# TARGET T0370 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 692 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.126 0.317 0.330 0.072 0.076 0.023 0.019 0.007 0.022 0.007 0.001 2 T 0.158 0.174 0.446 0.096 0.041 0.038 0.015 0.005 0.014 0.010 0.003 3 T 0.063 0.274 0.485 0.003 0.035 0.018 0.009 0.001 0.105 0.006 0.001 4 P 0.065 0.002 0.815 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.003 0.001 0.093 5 P 0.571 0.003 0.314 0.021 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 6 A 0.693 0.066 0.139 0.045 0.018 0.016 0.007 0.007 0.006 0.003 0.001 7 R 0.815 0.046 0.065 0.025 0.013 0.008 0.011 0.005 0.005 0.007 0.001 8 T 0.884 0.024 0.048 0.024 0.003 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 9 A 0.934 0.009 0.011 0.031 0.003 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 10 K 0.940 0.012 0.011 0.025 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 11 Q 0.900 0.016 0.018 0.050 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.764 0.028 0.063 0.083 0.008 0.024 0.004 0.001 0.022 0.002 0.001 13 I 0.977 0.001 0.004 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 D 0.983 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 T 0.979 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.979 0.002 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 N 0.959 0.002 0.004 0.030 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.724 0.006 0.011 0.249 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 20 L 0.476 0.060 0.210 0.200 0.008 0.020 0.009 0.004 0.012 0.001 0.001 21 E 0.342 0.080 0.226 0.115 0.029 0.074 0.084 0.013 0.026 0.011 0.001 22 L 0.209 0.227 0.338 0.139 0.027 0.031 0.008 0.004 0.015 0.002 0.001 23 D 0.113 0.175 0.309 0.124 0.064 0.091 0.045 0.015 0.054 0.009 0.001 24 V 0.160 0.362 0.272 0.049 0.060 0.047 0.012 0.003 0.032 0.003 0.001 25 D 0.160 0.098 0.125 0.436 0.012 0.062 0.061 0.003 0.039 0.001 0.002 26 A 0.010 0.439 0.230 0.013 0.275 0.011 0.006 0.004 0.010 0.002 0.001 27 W 0.004 0.806 0.122 0.002 0.041 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 28 V 0.006 0.745 0.180 0.003 0.026 0.023 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 29 S 0.006 0.671 0.114 0.002 0.143 0.033 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 30 T 0.007 0.669 0.072 0.021 0.195 0.018 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 31 A 0.012 0.632 0.148 0.062 0.120 0.014 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 32 G 0.004 0.165 0.514 0.004 0.193 0.027 0.006 0.003 0.024 0.059 0.001 33 A 0.760 0.048 0.065 0.078 0.010 0.011 0.006 0.006 0.010 0.006 0.001 34 D 0.258 0.030 0.062 0.524 0.006 0.021 0.061 0.003 0.033 0.001 0.001 35 G 0.063 0.003 0.046 0.085 0.022 0.002 0.136 0.577 0.001 0.065 0.001 36 G 0.026 0.005 0.074 0.013 0.026 0.001 0.019 0.451 0.001 0.384 0.001 37 A 0.015 0.154 0.680 0.001 0.028 0.013 0.016 0.001 0.088 0.003 0.002 38 P 0.133 0.005 0.783 0.015 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 39 Y 0.058 0.467 0.228 0.061 0.113 0.042 0.005 0.003 0.020 0.002 0.001 40 L 0.023 0.604 0.250 0.023 0.050 0.023 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 41 V 0.004 0.700 0.117 0.001 0.034 0.012 0.003 0.001 0.129 0.001 0.001 42 P 0.017 0.014 0.889 0.001 0.001 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 43 L 0.055 0.601 0.168 0.018 0.046 0.055 0.002 0.001 0.054 0.001 0.001 44 S 0.057 0.407 0.353 0.016 0.052 0.074 0.008 0.002 0.028 0.003 0.001 45 Y 0.055 0.613 0.153 0.050 0.075 0.025 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 46 L 0.078 0.523 0.164 0.027 0.123 0.039 0.009 0.004 0.029 0.005 0.001 47 W 0.146 0.474 0.183 0.056 0.045 0.048 0.005 0.002 0.036 0.004 0.001 48 D 0.084 0.145 0.193 0.231 0.047 0.056 0.131 0.004 0.101 0.007 0.001 49 G 0.048 0.003 0.048 0.025 0.038 0.004 0.080 0.545 0.001 0.206 0.001 50 E 0.228 0.024 0.061 0.647 0.010 0.006 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 51 T 0.005 0.691 0.067 0.012 0.207 0.003 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 52 F 0.001 0.839 0.110 0.001 0.019 0.012 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 53 L 0.001 0.896 0.059 0.001 0.010 0.015 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 54 V 0.002 0.800 0.112 0.001 0.023 0.034 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 55 A 0.012 0.512 0.294 0.018 0.055 0.075 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 56 T 0.004 0.507 0.210 0.002 0.175 0.017 0.007 0.001 0.075 0.002 0.001 57 P 0.165 0.018 0.708 0.018 0.002 0.055 0.001 0.001 0.005 0.001 0.026 58 A 0.662 0.016 0.122 0.170 0.004 0.010 0.007 0.003 0.003 0.002 0.001 59 A 0.215 0.037 0.081 0.406 0.044 0.019 0.067 0.107 0.013 0.011 0.001 60 S 0.035 0.101 0.674 0.004 0.051 0.019 0.015 0.002 0.085 0.015 0.001 61 P 0.815 0.001 0.095 0.054 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 62 T 0.531 0.134 0.134 0.136 0.047 0.005 0.002 0.005 0.004 0.003 0.001 63 G 0.778 0.034 0.092 0.036 0.019 0.007 0.007 0.014 0.005 0.006 0.001 64 R 0.836 0.059 0.037 0.035 0.010 0.006 0.005 0.002 0.006 0.004 0.001 65 N 0.750 0.017 0.063 0.042 0.004 0.083 0.021 0.003 0.017 0.001 0.002 66 L 0.880 0.023 0.028 0.057 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 67 S 0.880 0.033 0.026 0.043 0.007 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 68 E 0.720 0.044 0.027 0.166 0.014 0.007 0.013 0.002 0.007 0.001 0.001 69 T 0.152 0.100 0.098 0.557 0.017 0.016 0.012 0.001 0.046 0.001 0.001 70 G 0.068 0.023 0.102 0.041 0.113 0.006 0.113 0.395 0.004 0.135 0.001 71 R 0.039 0.345 0.348 0.109 0.086 0.041 0.011 0.002 0.015 0.003 0.001 72 V 0.004 0.699 0.211 0.004 0.034 0.022 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 73 R 0.005 0.827 0.094 0.003 0.025 0.023 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 74 L 0.005 0.800 0.134 0.003 0.019 0.023 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 75 G 0.006 0.629 0.127 0.006 0.172 0.027 0.007 0.001 0.022 0.002 0.001 76 I 0.012 0.798 0.090 0.010 0.053 0.014 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 77 G 0.020 0.161 0.439 0.002 0.177 0.017 0.013 0.002 0.064 0.103 0.003 78 P 0.178 0.006 0.518 0.017 0.001 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.246 79 T 0.328 0.071 0.289 0.198 0.021 0.042 0.009 0.010 0.013 0.004 0.015 80 R 0.353 0.105 0.144 0.133 0.061 0.013 0.126 0.028 0.018 0.017 0.001 81 D 0.133 0.150 0.148 0.360 0.053 0.044 0.081 0.006 0.021 0.002 0.002 82 L 0.020 0.550 0.293 0.035 0.037 0.030 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 83 V 0.003 0.795 0.126 0.004 0.033 0.017 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 84 L 0.002 0.654 0.292 0.001 0.008 0.030 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 85 V 0.003 0.843 0.065 0.002 0.049 0.017 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 86 E 0.010 0.728 0.122 0.013 0.032 0.037 0.004 0.001 0.054 0.001 0.001 87 G 0.007 0.134 0.148 0.004 0.636 0.005 0.014 0.008 0.009 0.035 0.001 88 T 0.015 0.652 0.248 0.018 0.035 0.021 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 89 A 0.010 0.574 0.260 0.014 0.094 0.018 0.005 0.001 0.022 0.003 0.001 90 L 0.002 0.729 0.143 0.001 0.015 0.019 0.002 0.001 0.090 0.001 0.001 91 P 0.005 0.011 0.938 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 92 L 0.050 0.426 0.340 0.021 0.046 0.064 0.004 0.001 0.046 0.001 0.001 93 E 0.009 0.119 0.764 0.001 0.046 0.017 0.003 0.001 0.032 0.009 0.001 94 P 0.555 0.008 0.352 0.041 0.002 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 95 A 0.499 0.019 0.235 0.204 0.010 0.008 0.009 0.006 0.002 0.006 0.001 96 G 0.089 0.006 0.057 0.067 0.035 0.005 0.050 0.571 0.003 0.117 0.001 97 L 0.061 0.168 0.615 0.002 0.013 0.022 0.006 0.001 0.109 0.002 0.001 98 P 0.422 0.003 0.505 0.013 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 99 D 0.726 0.034 0.115 0.071 0.014 0.014 0.012 0.007 0.004 0.003 0.001 100 G 0.674 0.025 0.045 0.075 0.060 0.007 0.022 0.054 0.005 0.032 0.001 101 V 0.757 0.025 0.050 0.150 0.005 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 102 G 0.771 0.016 0.061 0.049 0.018 0.007 0.015 0.036 0.005 0.022 0.001 103 D 0.884 0.013 0.032 0.038 0.004 0.014 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 104 T 0.920 0.014 0.023 0.030 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 105 F 0.872 0.021 0.019 0.075 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 106 A 0.910 0.016 0.040 0.016 0.004 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 107 E 0.856 0.014 0.026 0.082 0.006 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 108 K 0.570 0.050 0.121 0.219 0.006 0.016 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 109 T 0.273 0.078 0.196 0.385 0.015 0.017 0.010 0.005 0.018 0.002 0.001 110 G 0.110 0.017 0.080 0.079 0.045 0.014 0.175 0.330 0.008 0.143 0.001 111 F 0.135 0.227 0.333 0.132 0.060 0.052 0.015 0.008 0.032 0.006 0.001 112 D 0.036 0.147 0.485 0.010 0.044 0.073 0.056 0.001 0.145 0.002 0.001 113 P 0.416 0.014 0.409 0.083 0.001 0.039 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 114 R 0.206 0.348 0.222 0.083 0.071 0.026 0.008 0.004 0.028 0.003 0.001 115 R 0.178 0.186 0.458 0.057 0.014 0.066 0.009 0.002 0.026 0.002 0.002 116 L 0.109 0.286 0.380 0.050 0.032 0.066 0.019 0.004 0.051 0.003 0.001 117 T 0.125 0.180 0.418 0.057 0.069 0.064 0.019 0.007 0.045 0.010 0.005 118 T 0.451 0.069 0.179 0.183 0.044 0.021 0.017 0.010 0.008 0.010 0.007 119 S 0.174 0.137 0.145 0.363 0.071 0.034 0.037 0.016 0.019 0.004 0.001 120 Y 0.038 0.533 0.211 0.057 0.104 0.019 0.010 0.002 0.022 0.001 0.001 121 L 0.010 0.729 0.090 0.015 0.129 0.011 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 122 Y 0.002 0.807 0.050 0.003 0.117 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 123 F 0.001 0.861 0.086 0.001 0.031 0.008 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 124 R 0.002 0.698 0.216 0.001 0.006 0.052 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 125 I 0.008 0.714 0.172 0.003 0.028 0.032 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 126 S 0.002 0.448 0.320 0.001 0.008 0.055 0.010 0.001 0.156 0.001 0.001 127 P 0.018 0.004 0.904 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 128 R 0.778 0.002 0.002 0.217 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 R 0.005 0.636 0.010 0.006 0.337 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 130 V 0.005 0.870 0.050 0.002 0.037 0.008 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 131 Q 0.019 0.789 0.057 0.006 0.057 0.026 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 132 A 0.054 0.482 0.173 0.018 0.169 0.057 0.006 0.003 0.028 0.008 0.001 133 W 0.143 0.400 0.176 0.095 0.054 0.061 0.006 0.001 0.058 0.004 0.001 134 R 0.177 0.228 0.228 0.069 0.111 0.035 0.098 0.004 0.028 0.021 0.002 135 E 0.411 0.094 0.172 0.114 0.050 0.029 0.068 0.022 0.020 0.016 0.005 136 A 0.323 0.090 0.173 0.218 0.050 0.017 0.054 0.020 0.011 0.043 0.002 137 N 0.108 0.061 0.101 0.221 0.047 0.065 0.320 0.036 0.034 0.005 0.001 138 E 0.294 0.184 0.214 0.091 0.025 0.047 0.080 0.004 0.057 0.002 0.001 139 L 0.306 0.113 0.402 0.090 0.005 0.060 0.004 0.002 0.014 0.001 0.003 140 S 0.163 0.249 0.267 0.123 0.091 0.017 0.035 0.006 0.037 0.012 0.001 141 G 0.177 0.019 0.166 0.048 0.111 0.009 0.072 0.277 0.003 0.113 0.003 142 R 0.187 0.347 0.252 0.085 0.066 0.023 0.010 0.004 0.023 0.003 0.001 143 E 0.094 0.417 0.377 0.019 0.034 0.032 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 144 L 0.129 0.548 0.213 0.037 0.015 0.037 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 145 M 0.079 0.389 0.386 0.033 0.025 0.057 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 146 R 0.076 0.691 0.073 0.017 0.053 0.013 0.004 0.001 0.069 0.003 0.001 147 D 0.074 0.018 0.196 0.115 0.005 0.048 0.491 0.002 0.043 0.004 0.002 148 G 0.010 0.001 0.014 0.011 0.013 0.001 0.048 0.863 0.001 0.038 0.001 149 E 0.107 0.299 0.411 0.068 0.045 0.026 0.015 0.004 0.021 0.004 0.001 150 W 0.058 0.329 0.507 0.017 0.026 0.029 0.008 0.001 0.021 0.003 0.001 151 L 0.165 0.418 0.256 0.055 0.025 0.058 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 152 V 0.064 0.389 0.334 0.076 0.027 0.072 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 153 T 0.023 0.406 0.279 0.013 0.140 0.034 0.008 0.001 0.090 0.005 0.001 154 D 0.287 0.060 0.495 0.049 0.019 0.054 0.009 0.004 0.009 0.010 0.004