# TARGET T0370 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 320 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.006 0.004 0.005 0.137 0.837 2 T 0.023 0.015 0.004 0.010 0.117 0.830 3 T 0.013 0.014 0.003 0.008 0.143 0.820 4 P 0.011 0.011 0.010 0.019 0.209 0.740 5 P 0.031 0.012 0.057 0.095 0.278 0.528 6 A 0.066 0.010 0.108 0.168 0.276 0.372 7 R 0.067 0.015 0.076 0.312 0.233 0.296 8 T 0.094 0.020 0.044 0.357 0.167 0.318 9 A 0.051 0.006 0.059 0.587 0.128 0.169 10 K 0.038 0.004 0.067 0.621 0.121 0.150 11 Q 0.051 0.010 0.055 0.556 0.134 0.193 12 R 0.029 0.010 0.019 0.558 0.083 0.301 13 I 0.010 0.002 0.009 0.832 0.035 0.111 14 Q 0.004 0.001 0.013 0.938 0.022 0.022 15 D 0.003 0.001 0.011 0.955 0.017 0.013 16 T 0.002 0.001 0.011 0.969 0.010 0.007 17 L 0.001 0.001 0.010 0.973 0.009 0.007 18 N 0.001 0.001 0.019 0.947 0.017 0.015 19 R 0.002 0.001 0.029 0.892 0.042 0.035 20 L 0.003 0.002 0.027 0.854 0.063 0.049 21 E 0.005 0.004 0.030 0.664 0.136 0.162 22 L 0.007 0.004 0.031 0.279 0.203 0.477 23 D 0.013 0.004 0.011 0.026 0.257 0.690 24 V 0.061 0.004 0.031 0.022 0.432 0.451 25 D 0.467 0.005 0.015 0.014 0.260 0.239 26 A 0.944 0.003 0.002 0.005 0.022 0.023 27 W 0.978 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 28 V 0.972 0.001 0.001 0.005 0.006 0.015 29 S 0.893 0.003 0.001 0.012 0.019 0.071 30 T 0.716 0.005 0.002 0.007 0.055 0.215 31 A 0.531 0.021 0.007 0.015 0.112 0.314 32 G 0.218 0.037 0.011 0.008 0.456 0.269 33 A 0.053 0.016 0.028 0.012 0.724 0.166 34 D 0.027 0.010 0.040 0.008 0.789 0.126 35 G 0.030 0.014 0.041 0.008 0.810 0.097 36 G 0.044 0.014 0.031 0.007 0.540 0.363 37 A 0.200 0.050 0.042 0.009 0.353 0.346 38 P 0.319 0.032 0.052 0.006 0.281 0.311 39 Y 0.527 0.025 0.028 0.004 0.166 0.249 40 L 0.762 0.014 0.009 0.002 0.080 0.133 41 V 0.754 0.006 0.004 0.001 0.081 0.155 42 P 0.861 0.003 0.002 0.001 0.042 0.090 43 L 0.889 0.004 0.002 0.002 0.029 0.074 44 S 0.917 0.002 0.002 0.003 0.026 0.051 45 Y 0.968 0.001 0.001 0.001 0.010 0.018 46 L 0.978 0.002 0.001 0.001 0.008 0.010 47 W 0.942 0.007 0.001 0.001 0.038 0.011 48 D 0.455 0.007 0.002 0.001 0.516 0.020 49 G 0.034 0.001 0.006 0.001 0.939 0.020 50 E 0.059 0.002 0.005 0.001 0.889 0.045 51 T 0.774 0.013 0.002 0.001 0.160 0.050 52 F 0.968 0.003 0.001 0.001 0.009 0.020 53 L 0.991 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 54 V 0.979 0.002 0.001 0.001 0.005 0.014 55 A 0.849 0.003 0.001 0.001 0.025 0.122 56 T 0.349 0.008 0.002 0.001 0.154 0.486 57 P 0.083 0.015 0.008 0.002 0.579 0.313 58 A 0.030 0.017 0.020 0.007 0.698 0.229 59 A 0.016 0.010 0.018 0.010 0.769 0.177 60 S 0.018 0.012 0.011 0.019 0.702 0.239 61 P 0.030 0.023 0.045 0.164 0.420 0.318 62 T 0.093 0.023 0.057 0.159 0.368 0.301 63 G 0.197 0.031 0.076 0.197 0.278 0.222 64 R 0.382 0.033 0.053 0.148 0.174 0.210 65 N 0.386 0.035 0.107 0.165 0.135 0.174 66 L 0.084 0.005 0.337 0.350 0.166 0.059 67 S 0.069 0.004 0.291 0.274 0.246 0.117 68 E 0.065 0.010 0.224 0.330 0.264 0.108 69 T 0.080 0.016 0.047 0.041 0.501 0.315 70 G 0.104 0.006 0.077 0.064 0.452 0.297 71 R 0.498 0.005 0.032 0.012 0.224 0.228 72 V 0.871 0.003 0.009 0.006 0.055 0.056 73 R 0.932 0.001 0.002 0.004 0.018 0.044 74 L 0.966 0.001 0.001 0.002 0.007 0.022 75 G 0.963 0.002 0.001 0.002 0.010 0.023 76 I 0.931 0.002 0.001 0.001 0.014 0.052 77 G 0.737 0.005 0.001 0.001 0.114 0.141 78 P 0.224 0.011 0.007 0.001 0.442 0.315 79 T 0.052 0.011 0.048 0.002 0.755 0.132 80 R 0.046 0.006 0.054 0.001 0.798 0.095 81 D 0.091 0.002 0.037 0.001 0.683 0.187 82 L 0.823 0.006 0.007 0.001 0.089 0.075 83 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 84 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 85 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 86 E 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 87 G 0.890 0.001 0.001 0.001 0.016 0.093 88 T 0.845 0.002 0.001 0.001 0.031 0.122 89 A 0.904 0.003 0.002 0.001 0.028 0.062 90 L 0.895 0.003 0.004 0.001 0.036 0.061 91 P 0.873 0.006 0.003 0.001 0.037 0.080 92 L 0.574 0.025 0.005 0.003 0.083 0.310 93 E 0.208 0.022 0.008 0.006 0.294 0.463 94 P 0.017 0.007 0.119 0.028 0.675 0.155 95 A 0.004 0.004 0.298 0.051 0.578 0.065 96 G 0.004 0.006 0.269 0.063 0.598 0.059 97 L 0.006 0.015 0.108 0.134 0.510 0.228 98 P 0.004 0.015 0.125 0.244 0.300 0.311 99 D 0.003 0.008 0.204 0.421 0.246 0.118 100 G 0.005 0.005 0.216 0.513 0.192 0.069 101 V 0.006 0.005 0.112 0.756 0.086 0.035 102 G 0.010 0.005 0.066 0.798 0.062 0.060 103 D 0.006 0.002 0.043 0.869 0.045 0.035 104 T 0.003 0.001 0.033 0.925 0.024 0.013 105 F 0.002 0.002 0.028 0.932 0.023 0.013 106 A 0.001 0.001 0.034 0.923 0.026 0.015 107 E 0.001 0.001 0.034 0.929 0.019 0.016 108 K 0.002 0.002 0.023 0.919 0.026 0.029 109 T 0.001 0.002 0.017 0.812 0.053 0.115 110 G 0.002 0.002 0.004 0.027 0.124 0.842 111 F 0.009 0.013 0.009 0.017 0.190 0.762 112 D 0.026 0.018 0.018 0.012 0.302 0.625 113 P 0.017 0.012 0.167 0.039 0.428 0.337 114 R 0.027 0.012 0.222 0.037 0.403 0.300 115 R 0.058 0.026 0.213 0.037 0.390 0.277 116 L 0.057 0.038 0.069 0.026 0.311 0.499 117 T 0.067 0.038 0.033 0.008 0.500 0.355 118 T 0.046 0.006 0.056 0.004 0.629 0.259 119 S 0.107 0.004 0.033 0.002 0.559 0.295 120 Y 0.643 0.009 0.011 0.001 0.195 0.142 121 L 0.903 0.003 0.001 0.001 0.026 0.068 122 Y 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 123 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 124 R 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 125 I 0.939 0.002 0.001 0.001 0.007 0.052 126 S 0.782 0.003 0.001 0.001 0.062 0.152 127 P 0.523 0.002 0.020 0.026 0.258 0.171 128 R 0.461 0.002 0.054 0.038 0.299 0.146 129 R 0.716 0.004 0.041 0.058 0.135 0.046 130 V 0.735 0.006 0.011 0.105 0.056 0.086 131 Q 0.744 0.006 0.011 0.111 0.049 0.079 132 A 0.638 0.007 0.016 0.178 0.067 0.094 133 W 0.519 0.012 0.027 0.187 0.113 0.142 134 R 0.372 0.013 0.043 0.176 0.210 0.186 135 E 0.202 0.011 0.073 0.264 0.264 0.186 136 A 0.095 0.010 0.101 0.186 0.362 0.247 137 N 0.067 0.012 0.112 0.178 0.348 0.284 138 E 0.086 0.013 0.100 0.242 0.290 0.269 139 L 0.112 0.015 0.129 0.300 0.273 0.171 140 S 0.137 0.013 0.077 0.291 0.273 0.209 141 G 0.174 0.012 0.056 0.272 0.219 0.268 142 R 0.193 0.009 0.067 0.374 0.160 0.196 143 E 0.269 0.009 0.059 0.352 0.140 0.170 144 L 0.266 0.020 0.057 0.364 0.130 0.161 145 M 0.278 0.044 0.039 0.327 0.160 0.153 146 R 0.255 0.022 0.041 0.264 0.269 0.147 147 D 0.110 0.006 0.036 0.162 0.457 0.230 148 G 0.104 0.006 0.020 0.028 0.501 0.342 149 E 0.279 0.013 0.005 0.006 0.237 0.461 150 W 0.496 0.017 0.006 0.007 0.120 0.353 151 L 0.625 0.021 0.004 0.005 0.082 0.263 152 V 0.464 0.025 0.004 0.007 0.073 0.427 153 T 0.239 0.017 0.002 0.006 0.070 0.666 154 D 0.037 0.002 0.001 0.002 0.027 0.932