# TARGET T0370 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.093 0.014 0.048 0.028 0.044 0.080 0.014 0.679 2 T 0.139 0.018 0.056 0.033 0.066 0.147 0.028 0.513 3 T 0.132 0.017 0.056 0.040 0.061 0.094 0.018 0.581 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 6 A 0.030 0.005 0.012 0.017 0.046 0.152 0.003 0.734 7 R 0.204 0.019 0.010 0.008 0.014 0.079 0.006 0.659 8 T 0.145 0.092 0.013 0.011 0.020 0.078 0.004 0.637 9 A 0.158 0.105 0.019 0.009 0.023 0.100 0.005 0.582 10 K 0.138 0.237 0.015 0.013 0.021 0.180 0.015 0.382 11 Q 0.194 0.405 0.023 0.018 0.022 0.082 0.020 0.236 12 R 0.137 0.498 0.015 0.016 0.020 0.052 0.012 0.249 13 I 0.065 0.426 0.032 0.020 0.039 0.042 0.012 0.364 14 Q 0.022 0.276 0.021 0.010 0.034 0.050 0.007 0.579 15 D 0.043 0.232 0.006 0.004 0.010 0.141 0.010 0.554 16 T 0.108 0.523 0.004 0.003 0.005 0.120 0.010 0.228 17 L 0.029 0.889 0.004 0.002 0.004 0.009 0.004 0.060 18 N 0.014 0.883 0.005 0.003 0.005 0.010 0.006 0.075 19 R 0.044 0.839 0.006 0.004 0.005 0.007 0.011 0.082 20 L 0.059 0.860 0.006 0.004 0.007 0.006 0.012 0.046 21 E 0.105 0.700 0.015 0.013 0.019 0.027 0.026 0.096 22 L 0.160 0.495 0.022 0.017 0.017 0.039 0.038 0.212 23 D 0.254 0.271 0.023 0.018 0.019 0.051 0.054 0.311 24 V 0.093 0.185 0.062 0.024 0.029 0.067 0.033 0.508 25 D 0.038 0.123 0.040 0.049 0.044 0.175 0.028 0.504 26 A 0.098 0.081 0.106 0.080 0.093 0.167 0.031 0.345 27 W 0.084 0.096 0.129 0.217 0.232 0.105 0.011 0.126 28 V 0.019 0.030 0.145 0.301 0.380 0.050 0.006 0.069 29 S 0.010 0.018 0.061 0.344 0.505 0.022 0.002 0.039 30 T 0.004 0.008 0.042 0.471 0.455 0.007 0.001 0.012 31 A 0.004 0.007 0.028 0.445 0.405 0.012 0.002 0.096 32 G 0.009 0.003 0.054 0.347 0.508 0.014 0.003 0.061 33 A 0.010 0.006 0.031 0.242 0.421 0.056 0.004 0.230 34 D 0.012 0.005 0.018 0.055 0.130 0.066 0.009 0.705 35 G 0.048 0.006 0.009 0.028 0.034 0.163 0.050 0.662 36 G 0.414 0.005 0.012 0.021 0.010 0.068 0.176 0.295 37 A 0.157 0.002 0.138 0.041 0.047 0.247 0.013 0.355 38 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.001 0.988 39 Y 0.016 0.001 0.045 0.171 0.643 0.052 0.002 0.070 40 L 0.033 0.001 0.057 0.132 0.227 0.031 0.003 0.516 41 V 0.004 0.001 0.123 0.513 0.319 0.008 0.001 0.033 42 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 43 L 0.001 0.001 0.213 0.152 0.599 0.014 0.001 0.020 44 S 0.014 0.001 0.154 0.342 0.357 0.029 0.001 0.104 45 Y 0.004 0.001 0.183 0.290 0.412 0.015 0.001 0.095 46 L 0.005 0.001 0.264 0.234 0.314 0.031 0.001 0.151 47 W 0.005 0.001 0.131 0.277 0.336 0.065 0.002 0.183 48 D 0.007 0.001 0.048 0.137 0.334 0.098 0.005 0.370 49 G 0.024 0.002 0.045 0.081 0.153 0.138 0.025 0.533 50 E 0.107 0.001 0.012 0.020 0.032 0.648 0.011 0.170 51 T 0.096 0.004 0.041 0.097 0.092 0.244 0.013 0.412 52 F 0.043 0.007 0.105 0.333 0.391 0.067 0.004 0.049 53 L 0.009 0.003 0.179 0.267 0.398 0.029 0.002 0.113 54 V 0.003 0.003 0.111 0.355 0.485 0.008 0.001 0.033 55 A 0.006 0.004 0.107 0.227 0.566 0.016 0.002 0.071 56 T 0.007 0.004 0.070 0.278 0.425 0.035 0.003 0.178 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.991 58 A 0.010 0.002 0.009 0.020 0.074 0.317 0.003 0.565 59 A 0.241 0.005 0.007 0.006 0.011 0.238 0.024 0.468 60 S 0.317 0.039 0.013 0.014 0.017 0.119 0.008 0.474 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 62 T 0.014 0.013 0.008 0.010 0.026 0.406 0.004 0.519 63 G 0.360 0.081 0.018 0.012 0.029 0.120 0.016 0.362 64 R 0.123 0.445 0.044 0.036 0.046 0.079 0.006 0.221 65 N 0.051 0.335 0.021 0.023 0.039 0.075 0.008 0.447 66 L 0.133 0.399 0.040 0.025 0.079 0.042 0.011 0.271 67 S 0.061 0.486 0.014 0.033 0.064 0.110 0.016 0.215 68 E 0.222 0.274 0.016 0.020 0.035 0.109 0.073 0.252 69 T 0.281 0.317 0.024 0.024 0.018 0.049 0.086 0.201 70 G 0.201 0.114 0.084 0.051 0.027 0.037 0.142 0.344 71 R 0.108 0.016 0.180 0.046 0.072 0.242 0.026 0.311 72 V 0.063 0.013 0.199 0.157 0.227 0.107 0.012 0.221 73 R 0.056 0.010 0.232 0.190 0.369 0.058 0.003 0.082 74 L 0.008 0.005 0.222 0.331 0.287 0.023 0.003 0.121 75 G 0.010 0.004 0.166 0.262 0.386 0.021 0.004 0.147 76 I 0.007 0.003 0.136 0.255 0.426 0.017 0.004 0.152 77 G 0.005 0.001 0.034 0.138 0.262 0.081 0.002 0.476 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 79 T 0.017 0.001 0.021 0.054 0.143 0.190 0.007 0.567 80 R 0.250 0.002 0.024 0.032 0.036 0.156 0.019 0.480 81 D 0.097 0.007 0.072 0.102 0.078 0.126 0.013 0.506 82 L 0.089 0.003 0.121 0.092 0.180 0.116 0.005 0.392 83 V 0.020 0.003 0.280 0.311 0.253 0.029 0.003 0.102 84 L 0.003 0.001 0.258 0.179 0.232 0.021 0.003 0.303 85 V 0.002 0.001 0.362 0.254 0.292 0.015 0.002 0.072 86 E 0.003 0.001 0.280 0.149 0.242 0.029 0.002 0.295 87 G 0.005 0.002 0.161 0.212 0.300 0.044 0.004 0.272 88 T 0.051 0.001 0.168 0.079 0.210 0.122 0.008 0.362 89 A 0.027 0.002 0.082 0.109 0.177 0.076 0.004 0.523 90 L 0.023 0.001 0.095 0.327 0.320 0.055 0.003 0.176 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 92 L 0.016 0.002 0.102 0.137 0.451 0.046 0.004 0.242 93 E 0.037 0.004 0.027 0.076 0.083 0.085 0.003 0.685 94 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.991 95 A 0.026 0.004 0.009 0.010 0.025 0.085 0.003 0.837 96 G 0.261 0.006 0.008 0.006 0.006 0.074 0.037 0.602 97 L 0.399 0.010 0.029 0.014 0.017 0.090 0.010 0.432 98 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 99 D 0.007 0.007 0.010 0.010 0.028 0.091 0.001 0.847 100 G 0.115 0.030 0.010 0.007 0.011 0.120 0.006 0.700 101 V 0.222 0.161 0.018 0.012 0.031 0.160 0.006 0.390 102 G 0.087 0.342 0.023 0.019 0.037 0.109 0.006 0.376 103 D 0.042 0.542 0.012 0.010 0.020 0.043 0.005 0.326 104 T 0.030 0.729 0.005 0.006 0.013 0.031 0.005 0.179 105 F 0.032 0.847 0.003 0.005 0.014 0.015 0.006 0.078 106 A 0.027 0.902 0.002 0.004 0.008 0.006 0.006 0.046 107 E 0.097 0.782 0.004 0.004 0.004 0.006 0.032 0.070 108 K 0.246 0.595 0.023 0.006 0.004 0.006 0.049 0.070 109 T 0.164 0.482 0.044 0.021 0.015 0.018 0.065 0.190 110 G 0.150 0.086 0.110 0.029 0.032 0.035 0.066 0.492 111 F 0.140 0.043 0.244 0.028 0.049 0.077 0.028 0.392 112 D 0.036 0.018 0.068 0.033 0.041 0.141 0.006 0.658 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 114 R 0.010 0.005 0.021 0.020 0.049 0.394 0.004 0.495 115 R 0.486 0.006 0.007 0.006 0.007 0.158 0.015 0.313 116 L 0.421 0.065 0.028 0.023 0.034 0.082 0.008 0.339 117 T 0.109 0.054 0.036 0.035 0.055 0.221 0.012 0.477 118 T 0.107 0.029 0.038 0.028 0.038 0.098 0.024 0.638 119 S 0.117 0.026 0.034 0.033 0.051 0.224 0.022 0.493 120 Y 0.141 0.032 0.090 0.095 0.114 0.183 0.032 0.313 121 L 0.117 0.034 0.161 0.191 0.246 0.106 0.017 0.128 122 Y 0.025 0.012 0.122 0.179 0.265 0.064 0.005 0.328 123 F 0.010 0.008 0.103 0.397 0.363 0.024 0.002 0.093 124 R 0.012 0.005 0.059 0.219 0.400 0.027 0.003 0.277 125 I 0.007 0.005 0.061 0.212 0.407 0.027 0.005 0.277 126 S 0.014 0.003 0.038 0.234 0.259 0.067 0.003 0.382 127 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 128 R 0.009 0.003 0.025 0.063 0.145 0.468 0.003 0.283 129 R 0.276 0.012 0.016 0.023 0.039 0.221 0.007 0.406 130 V 0.042 0.334 0.065 0.144 0.117 0.053 0.003 0.241 131 Q 0.036 0.224 0.080 0.122 0.197 0.078 0.003 0.258 132 A 0.019 0.436 0.030 0.116 0.157 0.031 0.004 0.208 133 W 0.026 0.552 0.021 0.049 0.207 0.020 0.006 0.119 134 R 0.025 0.739 0.011 0.025 0.046 0.031 0.010 0.112 135 E 0.027 0.883 0.005 0.006 0.007 0.010 0.009 0.053 136 A 0.081 0.788 0.008 0.005 0.010 0.010 0.020 0.077 137 N 0.138 0.647 0.008 0.006 0.007 0.014 0.030 0.152 138 E 0.127 0.516 0.031 0.005 0.009 0.037 0.032 0.242 139 L 0.115 0.500 0.014 0.004 0.007 0.138 0.022 0.200 140 S 0.119 0.508 0.010 0.004 0.006 0.123 0.023 0.208 141 G 0.090 0.621 0.016 0.006 0.010 0.038 0.015 0.205 142 R 0.046 0.587 0.030 0.008 0.013 0.073 0.010 0.233 143 E 0.029 0.707 0.012 0.012 0.016 0.059 0.008 0.158 144 L 0.055 0.790 0.005 0.010 0.020 0.013 0.008 0.099 145 M 0.080 0.723 0.014 0.015 0.036 0.011 0.012 0.110 146 R 0.089 0.519 0.020 0.017 0.027 0.033 0.037 0.260 147 D 0.147 0.365 0.020 0.013 0.012 0.028 0.094 0.321 148 G 0.331 0.185 0.022 0.019 0.009 0.011 0.215 0.208 149 E 0.417 0.017 0.159 0.049 0.044 0.102 0.047 0.165 150 W 0.002 0.002 0.026 0.014 0.013 0.017 0.001 0.925 151 L 0.029 0.009 0.086 0.151 0.356 0.111 0.004 0.254 152 V 0.047 0.012 0.099 0.107 0.115 0.122 0.005 0.492 153 T 0.018 0.020 0.059 0.091 0.144 0.096 0.004 0.567 154 D 0.041 0.017 0.028 0.054 0.086 0.088 0.009 0.678