# TARGET T0370 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 T 0.040 0.038 0.007 0.077 0.004 0.037 0.797 3 T 0.033 0.012 0.013 0.095 0.279 0.076 0.492 4 P 0.036 0.007 0.029 0.149 0.177 0.149 0.452 5 P 0.041 0.010 0.039 0.167 0.180 0.135 0.428 6 A 0.048 0.013 0.048 0.163 0.147 0.092 0.490 7 R 0.056 0.008 0.068 0.186 0.142 0.110 0.429 8 T 0.075 0.008 0.108 0.269 0.105 0.120 0.314 9 A 0.093 0.021 0.139 0.249 0.126 0.090 0.282 10 K 0.150 0.026 0.111 0.271 0.077 0.093 0.271 11 Q 0.123 0.022 0.075 0.192 0.119 0.121 0.349 12 R 0.062 0.025 0.025 0.144 0.181 0.065 0.499 13 I 0.017 0.006 0.006 0.134 0.077 0.016 0.743 14 Q 0.001 0.001 0.023 0.879 0.015 0.036 0.045 15 D 0.001 0.001 0.018 0.921 0.012 0.032 0.015 16 T 0.001 0.001 0.014 0.940 0.010 0.018 0.017 17 L 0.002 0.001 0.005 0.963 0.006 0.011 0.011 18 N 0.006 0.001 0.006 0.950 0.007 0.019 0.012 19 R 0.006 0.001 0.011 0.935 0.008 0.029 0.011 20 L 0.007 0.002 0.012 0.913 0.014 0.035 0.017 21 E 0.011 0.004 0.028 0.817 0.015 0.100 0.026 22 L 0.012 0.002 0.025 0.436 0.043 0.430 0.052 23 D 0.021 0.007 0.023 0.154 0.154 0.461 0.180 24 V 0.059 0.009 0.010 0.023 0.289 0.064 0.546 25 D 0.121 0.003 0.005 0.004 0.330 0.031 0.505 26 A 0.798 0.004 0.002 0.002 0.094 0.007 0.093 27 W 0.983 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 28 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 29 S 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 30 T 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 31 A 0.897 0.002 0.001 0.001 0.020 0.001 0.078 32 G 0.759 0.057 0.001 0.001 0.033 0.003 0.147 33 A 0.248 0.023 0.004 0.001 0.036 0.019 0.670 34 D 0.028 0.006 0.008 0.001 0.117 0.771 0.070 35 G 0.005 0.005 0.006 0.001 0.155 0.808 0.021 36 G 0.009 0.006 0.002 0.001 0.763 0.083 0.136 37 A 0.049 0.022 0.001 0.001 0.220 0.012 0.695 38 P 0.316 0.124 0.002 0.001 0.146 0.012 0.401 39 Y 0.672 0.035 0.003 0.001 0.053 0.008 0.229 40 L 0.880 0.007 0.001 0.001 0.010 0.002 0.101 41 V 0.912 0.002 0.001 0.001 0.025 0.001 0.059 42 P 0.946 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.045 43 L 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 44 S 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 45 Y 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 46 L 0.953 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 47 W 0.855 0.007 0.002 0.001 0.016 0.013 0.107 48 D 0.321 0.006 0.011 0.001 0.178 0.335 0.147 49 G 0.019 0.001 0.009 0.001 0.186 0.767 0.017 50 E 0.096 0.001 0.016 0.001 0.330 0.455 0.101 51 T 0.888 0.007 0.001 0.001 0.010 0.005 0.089 52 F 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 53 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 54 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 55 A 0.869 0.003 0.001 0.001 0.023 0.002 0.103 56 T 0.378 0.009 0.001 0.001 0.109 0.008 0.496 57 P 0.046 0.011 0.027 0.022 0.331 0.148 0.414 58 A 0.010 0.007 0.075 0.079 0.221 0.442 0.167 59 A 0.007 0.005 0.102 0.211 0.178 0.385 0.113 60 S 0.010 0.004 0.022 0.462 0.220 0.088 0.193 61 P 0.019 0.009 0.022 0.690 0.051 0.054 0.155 62 T 0.031 0.019 0.027 0.747 0.034 0.051 0.091 63 G 0.041 0.007 0.038 0.795 0.021 0.040 0.058 64 R 0.021 0.002 0.057 0.839 0.017 0.031 0.032 65 N 0.029 0.002 0.047 0.834 0.019 0.036 0.033 66 L 0.023 0.005 0.102 0.767 0.015 0.048 0.041 67 S 0.030 0.004 0.075 0.634 0.043 0.183 0.032 68 E 0.024 0.004 0.048 0.356 0.084 0.419 0.066 69 T 0.018 0.004 0.007 0.012 0.341 0.048 0.569 70 G 0.024 0.002 0.015 0.005 0.360 0.390 0.204 71 R 0.186 0.004 0.019 0.001 0.332 0.338 0.120 72 V 0.853 0.013 0.003 0.001 0.006 0.003 0.123 73 R 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 74 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 75 G 0.949 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.044 76 I 0.835 0.010 0.001 0.001 0.016 0.003 0.136 77 G 0.426 0.013 0.006 0.001 0.114 0.058 0.383 78 P 0.094 0.008 0.017 0.002 0.303 0.382 0.194 79 T 0.062 0.007 0.021 0.002 0.297 0.448 0.164 80 R 0.152 0.017 0.016 0.001 0.414 0.082 0.318 81 D 0.247 0.015 0.011 0.001 0.234 0.043 0.449 82 L 0.762 0.017 0.003 0.001 0.054 0.013 0.150 83 V 0.933 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.056 84 L 0.978 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 85 V 0.961 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 86 E 0.909 0.001 0.001 0.001 0.018 0.007 0.063 87 G 0.781 0.002 0.001 0.001 0.070 0.012 0.133 88 T 0.785 0.004 0.001 0.001 0.052 0.004 0.153 89 A 0.863 0.007 0.001 0.001 0.013 0.002 0.115 90 L 0.908 0.009 0.001 0.001 0.012 0.002 0.068 91 P 0.821 0.019 0.001 0.002 0.019 0.005 0.134 92 L 0.529 0.016 0.003 0.004 0.080 0.021 0.347 93 E 0.152 0.018 0.006 0.006 0.250 0.059 0.510 94 P 0.024 0.008 0.017 0.014 0.313 0.129 0.494 95 A 0.008 0.005 0.037 0.047 0.338 0.284 0.282 96 G 0.007 0.006 0.055 0.105 0.281 0.255 0.291 97 L 0.007 0.006 0.047 0.296 0.183 0.097 0.364 98 P 0.008 0.006 0.024 0.635 0.060 0.060 0.207 99 D 0.006 0.003 0.015 0.792 0.041 0.037 0.107 100 G 0.006 0.003 0.008 0.908 0.015 0.021 0.040 101 V 0.003 0.001 0.003 0.957 0.007 0.011 0.018 102 G 0.003 0.001 0.002 0.973 0.005 0.008 0.009 103 D 0.003 0.001 0.001 0.978 0.003 0.007 0.006 104 T 0.002 0.001 0.001 0.980 0.004 0.007 0.006 105 F 0.002 0.001 0.002 0.976 0.004 0.010 0.006 106 A 0.002 0.001 0.005 0.950 0.006 0.030 0.007 107 E 0.002 0.001 0.009 0.870 0.008 0.102 0.009 108 K 0.003 0.003 0.014 0.749 0.034 0.157 0.041 109 T 0.008 0.007 0.018 0.435 0.107 0.303 0.122 110 G 0.011 0.008 0.018 0.114 0.218 0.230 0.400 111 F 0.017 0.024 0.022 0.046 0.238 0.081 0.571 112 D 0.022 0.021 0.045 0.043 0.195 0.086 0.586 113 P 0.025 0.018 0.125 0.063 0.158 0.195 0.416 114 R 0.032 0.017 0.162 0.058 0.157 0.238 0.337 115 R 0.037 0.019 0.119 0.037 0.192 0.205 0.390 116 L 0.029 0.036 0.088 0.026 0.231 0.164 0.426 117 T 0.028 0.018 0.053 0.013 0.300 0.181 0.408 118 T 0.042 0.015 0.038 0.006 0.398 0.159 0.341 119 S 0.094 0.013 0.045 0.004 0.264 0.213 0.367 120 Y 0.411 0.019 0.009 0.001 0.117 0.027 0.417 121 L 0.845 0.005 0.002 0.001 0.050 0.002 0.096 122 Y 0.979 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 123 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 124 R 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 125 I 0.931 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.056 126 S 0.499 0.004 0.001 0.001 0.029 0.002 0.466 127 P 0.138 0.003 0.049 0.016 0.214 0.404 0.177 128 R 0.166 0.011 0.061 0.034 0.288 0.327 0.113 129 R 0.565 0.017 0.038 0.055 0.086 0.042 0.197 130 V 0.740 0.018 0.014 0.068 0.024 0.022 0.114 131 Q 0.748 0.012 0.023 0.066 0.032 0.028 0.090 132 A 0.645 0.008 0.063 0.079 0.038 0.043 0.123 133 W 0.385 0.010 0.114 0.120 0.100 0.087 0.184 134 R 0.288 0.016 0.136 0.109 0.147 0.082 0.221 135 E 0.178 0.010 0.076 0.129 0.137 0.073 0.397 136 A 0.075 0.011 0.048 0.190 0.165 0.073 0.437 137 N 0.031 0.007 0.048 0.318 0.142 0.094 0.360 138 E 0.020 0.008 0.025 0.621 0.101 0.060 0.164 139 L 0.009 0.003 0.010 0.833 0.037 0.041 0.067 140 S 0.008 0.002 0.008 0.852 0.022 0.061 0.048 141 G 0.009 0.002 0.009 0.872 0.020 0.050 0.039 142 R 0.008 0.001 0.008 0.907 0.028 0.020 0.027 143 E 0.012 0.002 0.011 0.915 0.010 0.023 0.027 144 L 0.008 0.003 0.019 0.847 0.018 0.077 0.027 145 M 0.011 0.004 0.031 0.718 0.028 0.158 0.050 146 R 0.011 0.003 0.030 0.623 0.075 0.172 0.087 147 D 0.016 0.005 0.024 0.391 0.126 0.296 0.142 148 G 0.013 0.003 0.016 0.085 0.273 0.161 0.450 149 E 0.058 0.029 0.030 0.058 0.175 0.062 0.587 150 W 0.198 0.078 0.029 0.070 0.127 0.024 0.474 151 L 0.123 0.025 0.033 0.076 0.062 0.038 0.643 152 V 0.105 0.023 0.029 0.096 0.143 0.122 0.481 153 T 0.065 0.021 0.018 0.072 0.142 0.200 0.482 154 D 0.005 0.003 0.005 0.015 0.018 0.042 0.911