# TARGET T0370 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 692 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.002 0.001 0.014 0.027 0.020 0.130 0.003 0.001 0.035 0.730 2 T 0.005 0.003 0.001 0.008 0.012 0.014 0.140 0.001 0.001 0.013 0.804 3 T 0.031 0.020 0.001 0.013 0.007 0.013 0.141 0.009 0.001 0.036 0.729 4 P 0.106 0.083 0.003 0.018 0.007 0.005 0.085 0.007 0.001 0.395 0.289 5 P 0.022 0.669 0.004 0.005 0.001 0.002 0.037 0.005 0.001 0.037 0.217 6 A 0.066 0.788 0.002 0.002 0.001 0.003 0.010 0.008 0.001 0.010 0.110 7 R 0.025 0.752 0.003 0.004 0.003 0.003 0.019 0.006 0.001 0.055 0.130 8 T 0.044 0.826 0.002 0.001 0.001 0.002 0.016 0.006 0.001 0.031 0.069 9 A 0.033 0.877 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.015 0.050 10 K 0.032 0.802 0.002 0.002 0.002 0.003 0.020 0.004 0.001 0.025 0.108 11 Q 0.017 0.785 0.003 0.003 0.001 0.001 0.022 0.002 0.001 0.037 0.128 12 R 0.006 0.185 0.004 0.003 0.001 0.001 0.020 0.003 0.001 0.708 0.069 13 I 0.021 0.822 0.006 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.001 0.082 0.045 14 Q 0.043 0.585 0.003 0.003 0.001 0.001 0.011 0.005 0.001 0.232 0.115 15 D 0.008 0.804 0.018 0.002 0.001 0.001 0.012 0.004 0.006 0.059 0.087 16 T 0.075 0.842 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.001 0.007 0.053 17 L 0.067 0.566 0.040 0.005 0.001 0.002 0.019 0.025 0.023 0.102 0.152 18 N 0.224 0.287 0.007 0.003 0.001 0.002 0.087 0.007 0.005 0.056 0.321 19 R 0.082 0.124 0.032 0.012 0.001 0.004 0.101 0.017 0.017 0.095 0.514 20 L 0.312 0.039 0.012 0.009 0.003 0.004 0.132 0.017 0.005 0.079 0.388 21 E 0.073 0.005 0.003 0.019 0.002 0.007 0.118 0.002 0.003 0.042 0.726 22 L 0.030 0.003 0.001 0.015 0.007 0.014 0.124 0.002 0.001 0.032 0.771 23 D 0.041 0.001 0.002 0.016 0.008 0.019 0.158 0.003 0.001 0.062 0.690 24 V 0.023 0.003 0.001 0.028 0.028 0.050 0.184 0.006 0.001 0.052 0.624 25 D 0.011 0.003 0.001 0.115 0.037 0.106 0.137 0.001 0.001 0.095 0.493 26 A 0.001 0.003 0.001 0.176 0.121 0.348 0.055 0.001 0.001 0.088 0.207 27 W 0.002 0.001 0.001 0.140 0.240 0.412 0.024 0.001 0.001 0.089 0.091 28 V 0.001 0.002 0.001 0.130 0.303 0.347 0.022 0.001 0.001 0.025 0.170 29 S 0.001 0.001 0.001 0.105 0.255 0.499 0.013 0.001 0.001 0.044 0.082 30 T 0.004 0.001 0.001 0.053 0.282 0.392 0.035 0.001 0.001 0.069 0.162 31 A 0.001 0.001 0.002 0.071 0.254 0.336 0.063 0.001 0.002 0.016 0.254 32 G 0.464 0.007 0.007 0.013 0.090 0.102 0.044 0.009 0.012 0.052 0.200 33 A 0.348 0.008 0.002 0.010 0.010 0.014 0.047 0.015 0.002 0.099 0.446 34 D 0.067 0.002 0.001 0.003 0.004 0.011 0.068 0.001 0.001 0.024 0.819 35 G 0.011 0.004 0.002 0.026 0.036 0.082 0.108 0.001 0.001 0.027 0.703 36 G 0.014 0.002 0.001 0.009 0.088 0.079 0.118 0.002 0.001 0.051 0.635 37 A 0.025 0.001 0.001 0.015 0.169 0.094 0.095 0.007 0.001 0.058 0.536 38 P 0.022 0.001 0.001 0.025 0.051 0.095 0.138 0.001 0.001 0.036 0.630 39 Y 0.006 0.001 0.001 0.047 0.139 0.310 0.079 0.001 0.001 0.039 0.376 40 L 0.004 0.001 0.001 0.076 0.105 0.164 0.098 0.001 0.001 0.047 0.504 41 V 0.001 0.001 0.001 0.103 0.360 0.354 0.041 0.001 0.001 0.042 0.098 42 P 0.002 0.001 0.001 0.164 0.152 0.304 0.044 0.001 0.001 0.057 0.275 43 L 0.001 0.001 0.001 0.109 0.304 0.452 0.014 0.001 0.001 0.027 0.090 44 S 0.001 0.001 0.001 0.197 0.165 0.393 0.028 0.001 0.001 0.041 0.173 45 Y 0.001 0.001 0.001 0.177 0.292 0.367 0.024 0.001 0.001 0.052 0.086 46 L 0.004 0.001 0.002 0.155 0.225 0.358 0.038 0.001 0.001 0.056 0.160 47 W 0.174 0.001 0.003 0.055 0.059 0.137 0.085 0.003 0.006 0.075 0.402 48 D 0.277 0.001 0.002 0.017 0.013 0.021 0.084 0.005 0.002 0.082 0.496 49 G 0.008 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.110 0.001 0.001 0.015 0.852 50 E 0.001 0.001 0.001 0.020 0.115 0.197 0.163 0.002 0.001 0.034 0.467 51 T 0.001 0.001 0.001 0.090 0.195 0.362 0.046 0.001 0.001 0.135 0.170 52 F 0.001 0.001 0.001 0.160 0.241 0.373 0.017 0.001 0.001 0.053 0.155 53 L 0.001 0.001 0.001 0.093 0.359 0.422 0.010 0.001 0.001 0.025 0.091 54 V 0.001 0.001 0.001 0.082 0.369 0.359 0.018 0.001 0.001 0.032 0.140 55 A 0.007 0.001 0.001 0.150 0.200 0.245 0.056 0.002 0.001 0.079 0.259 56 T 0.246 0.003 0.001 0.055 0.074 0.093 0.091 0.015 0.002 0.121 0.299 57 P 0.210 0.002 0.001 0.024 0.014 0.023 0.091 0.002 0.001 0.055 0.578 58 A 0.015 0.001 0.001 0.020 0.017 0.033 0.102 0.001 0.001 0.026 0.783 59 A 0.016 0.014 0.001 0.014 0.027 0.031 0.123 0.002 0.001 0.027 0.743 60 S 0.155 0.074 0.003 0.009 0.041 0.027 0.120 0.023 0.001 0.055 0.492 61 P 0.104 0.084 0.002 0.012 0.023 0.029 0.127 0.020 0.001 0.056 0.542 62 T 0.103 0.233 0.002 0.018 0.026 0.071 0.098 0.009 0.001 0.048 0.393 63 G 0.085 0.120 0.009 0.049 0.036 0.080 0.088 0.006 0.002 0.110 0.416 64 R 0.023 0.103 0.006 0.061 0.097 0.127 0.108 0.007 0.002 0.086 0.380 65 N 0.090 0.066 0.005 0.052 0.076 0.119 0.093 0.011 0.002 0.122 0.363 66 L 0.107 0.018 0.006 0.067 0.079 0.089 0.106 0.005 0.003 0.108 0.412 67 S 0.041 0.008 0.003 0.045 0.051 0.122 0.144 0.002 0.002 0.044 0.537 68 E 0.041 0.011 0.002 0.039 0.029 0.069 0.125 0.005 0.002 0.042 0.635 69 T 0.118 0.019 0.005 0.034 0.038 0.055 0.160 0.010 0.003 0.100 0.459 70 G 0.035 0.020 0.003 0.069 0.044 0.093 0.135 0.006 0.001 0.084 0.510 71 R 0.011 0.009 0.002 0.089 0.062 0.130 0.111 0.002 0.001 0.080 0.503 72 V 0.006 0.005 0.002 0.204 0.197 0.256 0.057 0.002 0.001 0.089 0.183 73 R 0.009 0.004 0.001 0.189 0.122 0.329 0.046 0.002 0.001 0.096 0.201 74 L 0.008 0.001 0.001 0.188 0.183 0.218 0.052 0.001 0.001 0.044 0.305 75 G 0.002 0.001 0.001 0.104 0.164 0.332 0.064 0.001 0.001 0.038 0.294 76 I 0.003 0.001 0.001 0.058 0.061 0.103 0.113 0.001 0.001 0.030 0.628 77 G 0.136 0.002 0.004 0.026 0.059 0.069 0.113 0.011 0.007 0.073 0.500 78 P 0.287 0.002 0.004 0.009 0.004 0.006 0.076 0.003 0.003 0.116 0.490 79 T 0.037 0.001 0.001 0.006 0.007 0.015 0.106 0.002 0.001 0.038 0.787 80 R 0.014 0.001 0.001 0.013 0.020 0.043 0.127 0.001 0.001 0.033 0.748 81 D 0.001 0.001 0.001 0.027 0.172 0.331 0.100 0.001 0.001 0.065 0.304 82 L 0.001 0.001 0.001 0.050 0.154 0.439 0.041 0.001 0.001 0.082 0.233 83 V 0.001 0.001 0.001 0.066 0.375 0.434 0.013 0.001 0.001 0.030 0.082 84 L 0.001 0.001 0.001 0.071 0.310 0.495 0.011 0.001 0.001 0.033 0.078 85 V 0.001 0.001 0.001 0.072 0.387 0.452 0.006 0.001 0.001 0.042 0.039 86 E 0.006 0.001 0.001 0.081 0.262 0.470 0.022 0.001 0.001 0.055 0.103 87 G 0.005 0.001 0.001 0.058 0.343 0.432 0.027 0.001 0.001 0.029 0.105 88 T 0.003 0.001 0.001 0.071 0.269 0.471 0.035 0.001 0.001 0.030 0.120 89 A 0.005 0.001 0.001 0.137 0.178 0.252 0.078 0.001 0.001 0.028 0.320 90 L 0.023 0.001 0.001 0.079 0.293 0.283 0.070 0.001 0.001 0.049 0.200 91 P 0.005 0.002 0.001 0.046 0.061 0.097 0.111 0.001 0.001 0.026 0.651 92 L 0.010 0.005 0.002 0.031 0.036 0.052 0.140 0.005 0.002 0.030 0.686 93 E 0.356 0.106 0.003 0.012 0.008 0.007 0.074 0.037 0.003 0.092 0.303 94 P 0.464 0.084 0.002 0.005 0.001 0.002 0.053 0.004 0.001 0.071 0.313 95 A 0.036 0.057 0.003 0.011 0.004 0.010 0.081 0.002 0.001 0.075 0.721 96 G 0.028 0.252 0.002 0.007 0.006 0.012 0.085 0.003 0.001 0.070 0.534 97 L 0.033 0.823 0.001 0.002 0.004 0.003 0.018 0.008 0.001 0.027 0.079 98 P 0.030 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.006 0.048 99 D 0.050 0.776 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.001 0.065 0.086 100 G 0.009 0.116 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.812 0.041 101 V 0.014 0.840 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.001 0.058 0.055 102 G 0.022 0.873 0.008 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.002 0.008 0.066 103 D 0.029 0.800 0.004 0.002 0.001 0.001 0.014 0.006 0.002 0.021 0.121 104 T 0.064 0.645 0.008 0.002 0.001 0.002 0.029 0.015 0.004 0.050 0.182 105 F 0.192 0.243 0.053 0.005 0.001 0.004 0.039 0.035 0.020 0.212 0.196 106 A 0.139 0.075 0.054 0.010 0.002 0.005 0.097 0.009 0.042 0.123 0.444 107 E 0.109 0.018 0.006 0.007 0.002 0.004 0.093 0.003 0.003 0.033 0.722 108 K 0.098 0.006 0.002 0.009 0.003 0.005 0.093 0.004 0.001 0.052 0.726 109 T 0.031 0.001 0.001 0.005 0.003 0.008 0.109 0.002 0.001 0.030 0.809 110 G 0.010 0.002 0.001 0.010 0.003 0.011 0.105 0.002 0.001 0.019 0.837 111 F 0.085 0.005 0.001 0.007 0.006 0.008 0.096 0.007 0.001 0.035 0.748 112 D 0.137 0.008 0.001 0.015 0.012 0.020 0.109 0.013 0.001 0.074 0.611 113 P 0.036 0.003 0.001 0.022 0.007 0.021 0.110 0.002 0.001 0.034 0.765 114 R 0.020 0.002 0.001 0.049 0.030 0.049 0.126 0.001 0.001 0.047 0.676 115 R 0.008 0.001 0.001 0.036 0.037 0.047 0.144 0.001 0.001 0.033 0.692 116 L 0.064 0.002 0.001 0.022 0.027 0.038 0.155 0.006 0.001 0.047 0.636 117 T 0.222 0.005 0.002 0.018 0.009 0.013 0.137 0.006 0.001 0.081 0.505 118 T 0.023 0.002 0.001 0.016 0.011 0.029 0.170 0.002 0.001 0.049 0.696 119 S 0.006 0.002 0.001 0.052 0.076 0.213 0.139 0.001 0.001 0.048 0.463 120 Y 0.002 0.001 0.001 0.076 0.170 0.312 0.069 0.001 0.001 0.065 0.304 121 L 0.001 0.001 0.001 0.089 0.301 0.436 0.023 0.001 0.001 0.057 0.092 122 Y 0.001 0.001 0.001 0.086 0.254 0.471 0.020 0.001 0.001 0.036 0.130 123 F 0.001 0.001 0.001 0.095 0.364 0.396 0.014 0.001 0.001 0.034 0.095 124 R 0.001 0.001 0.001 0.077 0.324 0.416 0.024 0.001 0.001 0.043 0.113 125 I 0.004 0.001 0.001 0.071 0.252 0.264 0.051 0.001 0.001 0.031 0.322 126 S 0.178 0.010 0.002 0.040 0.215 0.182 0.066 0.013 0.002 0.073 0.219 127 P 0.155 0.027 0.003 0.037 0.022 0.036 0.104 0.006 0.002 0.064 0.544 128 R 0.044 0.029 0.002 0.037 0.058 0.113 0.096 0.008 0.001 0.039 0.573 129 R 0.041 0.048 0.003 0.060 0.102 0.155 0.095 0.005 0.001 0.051 0.438 130 V 0.031 0.042 0.003 0.050 0.156 0.163 0.086 0.005 0.001 0.046 0.417 131 Q 0.059 0.051 0.003 0.073 0.165 0.198 0.067 0.008 0.001 0.066 0.308 132 A 0.065 0.036 0.003 0.040 0.087 0.152 0.090 0.004 0.002 0.050 0.471 133 W 0.060 0.053 0.011 0.058 0.081 0.165 0.102 0.006 0.007 0.052 0.404 134 R 0.132 0.045 0.008 0.023 0.038 0.074 0.082 0.009 0.005 0.039 0.545 135 E 0.223 0.046 0.002 0.010 0.022 0.029 0.065 0.011 0.001 0.042 0.549 136 A 0.062 0.018 0.001 0.009 0.020 0.032 0.085 0.004 0.001 0.031 0.737 137 N 0.023 0.011 0.005 0.019 0.023 0.045 0.108 0.002 0.002 0.032 0.730 138 E 0.065 0.026 0.003 0.015 0.079 0.085 0.104 0.008 0.001 0.046 0.567 139 L 0.203 0.035 0.002 0.011 0.037 0.034 0.089 0.005 0.001 0.041 0.543 140 S 0.019 0.051 0.002 0.034 0.059 0.130 0.155 0.006 0.001 0.042 0.502 141 G 0.035 0.040 0.003 0.027 0.047 0.159 0.089 0.007 0.001 0.070 0.523 142 R 0.023 0.034 0.001 0.034 0.233 0.285 0.052 0.005 0.001 0.056 0.277 143 E 0.006 0.007 0.001 0.048 0.168 0.385 0.043 0.001 0.001 0.036 0.307 144 L 0.004 0.006 0.010 0.067 0.265 0.325 0.050 0.001 0.003 0.075 0.195 145 M 0.038 0.003 0.007 0.054 0.170 0.214 0.060 0.004 0.006 0.051 0.393 146 R 0.854 0.004 0.001 0.003 0.012 0.016 0.014 0.005 0.001 0.033 0.058 147 D 0.038 0.003 0.001 0.013 0.002 0.007 0.078 0.002 0.001 0.026 0.830 148 G 0.006 0.004 0.001 0.012 0.008 0.021 0.099 0.003 0.001 0.015 0.832 149 E 0.006 0.005 0.001 0.084 0.338 0.262 0.078 0.002 0.001 0.039 0.185 150 W 0.004 0.001 0.001 0.091 0.146 0.211 0.056 0.001 0.001 0.055 0.435 151 L 0.002 0.001 0.001 0.173 0.337 0.189 0.042 0.001 0.001 0.033 0.221 152 V 0.010 0.004 0.001 0.130 0.078 0.115 0.118 0.002 0.001 0.037 0.506 153 T 0.235 0.022 0.004 0.083 0.043 0.049 0.084 0.013 0.004 0.139 0.324 154 D 0.091 0.012 0.003 0.031 0.008 0.015 0.102 0.005 0.002 0.063 0.668