# TARGET T0370 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 692 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.356 0.150 0.016 0.219 0.009 0.031 0.064 0.032 0.025 0.025 2 T 0.073 0.232 0.129 0.021 0.176 0.021 0.043 0.113 0.071 0.091 0.031 3 T 0.026 0.269 0.304 0.041 0.081 0.024 0.050 0.105 0.047 0.040 0.015 4 P 0.108 0.289 0.172 0.008 0.257 0.004 0.013 0.067 0.019 0.019 0.043 5 P 0.012 0.081 0.034 0.006 0.032 0.006 0.013 0.551 0.207 0.050 0.007 6 A 0.010 0.041 0.016 0.004 0.027 0.007 0.013 0.732 0.105 0.040 0.006 7 R 0.007 0.025 0.009 0.002 0.021 0.003 0.008 0.834 0.072 0.015 0.004 8 T 0.006 0.008 0.004 0.001 0.008 0.001 0.006 0.908 0.044 0.011 0.003 9 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.898 0.067 0.019 0.002 10 K 0.004 0.005 0.001 0.001 0.005 0.003 0.011 0.891 0.066 0.011 0.002 11 Q 0.002 0.008 0.005 0.002 0.004 0.003 0.029 0.894 0.040 0.011 0.002 12 R 0.004 0.012 0.009 0.001 0.005 0.002 0.007 0.879 0.046 0.033 0.002 13 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.924 0.065 0.005 0.001 14 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.039 0.001 0.001 15 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.961 0.030 0.006 0.001 16 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.895 0.089 0.012 0.001 17 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.855 0.126 0.007 0.001 18 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.044 0.794 0.127 0.025 0.001 19 R 0.002 0.005 0.003 0.001 0.004 0.006 0.069 0.674 0.163 0.069 0.002 20 L 0.062 0.190 0.045 0.005 0.117 0.005 0.022 0.312 0.142 0.068 0.033 21 E 0.121 0.055 0.018 0.007 0.094 0.013 0.052 0.298 0.134 0.142 0.065 22 L 0.050 0.313 0.100 0.008 0.187 0.008 0.027 0.129 0.099 0.055 0.025 23 D 0.247 0.075 0.024 0.004 0.293 0.006 0.023 0.053 0.046 0.129 0.100 24 V 0.108 0.301 0.056 0.005 0.281 0.003 0.009 0.083 0.075 0.052 0.026 25 D 0.148 0.046 0.016 0.020 0.189 0.036 0.099 0.079 0.067 0.207 0.093 26 A 0.178 0.246 0.032 0.004 0.496 0.002 0.002 0.005 0.004 0.011 0.020 27 W 0.238 0.067 0.005 0.002 0.633 0.003 0.005 0.006 0.002 0.007 0.032 28 V 0.340 0.071 0.011 0.003 0.503 0.004 0.004 0.004 0.002 0.010 0.047 29 S 0.235 0.124 0.016 0.004 0.513 0.003 0.006 0.007 0.004 0.019 0.069 30 T 0.256 0.154 0.066 0.008 0.385 0.004 0.006 0.010 0.006 0.037 0.068 31 A 0.093 0.304 0.091 0.037 0.197 0.021 0.038 0.052 0.046 0.068 0.053 32 G 0.035 0.278 0.370 0.083 0.129 0.022 0.011 0.015 0.015 0.028 0.015 33 A 0.036 0.084 0.100 0.042 0.049 0.040 0.077 0.316 0.195 0.044 0.017 34 D 0.042 0.072 0.127 0.091 0.057 0.120 0.195 0.113 0.057 0.089 0.037 35 G 0.030 0.171 0.121 0.217 0.046 0.054 0.071 0.039 0.035 0.163 0.053 36 G 0.022 0.040 0.095 0.146 0.019 0.046 0.011 0.019 0.044 0.466 0.092 37 A 0.019 0.386 0.333 0.030 0.118 0.012 0.010 0.033 0.033 0.020 0.004 38 P 0.218 0.165 0.047 0.008 0.300 0.016 0.026 0.050 0.042 0.040 0.088 39 Y 0.147 0.186 0.084 0.016 0.348 0.008 0.024 0.029 0.028 0.070 0.060 40 L 0.352 0.131 0.044 0.005 0.357 0.002 0.004 0.008 0.009 0.025 0.064 41 V 0.022 0.500 0.270 0.014 0.174 0.004 0.005 0.004 0.002 0.002 0.002 42 P 0.469 0.105 0.021 0.003 0.303 0.003 0.008 0.004 0.003 0.008 0.073 43 L 0.177 0.172 0.052 0.042 0.333 0.083 0.045 0.010 0.013 0.024 0.048 44 S 0.363 0.082 0.029 0.008 0.364 0.014 0.016 0.007 0.012 0.029 0.076 45 Y 0.270 0.146 0.022 0.009 0.438 0.015 0.006 0.005 0.010 0.021 0.058 46 L 0.278 0.181 0.034 0.003 0.434 0.002 0.004 0.008 0.007 0.017 0.032 47 W 0.284 0.039 0.019 0.150 0.127 0.147 0.032 0.023 0.023 0.046 0.111 48 D 0.013 0.032 0.112 0.699 0.026 0.070 0.018 0.009 0.009 0.007 0.006 49 G 0.005 0.023 0.042 0.394 0.009 0.111 0.057 0.128 0.121 0.095 0.014 50 E 0.013 0.017 0.005 0.019 0.022 0.023 0.075 0.181 0.200 0.420 0.024 51 T 0.193 0.138 0.028 0.005 0.566 0.004 0.007 0.012 0.012 0.017 0.019 52 F 0.171 0.090 0.005 0.001 0.723 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 53 L 0.311 0.041 0.006 0.002 0.561 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.070 54 V 0.261 0.150 0.041 0.004 0.454 0.002 0.002 0.002 0.001 0.011 0.073 55 A 0.252 0.132 0.049 0.009 0.280 0.005 0.015 0.008 0.007 0.084 0.158 56 T 0.027 0.461 0.338 0.019 0.117 0.003 0.004 0.007 0.006 0.010 0.008 57 P 0.021 0.091 0.071 0.017 0.060 0.017 0.031 0.327 0.319 0.037 0.010 58 A 0.012 0.027 0.015 0.006 0.022 0.020 0.105 0.443 0.284 0.057 0.009 59 A 0.023 0.027 0.015 0.010 0.025 0.012 0.036 0.101 0.122 0.587 0.043 60 S 0.093 0.250 0.126 0.012 0.249 0.006 0.013 0.127 0.054 0.038 0.032 61 P 0.022 0.088 0.030 0.007 0.054 0.015 0.035 0.410 0.243 0.084 0.013 62 T 0.080 0.123 0.042 0.008 0.110 0.007 0.026 0.362 0.090 0.117 0.035 63 G 0.068 0.043 0.011 0.009 0.096 0.009 0.010 0.481 0.156 0.085 0.032 64 R 0.019 0.055 0.020 0.011 0.053 0.030 0.051 0.633 0.102 0.018 0.007 65 N 0.218 0.036 0.012 0.002 0.151 0.001 0.009 0.349 0.055 0.094 0.074 66 L 0.032 0.013 0.003 0.004 0.031 0.006 0.019 0.510 0.296 0.071 0.015 67 S 0.020 0.046 0.020 0.008 0.025 0.018 0.063 0.550 0.212 0.029 0.008 68 E 0.031 0.034 0.022 0.011 0.038 0.028 0.136 0.365 0.181 0.139 0.016 69 T 0.129 0.313 0.092 0.032 0.248 0.011 0.016 0.030 0.022 0.053 0.054 70 G 0.063 0.102 0.084 0.091 0.075 0.052 0.021 0.072 0.105 0.249 0.086 71 R 0.243 0.090 0.019 0.011 0.274 0.013 0.036 0.051 0.050 0.133 0.079 72 V 0.302 0.100 0.010 0.002 0.508 0.001 0.001 0.003 0.004 0.016 0.053 73 R 0.238 0.085 0.015 0.004 0.598 0.005 0.007 0.005 0.003 0.010 0.030 74 L 0.389 0.060 0.007 0.002 0.468 0.002 0.002 0.003 0.001 0.007 0.059 75 G 0.310 0.097 0.033 0.004 0.455 0.002 0.004 0.006 0.003 0.021 0.064 76 I 0.144 0.240 0.129 0.057 0.229 0.020 0.024 0.018 0.013 0.062 0.064 77 G 0.018 0.201 0.394 0.245 0.063 0.036 0.013 0.010 0.006 0.008 0.006 78 P 0.092 0.195 0.140 0.039 0.140 0.036 0.061 0.097 0.094 0.061 0.044 79 T 0.058 0.094 0.107 0.057 0.084 0.061 0.092 0.097 0.138 0.160 0.051 80 R 0.081 0.147 0.051 0.050 0.148 0.058 0.083 0.104 0.108 0.122 0.049 81 D 0.115 0.078 0.026 0.027 0.168 0.027 0.044 0.071 0.083 0.275 0.085 82 L 0.264 0.133 0.016 0.004 0.528 0.003 0.004 0.006 0.006 0.010 0.026 83 V 0.133 0.139 0.008 0.001 0.712 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 84 L 0.421 0.046 0.004 0.001 0.484 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 85 V 0.409 0.066 0.021 0.008 0.377 0.009 0.004 0.002 0.001 0.009 0.096 86 E 0.128 0.019 0.023 0.060 0.080 0.050 0.130 0.022 0.035 0.314 0.140 87 G 0.009 0.317 0.472 0.120 0.050 0.020 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 88 T 0.186 0.164 0.013 0.001 0.574 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.044 89 A 0.354 0.130 0.028 0.002 0.406 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 0.065 90 L 0.001 0.826 0.114 0.001 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 P 0.399 0.144 0.023 0.001 0.374 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.050 92 L 0.031 0.174 0.135 0.144 0.109 0.094 0.231 0.031 0.023 0.011 0.017 93 E 0.015 0.366 0.451 0.048 0.082 0.007 0.008 0.007 0.004 0.004 0.006 94 P 0.035 0.130 0.079 0.021 0.079 0.014 0.027 0.265 0.281 0.050 0.020 95 A 0.004 0.035 0.024 0.019 0.014 0.049 0.157 0.326 0.321 0.048 0.004 96 G 0.024 0.016 0.012 0.009 0.019 0.005 0.011 0.043 0.082 0.728 0.051 97 L 0.026 0.309 0.339 0.023 0.086 0.007 0.018 0.107 0.048 0.028 0.011 98 P 0.070 0.311 0.077 0.010 0.147 0.011 0.027 0.201 0.091 0.026 0.029 99 D 0.018 0.085 0.041 0.031 0.048 0.095 0.101 0.328 0.180 0.058 0.016 100 G 0.056 0.054 0.036 0.011 0.052 0.008 0.022 0.284 0.127 0.281 0.068 101 V 0.058 0.064 0.026 0.012 0.062 0.013 0.030 0.417 0.138 0.140 0.040 102 G 0.021 0.097 0.053 0.030 0.046 0.016 0.019 0.521 0.127 0.056 0.015 103 D 0.017 0.021 0.008 0.003 0.035 0.005 0.016 0.774 0.101 0.013 0.008 104 T 0.009 0.012 0.008 0.002 0.012 0.003 0.017 0.851 0.067 0.015 0.004 105 F 0.009 0.008 0.003 0.002 0.012 0.001 0.005 0.740 0.150 0.063 0.006 106 A 0.011 0.026 0.006 0.003 0.021 0.007 0.029 0.703 0.165 0.024 0.004 107 E 0.017 0.026 0.016 0.007 0.019 0.012 0.109 0.549 0.144 0.085 0.016 108 K 0.034 0.079 0.072 0.028 0.071 0.047 0.193 0.276 0.102 0.077 0.020 109 T 0.060 0.275 0.139 0.042 0.137 0.032 0.075 0.101 0.056 0.057 0.027 110 G 0.048 0.052 0.056 0.100 0.043 0.056 0.047 0.113 0.097 0.321 0.068 111 F 0.079 0.187 0.105 0.031 0.150 0.031 0.050 0.052 0.061 0.186 0.069 112 D 0.097 0.255 0.161 0.032 0.313 0.011 0.019 0.032 0.017 0.024 0.037 113 P 0.085 0.097 0.046 0.011 0.118 0.012 0.028 0.135 0.266 0.154 0.048 114 R 0.048 0.297 0.168 0.019 0.187 0.017 0.037 0.087 0.071 0.051 0.018 115 R 0.196 0.205 0.067 0.007 0.297 0.007 0.023 0.059 0.034 0.054 0.051 116 L 0.091 0.298 0.205 0.050 0.176 0.023 0.029 0.031 0.025 0.034 0.038 117 T 0.093 0.259 0.197 0.065 0.176 0.030 0.035 0.049 0.040 0.024 0.033 118 T 0.044 0.076 0.044 0.030 0.060 0.054 0.088 0.161 0.265 0.144 0.034 119 S 0.068 0.148 0.057 0.026 0.153 0.022 0.055 0.066 0.108 0.252 0.045 120 Y 0.329 0.098 0.016 0.006 0.290 0.006 0.007 0.009 0.022 0.096 0.121 121 L 0.170 0.163 0.031 0.007 0.584 0.005 0.005 0.004 0.003 0.009 0.019 122 Y 0.276 0.077 0.010 0.001 0.618 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 123 F 0.107 0.177 0.012 0.001 0.693 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 124 R 0.310 0.066 0.005 0.001 0.563 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.051 125 I 0.249 0.184 0.023 0.001 0.504 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 126 S 0.039 0.541 0.133 0.002 0.275 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 127 P 0.438 0.061 0.019 0.011 0.311 0.009 0.011 0.009 0.006 0.010 0.116 128 R 0.005 0.007 0.003 0.052 0.014 0.281 0.434 0.129 0.055 0.015 0.004 129 R 0.327 0.086 0.018 0.002 0.474 0.001 0.004 0.009 0.007 0.021 0.051 130 V 0.380 0.046 0.004 0.004 0.462 0.004 0.002 0.009 0.006 0.015 0.069 131 Q 0.252 0.088 0.022 0.014 0.431 0.009 0.012 0.025 0.019 0.037 0.092 132 A 0.141 0.265 0.101 0.057 0.241 0.031 0.020 0.048 0.017 0.033 0.047 133 W 0.135 0.168 0.058 0.049 0.221 0.046 0.041 0.096 0.048 0.082 0.057 134 R 0.060 0.199 0.178 0.093 0.114 0.057 0.058 0.128 0.044 0.040 0.030 135 E 0.067 0.078 0.097 0.061 0.067 0.036 0.055 0.209 0.114 0.145 0.070 136 A 0.036 0.199 0.101 0.098 0.100 0.079 0.099 0.130 0.074 0.061 0.023 137 N 0.066 0.085 0.052 0.054 0.067 0.046 0.044 0.087 0.108 0.281 0.112 138 E 0.104 0.151 0.103 0.031 0.159 0.022 0.057 0.131 0.068 0.118 0.054 139 L 0.109 0.149 0.106 0.039 0.131 0.036 0.037 0.098 0.084 0.142 0.070 140 S 0.055 0.200 0.166 0.134 0.109 0.076 0.078 0.074 0.036 0.043 0.030 141 G 0.103 0.064 0.057 0.034 0.076 0.018 0.014 0.036 0.072 0.393 0.133 142 R 0.152 0.230 0.091 0.011 0.335 0.011 0.014 0.033 0.038 0.049 0.036 143 E 0.294 0.120 0.028 0.003 0.430 0.007 0.014 0.018 0.015 0.018 0.051 144 L 0.139 0.278 0.030 0.005 0.477 0.007 0.008 0.012 0.009 0.014 0.022 145 M 0.418 0.114 0.040 0.006 0.245 0.003 0.006 0.023 0.014 0.025 0.107 146 R 0.015 0.020 0.066 0.593 0.016 0.204 0.019 0.025 0.019 0.014 0.010 147 D 0.001 0.018 0.027 0.588 0.002 0.161 0.147 0.048 0.007 0.001 0.001 148 G 0.005 0.005 0.010 0.028 0.003 0.004 0.004 0.014 0.039 0.805 0.082 149 E 0.031 0.468 0.104 0.017 0.260 0.006 0.013 0.029 0.031 0.034 0.008 150 W 0.246 0.137 0.016 0.001 0.553 0.001 0.002 0.006 0.005 0.005 0.028 151 L 0.238 0.160 0.036 0.008 0.431 0.011 0.021 0.017 0.011 0.013 0.054 152 V 0.191 0.173 0.114 0.025 0.235 0.011 0.023 0.026 0.016 0.082 0.102 153 T 0.048 0.330 0.326 0.051 0.135 0.013 0.016 0.022 0.011 0.024 0.023 154 D 0.079 0.281 0.180 0.030 0.150 0.023 0.034 0.078 0.060 0.051 0.034