S 0.159 0.010 0.011 0.035 0.032 0.042 0.273 0.005 0.001 0.021 0.413 120 Y 0.238 0.007 0.051 0.077 0.066 0.088 0.195 0.002 0.001 0.037 0.238 121 L 0.013 0.003 0.005 0.295 0.313 0.251 0.074 0.001 0.001 0.003 0.043 122 Y 0.003 0.002 0.002 0.328 0.194 0.281 0.040 0.001 0.001 0.001 0.149 123 F 0.001 0.001 0.001 0.424 0.263 0.291 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 124 R 0.001 0.001 0.001 0.297 0.204 0.344 0.023 0.001 0.001 0.001 0.130 125 I 0.001 0.001 0.001 0.341 0.191 0.377 0.021 0.001 0.001 0.002 0.066 126 S 0.002 0.001 0.001 0.277 0.205 0.294 0.087 0.001 0.001 0.002 0.130 127 P 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.958 128 R 0.005 0.001 0.001 0.138 0.079 0.217 0.242 0.001 0.001 0.011 0.307 129 R 0.213 0.007 0.002 0.041 0.025 0.044 0.127 0.001 0.001 0.024 0.516 130 V 0.094 0.123 0.002 0.081 0.043 0.083 0.092 0.001 0.001 0.005 0.475 131 Q 0.041 0.124 0.004 0.114 0.080 0.228 0.093 0.001 0.001 0.005 0.310 132 A 0.042 0.309 0.002 0.039 0.029 0.062 0.069 0.002 0.001 0.002 0.445 133 W 0.025 0.507 0.002 0.016 0.027 0.057 0.038 0.003 0.001 0.001 0.324 134 R 0.029 0.588 0.003 0.006 0.012 0.026 0.044 0.003 0.001 0.002 0.287 135 E 0.051 0.674 0.003 0.002 0.007 0.017 0.075 0.007 0.001 0.003 0.160 136 A 0.086 0.757 0.006 0.003 0.007 0.010 0.022 0.018 0.001 0.003 0.089 137 N 0.072 0.781 0.007 0.001 0.002 0.001 0.012 0.007 0.001 0.001 0.117 138 E 0.054 0.763 0.008 0.001 0.002 0.002 0.019 0.019 0.001 0.003 0.128 139 L 0.116 0.631 0.039 0.001 0.003 0.004 0.048 0.019 0.001 0.008 0.131 140 S 0.097 0.560 0.030 0.007 0.010 0.012 0.099 0.059 0.001 0.010 0.116 141 G 0.098 0.617 0.029 0.013 0.008 0.015 0.025 0.027 0.001 0.006 0.164 142 R 0.061 0.499 0.015 0.013 0.011 0.013 0.025 0.020 0.001 0.003 0.340 143 E 0.109 0.387 0.010 0.022 0.043 0.041 0.059 0.032 0.001 0.004 0.291 144 L 0.141 0.430 0.012 0.045 0.045 0.075 0.036 0.029 0.001 0.004 0.182 145 M 0.083 0.516 0.011 0.055 0.058 0.115 0.035 0.015 0.001 0.003 0.108 146 R 0.083 0.371 0.006 0.031 0.047 0.066 0.044 0.016 0.001 0.002 0.333 147 D 0.177 0.248 0.008 0.028 0.033 0.058 0.079 0.032 0.001 0.007 0.328 148 G 0.237 0.142 0.045 0.026 0.024 0.029 0.101 0.027 0.001 0.020 0.349 149 E 0.127 0.078 0.052 0.017 0.027 0.034 0.256 0.007 0.001 0.020 0.381 150 W 0.088 0.038 0.024 0.019 0.059 0.071 0.161 0.004 0.001 0.010 0.524 151 L 0.049 0.041 0.006 0.025 0.063 0.090 0.064 0.002 0.001 0.004 0.655 152 V 0.053 0.052 0.003 0.033 0.132 0.217 0.159 0.003 0.001 0.011 0.337 153 T 0.160 0.077 0.003 0.022 0.067 0.098 0.172 0.008 0.001 0.015 0.378 154 D 0.244 0.078 0.005 0.016 0.022 0.026 0.195 0.010 0.001 0.020 0.384