# TARGET T0370 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.699 0.197 0.073 0.026 0.005 0.001 0.001 2 T 0.728 0.181 0.060 0.025 0.006 0.001 0.001 3 T 0.749 0.155 0.056 0.028 0.010 0.002 0.001 4 P 0.787 0.150 0.041 0.016 0.005 0.001 0.001 5 P 0.682 0.172 0.084 0.045 0.014 0.002 0.001 6 A 0.725 0.179 0.058 0.028 0.009 0.002 0.001 7 R 0.657 0.215 0.087 0.032 0.008 0.001 0.001 8 T 0.615 0.239 0.090 0.042 0.012 0.002 0.001 9 A 0.537 0.231 0.133 0.073 0.022 0.004 0.001 10 K 0.663 0.227 0.072 0.030 0.007 0.001 0.001 11 Q 0.514 0.206 0.129 0.098 0.044 0.009 0.001 12 R 0.490 0.235 0.141 0.095 0.033 0.006 0.001 13 I 0.506 0.274 0.129 0.067 0.021 0.004 0.001 14 Q 0.604 0.237 0.098 0.046 0.012 0.002 0.001 15 D 0.653 0.222 0.078 0.032 0.011 0.003 0.001 16 T 0.324 0.272 0.184 0.128 0.067 0.021 0.003 17 L 0.124 0.138 0.186 0.257 0.208 0.079 0.007 18 N 0.336 0.332 0.187 0.097 0.036 0.011 0.001 19 R 0.267 0.307 0.202 0.136 0.062 0.022 0.003 20 L 0.087 0.115 0.155 0.252 0.260 0.121 0.011 21 E 0.117 0.139 0.198 0.268 0.193 0.076 0.009 22 L 0.400 0.302 0.149 0.091 0.041 0.016 0.003 23 D 0.346 0.265 0.171 0.126 0.066 0.023 0.003 24 V 0.173 0.209 0.209 0.209 0.136 0.055 0.008 25 D 0.103 0.233 0.243 0.217 0.139 0.058 0.006 26 A 0.015 0.057 0.134 0.276 0.300 0.188 0.029 27 W 0.005 0.013 0.030 0.106 0.260 0.445 0.141 28 V 0.004 0.013 0.036 0.095 0.239 0.404 0.208 29 S 0.001 0.001 0.004 0.015 0.054 0.344 0.580 30 T 0.004 0.010 0.023 0.072 0.172 0.384 0.335 31 A 0.003 0.008 0.020 0.054 0.144 0.388 0.383 32 G 0.008 0.028 0.058 0.145 0.304 0.343 0.114 33 A 0.033 0.127 0.221 0.290 0.231 0.079 0.019 34 D 0.198 0.302 0.235 0.161 0.068 0.028 0.008 35 G 0.378 0.280 0.143 0.100 0.064 0.030 0.006 36 G 0.176 0.197 0.195 0.194 0.136 0.085 0.017 37 A 0.117 0.147 0.148 0.206 0.195 0.140 0.048 38 P 0.075 0.081 0.092 0.146 0.213 0.246 0.148 39 Y 0.026 0.051 0.075 0.138 0.209 0.259 0.243 40 L 0.007 0.013 0.027 0.058 0.100 0.250 0.544 41 V 0.003 0.009 0.017 0.042 0.083 0.233 0.614 42 P 0.003 0.007 0.015 0.039 0.093 0.245 0.599 43 L 0.002 0.008 0.018 0.043 0.095 0.282 0.551 44 S 0.003 0.011 0.026 0.072 0.145 0.314 0.429 45 Y 0.002 0.004 0.009 0.026 0.081 0.390 0.490 46 L 0.006 0.033 0.088 0.229 0.316 0.238 0.090 47 W 0.014 0.039 0.084 0.175 0.313 0.298 0.077 48 D 0.093 0.272 0.257 0.236 0.107 0.032 0.003 49 G 0.102 0.273 0.269 0.221 0.104 0.028 0.003 50 E 0.071 0.324 0.308 0.199 0.076 0.021 0.002 51 T 0.020 0.092 0.219 0.343 0.246 0.076 0.005 52 F 0.003 0.006 0.020 0.074 0.227 0.544 0.127 53 L 0.006 0.016 0.042 0.120 0.261 0.416 0.140 54 V 0.002 0.002 0.006 0.018 0.067 0.397 0.508 55 A 0.006 0.024 0.060 0.146 0.255 0.361 0.149 56 T 0.013 0.050 0.106 0.208 0.293 0.263 0.068 57 P 0.056 0.156 0.190 0.244 0.205 0.120 0.028 58 A 0.219 0.285 0.207 0.157 0.090 0.034 0.008 59 A 0.194 0.293 0.235 0.159 0.076 0.035 0.006 60 S 0.155 0.213 0.217 0.218 0.139 0.051 0.006 61 P 0.183 0.284 0.245 0.164 0.085 0.034 0.006 62 T 0.045 0.101 0.155 0.243 0.260 0.167 0.030 63 G 0.038 0.067 0.120 0.205 0.288 0.239 0.042 64 R 0.112 0.261 0.235 0.215 0.112 0.053 0.012 65 N 0.098 0.184 0.203 0.226 0.175 0.100 0.015 66 L 0.032 0.041 0.069 0.173 0.320 0.313 0.052 67 S 0.084 0.168 0.213 0.273 0.182 0.070 0.009 68 E 0.227 0.365 0.222 0.122 0.049 0.013 0.001 69 T 0.083 0.207 0.260 0.257 0.144 0.044 0.005 70 G 0.044 0.164 0.225 0.267 0.181 0.103 0.015 71 R 0.011 0.049 0.117 0.229 0.307 0.244 0.042 72 V 0.003 0.006 0.017 0.071 0.227 0.501 0.176 73 R 0.004 0.010 0.029 0.085 0.225 0.447 0.201 74 L 0.002 0.003 0.008 0.024 0.080 0.398 0.486 75 G 0.007 0.035 0.095 0.224 0.294 0.278 0.066 76 I 0.011 0.042 0.103 0.222 0.347 0.249 0.026 77 G 0.113 0.297 0.254 0.212 0.097 0.025 0.002 78 P 0.284 0.325 0.204 0.130 0.047 0.010 0.001 79 T 0.347 0.330 0.176 0.102 0.036 0.009 0.001 80 R 0.304 0.301 0.197 0.131 0.055 0.012 0.001 81 D 0.231 0.399 0.248 0.093 0.024 0.005 0.001 82 L 0.030 0.142 0.248 0.330 0.198 0.050 0.002 83 V 0.007 0.033 0.097 0.263 0.386 0.202 0.013 84 L 0.023 0.168 0.283 0.298 0.165 0.057 0.006 85 V 0.001 0.003 0.015 0.088 0.285 0.488 0.121 86 E 0.059 0.292 0.315 0.222 0.083 0.026 0.004 87 G 0.008 0.040 0.111 0.256 0.357 0.205 0.024 88 T 0.021 0.168 0.335 0.291 0.141 0.041 0.003 89 A 0.004 0.019 0.060 0.221 0.425 0.260 0.011 90 L 0.054 0.275 0.335 0.221 0.095 0.020 0.001 91 P 0.075 0.181 0.246 0.277 0.171 0.048 0.001 92 L 0.093 0.188 0.248 0.287 0.155 0.030 0.001 93 E 0.543 0.297 0.110 0.039 0.009 0.002 0.001 94 P 0.662 0.216 0.078 0.033 0.009 0.002 0.001 95 A 0.734 0.175 0.058 0.025 0.007 0.001 0.001 96 G 0.665 0.214 0.074 0.032 0.012 0.003 0.001 97 L 0.299 0.249 0.205 0.164 0.068 0.015 0.001 98 P 0.255 0.277 0.204 0.156 0.078 0.027 0.003 99 D 0.249 0.285 0.213 0.147 0.074 0.028 0.004 100 G 0.148 0.238 0.223 0.203 0.125 0.055 0.008 101 V 0.047 0.088 0.119 0.213 0.288 0.211 0.034 102 G 0.062 0.111 0.171 0.258 0.238 0.140 0.020 103 D 0.197 0.302 0.222 0.153 0.082 0.039 0.004 104 T 0.079 0.134 0.185 0.254 0.222 0.114 0.012 105 F 0.030 0.038 0.074 0.186 0.323 0.307 0.042 106 A 0.119 0.169 0.200 0.230 0.171 0.095 0.015 107 E 0.254 0.315 0.190 0.125 0.070 0.037 0.008 108 K 0.108 0.173 0.216 0.227 0.165 0.093 0.017 109 T 0.103 0.120 0.164 0.227 0.226 0.141 0.019 110 G 0.174 0.190 0.185 0.192 0.164 0.085 0.010 111 F 0.209 0.168 0.172 0.213 0.158 0.071 0.009 112 D 0.352 0.267 0.162 0.122 0.067 0.025 0.004 113 P 0.258 0.235 0.193 0.160 0.099 0.046 0.009 114 R 0.261 0.207 0.173 0.184 0.124 0.045 0.006 115 R 0.394 0.285 0.164 0.101 0.041 0.013 0.002 116 L 0.296 0.201 0.167 0.178 0.114 0.041 0.004 117 T 0.458 0.269 0.138 0.083 0.038 0.012 0.001 118 T 0.424 0.277 0.160 0.091 0.036 0.011 0.001 119 S 0.243 0.280 0.213 0.162 0.077 0.023 0.002 120 Y 0.063 0.105 0.160 0.247 0.262 0.148 0.016 121 L 0.023 0.050 0.087 0.187 0.284 0.289 0.080 122 Y 0.017 0.032 0.059 0.128 0.202 0.328 0.235 123 F 0.011 0.013 0.018 0.050 0.118 0.348 0.442 124 R 0.015 0.028 0.055 0.114 0.209 0.320 0.259 125 I 0.013 0.019 0.035 0.070 0.156 0.394 0.314 126 S 0.018 0.039 0.082 0.166 0.229 0.325 0.142 127 P 0.030 0.066 0.128 0.214 0.252 0.228 0.082 128 R 0.040 0.109 0.172 0.216 0.235 0.180 0.048 129 R 0.040 0.093 0.136 0.227 0.261 0.198 0.046 130 V 0.036 0.042 0.072 0.134 0.223 0.392 0.102 131 Q 0.108 0.163 0.175 0.244 0.186 0.107 0.017 132 A 0.170 0.140 0.133 0.155 0.197 0.176 0.028 133 W 0.091 0.078 0.108 0.219 0.283 0.194 0.027 134 R 0.277 0.237 0.189 0.162 0.090 0.039 0.006 135 E 0.372 0.250 0.153 0.116 0.072 0.032 0.005 136 A 0.272 0.212 0.190 0.169 0.105 0.046 0.006 137 N 0.442 0.265 0.142 0.090 0.042 0.017 0.003 138 E 0.468 0.262 0.135 0.081 0.038 0.013 0.002 139 L 0.320 0.207 0.171 0.152 0.103 0.042 0.006 140 S 0.385 0.245 0.169 0.124 0.056 0.018 0.003 141 G 0.492 0.218 0.120 0.086 0.054 0.025 0.005 142 R 0.280 0.215 0.178 0.166 0.107 0.045 0.009 143 E 0.317 0.206 0.146 0.146 0.103 0.067 0.015 144 L 0.161 0.123 0.133 0.181 0.193 0.166 0.042 145 M 0.198 0.173 0.160 0.173 0.162 0.108 0.026 146 R 0.287 0.182 0.160 0.179 0.126 0.055 0.011 147 D 0.381 0.230 0.159 0.119 0.068 0.036 0.007 148 G 0.419 0.203 0.144 0.125 0.074 0.030 0.005 149 E 0.447 0.275 0.151 0.079 0.035 0.011 0.001 150 W 0.275 0.186 0.182 0.188 0.122 0.044 0.002 151 L 0.271 0.242 0.206 0.179 0.083 0.018 0.001 152 V 0.461 0.292 0.144 0.079 0.020 0.003 0.001 153 T 0.679 0.220 0.071 0.024 0.005 0.001 0.001 154 D 0.782 0.164 0.039 0.012 0.003 0.001 0.001